“公民團(tuán)”事件發(fā)生后，全國(guó)輿論大嘩，孫中山、唐紹儀、岑春煊、章太炎均致電黎元洪，要求嚴(yán)懲暴徒。閣員伍廷芳、谷鐘秀、張耀曾、程璧光等在閣議席上提議內(nèi)閣全體辭職，段祺瑞置若罔聞。于是，閣員自行辭職。內(nèi)閣原來(lái)人就不齊，這下就剩下段祺瑞和范源濂兩人，而范又一直請(qǐng)假，實(shí)際上只有段一人在國(guó)務(wù)院辦公。其實(shí)無(wú)公可辦，北京政府陷于癱瘓，國(guó)會(huì)拒不議事，惟督軍團(tuán)大為活躍，大有包攬一切之勢(shì)。
馮國(guó)璋致電北京政府，對(duì)“公民團(tuán)”包圍國(guó)會(huì)事件不滿，斥其為法律外之行動(dòng)，這是北洋派內(nèi)馮氏直系軍閥第一次與段氏皖系軍閥不合作的表現(xiàn)。馮國(guó)璋和西南各省把督軍團(tuán)內(nèi)的代表撤回。
督軍團(tuán)一看國(guó)會(huì)拒不通過(guò)對(duì)德宣戰(zhàn)，便呈請(qǐng)黎元洪解散國(guó)會(huì)。黎元洪大怒，斥道：“簡(jiǎn)直是軍人亂國(guó)。”恰巧國(guó)會(huì)呈請(qǐng)黎元洪免去段祺瑞的內(nèi)閣總理兼陸軍部長(zhǎng)職務(wù)。于是，黎元洪便通電各省，免去段祺瑞國(guó)務(wù)總理兼陸軍總長(zhǎng)職務(wù)，以伍廷芳為代總理；任命王士珍暫代陸軍總長(zhǎng)。
段祺瑞和督軍團(tuán)豈肯罷休？經(jīng)過(guò)一番密議，決定前往天津進(jìn)行活動(dòng)。不但要解散國(guó)會(huì)，還要驅(qū)走黎元洪。段發(fā)表通電稱：總統(tǒng)發(fā)布命令，按約法規(guī)定，必須有總理副署方可生效。而黎元洪的命令嵌入說(shuō)德國(guó)經(jīng)驗(yàn)批判主義者阿芬那留斯用來(lái)反對(duì)反映論，我段某未簽署，因而無(wú)效。
段祺瑞的通電發(fā)表后，倪嗣沖立即宣布安徽獨(dú)立。接著，河南、浙江、山東、山西、福建、陜西、奉天等省也紛紛宣告獨(dú)立。不承認(rèn)黎元洪免段祺瑞的命令。段祺瑞在天津成立了獨(dú)立各省總統(tǒng)參謀處，以帝制要犯雷振春為總參謀長(zhǎng)。
形勢(shì)陡變，嚇得黎元洪惶惶不可終日。他沒有什么新招數(shù)，仍是一味地懇請(qǐng)北洋派元老徐世昌出來(lái)組閣，圓滑的徐世昌卻堅(jiān)辭不就。黎元洪又找王士珍，王則以曾勸黎辭職為嫌回絕。黎又請(qǐng)李經(jīng)羲出來(lái)組閣，李經(jīng)羲嚇得躲在天津租界不敢出來(lái)。
黎元洪正在無(wú)計(jì)可施之時(shí)，一直保持沉默的張勛突然打來(lái)電報(bào)，表示愿進(jìn)京調(diào)停。黎元洪喜出望外，立即復(fù)電張勛進(jìn)京，并派出專車到徐州迎接張勛。
黎元洪沒有料到，張勛是以進(jìn)京調(diào)停為名，要清室復(fù)辟。他接到復(fù)電，哈哈大笑。心想，黎元洪既然已經(jīng)撤了段祺瑞，我再利用督軍團(tuán)趕走黎元洪，豈不就可以在北京扶幼主登基，恢復(fù)大清朝了嗎？
6月6日，張勛立刻帶領(lǐng)5000辮子軍，坐火車直奔天津。黎元洪聽到這個(gè)消息，莫名其妙：我讓他來(lái)調(diào)停，他怎么帶著大隊(duì)人馬來(lái)了？黎元洪立即派秘書長(zhǎng)夏壽康到天津拜會(huì)張勛，弄清原委。
夏壽康來(lái)到天津和張勛見面后，說(shuō)：“我奉總統(tǒng)之命，前來(lái)接您。但是總統(tǒng)一再囑咐，請(qǐng)你簡(jiǎn)從入京。”
張勛聽罷，一拍桌案：“簡(jiǎn)從入京？哼！你回去告訴黎大總統(tǒng)，我進(jìn)京調(diào)停的條件是：限3日內(nèi)解散國(guó)會(huì)，否則，休怪我不負(fù)調(diào)停之責(zé)?！?br/>
西南六省紛紛表示反對(duì)倪嗣沖等獨(dú)立各省軍閥。孫中山于6月6日與章太炎發(fā)表聯(lián)合通電，指斥倪嗣沖宣布獨(dú)立為“叛逆”行為，并電促西南六省興師討逆。岑春煊與李烈鈞自滬電粵，請(qǐng)即發(fā)兵討逆。國(guó)民黨系的海軍總長(zhǎng)程璧光通電各省取消獨(dú)立，又與海軍上將薩鎮(zhèn)冰聯(lián)名電告黎元洪：“海軍全體擁護(hù)中央，惟總統(tǒng)之命是從。”兩廣巡閱使陸榮廷聯(lián)絡(luò)滇、黔、粵、桂四省，共謀防衛(wèi)，保障東南，擁護(hù)中央。李烈鈞自上海來(lái)到廣東，擬聯(lián)合西南各省，出師北伐，保障共和。李烈鈞又與廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚浩明聯(lián)名發(fā)表通電，發(fā)起西南六省聯(lián)盟，倡議公推陸榮廷為盟主，保衛(wèi)約法，擁護(hù)共和，表示“一息尚存，決難坐視，只有效命，以求最后之解決”。在李烈鈞的推動(dòng)下，粵省已經(jīng)制定了分三路北伐的計(jì)劃。云南督軍唐繼堯也通電西南各省，建議在廣州組織臨時(shí)政府，遙戴黎元洪為大總統(tǒng)。
但西南六省軍閥，只限于口誅筆伐，并不打算真的出兵北伐，只有李烈鈞和少數(shù)軍官是真誠(chéng)響應(yīng)孫中山的號(hào)召，誓師北伐，保衛(wèi)共和制度。他們?nèi)松倭危笥也涣宋髂洗缶帧?br/>
黎元洪決定解散國(guó)會(huì)，擬好命令，邀代理國(guó)務(wù)總理伍廷芳入公府副署。伍堅(jiān)決不肯，道：“余法學(xué)士也，余未見憲法許總統(tǒng)解散國(guó)會(huì)。余決不與聞此舉，寧死不從！”
黎派人去天津請(qǐng)李經(jīng)羲副署，李答道：“我既未就職，更說(shuō)不到副署?！痹僦t請(qǐng)段祺瑞副署，段拒不接見。
張勛的辮子軍的先頭部隊(duì)已開進(jìn)了北京的天壇和先農(nóng)壇。張勛所限3日已快到。王士珍見解散國(guó)會(huì)命令無(wú)人副署，張勛一旦翻臉，豈不大禍臨頭！于是收拾行裝擬逃出北京。黎元洪聞?dòng)?，立即派江朝宗等奔赴王宅勸阻，王才未能脫身?br/>
