陜西在此氣氛下，民軍紛紛起義反袁，陜軍旅長(zhǎng)陳樹(shù)藩與各路民軍暗中聯(lián)絡(luò)，曾引起陜西將軍陸建章的猜疑，把他由陜北調(diào)往陜南。陳在三原宣布獨(dú)立。陸建章的長(zhǎng)子陜軍第1旅旅長(zhǎng)陸承武自告奮勇，率部向三原進(jìn)擊，在富平一役被陳部營(yíng)長(zhǎng)胡景翼生擒，陳把他當(dāng)作人質(zhì)，要挾陸建章宣布獨(dú)立，否則請(qǐng)他自動(dòng)離開(kāi)陜西。
陸建章曾做過(guò)北京軍政執(zhí)法處處長(zhǎng)，是個(gè)屠殺人民血債累累的大劊子手，他既要保全兒子的性命，又怕人民清算他的血債，因此愿意離開(kāi)陜西。陳樹(shù)藩率部隊(duì)和平開(kāi)進(jìn)西安。陜西獨(dú)立，陳樹(shù)藩任陜西都督，讓陸承武任陜西護(hù)國(guó)軍總司令。
陸建章離開(kāi)西安時(shí)，把他在陜西搜刮的民脂民膏，裝在幾十箱內(nèi)帶走，走出城外，就被陳樹(shù)藩的部隊(duì)攔路劫去。后來(lái)陳樹(shù)藩替他追回了一部分，并派兵護(hù)送出境。
馮國(guó)璋自五將軍密電泄露后，又發(fā)一電報(bào)給袁，表示對(duì)袁的政策不滿。那些北方軍閥中見(jiàn)這面旗幟已經(jīng)豎起，便有不少人通電勸袁退位，袁的火氣悶在肚里八十九個(gè)學(xué)案，三個(gè)學(xué)略。每案先列一表，列舉師友弟子，以，裝著不知馮已有異心，卻派阮忠樞南下，請(qǐng)馮聯(lián)絡(luò)未獨(dú)立各省軍民長(zhǎng)官，聯(lián)名發(fā)出一個(gè)擁護(hù)定居總統(tǒng)的通電，以加強(qiáng)北洋軍的團(tuán)結(jié)。袁又去電叫馮會(huì)商各省，迅籌調(diào)停之法。馮國(guó)璋默籌甚久，自道不若將計(jì)就計(jì)，即準(zhǔn)備聯(lián)合未獨(dú)立各省在南京舉行會(huì)議，成立臨時(shí)政府，選出臨時(shí)總統(tǒng)，然后完成南北統(tǒng)一，召開(kāi)正式國(guó)會(huì)，產(chǎn)生正式總統(tǒng)，他馮國(guó)璋再以東道主與盟主身份把總統(tǒng)爭(zhēng)過(guò)來(lái)。
馮國(guó)璋便打電報(bào)給張勛、倪嗣沖，三人聯(lián)名發(fā)起召集南京會(huì)議，電請(qǐng)未獨(dú)立各省派遣代表參加。
張勛立志復(fù)辟清室，從未更改主張；那倪嗣沖打算對(duì)袁效忠到底，三人各懷異志，湊在一起，自然不可能有統(tǒng)一的行動(dòng)。
全國(guó)各方面都提出以袁退位為解決時(shí)局辦法。到滬國(guó)會(huì)議員256人聯(lián)名通電，聲明背叛國(guó)家的人沒(méi)有與西南議和的資格。唐紹儀通電罵袁喪盡廉恥。張謇寫(xiě)信給徐世昌，叫他勸袁退位以平民忿。伍廷芳勸袁退位以求靈魂的安樂(lè)。除了極少數(shù)帝制派和主戰(zhàn)分子外，甚至北洋軍閥也紛紛電請(qǐng)退位。袁只能借口保持國(guó)家安全，先籌善后辦法類文明是性愛(ài)受壓抑的產(chǎn)物，人的性愛(ài)因遭受壓抑，無(wú)法滿，退位與善后則到南京會(huì)議上去解決。
參加南京會(huì)議的有奉天、吉林、黑龍江、直隸、山東、河南、江西、安徽、湖南、湖北、福建、山西、察哈爾、熱河、綏遠(yuǎn)15省區(qū)和上海、徐州、蚌埠等地區(qū)的軍閥代表20余人。山東代表丁世嶧在會(huì)議上首先提出袁氏必須退位，馮國(guó)璋暗中支持，河南代表陳裔時(shí)首先附和，各省代表都沒(méi)有相反意見(jiàn)，雖未提付表決，但已占有極大優(yōu)勢(shì)。
