1906年 2月 1日，二十四歲的宋教仁入早稻田大學(xué)預(yù)科學(xué)習(xí)。在此期間，他翻譯了《日本憲法》、《英國(guó)制度要覽》、《德國(guó)官制》、《美國(guó)制度概要》、《萬(wàn)國(guó)社會(huì)黨大會(huì)略史》、《各國(guó)警察制度》、《國(guó)際私法講義》等十多部有關(guān)國(guó)家制度和法律的著作，著譯增進(jìn)了他對(duì)資本主義各國(guó)政治制度和憲法的了解，使他成為中國(guó)人中研究近代政治制度方面屈指可數(shù)的理論家，被視為憲法的化身。
　　
　　這個(gè)年輕的理論家開拓了一片屬于自己的園地，但他在革命實(shí)踐領(lǐng)域同樣當(dāng)仁不讓。當(dāng)孫中山、黃興策動(dòng)?xùn)|南沿海會(huì)黨起義的時(shí)候，宋教仁則看到東北地區(qū)的“馬俠”也可加利用。1907年 3月，他把同盟會(huì)代理庶務(wù)之職移交給劉揆一，隨后回國(guó)到遼寧安東（今丹東）縣，與大孤山“馬俠”首領(lǐng)李逢春等人取得聯(lián)系，并聯(lián)絡(luò)在東北的革命黨人建立了同盟會(huì)遼東支部，作為領(lǐng)導(dǎo)東北地區(qū)活動(dòng)的領(lǐng)導(dǎo)核心。
　　
　　在此期間，中日之間為“間島”發(fā)生爭(zhēng)議。“間島”是圖們江口與朝鮮接壤的中國(guó)領(lǐng)土，后日本于該地駐兵，交涉初起，清廷與民間苦于無(wú)法擊破日本的陰謀。對(duì)歷史地理學(xué)爛熟于心的宋教仁先后到漢城圖書館和日本帝國(guó)大學(xué)圖書館查閱了大量資料，于1908年寫成長(zhǎng)達(dá)六萬(wàn)多字的《間島問(wèn)題》一書，綜合各種資料證明“間島”乃中國(guó)領(lǐng)土，論據(jù)堅(jiān)強(qiáng)不可破。書中引用日、韓方面的資料尤其豐富。書稿為日本人所知，重金購(gòu)買不得；宋教仁將書稿交由清駐日公使謄正轉(zhuǎn)交清外務(wù)部，在中日交涉中起了重要作用。袁世凱電令駐日公使，特致意宋教仁來(lái)京予以擢用，宋教仁說(shuō)：“我是通緝有案的人，怎能歸國(guó)？”袁世凱得公使館報(bào)告后復(fù)電，允請(qǐng)西太后取消通緝，并賞四品京堂官銜，遭到宋的拒絕。袁世凱通知駐日公使饋贈(zèng)酬金兩千元，宋教仁不接受，駐日公使堅(jiān)持要給，宋教仁就把這些錢散發(fā)給留學(xué)生中的困乏者。后來(lái)，當(dāng)俄國(guó)企圖派兵駐守撒拉時(shí)美時(shí)，宋教仁旁征博引，作《承化寺說(shuō)》，以翔實(shí)的史料考證撒拉時(shí)美即中國(guó)古代之承化寺，各國(guó)輿論為之折服。連素以高傲古怪著稱的章太炎也對(duì)他敬服不已，稱“遁初有總理之才”。
　　
　　革命黨人在東南沿海起義的多次失敗，使身在日本的宋教仁、譚人鳳等人深感憂慮，他們征得趙聲的同意，數(shù)次召集在東京的部分革命黨人開會(huì)，討論革命進(jìn)行方略。宋教仁提出了著名的“革命三策”，即在邊地進(jìn)行為下策，在長(zhǎng)江流域進(jìn)行為中策，在首都和北方進(jìn)行為上策。開始時(shí)，大家以為“下策不濟(jì)事”，“上策太不容易”，應(yīng)以中策為宜，后來(lái)與會(huì)同志“咸主激進(jìn)”，最后通過(guò)了由譚人鳳提出的“事權(quán)統(tǒng)一，責(zé)任分擔(dān)，不限時(shí)期為原則”的修正方案。
　　
　　這一時(shí)期，東京同盟會(huì)本部經(jīng)濟(jì)異常拮據(jù)，宋教仁負(fù)債累累，一籌莫展。他于 1910年 12月 31日離開東京，啟程回滬。適值于右任正在上海辦報(bào)，便請(qǐng)宋教仁擔(dān)任《民立報(bào)》主筆。他以“漁父”的筆名，發(fā)表了大量文章，抨擊清政府的內(nèi)外政策，宣傳“三民主義”等民主革命思想，在社會(huì)上引起強(qiáng)烈反響。
　　
　　1911年 4月，黃花崗起義以失敗告終，革命的精英損失慘重，同盟會(huì)的軍心受到極大動(dòng)搖。宋教仁對(duì)軍事行動(dòng)進(jìn)行反思，與陳其美等人再推他的革命三策：效仿法國(guó)大革命，直接占領(lǐng)北京，號(hào)令全國(guó)，實(shí)行中央革命，此為上策；在長(zhǎng)江流域，各樹潛力，同時(shí)并舉，創(chuàng)立政府，然后北伐，此為中策；在邊陲各省起義，此為下策。經(jīng)過(guò)分析，大家一致認(rèn)為中策可行。7月 31日，宋教仁和譚人鳳、陳其美等各省代表二十九人，齊集上海北四川路湖北小學(xué)校，召開中國(guó)同盟會(huì)中部總會(huì)（簡(jiǎn)稱中部同盟會(huì)）正式成立大會(huì)，作為領(lǐng)導(dǎo)中部起義的指揮中心。中部同盟會(huì)根據(jù)宋教仁謀“長(zhǎng)江革命”的方略，決定首先在武昌發(fā)難，并在湖北、湖南、安徽、四川等省設(shè)立分會(huì)，以便屆時(shí)組織響應(yīng)。三個(gè)月后武昌起義的勝利，證明了這個(gè)戰(zhàn)略決策的成功，盡管武昌起義的勝利也極為偶然。