黎見距張勛所給時(shí)限還剩下幾個(gè)小時(shí)，立即連夜召集會(huì)議。公府中空氣凝固得似乎就要爆炸，忽有一人提議以步軍統(tǒng)領(lǐng)江朝宗代理國(guó)務(wù)總理，江根本不是國(guó)務(wù)員，無(wú)人異議，江竟義形于色地慨然允諾，道：
“我犧牲一身，替大總統(tǒng)擔(dān)些干系吧！”
于是，黎元洪絕處逢生，一連發(fā)了準(zhǔn)免伍廷芳代國(guó)務(wù)總理職、任命江朝宗代理國(guó)務(wù)總理、解散國(guó)會(huì)三道命令。
避難到上海的國(guó)會(huì)議員不承認(rèn)黎元洪的命令，他們聯(lián)名通電說(shuō)：“解散國(guó)會(huì)之命令，既總統(tǒng)、總理自認(rèn)違法，當(dāng)然無(wú)效?！?br/>
6月14日，張勛帶著李經(jīng)羲、張鎮(zhèn)芳、段芝貴、雷震春、萬(wàn)繩權(quán)從天津乘火車直達(dá)北京。
張勛率兵入京后，以北京政府“新主人”的姿態(tài)勸各省取消獨(dú)立。6月16日，張勛換上清朝全套官服，陛見清室。
清皇帝仍居住在紫禁城內(nèi)，保留著小朝廷的格局。13歲的遜帝溥儀聽說(shuō)張求見，師傅陳寶琛給他換上朝服，并把他引到養(yǎng)心殿，他在那里召見了張勛。
張勛誠(chéng)惶誠(chéng)恐地行跪拜大禮，贊頌溥儀如何圣明。溥儀大大地夸獎(jiǎng)了張勛幾句，賜給張勛不少珍藏的古玩字畫。張勛跪拜出宮。
康有為從上海化裝進(jìn)京。張勛趕緊上前連連施禮：“康老夫子，遠(yuǎn)道而來(lái)，一路辛苦了?！?br/>
康有為是維新之后的?；庶h領(lǐng)袖，念念不忘皇恩浩蕩。張勛和康有為可謂臭味相投，他們的聯(lián)系也是由來(lái)已久。張勛在徐州時(shí)就已經(jīng)讓萬(wàn)繩栻通知在上海的康有為，要他準(zhǔn)備溥儀復(fù)辟的詔書。
康有為把寫好的詔書交給張勛，倆人又密談了良久。
諸事安排停當(dāng)，張勛、陳寶琛、劉廷琛、張鎮(zhèn)芳、雷震春等人于6月30日晚，鼠竊狗偷般溜進(jìn)清宮，參加“御前會(huì)議”，決定當(dāng)晚發(fā)動(dòng)政變。深夜，張勛派辮子軍占據(jù)車站、郵局等要地。
7月1日凌晨4時(shí)，張勛指派梁鼎芬為清室代表，王士珍、江朝宗為民國(guó)代表，李慶璋為張勛個(gè)人代表，同到公府逼迫黎元洪退位，令其在已擬好的“奉還大政”的奏折上簽名蓋印。
黎元洪震怒，眼睛直視王士珍罵道：“毫無(wú)心肝，背叛民國(guó)。”又厲聲對(duì)梁鼎芬說(shuō)：“民國(guó)系國(guó)民公有之物，余受國(guó)民付托之重，退位一舉，當(dāng)以全國(guó)公民之意為從違，與個(gè)人毫無(wú)關(guān)系。君欲盡忠清室，當(dāng)為清室計(jì)萬(wàn)全，復(fù)辟以后，余對(duì)清室即不負(fù)治安責(zé)任。”
一直交涉了兩個(gè)小時(shí)，黎誓死不從，6時(shí)許，梁鼎芬等出公府。15時(shí)，王士珍、江朝宗、吳炳湘3人再入公府，要求總統(tǒng)退位，還政清室。黎元洪正顏厲色道：
“當(dāng)問(wèn)國(guó)民，余不能私相受授”。
這一天，張勛身穿朝服，率文武官員300余人擁入清宮，跪奏自己“代表22省軍民真意，恭請(qǐng)我皇上收回政權(quán)?！?br/>
溥儀按照師傅的囑咐，先推辭一番：“不行不行。我年紀(jì)尚輕，無(wú)才無(wú)德，難當(dāng)大任?！?br/>
張勛領(lǐng)著眾人一再磕頭懇求，溥儀點(diǎn)了點(diǎn)頭：“既然如此，我就勉為其難吧。”
溥儀被捧上皇位，即發(fā)布復(fù)辟詔書。
張勛和康有為文武兩圣以宣統(tǒng)名義，張勛副署，蓋上“御璽”一連發(fā)了19道偽諭，宣布廢除民國(guó)紀(jì)年，改用宣統(tǒng)年號(hào)，捏造黎元洪“奏還大政”之奏折，并大肆封賞，封張勛為忠勇親王、黎為一等公等。整個(gè)北京一律懸掛龍旗。
黎元洪堅(jiān)決反對(duì)張勛復(fù)辟，寫了一道起用段祺瑞為國(guó)務(wù)總理的命令，責(zé)成他起兵討逆。又電請(qǐng)馮國(guó)璋副總統(tǒng)依法代行總統(tǒng)職權(quán)。
張勛逆歷史潮流而動(dòng)，他復(fù)辟清室，只有短短的12天，終于成為歷史小丑。
段祺瑞在天津接到黎元洪重新任命他為國(guó)務(wù)院總理的命令后，東山再起的機(jī)會(huì)來(lái)了。他立即策動(dòng)駐天津馬廠的第8師師長(zhǎng)李長(zhǎng)泰和駐廊坊的第16混成旅旅長(zhǎng)馮玉祥，及駐保定的曹錕等部組織討逆軍，自稱討逆總司令。
可巧，前司法部長(zhǎng)梁?jiǎn)⒊瞾?lái)到天津，運(yùn)動(dòng)段祺瑞討逆，兩人一拍即合。段祺瑞與眾位將領(lǐng)商定進(jìn)兵事宜后，又囑梁?jiǎn)⒊鷶M討逆檄文。這時(shí)，馮國(guó)璋發(fā)來(lái)電報(bào)，愿與段祺瑞聯(lián)合討逆。于是，兩人共同署名，發(fā)一通電，數(shù)張勛八大罪狀。
段祺瑞設(shè)討逆軍總司令部于天津造幣廠，任命曹錕為東路討逆軍司令，段芝責(zé)為西路討逆軍司令，吳佩孚為前敵總司令。馮國(guó)璋又任命倪嗣沖為南路討逆軍總司令，并下令褫奪了張勛兩江巡閱使和安徽督軍的職務(wù)。
討逆軍兵分三路攻京城。張勛決心要背城一戰(zhàn)，可是那些復(fù)辟派大臣卻都擔(dān)心害怕。他們知道張勛的辮子兵只有5000人，而且戰(zhàn)斗力差，不堪一擊。張鎮(zhèn)芳、雷震春、馮德麟3人見此，出京逃生，統(tǒng)統(tǒng)被討逆軍截住拿下，就是康有為、萬(wàn)繩鲊也準(zhǔn)備逃走，背張勛而去。
7月12日凌晨，只聽見北京城外“轟轟轟”，炮聲連天。炮聲響，辮子軍聞風(fēng)喪膽。張勛指揮3000辮子兵集結(jié)在天壇一帶，討逆軍攻進(jìn)城后，在天壇一帶和辮子兵交戰(zhàn)。張軍寡不敵眾，雙方剛一交鋒，辮子兵立刻就土崩瓦解、舉旗投降。張勛一看大事不好，騎上一匹快馬，直奔南河沿自己的公館，帶著家眷跑到荷蘭使館，自己躲了起來(lái)，托人把家眷送進(jìn)德國(guó)醫(yī)院。