不料倪嗣沖當(dāng)天晚上忽然帶領(lǐng)衛(wèi)隊(duì)三營(yíng)趕到南京，他奉袁世凱密令來(lái)監(jiān)視會(huì)議。次日，倪出席會(huì)議首先發(fā)言，主張維持袁的總統(tǒng)地位。丁世嶧表示反對(duì)，湖南代表陳裔時(shí)、湖北代表馮國(guó)璋、江西代表何恩溥先后發(fā)言，都站在丁的一邊。
倪回過(guò)頭來(lái)問(wèn)丁：
“你是不是靳將軍的代表？靳將軍是擁護(hù)中央的，你為什么卻私通南方？”
陳裔時(shí)代丁解釋說(shuō)：“不是不擁護(hù)中央，君子愛(ài)人以德?！?br/>
馮筼、何恩溥也都隨聲附和說(shuō)：“主張退位并不等于反對(duì)總統(tǒng)，而是為袁總統(tǒng)著想?！?br/>
倪嗣沖氣得臉上青筋暴起，和他們爭(zhēng)吵起來(lái)。張勛的代表萬(wàn)繩栻也支持倪的意見(jiàn)，反對(duì)袁退位，因此，以前同意袁退位的代表都不敢發(fā)言。馮國(guó)璋聲明：“關(guān)于退位問(wèn)題，本會(huì)無(wú)權(quán)表決，應(yīng)召集國(guó)會(huì)來(lái)討論決定?！贝蠹乙恢沦澇?。
關(guān)于備戰(zhàn)問(wèn)題，倪和萬(wàn)繩詢問(wèn)各省能出多少兵，山東、江西和兩湖代表都不發(fā)言，同樣無(wú)法作出決定。
當(dāng)南京會(huì)議發(fā)生爭(zhēng)吵的時(shí)候，四川將軍陳宣布獨(dú)立。
四川的北洋軍將領(lǐng)都不肯替袁賣(mài)命，因而士氣異常低落。馮玉祥兩次派人和蔡鍔接頭，表示響應(yīng)起義，愿聯(lián)絡(luò)在四川的北洋軍采取一致行動(dòng)，他主張倒袁后推舉馮國(guó)璋繼任總統(tǒng)。蔡叫他先勸陳宣布獨(dú)立。張敬堯有信給蔡，表示他決不為項(xiàng)城一人爭(zhēng)總統(tǒng)。蔡同樣勸他宣布獨(dú)立。
袁授意陳與蔡鍔進(jìn)行地方性的停戰(zhàn)議和談判，陳見(jiàn)馮國(guó)璋態(tài)度日趨明朗，曾公開(kāi)打電報(bào)要袁退位。蔡鍔又一再勸他宣布獨(dú)立，以取得護(hù)國(guó)軍與民軍諒解，形勢(shì)逼人，陳叫秘書(shū)起草獨(dú)立電報(bào)，一連換了三個(gè)秘書(shū)，起草了三份電報(bào)稿，總覺(jué)不當(dāng)己意，不肯發(fā)出。不料四川民軍已等不及，聯(lián)絡(luò)18路人馬進(jìn)攻成都，槍聲震耳，陳?ài)瞬湃〕鲎詈竽欠蓦姼?，親筆加了一句，發(fā)了出去。電文道：“項(xiàng)城先自絕于川，不能不代表川人與項(xiàng)城告絕。自今日始，四川人民與袁氏個(gè)人斷絕關(guān)系。”
陳入川之前抱住袁氏之腿，懇請(qǐng)?jiān)绲谴笪?，?dāng)時(shí)就有人道，陳此舉正是與袁有異心，抱腿屬非常之舉，正要結(jié)袁氏歡心，使他不疑，他日陳必反。固陳?ài)藷o(wú)恥，亦是袁世凱待人以奸，人以待袁以詐，不得不然耳。
袁世凱接到陳?ài)穗妶?bào)，竟然氣得暈了過(guò)去，待醒來(lái)時(shí)，臉色漲紫，兩眼熱淚盈眶，萬(wàn)般悲痛，口中低沉無(wú)力地頻頻吐著：“人心大變”、“人心大變”四字。
袁氏發(fā)一道申令痛罵陳?ài)?，怒罵陳背信棄義，又令陳入京，以重慶鎮(zhèn)守使、川軍第1師師長(zhǎng)周駿為崇武將軍，督理四川軍務(wù)，曹錕督辦四川防務(wù)，張敬堯加將軍銜，幫辦四川軍務(wù)。卻是想叫四川軍人趕走陳，而以在四川的北洋軍為監(jiān)督。后來(lái)周駿果然打著崇武將軍的旗號(hào)進(jìn)攻成都，護(hù)國(guó)軍救援不急，陳?ài)藯壋嵌印?br/>
