譚氏在戊戌政變前后的所作所為，特別是人頭落地前歇斯底里的狂呼大叫，令后世研究者大感迷惑，并為此爭論不休。許多年后，陳寅恪在成都燕京大學(xué)任教期間，曾對他的學(xué)生石泉談到早年家住湖南巡撫衙門時與譚嗣同的一些交往，多少道出了一點(diǎn)玄機(jī)。陳謂譚嗣同幼年喪母，受繼母虐待，常常跑到陳家去哭。譚后來熱情奔放，易于激動甚至偏激的性格，恐與早年家庭環(huán)境有關(guān)。按陳寅恪的說法加以推斷，譚氏在腦袋掉地之前歇斯底里的狂喊怪叫，當(dāng)源于此。另據(jù)陳寅恪透露，“六君子”被斬于菜市口，只不過是以慈禧為首的后黨與光緒的帝黨矛盾總爆發(fā)的一個極端結(jié)果，其實(shí)就在戊戌政變前，慈禧的后黨已是殺機(jī)四伏，危及光緒帝的黨徒了。當(dāng)年珍妃入宮前的老師文廷式（蕓閣），乃有名的江西才子，榜眼出身，與陳家有同鄉(xiāng)之誼，且過從甚密。在甲午前后政局動蕩中，是一位上躥下跳的活躍人物，堪稱帝黨中的一員干將。但隨著珍妃受慈禧老佛爺?shù)拇驌舳荩鳛辄h羽的文氏亦被革職回籍。戊戌政變的前夜，慈禧的后黨采取了一個“斬足”行動，對帝黨中樞外圍黨徒先行密旨拿問。文廷式通過密布京城的好友與徒子徒孫得到消息，知大禍來臨，連夜從家鄉(xiāng)逃出，流竄至湖南長沙巡撫衙門躲避。陳寶箴深知事關(guān)重大，稍有不慎即招來砍頭滅門之罪，但念及舊情故誼，還是收留了文氏。三天后，由陳寶箴秘密安排，并贈三百兩白銀于文氏，送其潛往日本避難。文氏直到庚子年義和團(tuán)事起后方返故土，此時朝廷已無力顧及他是有罪還是無罪，是帝黨還是后黨之徒，他算是躲過了一劫?！?1】

文廷式僥幸活了下來，但當(dāng)年搭救他的陳撫臺卻命歸黃泉了。

隨著中國近代史上著名的“百日維新”大幕的降落和楊銳、譚嗣同輩人頭落地，陳氏家族的政治生命也走到了盡頭。戊戌政變之后，因楊銳、劉光第、譚嗣同輩乃陳寶箴所薦，加之湖南為新政改革急先鋒，宇內(nèi)聞名，慈禧老佛爺盛怒中于八月二十一日下達(dá)詔諭：“湖南巡撫陳寶箴，以封疆大吏，濫保匪人，實(shí)屬有負(fù)委任。陳寶箴著即行革職，永不敘用。伊子吏部主事陳三立，招引奸邪，著一并革職?！薄?2】

悲憤交加的陳寶箴于無可奈何中卸去頂戴花翎，黯然走出長沙城那高大威嚴(yán)的巡撫衙門，攜家?guī)Э诜祷亟髂喜[居。其時妻子黃夫人早于一年前病逝，停靈于長沙，寶箴扶柩就道抵達(dá)南昌，葬夫人于南昌府城西四十里西山之下，于墓旁筑建居室，名曰崝廬。其宅前后各三楹，雜屋若干楹，樓上有游廊，可與墓地相望，環(huán)屋養(yǎng)鶴，澹蕩游吟山水間。光緒二十六年六月二十日，陳寶箴忽以微疾神秘去世，享年70歲。

關(guān)于陳寶箴之死因，坊間流傳多種版本，按其子陳三立編《巡撫先府君行狀》言，乃以“微疾”卒，正史多采用此說。另有一說稱為慈禧老佛爺賜死。如近人宗九奇在《陳寶箴之死的真相》一文中云，近人戴明震先父遠(yuǎn)傳翁（字普之）《文錄》手稿記載：“光緒二十六年（庚子）六月二十六日，先嚴(yán)千總公（名閎炯）率兵弁從巡撫松壽馳往西山‘崝廬’宣太后密旨，賜陳寶箴自盡。寶箴北面匍匐受詔，即自縊。巡撫令取其喉骨，奏報太后。”【33】此文刊出后，著述此類題材者多有引用，并添油加醋予以鋪排，遂使“賜死”之說流傳于世。據(jù)史家王子舟考證，宗氏所引記載的真實(shí)性有待確證，但陳寶箴去世后，陳三立常往來于南昌、南京之間，春秋總回西山掃墓，每有詩篇，皆煩冤茹憾，呼天泣血，父墓成其歌哭之地。以此“推諸跡象，賜死之說似不謬”?！?4】

陳寶箴有子女各二人，長子陳三立，即陳寅恪生父，次子陳三畏，早卒。