至此，討逆戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束，從7月6日至12日，歷時(shí)6天，辮子軍被打死者僅70余人，討逆軍戰(zhàn)死20余人。
溥儀于7月12日宣布退位，復(fù)辟鬧劇就此收?qǐng)觥?br/>
7月14日，段祺瑞以“再造共和”的功臣姿態(tài)回到北京，北京歡迎總理者，何等火熾！段一進(jìn)北京，立即謁見黎元洪，表示慰問(wèn)，并下令緝拿民國(guó)叛逆張勛、康有為、萬(wàn)繩栻等人。
黎元洪立即發(fā)表通電宣布自己要去天津養(yǎng)病，從此以后，隱居家園，不再過(guò)問(wèn)政治。
黎元洪去職，馮國(guó)璋帶領(lǐng)1師兵力任代理大總統(tǒng)。馮任命親信將領(lǐng)李純調(diào)任江蘇督軍，陳光遠(yuǎn)調(diào)任江西督軍，作為樹援。段祺瑞提出傅良佐出任湖南督軍，請(qǐng)馮任命。傅乃段氏弟子，使他督湘，一是據(jù)住長(zhǎng)江中樞，抵制李陳；二是控制嶺南一帶，抵制滇粵。馮為直隸人，稱直系軍閥，段是安徽人，稱皖系軍閥。直皖軍閥為爭(zhēng)奪權(quán)力又開始斗法。
段祺瑞在梁?jiǎn)⒊膮f(xié)助下，國(guó)務(wù)院順利地通過(guò)了對(duì)德宣戰(zhàn)。所謂對(duì)德宣戰(zhàn)，并不是要真的出兵參戰(zhàn)，而是以參戰(zhàn)為名向日本借款。用大借外債充作軍餉，擴(kuò)充實(shí)力，實(shí)行武裝統(tǒng)一。
財(cái)政總長(zhǎng)梁?jiǎn)⒊H為段祺瑞賣力，他見段對(duì)舊國(guó)會(huì)耿耿于懷，深不愿舊國(guó)會(huì)之恢復(fù)，在舊國(guó)會(huì)已解散、新國(guó)會(huì)尚未成立之際，建議召集臨時(shí)參議院代行國(guó)會(huì)職權(quán)。這個(gè)建議深合段意。于是，國(guó)務(wù)院在致各省的敬電中說(shuō)，國(guó)會(huì)業(yè)經(jīng)解散，斷無(wú)重新召集之理，有參議院行使立法職權(quán)，那無(wú)異于國(guó)會(huì)之存在。
段祺瑞不以民主選舉而由地方當(dāng)局指定臨時(shí)參議院議員的手段，造成一個(gè)由他個(gè)人控制的臨時(shí)立法機(jī)關(guān)。這一做法，受到孫中山和西南各省軍閥的反對(duì)，形成了護(hù)法斗爭(zhēng)。
孫中山在袁世凱死后，抱著息事寧人的態(tài)度，表示愿與段祺瑞合作，特派中華革命黨人蕭萱和葉夏聲到北京，征詢段對(duì)處理反袁戰(zhàn)爭(zhēng)善后問(wèn)題的意見，并主動(dòng)提出收束中華革命黨的軍隊(duì)。與此同時(shí)，孫中山電令國(guó)內(nèi)各地中華革命軍罷兵息戰(zhàn)，實(shí)現(xiàn)國(guó)內(nèi)和平，一切俟法律解決。他分別致電山東的居正和廣東的朱執(zhí)信說(shuō)：“袁死政局一變，我宜按兵勿動(dòng)，候商黎大總統(tǒng)解決。”孫中山確定了“召開國(guó)會(huì)”、“息紛爭(zhēng)，事建設(shè)”、“固國(guó)體”的方針。
國(guó)會(huì)在北京恢復(fù)后，黎元洪電請(qǐng)孫中山北上，并聘請(qǐng)孫中山為高等顧問(wèn)，孫辭謝。孫中山對(duì)全黨宣示今后方針曰：“約法既復(fù)，黎總統(tǒng)為依法繼承之人，故相勸罷兵，示仗義者非為權(quán)利而動(dòng)，至今后對(duì)于政府、國(guó)民監(jiān)督指導(dǎo)，則其責(zé)任有不容逶避者?！?br/>
當(dāng)時(shí)，中華革命軍分布在山東、福建、廣東、四川等省，有一定的實(shí)力。中華革命軍將領(lǐng)和一些志愿從事反袁的華僑，對(duì)孫中山立即結(jié)束軍事行動(dòng)并解散革命軍隊(duì)持有異議。但孫中山力排眾議，一再發(fā)出立即收束的命令。對(duì)少數(shù)抵觸情緒較大的中華革命軍將領(lǐng)，孫中山甚至采取了強(qiáng)硬的態(tài)度。他電告在山東的中華革命軍東北軍總司令居正說(shuō)：“各軍如不依令解散，即脫離關(guān)系。”對(duì)于華僑戰(zhàn)士，孫中山則反復(fù)勸諭說(shuō)：“假如今日軍隊(duì)不解散，其數(shù)不過(guò)10萬(wàn)，華僑隊(duì)不過(guò)千數(shù)百人，其力未必能謂之無(wú)敵。惟以心力護(hù)此共和，則效力遠(yuǎn)勝于武力。”
孫中山還派廖仲愷、許崇清、蔣介石等人從上海乘輪船赴山東濰縣，向中華革命軍東北軍傳達(dá)孫中山“罷兵”之意，與居正等人面商軍隊(duì)收束各事。孫中山命夏重民率華僑討袁敢死先鋒隊(duì)從山東濰縣撤往上海徐園。孫中山親往徐園慰問(wèn)華僑敢死先鋒隊(duì)全體同志，發(fā)表演說(shuō)，并設(shè)宴為歸國(guó)從軍華僑洗塵，以表中華革命黨酬謝諸君之熱心。
幾百名敢死先鋒隊(duì)員需要一筆遣散費(fèi)，而中華革命黨財(cái)政部又缺款。孫中山命廖仲愷向各方籌借款項(xiàng)，得南洋煙草公司經(jīng)理簡(jiǎn)照南捐助3萬(wàn)元，孫中山又賣掉了自己的那部小汽車，才湊足此數(shù)，每人發(fā)300元遣散旅費(fèi)。廖仲愷將加拿大的華僑討袁敢死隊(duì)員馬湘薦給孫中山作衛(wèi)士。
在孫中山的督促下，居正等赴濟(jì)南，與山東督軍張懷芝和北京政府代表商定編遣中華革命軍東北軍事宜。不久，中華革命軍東北軍在濰縣、高密、昌東等地交槍，由北京政府和山東督軍派人編遣。
在廣東，中華革命軍有3個(gè)軍，數(shù)萬(wàn)人。孫中山多次致電朱執(zhí)信遣散軍隊(duì)。數(shù)月間，廣東的中華革命軍煙消云散，想留在軍中學(xué)習(xí)軍事的華僑同志，也被孫中山勸回南洋各埠。
陳炯明的討逆共和軍也被編遣。但陳明炯提出：“個(gè)人放棄兵權(quán)，部隊(duì)不能遣散?！彼莻€(gè)久掌軍權(quán)的人，深知保重軍隊(duì)的重要性。因此，他在交出軍隊(duì)時(shí)，謀取隱保軍隊(duì)之策，希望時(shí)機(jī)到來(lái)，再把軍隊(duì)拉出來(lái)，樹旗立寨。