時(shí)隔數(shù)日，湖南將軍湯薌銘依樣宣布獨(dú)立。湖南民軍紛紛而起在各縣暴動(dòng)。陸榮廷電勸湯薌銘?yīng)毩?，湯長(zhǎng)兄湯化龍亦從上海派人去長(zhǎng)沙勸其起義，反戈一擊立功自贖。湯懼湘西有北洋軍4師之眾，那倪嗣沖的弟弟倪毓芬又率安武軍15營(yíng)到達(dá)岳州。湯能指揮的北洋軍只有一個(gè)混成旅，一旦宣布獨(dú)立，必成俎肉，遂觀望不定。后廣西護(hù)國(guó)軍向湘邊移動(dòng)，永州鎮(zhèn)守使望云亭不能支，向湯請(qǐng)示，湯即示以“獨(dú)立求自?！?，望云亭遂改所部為湘南護(hù)國(guó)軍，宣布永州獨(dú)立。
廣西護(hù)國(guó)軍繼續(xù)向衡州移動(dòng)，湖南民軍聲勢(shì)更大。湯薌銘請(qǐng)?jiān)吠撕暇硟?nèi)北洋軍，首先撤退岳州的安武軍，才能避免南北兩軍在湘作戰(zhàn)，湖南以中立姿態(tài)出現(xiàn)，可作緩沖地帶，對(duì)北方有利。湯暗示陸榮廷，北洋軍一撤，即宣布獨(dú)立，請(qǐng)勿進(jìn)兵過(guò)速。
袁世凱果然令安武軍撤走。此時(shí)，湯化龍通過(guò)譚延與國(guó)民黨軍人派取得聯(lián)絡(luò)；國(guó)民黨承認(rèn)乃弟湯薌銘為湖南都督，保證不算舊帳，由國(guó)民黨軍人協(xié)助湯薌銘收編民軍，改成湘軍3師。
湯薌銘見(jiàn)有了保障，遂通電宣布獨(dú)立，湯不好意思痛罵袁氏，措詞溫柔，引起護(hù)國(guó)軍不滿，疑其為假獨(dú)立，真擁袁，湯又補(bǔ)發(fā)一電，道：“公即取消帝制，不負(fù)為國(guó)法之罪人，薌銘雖有知遇私情，不能忘國(guó)家之大義”云云。
袁接湯此電，氣得語(yǔ)不成聲，原就病累不堪，遂臥床不起，召集有關(guān)人員舉行榻前會(huì)議，令公布“帝制始末案”，道：“即今日之反對(duì)帝制者，當(dāng)日亦多在贊成之列，尤非本大總統(tǒng)之所能料及，此則不明不智無(wú)可諱飾者也?！?br/>
袁又召蔡廷干道：“聽(tīng)說(shuō)各國(guó)使館認(rèn)為我應(yīng)該或者將要辭職？”
蔡見(jiàn)老袁面容黯淡無(wú)光，惟眼中一點(diǎn)火星尚未熄滅，便委婉答道：“大家都認(rèn)為您十分需要休息，政府財(cái)政前景非常不好，困難與日俱增。”
一位法國(guó)醫(yī)生和一位中醫(yī)負(fù)責(zé)為袁治療，診斷為尿毒癥，已經(jīng)不能排尿，遂決定從后背導(dǎo)尿，但只導(dǎo)出一灘血水，在場(chǎng)諸人一陣驚惶，老袁亦知病情嚴(yán)重，即召徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳至榻前，對(duì)諸人略作點(diǎn)頭，卻已無(wú)力，只道得：“約法”兩字。守在一旁的袁克定忙補(bǔ)了一句：“金匱石室?！?br/>
法國(guó)醫(yī)生給袁打了一針強(qiáng)心針，袁慢慢醒過(guò)來(lái)，微有嘆息之聲，道：“他害了我?！闭f(shuō)完氣絕身亡。
有人說(shuō)，袁最后服了一帖“二陳湯”以致送命，二陳是指陳樹(shù)藩、陳，湯是指湯薌銘。
袁死后，眾人打開(kāi)“金匱石室”一看，總統(tǒng)繼承人寫(xiě)著黎元洪、徐世昌、段祺瑞三個(gè)人的名字。
徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳便討論誰(shuí)繼任總統(tǒng)。眾人無(wú)法開(kāi)口，都推徐世昌表態(tài)，徐世昌道：“據(jù)約法，該以副總統(tǒng)繼任?！?br/>
