但是，據(jù)蔣家在臺灣的家庭牧師周聯(lián)華說，經(jīng)國在宗教信仰及其他問題上，都不堅持教條，不會有封閉心態(tài)。他只是“追求者”（seeker）。他自己研讀《圣經(jīng)》，不跟周聯(lián)華或其他傳教士討論宗教問題，也僅只偶然參加做禮拜。他可以到美以美會以外的基督教會做禮拜，也可以到佛寺上香，譬如雪竇寺就是他年幼時常去的地方。

蔣經(jīng)國對于三民主義青年團不能成為動員中國青年的大力量，頗有挫折感。他認為，跟他主持贛南專區(qū)一樣，三青團要成功，就得靠一批廉潔、堅貞的青年干部。1943年蔣經(jīng)國到重慶出席三民主義青年團第一次全國代表大會，會中他提議擴大干部訓(xùn)練班，成立青年干部學(xué)校，大量培養(yǎng)青年領(lǐng)袖。在父親的贊同下，大會通過這項提案，12月間，蔣介石任命經(jīng)國為中央干部學(xué)校教育長，負責(zé)籌辦工作及從零開始規(guī)劃課程。

蔣經(jīng)國仍保留贛南行政專員職位，經(jīng)常往來重慶、贛州兩地。日本軍機兩次追逐他搭乘的飛機，不久他就把大部分時間花在重慶。王升和他在贛州的若干部屬，跟隨他到戰(zhàn)時陪都重慶，進入中央干部學(xué)校當學(xué)員。1944年1月17日，日本發(fā)動“一號作戰(zhàn)”，針對美國空軍新辟建的一系列機場進襲。數(shù)天之內(nèi)，日軍已推進到贛州城郊，經(jīng)國趕回贛州處理此一危機。情勢顯示贛州守不住時，他把跟政府以及他本人關(guān)系密切的人統(tǒng)統(tǒng)疏散，方良、子女和毛夫人的侍婢阿王也都撤往重慶。2月3日，山區(qū)里槍聲陣陣，蔣經(jīng)國搭乘DC-3飛機從他替美國人蓋的機場起飛。2月5日，日軍進入贛州城，已是十室九空。

扣除掉宣傳和傳聞的部分，蔣經(jīng)國在贛南的治績按照當時的環(huán)境條件，殊為不易。他最可觀的一項成績是推動治安，又不失地方民心。其中關(guān)鍵訣竅在于他個人清廉正直的官聲，真正與百姓同甘苦，因此得到百姓信任他的確為民服務(wù)。上級交付的征兵員額，他可以如命達成；但是和中國絕大多數(shù)地區(qū)不同的是，在贛南農(nóng)村征兵，并沒有造成百姓害怕、仇恨當局的情緒。至少，在贛南沒有人記恨，也沒有這類的記載。

但是，撇開領(lǐng)導(dǎo)人獨特的意志以及一批忠勤干部的努力不談，在全中國要推動打造新贛南，還有其他原因，使得它困難重重，甚至寸步難行。譬如，地方上收繳的田賦，通常要上繳省政府，經(jīng)國卻可以保留而增添財源——這個政策其他的地方官員就無法延用?；蛟S，他比其他同層級官吏，更有本事說服銀行做低利放款。此外，經(jīng)國得到省政府、中央政府的援助，也是其他行政專區(qū)專員所無法企求的。據(jù)當時在贛南工作的一位中國新聞記者說，經(jīng)國得到的特殊協(xié)助包括保安隊、自衛(wèi)隊的兵丁員額增多，憲兵、警察員額也多。此外，他可以直接指揮調(diào)度這些單位，其他的專員就沒有這種權(quán)力。贛南的政府文職公務(wù)員也比其他專區(qū)多。根據(jù)一個消息來源，經(jīng)國的辦公室屬員一百人，其他專員平均只有二十來人。中央政府特別撥款，或許蔣夫人自掏腰包協(xié)助，幫助贛州若干項目（如大型操場）的建設(shè)。

贛南經(jīng)驗為蔣經(jīng)國的前途打下堅實的基礎(chǔ)，他掙得干練、有活力、有創(chuàng)意、清廉正直的領(lǐng)導(dǎo)人之名聲，具有行政及地方發(fā)展的經(jīng)驗，包括教育、青年工作和地方治安等工作經(jīng)驗。他也累積起一批可信賴的部屬追隨左右，當然同樣也樹立若干政敵！蔣經(jīng)國通過在江西省經(jīng)驗，深刻了解到國民黨的弊病——貪污腐敗、派系斗爭。他深入了解新兵受到的非人待遇、軍隊組織吃空缺等問題。他到重慶，也有助于掌握國軍軍中的基本問題——派系林立、割據(jù)為王、兵力不足等。他愈來愈不能相信中國共產(chǎn)黨。他在演講和編造口號上，能巧妙地把他重視平等、反抗既有體制的名詞，與他父親鐘愛的新儒家思想結(jié)合在一起?？墒?，國民黨內(nèi)最保守的一些人士曉得經(jīng)國不喜歡他們，因此以牙還牙，一再散布謠言，指控經(jīng)國是蘇聯(lián)的秘密工具。

蔣介石這人沒有真正的朋友，現(xiàn)在只剩下太太和兒子兩個人可以信任。父子之間開始交換日記閱讀——這是父子關(guān)系密切的跡象。此時，經(jīng)國與繼母相處上沒有問題。至于緯國，并沒有重要的政治角色，因此他跟蔣夫人的關(guān)系純屬家庭親人關(guān)系。一般人認為宋美齡比較喜歡緯國，因為他英俊、儒雅，說得一口流利英語。然而，經(jīng)國在孝道上也無懈可擊，農(nóng)歷新年，他會到重慶向父母親拜年，致敬；他穿傳統(tǒng)長袍，進門就跪下磕頭。10不過，經(jīng)國在江西的生活與工作，跟他這些遵守禮儀的動作大相徑庭，呈現(xiàn)出他不肯太死板、頑固的一面——這種平易作風(fēng)在重慶、延安高級領(lǐng)導(dǎo)人當中，都相當罕見。