無奈之下，足利義秋找到織田信長，織田信長答應(yīng)幫足利義秋奪回征夷大將軍之位。此時，足利義秋改名為足利義昭。

1568年，織田信長率領(lǐng)大軍，一路過關(guān)斬將，順利攻入京都，松永久秀投降。進入京都后，織田信長做的第一件事就是廢除了由松永久秀所立的幕府將軍足利義榮，并于10月18日扶植足利義昭為室町幕府第15代征夷大將軍。

坐上大將軍之位的足利義昭以為自此以后自己就能號令天下，但是很快他發(fā)現(xiàn)，事情的發(fā)展并沒有想象中那么順利。他的行動處處受到織田信長的約束，無法行使將軍的權(quán)力，自己的處境與傀儡無異。為了早日擺脫這一境況，足利義昭表面對織田信長言聽計從，暗地里卻以大將軍的身份秘密聯(lián)絡(luò)了武田信玄、淺井長政、朝倉孝景等反織田信長勢力，準備合力推翻織田信長，這就是所謂的“織田包圍網(wǎng)”。但“織田包圍網(wǎng)”很快被織田信長瓦解，勢單力薄的足利義昭無法抵擋織田信長的攻勢，雖有正親町天皇居中調(diào)停，但是足利義昭和織田信長的決裂就此注定。

1573年，在織田信長的逼迫下，足利義昭將2歲的兒子送往織田信長處做人質(zhì)，自己則被逐出京都，室町幕府宣告滅亡。雖然幕府滅亡，自己四處流落，但足利義昭卻不甘心就此認輸。他向一些勢力較小的地方大名發(fā)出請求，希望能得到他們的援助，再次回到京都。但是這些大名并沒有答應(yīng)他的請求，原因很簡單，如果接受了足利義昭的請求給予援助，必將引來殺身之禍。足利義昭轉(zhuǎn)而向別的大名提出推翻織田信長的要求，均遭到了拒絕。

1582年6月2日，織田信長遭到家臣明智光秀的反叛，喪命于京都本能寺之中。得知織田信長的死訊后，足利義昭便將重回京都的希望寄托在了繼織田信長而起的實力派大名身上，但是各大名在織田死后爭權(quán)奪利，無暇顧及足利義昭的請求，足利義昭的回歸京都之夢似乎又變得遙遙無期了。

1587年，在外流落漂泊多年的足利義昭受豐臣秀吉恩賜得到了安居之所，但是一年后的春天，這位名存實亡的幕府將軍再次出家。1597年8月28日，足利義昭病死于大阪，享年61歲。

本應(yīng)如先人般干一番轟轟烈烈事業(yè)的足利義昭，雖名義上為室町幕府的第15代征夷大將軍，卻處處受制于人，因而，他恢復(fù)家族曾經(jīng)輝煌的夢想，只能寄托在他人身上。無論是六角承禎、武田信豐和朝倉義景等斷然拒絕他的大名，還是表面答應(yīng)幫助他的織田信長，終歸都是外人，都無法按照他心中所期望地那樣去做。更何況，其中還包含著權(quán)力與利益的糾紛。這一切，都注定了室町幕府的輝煌一去不復(fù)返了，而足利義昭便順理成章地成了室町幕府最后的將軍。