徐世昌這個(gè)老官僚的精明之處，不言新舊約法，因?yàn)樾录s法是西南護(hù)國(guó)軍所反對(duì)的，舊約法又是北洋派所不滿的，但言約法，就能夠做到兩面討好。無(wú)論根據(jù)新約法或者是舊約法，黎元洪都有資格繼任總統(tǒng)，利用黎來(lái)收拾殘局，利用這個(gè)政治俘虜為北洋派服務(wù)，對(duì)北洋派來(lái)說(shuō)是當(dāng)時(shí)最好的打算。徐怕他的主張堵塞了段想做總統(tǒng)的出路，于是瞟了段一眼說(shuō)：
“這只是我個(gè)人的意見(jiàn)，最好還是總理決定?！?br/>
段祺瑞左手端著煙斗，右手往身后一背，心想，如果我當(dāng)總統(tǒng)，不僅西南護(hù)國(guó)軍不會(huì)答應(yīng)，就是馮國(guó)璋也不會(huì)同意。馮在反對(duì)袁世凱帝制活動(dòng)中，形成了在袁與護(hù)國(guó)軍之間的第三種勢(shì)力。如果讓徐世昌當(dāng)總統(tǒng)，他是袁的金蘭密友，而且是北洋軍閥“團(tuán)體精神”的主要塑造者，和袁兩人共同造就了北洋軍閥，而且此人足智多謀，是不好駕馭的。想來(lái)想去，只有讓黎元洪出任總統(tǒng)才比較妥當(dāng)。一來(lái)讓黎出任總統(tǒng)，名正言順，能擺平多方關(guān)系；二來(lái)黎手里沒(méi)有兵權(quán)。就讓黎元洪當(dāng)一個(gè)傀儡總統(tǒng)，大權(quán)仍操在我責(zé)任內(nèi)閣總理手里，豈不更妙！
段祺瑞沉默良久，便道：“很好！”
黎元洪繼任總統(tǒng)遂定。
梁?jiǎn)⒊缫烟岢鲆岳璐闹鲝垼业玫阶o(hù)國(guó)軍的贊同，那老袁在未死之前，對(duì)護(hù)國(guó)軍公開(kāi)提出由黎繼任大總統(tǒng)，對(duì)黎是否會(huì)公開(kāi)倒向護(hù)國(guó)軍方面，十分擔(dān)心，對(duì)黎防范甚嚴(yán)。他特派步軍統(tǒng)領(lǐng)江朝宗監(jiān)視黎的行動(dòng)，江密令黎私邸之守衛(wèi)隊(duì)長(zhǎng)：“無(wú)論如何不可使黎出東廠胡同一步?！?br/>
黎元洪不顧一切，竟在宅中放置一口空棺，以示其處境之險(xiǎn)惡。黎的左右親信都認(rèn)為，黎居虎穴，長(zhǎng)此以往，實(shí)難保證安全。于是秘書(shū)瞿瀛、郭泰祺等人，通過(guò)日本東方通信社駐北京社長(zhǎng)井上一葉，同日本公使小幡西吉，策劃了一個(gè)協(xié)助黎元洪出京到南方行使大總統(tǒng)職權(quán)的計(jì)劃。辦法是：黎宅與劉鐘秀宅一墻之隔，將墻鑿穿，讓黎易服鉆洞入劉宅，再由日人一葉駕同仁醫(yī)院病車(chē)，揚(yáng)言劉有急癥，須送醫(yī)院，遂馳車(chē)送黎疾馳東交民巷。即由小幡從東交民巷使館陪同黎元洪乘專車(chē)出京去天津，再由天津上船南下。
黎元洪同意這個(gè)計(jì)劃。不料出走前消息走漏，東廠胡同黎宅附近軍警密布，出走計(jì)劃告吹。
黎出走的消息，是他的家人向袁克定告密的。黎向妾危文繡流露將要出京之意，危文繡詰問(wèn)何往，元洪未明答，只說(shuō)：“將來(lái)再派人接你?！?br/>
危文繡早已受袁克定收買(mǎi)，因她與外交部特派湖北交涉員胡朝棟之妻為“手帕姊妹”，胡又與楊士琦過(guò)從甚密，從而接近袁克定，袁克定知胡妻常到黎家，特托付胡妻持價(jià)值2萬(wàn)元的珍珠贈(zèng)黎妾危文繡，使探黎動(dòng)靜。危文繡得知黎元洪欲出京消息后，即告胡朝棟，胡又告楊士琦、袁克定。黎元洪出走不成，并不十分懊惱，反而說(shuō)：“我是副總統(tǒng)，叫我易服鉆洞，豈不失了體統(tǒng)！”
