但是，文件下發(fā)之后，仍然沒(méi)有引起房地產(chǎn)企業(yè)的足夠重視。2006年12月28日，國(guó)家稅務(wù)總局再次下發(fā)了《關(guān)于房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)［2006］187號(hào)文件，以下簡(jiǎn)稱《通知》）。該《通知》下發(fā)之后，在房地產(chǎn)界引起強(qiáng)烈的反響。該《通知》決定，自2007年2月1日起在全國(guó)范圍內(nèi)對(duì)房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)的土地增值稅開(kāi)展全面清算工作，并將對(duì)房地產(chǎn)企業(yè)的納稅情況適時(shí)開(kāi)展稅收專項(xiàng)檢查。這意味著沒(méi)有貫徹執(zhí)行到位的《土地增值稅暫行條例》將予以嚴(yán)格執(zhí)行。

1995年5月17日，國(guó)家稅務(wù)總局制定并下發(fā)了《土地增值稅納稅申報(bào)表》，這套報(bào)表包括適用于從事房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)的《土地增值稅項(xiàng)目登記表》。

為加強(qiáng)和規(guī)范對(duì)不動(dòng)產(chǎn)、建筑業(yè)的稅收征管，貫徹“以票控稅、網(wǎng)絡(luò)比對(duì)、稅源監(jiān)控、綜合管理”的治稅方針，實(shí)現(xiàn)對(duì)不動(dòng)產(chǎn)、建筑業(yè)稅收的精細(xì)化管理，國(guó)家稅務(wù)總局制定了《不動(dòng)產(chǎn)、建筑業(yè)營(yíng)業(yè)稅項(xiàng)目管理及發(fā)票使用管理暫行辦法》（國(guó)稅發(fā)［2006］128號(hào)文件）。針對(duì)房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)嚴(yán)格制定一系列諸如項(xiàng)目登記和預(yù)征、年度結(jié)算、竣工決算和全面清算等具體管理辦法。這也意味著國(guó)家將扭轉(zhuǎn)對(duì)房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)土地增值稅實(shí)行多年的以“預(yù)征制”為主轉(zhuǎn)向房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)土地增值稅以“清算”為主的階段。

長(zhǎng)期以來(lái)，由于土地增值稅只預(yù)征不清算，使得房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)誤認(rèn)為土地增值稅是一個(gè)稅負(fù)較輕的“小稅種”。實(shí)際上，在房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)的稅負(fù)構(gòu)成中，土地增值稅占有較大比重，是一個(gè)不可輕視的稅種。土地增值稅課稅對(duì)象是指有償轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)所取得的增值額，它的計(jì)算、申報(bào)和清算涉及收入及扣除項(xiàng)目金額的確認(rèn)、扣除法和評(píng)估法在計(jì)算增值額時(shí)的運(yùn)用、超率累進(jìn)稅率計(jì)算等，所以，它又是一個(gè)計(jì)算復(fù)雜、申報(bào)較難的直接稅種。目前，房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)面對(duì)國(guó)家對(duì)土地增值稅清算的征管模式，如何理解和應(yīng)對(duì)全面清算政策、如何靈活運(yùn)用政策法規(guī)、如何全面掌握申報(bào)業(yè)務(wù)、如何熟練掌握納稅籌劃、如何防范涉稅法風(fēng)險(xiǎn)等，已成為房地產(chǎn)企業(yè)管理層急需解決的問(wèn)題。

（一）土地增值稅的清算單位

（1）以國(guó)家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算。

（2）對(duì)分期開(kāi)發(fā)的項(xiàng)目，以分期項(xiàng)目為單位清算。

（3）開(kāi)發(fā)項(xiàng)目中同時(shí)包含普通標(biāo)準(zhǔn)住宅和非普通標(biāo)準(zhǔn)住宅的，應(yīng)分別計(jì)算增值額。

《實(shí)施細(xì)則》第八條規(guī)定，土地增值稅以納稅人房地產(chǎn)成本核算的最基本的核算項(xiàng)目或核算對(duì)象為單位計(jì)算。在這里需要研究什么是土地增值稅的成本核算對(duì)象。［1993］財(cái)會(huì)字第02號(hào)文件印發(fā)的《房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)會(huì)計(jì)制度》規(guī)定，企業(yè)應(yīng)根據(jù)本企業(yè)的經(jīng)營(yíng)特點(diǎn)，選擇本企業(yè)的成本核算對(duì)象。房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)一般以每一獨(dú)立編制設(shè)計(jì)概算和施工圖預(yù)算的單位工程作為成本核算對(duì)象，即以每棟獨(dú)立的房屋作為成本核算對(duì)象。對(duì)同一開(kāi)發(fā)地點(diǎn)、結(jié)構(gòu)類型相同、開(kāi)竣工時(shí)間相近，并由同一施工隊(duì)伍施工的群體開(kāi)發(fā)項(xiàng)目，也可合并作為一個(gè)成本對(duì)象。如果房地產(chǎn)企業(yè)以每棟獨(dú)立的房屋作為成本核算對(duì)象，則適用國(guó)稅發(fā)［2006］187號(hào)文件的規(guī)定，即開(kāi)發(fā)項(xiàng)目中同時(shí)包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計(jì)算增值額。如果房地產(chǎn)企業(yè)以開(kāi)發(fā)小區(qū)作為成本核算對(duì)象，同樣也適用該文件的規(guī)定。這一點(diǎn)非常重要，因?yàn)橹灰軐⑵胀?biāo)準(zhǔn)住宅和非普通標(biāo)準(zhǔn)住宅分別計(jì)算增值額，就可以執(zhí)行《土地增值稅條例》對(duì)普通標(biāo)準(zhǔn)住宅的優(yōu)惠政策，增值率不大于20%的，免征土地增值稅。