孫中山并未重視蔣介石的這封信。蔣介石沒有參加廣西戰(zhàn)役，6月14日他母親去世，他立即趕了回去，一直待到11月他母親安葬完畢。這期間，他除了幾次返回廣東外，大部分時(shí)間都在溪口，孫中山未出席葬禮，但他為蔣太夫人寫了一篇感人的悼文，并在葬禮上由人代讀。

正如蔣所判斷的那樣，陳炯明開始背叛革命。1922年3月21日，粵軍高級軍官、蔣介石的朋友鄧鏗被暗殺。陳炯明涉嫌很深，但沒有確鑿的證據(jù)可以指控他。陳炯明有很大的可能暗殺鄧鏗，因?yàn)猷囩H非常忠心于孫中山。陳炯明計(jì)劃排擠或除掉孫中山周圍的高級軍官，使其孤立無援；然后他再逼迫孫中山推遲甚至放棄北伐計(jì)劃。

蔣介石強(qiáng)烈要求孫中山將他的部隊(duì)秘密開進(jìn)廣州，重建其大元帥的權(quán)威，然后清除廣西殘余桂軍，最后出征北伐。

4月，孫中山的部隊(duì)開到廣州。這時(shí)，陳炯明拍電報(bào)給孫中山，請求辭去他的幾個(gè)主要職務(wù)——這是傳統(tǒng)的拉開距離的中國方式。孫中山批準(zhǔn)了他的辭呈，但要求他仍留任陸軍部長職。陳炯明拒絕孫中山的挽留，將他的部隊(duì)開回老巢——廣州東部的惠州，在那里靜觀事態(tài)的發(fā)展，等待時(shí)機(jī)。

蔣介石強(qiáng)烈要求進(jìn)攻惠州，然后平定廣西，但孫中山又一次拒絕了蔣介石的建議。惱怒之下，蔣介石回到上海。4月22日他寫信給陳炯明，呼吁他與孫中山團(tuán)結(jié)合作，參加北伐。陳炯明未予理睬。

陳炯明與北方軍閥的暗中勾結(jié)現(xiàn)在公開化了。這些北方軍閥都有自己的代表在北京政府內(nèi)任職。北洋政府致電孫中山，要求他辭職，陳炯明及其手下公開支持這種要求。

6月16日，陳炯明倚仗北洋政府在政治和軍事上的支持，公然派他的部隊(duì)炮擊孫中山的官邸，企圖謀害孫中山。

這時(shí)，蔣介石還在上海，他后來回憶說，陳炯明曾向他的部下許諾，如果能殺死孫中山，則犒賞20萬美金，他還要洗劫廣州城三天。

孫中山堅(jiān)持到最后，只是在他的同志們的勸說下才離開廣州。在廣州的大街上，他一度與叛軍相遇，但僥幸的是未被認(rèn)出來，孫中山逃到停泊在黃埔港的“永豐”號軍艦上。

盡管孫中山不聽蔣介石的勸告，以致到了今天這樣的處境，但蔣介石如果不忠誠于孫中山，他也將一文不值。

蔣介石聞?dòng)嵙⒓从蓽舷?，繼續(xù)追隨孫中山。他們在艦上待了56天。艦上悶熱難熬，又缺乏食物和淡水。一到晚上，蔣介石就上岸尋找食物，天亮則回到艦上睡覺或在甲板上警戒。

他們沒有很快乘艦離開，因他們寄希望于蔣的同事許崇智率領(lǐng)討伐軍打敗陳炯明。但是，他們的希望落空了。8月6日他們得到許戰(zhàn)敗的壞消息；7日，他們又得知詳細(xì)情況。兩天以后，他們的內(nèi)線報(bào)告有人要陰謀殺害孫中山。終于，這艘英國軍艦同意將孫中山及其不多的追隨者送往香港，再從那里去上海。

在這段處于逆境的日子里，蔣介石一直追隨在孫中山左右，忠誠不移，盡管他并不事事服從。孫中山終于認(rèn)識到，此前曾給予他良好建議并一直堅(jiān)定不移地支持他的人，不是別人而正是蔣介石。

從此，蔣介石開始飛黃騰達(dá)。