袁世凱氣絕后，段祺瑞三往黎宅，勸黎根據(jù)約法代理總統(tǒng)。黎初聞袁死，將信將疑，先派長(zhǎng)女紹芬去袁家探視，紹芬回報(bào)后，方信袁死。他對(duì)段祺瑞說(shuō)：“項(xiàng)城聰明一世，不意竟有今日?！彼鞆乃饺舜婵钪心贸?0萬(wàn)元贈(zèng)袁家屬，為袁治喪。袁曾以10萬(wàn)元購(gòu)買(mǎi)東廠胡同宅邸贈(zèng)黎，黎以這種方式歸還。
對(duì)于接任總統(tǒng)一事，黎最初推辭不就，繼而又表示無(wú)力維持秩序。段毅然道：“公為副總統(tǒng)，當(dāng)然繼任。公出，北京秩序，祺瑞當(dāng)一人負(fù)責(zé)?！?br/>
1916年6月7日，黎元洪在東廠胡同宅邸前宣誓就職。
孫中山在上海發(fā)表宣言，要求政府恢復(fù)約法，尊重國(guó)會(huì)，即要求恢復(fù)民國(guó)元年的《臨時(shí)約法》，把被袁世凱解散的國(guó)會(huì)恢復(fù)起來(lái)。西南軍務(wù)院撫軍長(zhǎng)唐繼堯也于6月10日通電北京政府，提出恢復(fù)民元約法，召集舊國(guó)會(huì)，懲辦帝制禍?zhǔn)?，將抵制護(hù)國(guó)軍之軍隊(duì)撤回原地，召集軍事善后會(huì)議等4項(xiàng)條件，聲明北方如同意此條件，即可撤銷(xiāo)軍務(wù)院和取消西南各省獨(dú)立，云云。
段祺瑞對(duì)孫中山及西南護(hù)國(guó)軍的要求偏偏不理。又有國(guó)會(huì)議員孫洪伊、谷鐘秀等，在上海自行召集議員250多人，聯(lián)電致段祺瑞，要求恢復(fù)舊約法。
段祺瑞接此電報(bào)后，懷著極為矛盾的心情，與幕僚們研究對(duì)策，幾天來(lái)都拿不出應(yīng)付的辦法。作為總理，他主張責(zé)任內(nèi)閣制，而袁世凱的新約法的主要內(nèi)容則為總統(tǒng)制，與他的愿望相背；舊約法的主要內(nèi)容則是責(zé)任內(nèi)閣制，對(duì)他甚是有利。但恢復(fù)舊約法，國(guó)會(huì)也將隨之恢復(fù)。老袁非法廢止舊約法，非法解散了國(guó)會(huì)，國(guó)會(huì)問(wèn)題同約法問(wèn)題，乃是一個(gè)問(wèn)題的兩面。要責(zé)任內(nèi)閣制，就要舊約法和國(guó)會(huì)，國(guó)會(huì)之中，國(guó)民黨人占多數(shù)，一旦恢復(fù)，他想個(gè)人軍事獨(dú)裁便行不通。
在南北雙方就新舊約法問(wèn)題之爭(zhēng)陷入僵局時(shí)，不料駐滬海軍總司令李鼎新率海軍宣告獨(dú)立，聲明如不恢復(fù)《臨時(shí)約法》，不恢復(fù)國(guó)會(huì)，不新組織責(zé)任內(nèi)閣，海軍就拒不接受北京政府的命令。此時(shí)北洋集團(tuán)內(nèi)部中，江蘇將軍馮國(guó)璋、河南將軍趙倜等也主張恢復(fù)舊約法。
段祺瑞面對(duì)來(lái)自各方面的重大壓力，感到有點(diǎn)難以支持，不得不于6月29日接受南方條件。
于是，黎元洪以大總統(tǒng)的名義，發(fā)布命令說(shuō)：“共和國(guó)體，首重民意，民意所寄，厥惟憲法。憲法之成，專待國(guó)會(huì)。我中華民國(guó)國(guó)會(huì)自3年1月10日停止以后，時(shí)越兩載，迄未召?gòu)?fù)，以至開(kāi)國(guó)5年，憲法未定，大本不立，庶政無(wú)由進(jìn)行。亟應(yīng)召集國(guó)會(huì)，速定憲法，以協(xié)民志而固國(guó)本。憲法未定以前，仍遵行中華民國(guó)元年3月11日公布之臨時(shí)約法，至憲法成立為止?！?br/>
