民權(quán)派的大同團(tuán)結(jié)運(yùn)動分裂后的1889年，板垣上京企圖調(diào)停各黨派的政治結(jié)合，以備翌年的國會開設(shè)，但是并不如意而沒有什么結(jié)果。板垣不得已，于1890年再行組織愛國公黨，自任為會長，旋與其他小黨派合流，組織"立憲自由黨"，與大隈重信所率領(lǐng)的"立憲改進(jìn)黨"并立，成為日本的兩大政黨。

立憲自由黨的綱領(lǐng)有下列三條：一、?；适抑饦s，期民權(quán)之?dāng)U張。

二、內(nèi)治少干涉之政略，外交期對等之條約。

三、舉代議政體之實，期政黨內(nèi)閣之成立。立憲自由黨在第二年（1891年）的大阪會議，改稱為"自由黨"，并再推板垣為其總理。但在1896年4月，板垣脫離自由黨，和第二次伊藤內(nèi)閣提攜，就任內(nèi)務(wù)大臣的職位。因為當(dāng)時日本尚沒有政黨內(nèi)閣的先例，維新以來都是藩閥官僚否定政黨的超然內(nèi)閣，板垣身為政黨的一員而加入內(nèi)閣，必然引起官僚保守派的反對，故板垣任官時，同時宣布脫離自由黨，以示其不偏不黨以盡職責(zé)。

不久，伊藤內(nèi)閣的外務(wù)大臣陸奧宗光因病辭職，而伊藤博文想任用立憲改進(jìn)黨的首領(lǐng)大隈重信為外相時，內(nèi)相板垣認(rèn)為要起用現(xiàn)內(nèi)閣的反對黨領(lǐng)袖為閣員是違反憲政的本義，而加以猛烈的反對，于是閣內(nèi)意見的統(tǒng)一破壞，8月31日第二次伊藤內(nèi)閣總辭職，板垣也回歸自由黨，再當(dāng)自由黨總理。

十三、日本最初的政黨內(nèi)閣

自從1890年開設(shè)帝國議會以來，自由黨和改進(jìn)黨合并議席即可以控制議會的過半數(shù)，但是兩黨始終互相攻擊，不肯相讓，以致不能打倒藩閥官僚的專權(quán)。1898年6月10日，自由黨和進(jìn)步黨第一次合作，在帝國議會否決政府提出的地租增征案，而面臨議會解散的局面。這時板垣認(rèn)為時機(jī)到來，即與進(jìn)步黨黨魁大隈商談妥協(xié)，將自由黨和進(jìn)步黨二黨結(jié)合，在6月22日組織"憲政黨"，其聯(lián)合決議書說："為期憲政之完成，有同一希望之黨派相結(jié)合，組織一大政黨，進(jìn)一步努力以達(dá)其目的。"

這時，在政府擁有最高地位的伊藤博文，眼看政黨政治是時代潮流，即向天皇推薦板垣和大隈二人組織憲政黨內(nèi)閣。這是日本有史以來的第一次政黨內(nèi)閣，由大隈任總理大臣兼外務(wù)大臣，板垣任內(nèi)務(wù)大臣。

自由黨和進(jìn)步黨的聯(lián)合，只是奪取政權(quán)的一時妥協(xié)之策，當(dāng)政以后兩黨即開始軋轢，產(chǎn)生內(nèi)訌，終于瓦解分裂，自由黨派另組"憲政黨"，而進(jìn)步黨派自稱"憲政本黨"，于是日本最初的政黨內(nèi)閣，僅四個月即崩潰了。

藩閥官僚的實力派伊藤博文，曾經(jīng)游學(xué)歐美考察憲政，并傾心起草明治憲法，制定內(nèi)閣制度，樞密院、華族令等，故在帝國憲法發(fā)布后，認(rèn)為日本已經(jīng)是實行立憲政治的時期，而親自計劃藩閥的政黨化，于1900年組織"政友會"，自任為總裁。板垣退助所率領(lǐng)的憲政黨（即舊自由黨），于是宣布解散，擁立伊藤為黨魁，加入政友會，和官僚派合流。其后的日本的政黨史，不再是民權(quán)派與官僚派抗?fàn)幍臍v史，而是政黨和官僚不斷妥協(xié)的歷史。舊自由黨的實權(quán)也轉(zhuǎn)移到星亨的手中，板垣于是從政界引退，從事社會運(yùn)動，其后歿于1919年，享年83歲。