陳炯明派親信馬育航、鐘景棠等人去廣州，與廣東省省長(zhǎng)朱慶瀾談判，以“軍中多屬粵省退伍軍官，略事改編，即成勁旅，較重新征募訓(xùn)練，事半功倍”為理由，要求把討逆共和軍全部改編為正式陸軍。朱是北洋派官僚，與桂系軍閥素?zé)o交往，和南方國(guó)民黨人卻有些交情。而且他初到廣東，毫無(wú)基礎(chǔ)，需要拉攏地方勢(shì)力，收編軍隊(duì)以鞏固自己的地位。陳炯明的要求正好迎合了他的需要。
朱慶瀾將討逆共和軍汰弱留強(qiáng)，編為省警衛(wèi)軍20營(yíng)，歸朱慶瀾管轄，分兵駐守東江各屬。這樣，陳炯明部隊(duì)就借“警衛(wèi)軍”這一合法外衣保存下來(lái)，這支部隊(duì)基本上仍在陳炯明的老部下洪兆麟、羅紹雄、熊略等人的控制下。到后來(lái)孫中山在廣州組建中華民國(guó)軍政府時(shí)，這支部隊(duì)成為援閩粵軍的基本力量。
在四川、福建的中華革命軍，也都結(jié)束了軍事行動(dòng)，并相繼解散。
不僅中華革命軍完全收束，就是中華革命黨，也宣布停止活動(dòng)。孫中山指示中華革命黨本部向各地支部發(fā)出通告，宣布不僅收束軍事，一切黨務(wù)亦應(yīng)停止。
孫中山認(rèn)為執(zhí)法者已贊成共和，中國(guó)已具備了從事和平建設(shè)的環(huán)境，“破壞既終，建設(shè)方始”。孫中山為了向國(guó)人表示從事和平建設(shè)的決心，宣布從此不再過(guò)問(wèn)國(guó)事。這和當(dāng)時(shí)進(jìn)步黨人、國(guó)民黨穩(wěn)健派標(biāo)榜的“不黨主義”相仿。
孫中山為了表示與北京政府合作的誠(chéng)意，接受了黎元洪頒授的大勛位，并在上海寓所舉行了正式接受大勛位的儀式。他多次鼓勵(lì)在上海的國(guó)民黨議員北上，以便組織一個(gè)好國(guó)會(huì)，制定一部好憲法。他在歡送國(guó)會(huì)議員北上的茶話會(huì)上，向全世界公開提出以“地方自治為建國(guó)基礎(chǔ)”的政治主張。
國(guó)會(huì)議員北上后，孫中山游歷杭州、紹興、寧波等地，行蹤所至，無(wú)不發(fā)表講演，鼓吹地方自治和直接民權(quán)。孫中山的這一救國(guó)方案，仍是以美國(guó)為模式的資產(chǎn)階級(jí)政治制度。他認(rèn)為，學(xué)習(xí)美國(guó)、瑞士等國(guó)家實(shí)行地方自治的制度，便能建設(shè)真正的共和，使民國(guó)名實(shí)相符。孫中山的這一設(shè)想，并不合中國(guó)國(guó)情，因?yàn)橹袊?guó)沒有實(shí)行資產(chǎn)階級(jí)民主制度的條件，所謂地方自治，只能是地方軍閥割據(jù)和專政。
孫中山密切注視著北京“府院之爭(zhēng)”的演變和督軍團(tuán)禍亂以及張勛復(fù)辟的表演，看到了建立護(hù)法政府的必要性和緊迫性。隨著國(guó)會(huì)第二次被解散，中華民國(guó)名存實(shí)亡。奸賊當(dāng)權(quán)，國(guó)家遭殃。而民主政治的歷史潮流不可阻擋，國(guó)人不能容羿、浞、莽、操之徒竊據(jù)大位，時(shí)勢(shì)迫亟，民國(guó)不可一日無(wú)主。他通電號(hào)召兩院議員全體南下，自由集會(huì)，以存正氣，以振國(guó)紀(jì)。并派劉成禺、符夢(mèng)松北上歡迎，汪精衛(wèi)則駐滬招待南下議員。孫中山曾一度考慮以上海為護(hù)法根據(jù)地。但上海是帝國(guó)主義和封建頑固勢(shì)力集中之地，外交問(wèn)題十分棘手；那里的政學(xué)會(huì)分子又是非不辨，不愿與他合作共事，復(fù)辟勢(shì)力的暗流或隱或現(xiàn)，蠢蠢欲動(dòng)；護(hù)法力量很難發(fā)展。因此，他毅然放棄上海而選擇廣東為護(hù)法根據(jù)地。孫中山在上海幾次與海軍總長(zhǎng)程璧光磋商，希望海軍也參加護(hù)法行列。
程璧光原是孫中山的朋友，老興中會(huì)會(huì)員，即表示愿同孫中山一起護(hù)法。
程璧光在6月5日離開北京前，夜訪伍廷芳，探詢他對(duì)時(shí)局的看法。伍回答說(shuō)：“國(guó)事至此，若圖挽救，非一手一足之烈。孫中山、唐紹議、岑春煊三君雖在野，未嘗一日忘國(guó)事，現(xiàn)皆居滬。君抵滬，必與計(jì)議，國(guó)事可為也?！?br/>
程璧光于6月9日抵滬，拜會(huì)孫中山。孫中山促其即行出師討逆，勿以經(jīng)費(fèi)為慮。23日，孫中山與唐紹儀、岑春煊聯(lián)名宴請(qǐng)程璧光于上海靜安寺路哈同花園。27日，孫中山派人送銀行支票30萬(wàn)元給程，以作護(hù)法軍餉之用。7月4日，程璧光發(fā)表討賊檄文，痛斥張勛復(fù)辟的狼子野心，宣稱即日出師，揮戈北上。孫中山即在上海召集重要會(huì)議，決定率領(lǐng)海軍南下廣州，建立護(hù)法政府。孫中山把西南六省看作是“民國(guó)干凈土”，認(rèn)為“默觀時(shí)勢(shì)，江河流域已為荊棘之區(qū)。惟西南諸省擁護(hù)共和，歡迎國(guó)會(huì)”。張勛在北京復(fù)辟期間，廣東省長(zhǎng)朱慶瀾派人到上海邀請(qǐng)孫中山組織軍政府，而駐粵滇軍將領(lǐng)張開儒也通電主張遷都廣州，認(rèn)為“國(guó)都既陷，政無(wú)所出。
維今大計(jì)，速遷政府，設(shè)置地點(diǎn)，廣州為宜”。
中華革命黨討袁軍事斗爭(zhēng)結(jié)束后，已停止在華僑中籌款，孫中山?jīng)Q定南下護(hù)法時(shí)，經(jīng)濟(jì)上極為困絀，為了進(jìn)行護(hù)法斗爭(zhēng)，孫中山于1917年6月19日以總理名義通告中華革命黨海外各支分部，就地恢復(fù)籌助軍餉等工作。孫中山以個(gè)人名義向德國(guó)駐上海領(lǐng)事及上海德國(guó)猶太人、富商哈同借款140萬(wàn)元，解決南下廣州護(hù)法的燃眉之急。