黎元洪還發(fā)布命令，定于8月1日召集國(guó)會(huì)復(fù)會(huì)。并下令裁撤參政院、肅政廳、北京軍政執(zhí)法處等機(jī)關(guān)。
關(guān)于約法問(wèn)題和國(guó)會(huì)問(wèn)題，段祺瑞雖然被迫屈服，但是懲辦帝制禍?zhǔn)讍?wèn)題，段又與西南各省爭(zhēng)執(zhí)。
西南方面提出懲辦的帝制禍?zhǔn)子校簵疃取O毓筠、嚴(yán)復(fù)、劉師培、李燮和、胡瑛所謂的“六君子”，和朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮(zhèn)芳、雷震春、袁乃寬所謂的“七兇”，合起來(lái)稱為十三太保。事實(shí)上，參加帝制活動(dòng)的豈止“十三太?！?，除了不計(jì)其數(shù)的政治流氓稱臣勸進(jìn)的而外，還有為袁家皇帝搖旗吶喊的各省北洋軍閥在內(nèi)。西南方面，認(rèn)為如果牽涉面過(guò)廣，可能會(huì)影響與北方的和平解決，因而只提出這些人，其余不究，希望北京政府懲辦，以便對(duì)全國(guó)人民有所交待。所謂的十三太保，不但是護(hù)國(guó)軍所指出的“內(nèi)亂重要罪犯”，應(yīng)當(dāng)“明正典刑以謝天下”，而且也是通國(guó)皆知的洪憲王朝的罪魁禍?zhǔn)?，?yīng)說(shuō)是絕對(duì)沒(méi)有逃避罪行的余地。
但是，段祺瑞等與不少帝制禍?zhǔn)拙哂醒庀嗦?lián)的關(guān)系，就替他們說(shuō)話。北京政府在研究這批禍?zhǔn)酌麊螘r(shí)，首先袁克定從彰德打來(lái)急電，為雷震春、張鎮(zhèn)芳乞情，這兩個(gè)人就從名單中剔出；隨后馮國(guó)璋為段芝貴乞情，李經(jīng)羲又力保嚴(yán)復(fù)和劉師培，說(shuō)他們是“當(dāng)代不可多得的人才”，名單上又剔出了這三個(gè)人；黎元洪認(rèn)為李燮和、胡瑛都是老同盟會(huì)會(huì)員，為了對(duì)國(guó)民黨表示善意，通緝禍?zhǔn)椎拿麊沃胁灰肆_列與國(guó)民黨有關(guān)的人物，因此這兩個(gè)國(guó)民黨變節(jié)分子也可逍遙法外了；袁乃寬因與袁世凱有同族之誼，段也把他的名字剔出了。這樣，“六君子”剩下“兩君子”，“七兇”剩下“三兇”，合起來(lái)“十三太保”，只剩下了“五太?！?。還有人替梁士詒乞情，說(shuō)他與銀行界具有深切關(guān)系，留著他替政府籌款也是好的。但黎元洪大不以為然，他說(shuō)：“那么，我們不下這道命令倒還好些?！币虼肆骸柏?cái)神”仍然榜上有名。
由于禍?zhǔn)椎娜藬?shù)越研究越少，北京政府自己也覺(jué)得交代不下，才又補(bǔ)進(jìn)了并非首要分子的顧鰲、夏壽田、薛大可三人，于7月14日以大總統(tǒng)名義發(fā)布命令，將這八人“拿交法庭，詳確訊鞫，嚴(yán)行懲辦，為后世戒。其余一律寬免”。
北京政府在懲辦令發(fā)表之前，預(yù)先示意榜上有名的人趕快離開(kāi)北京，因此，楊度、孫毓筠、梁士詒等從容不迫地由北京搬到天津，又由天津南下到上海、香港一帶，有的則被張勛召往徐州，禮為上賓。北京法庭自然也就沒(méi)有捉到一個(gè)禍?zhǔn)住?br/>
雖如此，西南護(hù)國(guó)軍也就滿足了。7月14日，護(hù)國(guó)軍撫軍長(zhǎng)唐繼堯、副軍長(zhǎng)岑春煊、政務(wù)委員長(zhǎng)梁?jiǎn)⒊澳戏礁魇≈T首領(lǐng)，聯(lián)名通電，撤銷(xiāo)軍務(wù)院，取消獨(dú)立。至此，南北實(shí)現(xiàn)了統(tǒng)一。
