健康的肝臟及免疫系統(tǒng)可以完全地破壞病毒物質(zhì)，無論這些物質(zhì)是來自于外環(huán)境的還是從其他途徑進(jìn)入到血液里的。大多數(shù)的人在這些病毒環(huán)境中是不會生病的。事實(shí)上，現(xiàn)在我們的體內(nèi)存在大多數(shù)體外環(huán)境里的病毒。然而，當(dāng)大量的膽結(jié)石在體內(nèi)形成以后，肝臟會被阻塞及中毒，從而成為了有利于病毒活動的環(huán)境。病毒是一種進(jìn)入寄主細(xì)胞內(nèi)，利用其細(xì)胞物質(zhì)和機(jī)能來生成新的病毒微粒的細(xì)胞寄生物（還有證據(jù)證明病毒可由細(xì)胞內(nèi)的細(xì)菌繁殖而來）。但是病毒并不會無緣無故地在細(xì)胞里生長或攻擊細(xì)胞。與我們一般的看法相反的是，病毒通常會“劫持”那些最衰弱和被破壞得最嚴(yán)重的細(xì)胞來防止它們發(fā)生突變。然而并不是所有的病毒都能成功發(fā)揮這項(xiàng)功能，肝癌還是可能發(fā)生的。因此在癌細(xì)胞里含有的病毒并不應(yīng)被誤解為有致癌的效果。

膽結(jié)石里包含著大量的活性病毒。其中一些病毒可從結(jié)石里釋放進(jìn)入到血液中。這就形成了慢性肝炎。肝臟的非病毒性感染可能是由膽管被膽結(jié)石堵塞釋放出來的細(xì)菌引起的（并不是導(dǎo)致）。

膽結(jié)石存在于膽管里也會妨礙肝細(xì)胞處理毒性物質(zhì)的能力，例如是三氯甲烷、細(xì)胞毒性的藥物、合成代謝類固醇、酒精、阿司匹林、真菌、食物添加劑及諸如此類的物質(zhì)。當(dāng)發(fā)生這種情況時，機(jī)體會對這些可預(yù)料的和其他不可預(yù)料但包含在很多醫(yī)療藥物中的毒性物質(zhì)產(chǎn)生高度的敏感性。很多的過敏疾病就是起源于這些高敏反應(yīng)。出于同樣的原因，膽結(jié)石還可能加劇攝入的醫(yī)療藥物的毒性副作用，這些副作用可能連（美國的）食品及藥物管理局或醫(yī)藥公司都沒有覺察到。

最覺見的一種黃疸病是由膽結(jié)石堵塞通向十二指腸的膽管和、或膽結(jié)石及纖維組織使肝小葉的結(jié)構(gòu)變形而形成的。肝汁在肝汁通道（竇狀隙）里的流動被封鎖，肝細(xì)胞就不能再合成及分泌膽色素，即膽紅素。隨之，膽汁及其合成的物質(zhì)將會在血流里積聚。當(dāng)膽紅素在血液里積聚時，皮膚就會被染色。當(dāng)血液里的膽紅素含量超過正常量的三倍以上，皮膚及眼結(jié)膜會出現(xiàn)明顯的黃染。非結(jié)合膽紅素對腦細(xì)胞有毒性作用。由膽管堵塞所致的胰頭癌也會導(dǎo)致黃疸病的發(fā)生。