7月6日，孫中山偕夫人宋慶齡率海琛、應(yīng)瑞艦離滬赴粵，章太炎、朱執(zhí)信、陳炯明等同行。他們于10日抵汕頭，13日，孫中山派章太炎先到廣州接洽。
7月17日，孫中山等到達(dá)虎門，旋改乘江固艦抵黃埔，廣東督車陳炳筼、省長(zhǎng)朱慶瀾等前往江邊迎接。
馮國(guó)璋致電北京政府，對(duì)“公民團(tuán)”包圍國(guó)會(huì)事件不滿，斥其為法律外之行動(dòng)，這是北洋派內(nèi)馮氏直系軍閥第一次與段氏皖系軍閥不合作的表現(xiàn)。馮國(guó)璋和西南各省把督軍團(tuán)內(nèi)的代表撤回。
督軍團(tuán)一看國(guó)會(huì)拒不通過(guò)對(duì)德宣戰(zhàn)，便呈請(qǐng)黎元洪解散國(guó)會(huì)。黎元洪大怒，斥道：“簡(jiǎn)直是軍人亂國(guó)。”恰巧國(guó)會(huì)呈請(qǐng)黎元洪免去段祺瑞的內(nèi)閣總理兼陸軍部長(zhǎng)職務(wù)。于是，黎元洪便通電各省，免去段祺瑞國(guó)務(wù)總理兼陸軍總長(zhǎng)職務(wù)，以伍廷芳為代總理；任命王士珍暫代陸軍總長(zhǎng)。
段祺瑞和督軍團(tuán)豈肯罷休？經(jīng)過(guò)一番密議，決定前往天津進(jìn)行活動(dòng)。不但要解散國(guó)會(huì)，還要驅(qū)走黎元洪。段發(fā)表通電稱：總統(tǒng)發(fā)布命令，按約法規(guī)定，必須有總理副署方可生效。而黎元洪的命令嵌入說(shuō)德國(guó)經(jīng)驗(yàn)批判主義者阿芬那留斯用來(lái)反對(duì)反映論，我段某未簽署，因而無(wú)效。
段祺瑞的通電發(fā)表后，倪嗣沖立即宣布安徽獨(dú)立。接著，河南、浙江、山東、山西、福建、陜西、奉天等省也紛紛宣告獨(dú)立。不承認(rèn)黎元洪免段祺瑞的命令。段祺瑞在天津成立了獨(dú)立各省總統(tǒng)參謀處，以帝制要犯雷振春為總參謀長(zhǎng)。
形勢(shì)陡變，嚇得黎元洪惶惶不可終日。他沒有什么新招數(shù)，仍是一味地懇請(qǐng)北洋派元老徐世昌出來(lái)組閣，圓滑的徐世昌卻堅(jiān)辭不就。黎元洪又找王士珍，王則以曾勸黎辭職為嫌回絕。黎又請(qǐng)李經(jīng)羲出來(lái)組閣，李經(jīng)羲嚇得躲在天津租界不敢出來(lái)。
黎元洪正在無(wú)計(jì)可施之時(shí)，一直保持沉默的張勛突然打來(lái)電報(bào)，表示愿進(jìn)京調(diào)停。黎元洪喜出望外，立即復(fù)電張勛進(jìn)京，并派出專車到徐州迎接張勛。
黎元洪沒有料到，張勛是以進(jìn)京調(diào)停為名，要清室復(fù)辟。他接到復(fù)電，哈哈大笑。心想，黎元洪既然已經(jīng)撤了段祺瑞，我再利用督軍團(tuán)趕走黎元洪，豈不就可以在北京扶幼主登基，恢復(fù)大清朝了嗎？
6月6日，張勛立刻帶領(lǐng)5000辮子軍，坐火車直奔天津。黎元洪聽到這個(gè)消息，莫名其妙：我讓他來(lái)調(diào)停，他怎么帶著大隊(duì)人馬來(lái)了？黎元洪立即派秘書長(zhǎng)夏壽康到天津拜會(huì)張勛，弄清原委。
夏壽康來(lái)到天津和張勛見面后，說(shuō)：“我奉總統(tǒng)之命，前來(lái)接您。但是總統(tǒng)一再囑咐，請(qǐng)你簡(jiǎn)從入京。”
張勛聽罷，一拍桌案：“簡(jiǎn)從入京？哼！你回去告訴黎大總統(tǒng)，我進(jìn)京調(diào)停的條件是：限3日內(nèi)解散國(guó)會(huì)，否則，休怪我不負(fù)調(diào)停之責(zé)?！?br/>
西南六省紛紛表示反對(duì)倪嗣沖等獨(dú)立各省軍閥。孫中山于6月6日與章太炎發(fā)表聯(lián)合通電，指斥倪嗣沖宣布獨(dú)立為“叛逆”行為，并電促西南六省興師討逆。岑春煊與李烈鈞自滬電粵，請(qǐng)即發(fā)兵討逆。國(guó)民黨系的海軍總長(zhǎng)程璧光通電各省取消獨(dú)立，又與海軍上將薩鎮(zhèn)冰聯(lián)名電告黎元洪：“海軍全體擁護(hù)中央，惟總統(tǒng)之命是從。”兩廣巡閱使陸榮廷聯(lián)絡(luò)滇、黔、粵、桂四省，共謀防衛(wèi)，保障東南，擁護(hù)中央。李烈鈞自上海來(lái)到廣東，擬聯(lián)合西南各省，出師北伐，保障共和。李烈鈞又與廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚浩明聯(lián)名發(fā)表通電，發(fā)起西南六省聯(lián)盟，倡議公推陸榮廷為盟主，保衛(wèi)約法，擁護(hù)共和，表示“一息尚存，決難坐視，只有效命，以求最后之解決”。在李烈鈞的推動(dòng)下，粵省已經(jīng)制定了分三路北伐的計(jì)劃。云南督軍唐繼堯也通電西南各省，建議在廣州組織臨時(shí)政府，遙戴黎元洪為大總統(tǒng)。
但西南六省軍閥，只限于口誅筆伐，并不打算真的出兵北伐，只有李烈鈞和少數(shù)軍官是真誠(chéng)響應(yīng)孫中山的號(hào)召，誓師北伐，保衛(wèi)共和制度。他們?nèi)松倭危笥也涣宋髂洗缶帧?br/>
黎元洪決定解散國(guó)會(huì)，擬好命令，邀代理國(guó)務(wù)總理伍廷芳入公府副署。伍堅(jiān)決不肯，道：“余法學(xué)士也，余未見憲法許總統(tǒng)解散國(guó)會(huì)。余決不與聞此舉，寧死不從！”
黎派人去天津請(qǐng)李經(jīng)羲副署，李答道：“我既未就職，更說(shuō)不到副署?！痹僦t請(qǐng)段祺瑞副署，段拒不接見。
張勛的辮子軍的先頭部隊(duì)已開進(jìn)了北京的天壇和先農(nóng)壇。張勛所限3日已快到。王士珍見解散國(guó)會(huì)命令無(wú)人副署，張勛一旦翻臉，豈不大禍臨頭！于是收拾行裝擬逃出北京。黎元洪聞?dòng)?，立即派江朝宗等奔赴王宅勸阻，王才未能脫身?br/>
黎見距張勛所給時(shí)限還剩下幾個(gè)小時(shí)，立即連夜召集會(huì)議。公府中空氣凝固得似乎就要爆炸，忽有一人提議以步軍統(tǒng)領(lǐng)江朝宗代理國(guó)務(wù)總理，江根本不是國(guó)務(wù)員，無(wú)人異議，江竟義形于色地慨然允諾，道：
