在戰(zhàn)爭中，愛因斯坦一直洋溢一種反德國的情緒，特別是聽到波蘭首都華沙的猶太人區(qū)暴動被殘酷鎮(zhèn)壓的時候，這種情緒更是難以遏抑。根據(jù)美國大屠殺紀念館的網(wǎng)站介紹，已控制波蘭的納粹軍隊將華沙的猶太人驅(qū)趕到一個特定的區(qū)域，1942年夏天，納粹軍隊開始轉(zhuǎn)移猶太區(qū)的三十萬猶太人，其中二十五萬準備被送到波蘭特雷布林卡集中營。當?shù)弥偷郊袪I中的同胞被屠殺的命運之后，留在華沙猶太區(qū)的五萬六千名猶太人不甘就此屈服在納粹的屠刀下。1943年，留守的猶太人中的年輕人組成了一個秘密組織，號召那些下一批就要被送上火車到集中營送死的同胞們團結起來，反抗悲慘的命運。當?shù)聡勘姜q太區(qū)命令登車時，猶太秘密組織成員利用秘密渠道獲得的武器向德軍發(fā)起攻擊，迫使他們撤退。幾個月后，德國軍隊糾集更多人再次回到猶太區(qū)，企圖將剩下的所有猶太人都轉(zhuǎn)移到集中營。猶太年輕人勇敢地反擊，抵抗了將近一個月。但是最后寡不敵眾，而且裝備和給養(yǎng)都無法相比的抵抗者還是被德軍鎮(zhèn)壓下去，猶太區(qū)也被付之一炬，大約有七千名猶太人當場被屠殺，其他人則被強迫做苦役或運送到集中營處死。聽到華沙同胞們的英雄義舉，愛因斯坦寫了兩段著名的聲明，哀悼華沙起義的死難者。他發(fā)出著名的對“德國這個民族”在歐洲的大屠殺的譴責，正式將批評的矛頭指向德國人這個群體的民族劣根性，因為正是大多數(shù)的德國人，即使他們從希特勒的書和演講中知道他邪惡的長期意圖，依然選舉他為國家的領導者。

愛因斯坦持續(xù)關注軍備競賽的問題，并于1945年3月份應西拉德之邀又給羅斯?？偨y(tǒng)寫了一封信。他在信中提及，大多數(shù)物理學家認為在從事秘密研究的科學家和制定政策的官員之間缺乏溝通，有些決策之前應該多聽取物理學家的意見。愛因斯坦當時還不知道曼哈頓計劃的實質(zhì)意義，但可能被告知這個計劃可能導致嚴重的后果?？上Я_斯?？偨y(tǒng)1945年4月12日去世，還沒來得及看到這封信，也沒來得及看到未來一個月的偉大勝利：德國軍隊放棄抵抗，希特勒于1945年4月30日自殺身亡，德軍官員于5月7日正式宣布投降。盟軍的攻勢在經(jīng)過一系列艱難的勝利之后終于在歐洲戰(zhàn)場獲得全面勝利，從此5月8日被宣布為歐洲勝利日。此時，在太平洋戰(zhàn)場上，日本人還在負隅頑抗，作垂死掙扎。

1945年，就在與日本的戰(zhàn)爭將要結束時，美國政府發(fā)布了一個題為“史密斯報告”的文件，透露愛因斯坦在1939年給羅斯?？偨y(tǒng)的信讓總統(tǒng)意識到德國可能會獲得制造原子彈的能力，因此他其實間接地推動了美國從事原子能研究。該報告完成于1945年6月，概括了原子彈研究項目的進展，并透露說，科學家和軍方正急切地希望測試原子彈的威力，報告中稱“該武器已被開發(fā)出來了，具有比最恐怖的噩夢還可怕的、令人難以想象的破壞力”。在報告中也披露了相對積極一些的信息，即原子能也有可能用于諸多和平用途，為人類提供無窮盡的能源。大部分專家認為，即使沒有愛因斯坦的寫信建議，美國也會制造原子彈，因為在技術上，當時美國和英國都已擁有制造原子彈的技術，不過由于愛因斯坦的參與，大大加快了原子彈的誕生。

