1995年，加拿大開始商業(yè)化種植轉(zhuǎn)基因油菜。但在隨后的幾年里，麻煩出現(xiàn)了。一方面，油菜的抗除草劑基因飄移到附近的雜草，雜草也變得具有了抗性，變成了除草劑無(wú)能為力的“超級(jí)雜草”；另一方面，收獲時(shí)散落的油菜籽第二年重新萌發(fā)，但如果第二年這片田里種植的不再是油菜而是別的作物，那些萌發(fā)出的油菜也將成為“超級(jí)雜草”。這些“超級(jí)雜草”還會(huì)通過(guò)交叉授粉等方式，污染別的植物。

如今，這些雜草化油菜在加拿大的農(nóng)田里已非常普遍。（參見《加拿大“轉(zhuǎn)基因油菜超級(jí)雜草”事件》，見農(nóng)博網(wǎng)，20070913。）

21世紀(jì)初，美國(guó)得克薩斯州一個(gè)生產(chǎn)無(wú)公害綠色玉米的農(nóng)場(chǎng)，所生產(chǎn)的玉米卻被發(fā)現(xiàn)含有轉(zhuǎn)基因成分。原來(lái)是因?yàn)楦浇N植了轉(zhuǎn)基因Bt玉米。結(jié)果這家農(nóng)場(chǎng)被迫將受到污染的玉米全部銷毀，承擔(dān)了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。研究表明，轉(zhuǎn)基因成分是通過(guò)交叉授粉傳播的。美國(guó)大面積推廣轉(zhuǎn)基因作物，使許多非轉(zhuǎn)基因作物的種子中含有了轉(zhuǎn)基因成分。

兩位學(xué)者奎斯特和卡普拉于2001年11月在《自然》發(fā)文，稱在墨西哥南部2000年種植的地方品種中檢測(cè)到轉(zhuǎn)基因，而那一地區(qū)自1998年就禁止種植轉(zhuǎn)基因玉米。該文引起轟動(dòng)，人們由此更加擔(dān)心轉(zhuǎn)基因作物給生態(tài)環(huán)境造成威脅。

墨西哥是玉米的故鄉(xiāng)，擁有豐富的玉米種類，農(nóng)民們世世代代種植玉米，并以此為生。我們?cè)凇睹仙蕉脊狙壑械氖澜纭愤@一獨(dú)立導(dǎo)演所拍攝的紀(jì)錄片中，看到了由于基因污染而產(chǎn)生的“怪胎”玉米，看到了農(nóng)民們保護(hù)自己傳統(tǒng)玉米種子的渴望。

對(duì)于國(guó)內(nèi)人們針對(duì)轉(zhuǎn)基因水稻提出的基因污染問(wèn)題，張啟發(fā)院士做出了回應(yīng)：

野生水稻在我國(guó)屬于瀕危資源，除江西、廣東、廣西、云南等少數(shù)省份有國(guó)家建立的野生水稻專門保護(hù)圃外，我國(guó)已基本上沒(méi)有自然狀態(tài)下的野生水稻了。水稻是自花授粉植物，在稻田中的自然傳播難以超過(guò)1米的距離。兩種因素加在一起，轉(zhuǎn)基因水稻的基因不可能漂移到野生水稻。（魏剛、陳永杰、李鵬：《轉(zhuǎn)基因水稻不是魔鬼》，載《北京科技報(bào)》，20100222。）

不過(guò)，張啟發(fā)院士只是說(shuō)明了轉(zhuǎn)基因水稻不會(huì)“漂移”到“野生水稻”，并沒(méi)有回答轉(zhuǎn)基因水稻是否會(huì)“漂移”到非轉(zhuǎn)基因水稻上面。而其他研究者則沒(méi)有張?jiān)菏窟@么樂(lè)觀，他們紛紛撰文指出，轉(zhuǎn)基因水稻不僅可能污染野生水稻，也可能污染其他水稻資源。