“我犧牲一身，替大總統(tǒng)擔(dān)些干系吧！”
于是，黎元洪絕處逢生，一連發(fā)了準(zhǔn)免伍廷芳代國(guó)務(wù)總理職、任命江朝宗代理國(guó)務(wù)總理、解散國(guó)會(huì)三道命令。
避難到上海的國(guó)會(huì)議員不承認(rèn)黎元洪的命令，他們聯(lián)名通電說(shuō)：“解散國(guó)會(huì)之命令，既總統(tǒng)、總理自認(rèn)違法，當(dāng)然無(wú)效?！?br/>
6月14日，張勛帶著李經(jīng)羲、張鎮(zhèn)芳、段芝貴、雷震春、萬(wàn)繩權(quán)從天津乘火車直達(dá)北京。
張勛率兵入京后，以北京政府“新主人”的姿態(tài)勸各省取消獨(dú)立。6月16日，張勛換上清朝全套官服，陛見清室。
清皇帝仍居住在紫禁城內(nèi)，保留著小朝廷的格局。13歲的遜帝溥儀聽說(shuō)張求見，師傅陳寶琛給他換上朝服，并把他引到養(yǎng)心殿，他在那里召見了張勛。
張勛誠(chéng)惶誠(chéng)恐地行跪拜大禮，贊頌溥儀如何圣明。溥儀大大地夸獎(jiǎng)了張勛幾句，賜給張勛不少珍藏的古玩字畫。張勛跪拜出宮。
康有為從上海化裝進(jìn)京。張勛趕緊上前連連施禮：“康老夫子，遠(yuǎn)道而來(lái)，一路辛苦了?！?br/>
康有為是維新之后的?；庶h領(lǐng)袖，念念不忘皇恩浩蕩。張勛和康有為可謂臭味相投，他們的聯(lián)系也是由來(lái)已久。張勛在徐州時(shí)就已經(jīng)讓萬(wàn)繩栻通知在上海的康有為，要他準(zhǔn)備溥儀復(fù)辟的詔書。
康有為把寫好的詔書交給張勛，倆人又密談了良久。
諸事安排停當(dāng)，張勛、陳寶琛、劉廷琛、張鎮(zhèn)芳、雷震春等人于6月30日晚，鼠竊狗偷般溜進(jìn)清宮，參加“御前會(huì)議”，決定當(dāng)晚發(fā)動(dòng)政變。深夜，張勛派辮子軍占據(jù)車站、郵局等要地。
7月1日凌晨4時(shí)，張勛指派梁鼎芬為清室代表，王士珍、江朝宗為民國(guó)代表，李慶璋為張勛個(gè)人代表，同到公府逼迫黎元洪退位，令其在已擬好的“奉還大政”的奏折上簽名蓋印。
黎元洪震怒，眼睛直視王士珍罵道：“毫無(wú)心肝，背叛民國(guó)。”又厲聲對(duì)梁鼎芬說(shuō)：“民國(guó)系國(guó)民公有之物，余受國(guó)民付托之重，退位一舉，當(dāng)以全國(guó)公民之意為從違，與個(gè)人毫無(wú)關(guān)系。君欲盡忠清室，當(dāng)為清室計(jì)萬(wàn)全，復(fù)辟以后，余對(duì)清室即不負(fù)治安責(zé)任。”
一直交涉了兩個(gè)小時(shí)，黎誓死不從，6時(shí)許，梁鼎芬等出公府。15時(shí)，王士珍、江朝宗、吳炳湘3人再入公府，要求總統(tǒng)退位，還政清室。黎元洪正顏厲色道：
“當(dāng)問(wèn)國(guó)民，余不能私相受授”。
這一天，張勛身穿朝服，率文武官員300余人擁入清宮，跪奏自己“代表22省軍民真意，恭請(qǐng)我皇上收回政權(quán)?！?br/>
溥儀按照師傅的囑咐，先推辭一番：“不行不行。我年紀(jì)尚輕，無(wú)才無(wú)德，難當(dāng)大任?！?br/>
張勛領(lǐng)著眾人一再磕頭懇求，溥儀點(diǎn)了點(diǎn)頭：“既然如此，我就勉為其難吧。”
溥儀被捧上皇位，即發(fā)布復(fù)辟詔書。
張勛和康有為文武兩圣以宣統(tǒng)名義，張勛副署，蓋上“御璽”一連發(fā)了19道偽諭，宣布廢除民國(guó)紀(jì)年，改用宣統(tǒng)年號(hào)，捏造黎元洪“奏還大政”之奏折，并大肆封賞，封張勛為忠勇親王、黎為一等公等。整個(gè)北京一律懸掛龍旗。
黎元洪堅(jiān)決反對(duì)張勛復(fù)辟，寫了一道起用段祺瑞為國(guó)務(wù)總理的命令，責(zé)成他起兵討逆。又電請(qǐng)馮國(guó)璋副總統(tǒng)依法代行總統(tǒng)職權(quán)。
張勛逆歷史潮流而動(dòng)，他復(fù)辟清室，只有短短的12天，終于成為歷史小丑。
段祺瑞在天津接到黎元洪重新任命他為國(guó)務(wù)院總理的命令后，東山再起的機(jī)會(huì)來(lái)了。他立即策動(dòng)駐天津馬廠的第8師師長(zhǎng)李長(zhǎng)泰和駐廊坊的第16混成旅旅長(zhǎng)馮玉祥，及駐保定的曹錕等部組織討逆軍，自稱討逆總司令。
可巧，前司法部長(zhǎng)梁?jiǎn)⒊瞾?lái)到天津，運(yùn)動(dòng)段祺瑞討逆，兩人一拍即合。段祺瑞與眾位將領(lǐng)商定進(jìn)兵事宜后，又囑梁?jiǎn)⒊鷶M討逆檄文。這時(shí)，馮國(guó)璋發(fā)來(lái)電報(bào)，愿與段祺瑞聯(lián)合討逆。于是，兩人共同署名，發(fā)一通電，數(shù)張勛八大罪狀。
段祺瑞設(shè)討逆軍總司令部于天津造幣廠，任命曹錕為東路討逆軍司令，段芝責(zé)為西路討逆軍司令，吳佩孚為前敵總司令。馮國(guó)璋又任命倪嗣沖為南路討逆軍總司令，并下令褫奪了張勛兩江巡閱使和安徽督軍的職務(wù)。
討逆軍兵分三路攻京城。張勛決心要背城一戰(zhàn)，可是那些復(fù)辟派大臣卻都擔(dān)心害怕。他們知道張勛的辮子兵只有5000人，而且戰(zhàn)斗力差，不堪一擊。張鎮(zhèn)芳、雷震春、馮德麟3人見此，出京逃生，統(tǒng)統(tǒng)被討逆軍截住拿下，就是康有為、萬(wàn)繩鲊也準(zhǔn)備逃走，背張勛而去。
7月12日凌晨，只聽見北京城外“轟轟轟”，炮聲連天。炮聲響，辮子軍聞風(fēng)喪膽。張勛指揮3000辮子兵集結(jié)在天壇一帶，討逆軍攻進(jìn)城后，在天壇一帶和辮子兵交戰(zhàn)。張軍寡不敵眾，雙方剛一交鋒，辮子兵立刻就土崩瓦解、舉旗投降。張勛一看大事不好，騎上一匹快馬，直奔南河沿自己的公館，帶著家眷跑到荷蘭使館，自己躲了起來(lái)，托人把家眷送進(jìn)德國(guó)醫(yī)院。
至此，討逆戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束，從7月6日至12日，歷時(shí)6天，辮子軍被打死者僅70余人，討逆軍戰(zhàn)死20余人。
溥儀于7月12日宣布退位，復(fù)辟鬧劇就此收?qǐng)觥?br/>