1945年7月16日，洛斯阿拉莫斯國家實驗室的科學家們在新墨西哥州中部阿拉莫戈多的懷特桑德導彈試驗場進行原子彈的試爆實驗。結果表明，這次試爆非常成功，參與此次計劃的科學家們都興高采烈地歡慶成功。但他們中的許多人在成功的喜悅之后不久開始反思他們努力獲得的成就，并考慮該發(fā)明可能給世界和平可能帶來什么影響，更多的有識之士對原子能武器的使用和發(fā)展保持警惕態(tài)度。西拉德從媒體報道中得知原子彈計劃已獲得成功，敏銳的科學家已開始意識到這個破壞力驚人的武器可能給世界帶來毀滅。這個連鎖反應發(fā)現(xiàn)的先驅(qū)，懷著滿心的罪惡感，很快發(fā)表了一份請愿書，請求美國政府基于道德不要用原子彈對付日本人，但事態(tài)發(fā)展表明他的請愿沒有發(fā)揮作用。

現(xiàn)在，通過照片、電影和電視等媒介，大部分現(xiàn)代人可能都看到過在進行原子彈試驗的沙漠上升起核爆蘑菇云的情景。但是，就在試驗成功的三周后，所看到的就不是試驗的情景了。1945年8月6日，一架美國B－2轟炸機從南太平洋小島蒂尼安島出發(fā)，裝載著一顆原子彈，機組人員一行十二人乘著夜色飛行一千五百英里到日本廣島上空，拋下了以鈾-235作核原料、綽號為“小男孩”的原子彈。三天以后，另外一架B-2轟炸機從同一個地方出發(fā)，在另一個日本城市長崎上空扔下綽號為“胖子”的钚-239制成的原子彈。原子彈爆炸產(chǎn)生的巨大沖擊波、強烈光輻射和核輻射在廣島瞬間奪去了七萬人的生命，在長崎則殺死了四萬人左右，此后還陸續(xù)死亡了數(shù)千人。在美蘇兩國聯(lián)合打擊及原子彈巨大威力的威懾下，日本人于1945年8月14日投降，第二次世界大戰(zhàn)至此以盟軍的勝利告終。在二戰(zhàn)中，全世界大約五千萬人死于戰(zhàn)火，包括士兵、平民和集中營中的死者。

事后，特別是見證了原子彈所帶來的災難性后果之后，愛因斯坦的良心一直被這個自己1905年發(fā)現(xiàn)所產(chǎn)生的殺人武器所困擾。如果他知道德國科學家不能制造出原子彈，他絕對不會在那封給羅斯?？偨y(tǒng)的信中簽上自己的名字。實際情況是，雖然德國科學家意識到了利用原子連鎖反應的可能性，但是由于沒有制造原子彈所需物資，他們一直無法開始研制原子炸彈。即使他們原料充足也未必能造出原子彈，因為在歐洲戰(zhàn)亂的條件下不能提供制造和測試原子彈的環(huán)境。

為了在世界上廢除核武器的神圣使命，愛因斯坦1945年11月在一篇雜志文章中號召建立一個世界政府，其使命在于控制原子彈的使用和其他所有軍事活動。在他的構想里，這個世界政府將由美國、蘇聯(lián)和英國三個軍事大國組成，有權管理世界上所有軍事事務，并能調(diào)解各國之間的矛盾和沖突。他寫道，即使一個專制的世界政府也比邪惡的核戰(zhàn)爭肆虐世界要來的好一些。他認為，任何形式的國家政府都或多或少有著與生俱來的邪惡，但是戰(zhàn)爭無論如何都比這些邪惡要糟糕的多。不過，也有人反對他的看法，比如蘇聯(lián)科學院便譴責愛因斯坦倡導建立這樣的世界體系。

戰(zhàn)爭的結束時，愛因斯坦正好宣布正式從高級研究所退休。退休以后，除了繼續(xù)在高級研究所專門為他保留的辦公室進行統(tǒng)一場論的思考外，他一如既往從事和平主義活動，主要包括倡導成立一個世界政府，撰寫文章討論戰(zhàn)爭與和平以及裁軍的問題。他寫道：“原子能被釋放出來并沒有導致新的問題，只是使得解決現(xiàn)存問題變得更加緊迫?！彼J為，現(xiàn)存問題與以前相比并沒有任何改觀。很早以前，1905年的諾貝爾文學獎得主、法國哲學家貝塔·馮·薩特就曾說過，改進戰(zhàn)爭的規(guī)則就像是將某人置于油鍋中炸時，規(guī)定油燒開時候的溫度。戰(zhàn)爭是不存在所謂的“改進”的。愛因斯坦主張，進行基礎性研究的科學家有責任不再把研究成果與軍方武器研究合作共享，以免未來出現(xiàn)更可怕的武器。他警告人們說：“我不知道第三次世界大戰(zhàn)將會怎么進行戰(zhàn)斗，但我可以告訴你第四次世界大戰(zhàn)時人們將用什么進行戰(zhàn)斗——石頭！”