北京政府在下令恢復(fù)舊約法的那一天，黎元洪任命段祺瑞為國(guó)務(wù)總理，并發(fā)表：
唐紹儀為外交總長(zhǎng)許世英為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)
陳錦濤為財(cái)政總長(zhǎng)段祺瑞為陸軍總長(zhǎng)
程璧光為海軍總長(zhǎng)張耀曾為司法總長(zhǎng)
孫洪伊為教育總長(zhǎng)張國(guó)淦為農(nóng)商總長(zhǎng)
江大燮為交通總長(zhǎng)
唐紹儀未到任前，派陳錦濤代外交總長(zhǎng)。7月12日調(diào)任孫洪伊為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、范源濂為教育總長(zhǎng)、許世英為交通總長(zhǎng)，7月31日改派谷鐘秀為農(nóng)商總長(zhǎng)。
8月1日，國(guó)會(huì)議員們重集北京，召開(kāi)了國(guó)會(huì)。湯化龍、陳國(guó)祥當(dāng)選為眾議院正副議長(zhǎng)，王家襄、王正廷當(dāng)選為參議院正副議長(zhǎng)。黎元洪向國(guó)會(huì)宣誓就任總統(tǒng)。
北京政府又發(fā)布命令，各省將軍、巡按使改名為督軍、省長(zhǎng)，任命名單如下：
奉天督軍張作霖兼署奉天省長(zhǎng)
吉林督軍 孟恩遠(yuǎn)省長(zhǎng) 郭宗熙
山東督軍 張懷芝省長(zhǎng) 孫發(fā)緒
河南督軍 趙 倜省長(zhǎng) 田文烈
山西督軍 閻錫山省長(zhǎng) 沈銘昌
江蘇督軍 馮國(guó)璋省長(zhǎng) 齊耀琳
安徽督軍 張 勛省長(zhǎng) 倪嗣沖
江西督軍 李 純省長(zhǎng) 戚 揚(yáng)
福建督軍 李厚基省長(zhǎng) 胡瑞霖
浙江督軍 呂公望兼署浙江省長(zhǎng)
湖北督軍 王占元省長(zhǎng) 范守佑
湖南督軍 陳?ài)思媸鸷鲜￠L(zhǎng)
陜西督軍 陳樹(shù)藩兼陜西省長(zhǎng)
四川督軍 蔡鍔兼四川省長(zhǎng)
廣東督軍 陸榮廷省長(zhǎng) 朱慶瀾
廣西督軍 陳炳焜省長(zhǎng) 羅佩金
云南督軍 唐繼堯省長(zhǎng) 任可澄
貴州督軍 劉顯世省長(zhǎng) 戴 戡
直隸省長(zhǎng) 朱家寶兼署直隸督軍
黑龍江省長(zhǎng) 畢桂芳兼黑龍江督軍
甘肅省長(zhǎng) 張廣建兼署甘肅督軍
新疆省長(zhǎng) 楊增新兼署新疆督軍
又任命龍濟(jì)光為兩廣礦務(wù)督辦，湯薌銘為廣東查辦使，李烈鈞授以勛二位和陸軍上將銜，著即來(lái)京另候任用。
陸建章曾做過(guò)北京軍政執(zhí)法處處長(zhǎng)，是個(gè)屠殺人民血債累累的大劊子手，他既要保全兒子的性命，又怕人民清算他的血債，因此愿意離開(kāi)陜西。陳樹(shù)藩率部隊(duì)和平開(kāi)進(jìn)西安。陜西獨(dú)立，陳樹(shù)藩任陜西都督，讓陸承武任陜西護(hù)國(guó)軍總司令。
陸建章離開(kāi)西安時(shí)，把他在陜西搜刮的民脂民膏，裝在幾十箱內(nèi)帶走，走出城外，就被陳樹(shù)藩的部隊(duì)攔路劫去。后來(lái)陳樹(shù)藩替他追回了一部分，并派兵護(hù)送出境。
