據說，魏忠賢打算將自己侄孫帶入宮中，然后讓宮中的某一位妃子假稱有孕，最終扶持魏家的子孫登上皇位，篡奪天下。但是魏忠賢偷梁換柱的手法必須得到后宮至尊張皇后的相助，或者起碼是默許才有可能成功，但張皇后不受任何威逼利誘，毫不含糊地拒絕配合魏忠賢。她義正詞嚴地說：“從命亦死，不從命亦死，等死耳。不從命而死，可以見列祖列宗在天之靈！”

所以，朱由校駕崩時，魏忠賢還在猶猶豫豫，并沒有立即公布天啟帝的死訊。第二天，大臣們從各種渠道得到了皇帝的死訊，紛紛趕到宮門要求入宮行哭靈之禮，卻遭到宮廷守衛(wèi)太監(jiān)的阻攔。太監(jiān)們的理由是大臣需要穿戴喪服才能行哭喪大禮，于是大臣們又紛紛跑回家換上喪服趕過來，再一次遭到太監(jiān)們的阻攔。太監(jiān)們說朱由校還沒穿好入殮的衣服，于是百官在宮門外又等了小半天。最后，魏忠賢還是在明朝皇權面前妥協了，準許百官進宮哭祭朱由校，這也意味著魏忠賢先前篡位陰謀的終結。

朱由檢雖然憑著明朝既有的權威坐上了皇帝寶座，但并沒有真正掌管朝政，只有將權力從魏忠賢手里奪回來，他才能算是真正意義上的皇帝。失去了熟悉的朱由校，面對陌生的朱由檢，魏忠賢的權勢基礎不再像以前那樣牢固了，盡管還掌握著巨大的權力和黨羽集團，魏忠賢也不敢再過分張揚了。他感覺到自己權力威脅的存在，開始了與朱由檢的較量。

年輕的朱由檢非常冷靜，以不變應萬變。畢竟他是最高權力的象征，魏忠賢的權力從根基上是來源于最高權力的，這是他最大的法寶。魏忠賢也清楚這一點，但還是先沉不住氣了。當時全國各地建造魏忠賢生祠的活動已經完成或者正在進行中，魏忠賢見新皇帝沒有對這事表態(tài)，就在9月25日自己上了一道《久抱建祠之愧疏》，奏請停止為他建造生祠的活動。朱由檢只是簡單地回復說：“以后各處生祠，其欲舉未行者，概行停止?！毙禄实劢枇Υ蛄?，毫不張揚，但清楚地表明了態(tài)度，遏制了朝野上下對魏忠賢的個人崇拜。朱由校的奶媽客氏是魏忠賢的對食（宮中類似于夫妻的太監(jiān)和宮女的配偶），現在朱由校死了，客氏就沒有理由繼續(xù)留在宮中了，不得不申請出宮。朱由檢毫不猶豫地將客氏客氣地“請”出了皇宮，這是對魏忠賢在皇宮內的勢力的直接打擊。這兩個回合，朱由檢都是按照正常游戲規(guī)則出牌。

朝廷中反魏忠賢的勢力按捺不住了，最先發(fā)動了對魏忠賢集團的旁敲側擊，都察院右副都御史楊所修上書彈劾魏忠賢黨羽。兵部尚書崔呈秀、工部尚書李養(yǎng)德、太仆寺少卿陳殷、延綏巡撫朱童蒙等人的父母都在他們任職時去世。按例，他們應該辭職回鄉(xiāng)守孝，但朝廷都酌情將他們留任。楊所修認為這有悖于“以孝治天下”的原則，希望皇上批準他們辭官回家盡孝。順帶著，楊所修也批評吏部尚書周應秋在這件事情上沒有恪守職責。按例，官員遭到彈劾要主動停職待罪，于是崔呈秀、李養(yǎng)德等人都陸續(xù)請求辭官，周應秋也請求罷官。就在大家把目光都聚焦在朱由檢身上時，新皇帝下達諭旨對崔呈秀等人表示安慰與挽留，譴責楊所修輕妄亂動，詆毀大臣。

朱由檢按部就班，不動聲色的表現反而讓魏忠賢慌了起來。魏忠賢始終是依附于皇權的太監(jiān)，如果皇帝真要懲治太監(jiān)，太監(jiān)的選擇余地極小。除非是造反，否則就是坐以待斃。魏忠賢還不具有造反的能力，現在又失去了客氏的后宮支持，于是他就出了一個昏招。他決定投石問路，讓心腹太監(jiān)王體乾提出辭呈。王體乾是秉筆太監(jiān)，負責奏章的批紅答復。朱由檢對王體乾好言慰留，還勉勵他繼續(xù)為朝廷服務。

魏忠賢的這一招將斗爭的主動權讓給了朱由檢。崇禎皇帝從容不迫地見招拆招，沉著應對，而魏忠賢一黨只能消極防備了。太監(jiān)集團的權力最終是要通過王朝的文武官員體現出來的，作為被局限在宮中的太監(jiān)，如果沒有宮外官員的支持，他們最終還是掀起不多大的風浪。為了自身利益，官員們會在奸臣和皇帝之間選擇效忠的對象。當朝野上下看到宮廷斗爭的主動權轉向的時候，官員們的政治態(tài)度也開始轉變。大家紛紛轉向效忠朱由檢，以至于魏忠賢黨羽內部也出現了瓦解，一部分官員開始倒戈。