7月14日，段祺瑞以“再造共和”的功臣姿態(tài)回到北京，北京歡迎總理者，何等火熾！段一進(jìn)北京，立即謁見黎元洪，表示慰問(wèn)，并下令緝拿民國(guó)叛逆張勛、康有為、萬(wàn)繩栻等人。
黎元洪立即發(fā)表通電宣布自己要去天津養(yǎng)病，從此以后，隱居家園，不再過(guò)問(wèn)政治。
黎元洪去職，馮國(guó)璋帶領(lǐng)1師兵力任代理大總統(tǒng)。馮任命親信將領(lǐng)李純調(diào)任江蘇督軍，陳光遠(yuǎn)調(diào)任江西督軍，作為樹援。段祺瑞提出傅良佐出任湖南督軍，請(qǐng)馮任命。傅乃段氏弟子，使他督湘，一是據(jù)住長(zhǎng)江中樞，抵制李陳；二是控制嶺南一帶，抵制滇粵。馮為直隸人，稱直系軍閥，段是安徽人，稱皖系軍閥。直皖軍閥為爭(zhēng)奪權(quán)力又開始斗法。
段祺瑞在梁?jiǎn)⒊膮f(xié)助下，國(guó)務(wù)院順利地通過(guò)了對(duì)德宣戰(zhàn)。所謂對(duì)德宣戰(zhàn)，并不是要真的出兵參戰(zhàn)，而是以參戰(zhàn)為名向日本借款。用大借外債充作軍餉，擴(kuò)充實(shí)力，實(shí)行武裝統(tǒng)一。
財(cái)政總長(zhǎng)梁?jiǎn)⒊H為段祺瑞賣力，他見段對(duì)舊國(guó)會(huì)耿耿于懷，深不愿舊國(guó)會(huì)之恢復(fù)，在舊國(guó)會(huì)已解散、新國(guó)會(huì)尚未成立之際，建議召集臨時(shí)參議院代行國(guó)會(huì)職權(quán)。這個(gè)建議深合段意。于是，國(guó)務(wù)院在致各省的敬電中說(shuō)，國(guó)會(huì)業(yè)經(jīng)解散，斷無(wú)重新召集之理，有參議院行使立法職權(quán)，那無(wú)異于國(guó)會(huì)之存在。
段祺瑞不以民主選舉而由地方當(dāng)局指定臨時(shí)參議院議員的手段，造成一個(gè)由他個(gè)人控制的臨時(shí)立法機(jī)關(guān)。這一做法，受到孫中山和西南各省軍閥的反對(duì)，形成了護(hù)法斗爭(zhēng)。
孫中山在袁世凱死后，抱著息事寧人的態(tài)度，表示愿與段祺瑞合作，特派中華革命黨人蕭萱和葉夏聲到北京，征詢段對(duì)處理反袁戰(zhàn)爭(zhēng)善后問(wèn)題的意見，并主動(dòng)提出收束中華革命黨的軍隊(duì)。與此同時(shí)，孫中山電令國(guó)內(nèi)各地中華革命軍罷兵息戰(zhàn)，實(shí)現(xiàn)國(guó)內(nèi)和平，一切俟法律解決。他分別致電山東的居正和廣東的朱執(zhí)信說(shuō)：“袁死政局一變，我宜按兵勿動(dòng)，候商黎大總統(tǒng)解決。”孫中山確定了“召開國(guó)會(huì)”、“息紛爭(zhēng)，事建設(shè)”、“固國(guó)體”的方針。
國(guó)會(huì)在北京恢復(fù)后，黎元洪電請(qǐng)孫中山北上，并聘請(qǐng)孫中山為高等顧問(wèn)，孫辭謝。孫中山對(duì)全黨宣示今后方針曰：“約法既復(fù)，黎總統(tǒng)為依法繼承之人，故相勸罷兵，示仗義者非為權(quán)利而動(dòng)，至今后對(duì)于政府、國(guó)民監(jiān)督指導(dǎo)，則其責(zé)任有不容逶避者?！?br/>
當(dāng)時(shí)，中華革命軍分布在山東、福建、廣東、四川等省，有一定的實(shí)力。中華革命軍將領(lǐng)和一些志愿從事反袁的華僑，對(duì)孫中山立即結(jié)束軍事行動(dòng)并解散革命軍隊(duì)持有異議。但孫中山力排眾議，一再發(fā)出立即收束的命令。對(duì)少數(shù)抵觸情緒較大的中華革命軍將領(lǐng)，孫中山甚至采取了強(qiáng)硬的態(tài)度。他電告在山東的中華革命軍東北軍總司令居正說(shuō)：“各軍如不依令解散，即脫離關(guān)系。”對(duì)于華僑戰(zhàn)士，孫中山則反復(fù)勸諭說(shuō)：“假如今日軍隊(duì)不解散，其數(shù)不過(guò)10萬(wàn)，華僑隊(duì)不過(guò)千數(shù)百人，其力未必能謂之無(wú)敵。惟以心力護(hù)此共和，則效力遠(yuǎn)勝于武力。”
孫中山還派廖仲愷、許崇清、蔣介石等人從上海乘輪船赴山東濰縣，向中華革命軍東北軍傳達(dá)孫中山“罷兵”之意，與居正等人面商軍隊(duì)收束各事。孫中山命夏重民率華僑討袁敢死先鋒隊(duì)從山東濰縣撤往上海徐園。孫中山親往徐園慰問(wèn)華僑敢死先鋒隊(duì)全體同志，發(fā)表演說(shuō)，并設(shè)宴為歸國(guó)從軍華僑洗塵，以表中華革命黨酬謝諸君之熱心。
幾百名敢死先鋒隊(duì)員需要一筆遣散費(fèi)，而中華革命黨財(cái)政部又缺款。孫中山命廖仲愷向各方籌借款項(xiàng)，得南洋煙草公司經(jīng)理簡(jiǎn)照南捐助3萬(wàn)元，孫中山又賣掉了自己的那部小汽車，才湊足此數(shù)，每人發(fā)300元遣散旅費(fèi)。廖仲愷將加拿大的華僑討袁敢死隊(duì)員馬湘薦給孫中山作衛(wèi)士。
在孫中山的督促下，居正等赴濟(jì)南，與山東督軍張懷芝和北京政府代表商定編遣中華革命軍東北軍事宜。不久，中華革命軍東北軍在濰縣、高密、昌東等地交槍，由北京政府和山東督軍派人編遣。
在廣東，中華革命軍有3個(gè)軍，數(shù)萬(wàn)人。孫中山多次致電朱執(zhí)信遣散軍隊(duì)。數(shù)月間，廣東的中華革命軍煙消云散，想留在軍中學(xué)習(xí)軍事的華僑同志，也被孫中山勸回南洋各埠。
陳炯明的討逆共和軍也被編遣。但陳明炯提出：“個(gè)人放棄兵權(quán)，部隊(duì)不能遣散?！彼莻€(gè)久掌軍權(quán)的人，深知保重軍隊(duì)的重要性。因此，他在交出軍隊(duì)時(shí)，謀取隱保軍隊(duì)之策，希望時(shí)機(jī)到來(lái)，再把軍隊(duì)拉出來(lái)，樹旗立寨。
陳炯明派親信馬育航、鐘景棠等人去廣州，與廣東省省長(zhǎng)朱慶瀾談判，以“軍中多屬粵省退伍軍官，略事改編，即成勁旅，較重新征募訓(xùn)練，事半功倍”為理由，要求把討逆共和軍全部改編為正式陸軍。朱是北洋派官僚，與桂系軍閥素?zé)o交往，和南方國(guó)民黨人卻有些交情。而且他初到廣東，毫無(wú)基礎(chǔ)，需要拉攏地方勢(shì)力，收編軍隊(duì)以鞏固自己的地位。陳炯明的要求正好迎合了他的需要。
朱慶瀾將討逆共和軍汰弱留強(qiáng)，編為省警衛(wèi)軍20營(yíng)，歸朱慶瀾管轄，分兵駐守東江各屬。這樣，陳炯明部隊(duì)就借“警衛(wèi)軍”這一合法外衣保存下來(lái)，這支部隊(duì)基本上仍在陳炯明的老部下洪兆麟、羅紹雄、熊略等人的控制下。到后來(lái)孫中山在廣州組建中華民國(guó)軍政府時(shí)，這支部隊(duì)成為援閩粵軍的基本力量。
在四川、福建的中華革命軍，也都結(jié)束了軍事行動(dòng)，并相繼解散。
不僅中華革命軍完全收束，就是中華革命黨，也宣布停止活動(dòng)。孫中山指示中華革命黨本部向各地支部發(fā)出通告，宣布不僅收束軍事，一切黨務(wù)亦應(yīng)停止。
孫中山認(rèn)為執(zhí)法者已贊成共和，中國(guó)已具備了從事和平建設(shè)的環(huán)境，“破壞既終，建設(shè)方始”。孫中山為了向國(guó)人表示從事和平建設(shè)的決心，宣布從此不再過(guò)問(wèn)國(guó)事。這和當(dāng)時(shí)進(jìn)步黨人、國(guó)民黨穩(wěn)健派標(biāo)榜的“不黨主義”相仿。
孫中山為了表示與北京政府合作的誠(chéng)意，接受了黎元洪頒授的大勛位，并在上海寓所舉行了正式接受大勛位的儀式。他多次鼓勵(lì)在上海的國(guó)民黨議員北上，以便組織一個(gè)好國(guó)會(huì)，制定一部好憲法。他在歡送國(guó)會(huì)議員北上的茶話會(huì)上，向全世界公開提出以“地方自治為建國(guó)基礎(chǔ)”的政治主張。
國(guó)會(huì)議員北上后，孫中山游歷杭州、紹興、寧波等地，行蹤所至，無(wú)不發(fā)表講演，鼓吹地方自治和直接民權(quán)。孫中山的這一救國(guó)方案，仍是以美國(guó)為模式的資產(chǎn)階級(jí)政治制度。他認(rèn)為，學(xué)習(xí)美國(guó)、瑞士等國(guó)家實(shí)行地方自治的制度，便能建設(shè)真正的共和，使民國(guó)名實(shí)相符。孫中山的這一設(shè)想，并不合中國(guó)國(guó)情，因?yàn)橹袊?guó)沒有實(shí)行資產(chǎn)階級(jí)民主制度的條件，所謂地方自治，只能是地方軍閥割據(jù)和專政。
孫中山密切注視著北京“府院之爭(zhēng)”的演變和督軍團(tuán)禍亂以及張勛復(fù)辟的表演，看到了建立護(hù)法政府的必要性和緊迫性。隨著國(guó)會(huì)第二次被解散，中華民國(guó)名存實(shí)亡。奸賊當(dāng)權(quán)，國(guó)家遭殃。而民主政治的歷史潮流不可阻擋，國(guó)人不能容羿、浞、莽、操之徒竊據(jù)大位，時(shí)勢(shì)迫亟，民國(guó)不可一日無(wú)主。他通電號(hào)召兩院議員全體南下，自由集會(huì)，以存正氣，以振國(guó)紀(jì)。并派劉成禺、符夢(mèng)松北上歡迎，汪精衛(wèi)則駐滬招待南下議員。孫中山曾一度考慮以上海為護(hù)法根據(jù)地。但上海是帝國(guó)主義和封建頑固勢(shì)力集中之地，外交問(wèn)題十分棘手；那里的政學(xué)會(huì)分子又是非不辨，不愿與他合作共事，復(fù)辟勢(shì)力的暗流或隱或現(xiàn)，蠢蠢欲動(dòng)；護(hù)法力量很難發(fā)展。因此，他毅然放棄上海而選擇廣東為護(hù)法根據(jù)地。孫中山在上海幾次與海軍總長(zhǎng)程璧光磋商，希望海軍也參加護(hù)法行列。
程璧光原是孫中山的朋友，老興中會(huì)會(huì)員，即表示愿同孫中山一起護(hù)法。
程璧光在6月5日離開北京前，夜訪伍廷芳，探詢他對(duì)時(shí)局的看法。伍回答說(shuō)：“國(guó)事至此，若圖挽救，非一手一足之烈。孫中山、唐紹議、岑春煊三君雖在野，未嘗一日忘國(guó)事，現(xiàn)皆居滬。君抵滬，必與計(jì)議，國(guó)事可為也?！?br/>
程璧光于6月9日抵滬，拜會(huì)孫中山。孫中山促其即行出師討逆，勿以經(jīng)費(fèi)為慮。23日，孫中山與唐紹儀、岑春煊聯(lián)名宴請(qǐng)程璧光于上海靜安寺路哈同花園。27日，孫中山派人送銀行支票30萬(wàn)元給程，以作護(hù)法軍餉之用。7月4日，程璧光發(fā)表討賊檄文，痛斥張勛復(fù)辟的狼子野心，宣稱即日出師，揮戈北上。孫中山即在上海召集重要會(huì)議，決定率領(lǐng)海軍南下廣州，建立護(hù)法政府。孫中山把西南六省看作是“民國(guó)干凈土”，認(rèn)為“默觀時(shí)勢(shì)，江河流域已為荊棘之區(qū)。惟西南諸省擁護(hù)共和，歡迎國(guó)會(huì)”。張勛在北京復(fù)辟期間，廣東省長(zhǎng)朱慶瀾派人到上海邀請(qǐng)孫中山組織軍政府，而駐粵滇軍將領(lǐng)張開儒也通電主張遷都廣州，認(rèn)為“國(guó)都既陷，政無(wú)所出。
維今大計(jì)，速遷政府，設(shè)置地點(diǎn)，廣州為宜”。
中華革命黨討袁軍事斗爭(zhēng)結(jié)束后，已停止在華僑中籌款，孫中山?jīng)Q定南下護(hù)法時(shí)，經(jīng)濟(jì)上極為困絀，為了進(jìn)行護(hù)法斗爭(zhēng)，孫中山于1917年6月19日以總理名義通告中華革命黨海外各支分部，就地恢復(fù)籌助軍餉等工作。孫中山以個(gè)人名義向德國(guó)駐上海領(lǐng)事及上海德國(guó)猶太人、富商哈同借款140萬(wàn)元，解決南下廣州護(hù)法的燃眉之急。
7月6日，孫中山偕夫人宋慶齡率海琛、應(yīng)瑞艦離滬赴粵，章太炎、朱執(zhí)信、陳炯明等同行。他們于10日抵汕頭，13日，孫中山派章太炎先到廣州接洽。
7月17日，孫中山等到達(dá)虎門，旋改乘江固艦抵黃埔，廣東督車陳炳筼、省長(zhǎng)朱慶瀾等前往江邊迎接。
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