馮國(guó)璋自五將軍密電泄露后，又發(fā)一電報(bào)給袁，表示對(duì)袁的政策不滿。那些北方軍閥中見(jiàn)這面旗幟已經(jīng)豎起，便有不少人通電勸袁退位，袁的火氣悶在肚里八十九個(gè)學(xué)案，三個(gè)學(xué)略。每案先列一表，列舉師友弟子，以，裝著不知馮已有異心，卻派阮忠樞南下，請(qǐng)馮聯(lián)絡(luò)未獨(dú)立各省軍民長(zhǎng)官，聯(lián)名發(fā)出一個(gè)擁護(hù)定居總統(tǒng)的通電，以加強(qiáng)北洋軍的團(tuán)結(jié)。袁又去電叫馮會(huì)商各省，迅籌調(diào)停之法。馮國(guó)璋默籌甚久，自道不若將計(jì)就計(jì)，即準(zhǔn)備聯(lián)合未獨(dú)立各省在南京舉行會(huì)議，成立臨時(shí)政府，選出臨時(shí)總統(tǒng)，然后完成南北統(tǒng)一，召開(kāi)正式國(guó)會(huì)，產(chǎn)生正式總統(tǒng)，他馮國(guó)璋再以東道主與盟主身份把總統(tǒng)爭(zhēng)過(guò)來(lái)。
馮國(guó)璋便打電報(bào)給張勛、倪嗣沖，三人聯(lián)名發(fā)起召集南京會(huì)議，電請(qǐng)未獨(dú)立各省派遣代表參加。
張勛立志復(fù)辟清室，從未更改主張；那倪嗣沖打算對(duì)袁效忠到底，三人各懷異志，湊在一起，自然不可能有統(tǒng)一的行動(dòng)。
全國(guó)各方面都提出以袁退位為解決時(shí)局辦法。到滬國(guó)會(huì)議員256人聯(lián)名通電，聲明背叛國(guó)家的人沒(méi)有與西南議和的資格。唐紹儀通電罵袁喪盡廉恥。張謇寫(xiě)信給徐世昌，叫他勸袁退位以平民忿。伍廷芳勸袁退位以求靈魂的安樂(lè)。除了極少數(shù)帝制派和主戰(zhàn)分子外，甚至北洋軍閥也紛紛電請(qǐng)退位。袁只能借口保持國(guó)家安全，先籌善后辦法類文明是性愛(ài)受壓抑的產(chǎn)物，人的性愛(ài)因遭受壓抑，無(wú)法滿，退位與善后則到南京會(huì)議上去解決。
參加南京會(huì)議的有奉天、吉林、黑龍江、直隸、山東、河南、江西、安徽、湖南、湖北、福建、山西、察哈爾、熱河、綏遠(yuǎn)15省區(qū)和上海、徐州、蚌埠等地區(qū)的軍閥代表20余人。山東代表丁世嶧在會(huì)議上首先提出袁氏必須退位，馮國(guó)璋暗中支持，河南代表陳裔時(shí)首先附和，各省代表都沒(méi)有相反意見(jiàn)，雖未提付表決，但已占有極大優(yōu)勢(shì)。
不料倪嗣沖當(dāng)天晚上忽然帶領(lǐng)衛(wèi)隊(duì)三營(yíng)趕到南京，他奉袁世凱密令來(lái)監(jiān)視會(huì)議。次日，倪出席會(huì)議首先發(fā)言，主張維持袁的總統(tǒng)地位。丁世嶧表示反對(duì)，湖南代表陳裔時(shí)、湖北代表馮國(guó)璋、江西代表何恩溥先后發(fā)言，都站在丁的一邊。
倪回過(guò)頭來(lái)問(wèn)丁：
“你是不是靳將軍的代表？靳將軍是擁護(hù)中央的，你為什么卻私通南方？”
陳裔時(shí)代丁解釋說(shuō)：“不是不擁護(hù)中央，君子愛(ài)人以德?！?br/>
馮筼、何恩溥也都隨聲附和說(shuō)：“主張退位并不等于反對(duì)總統(tǒng)，而是為袁總統(tǒng)著想?！?br/>
倪嗣沖氣得臉上青筋暴起，和他們爭(zhēng)吵起來(lái)。張勛的代表萬(wàn)繩栻也支持倪的意見(jiàn)，反對(duì)袁退位，因此，以前同意袁退位的代表都不敢發(fā)言。馮國(guó)璋聲明：“關(guān)于退位問(wèn)題，本會(huì)無(wú)權(quán)表決，應(yīng)召集國(guó)會(huì)來(lái)討論決定?！贝蠹乙恢沦澇?。
關(guān)于備戰(zhàn)問(wèn)題，倪和萬(wàn)繩詢問(wèn)各省能出多少兵，山東、江西和兩湖代表都不發(fā)言，同樣無(wú)法作出決定。
當(dāng)南京會(huì)議發(fā)生爭(zhēng)吵的時(shí)候，四川將軍陳宣布獨(dú)立。
四川的北洋軍將領(lǐng)都不肯替袁賣(mài)命，因而士氣異常低落。馮玉祥兩次派人和蔡鍔接頭，表示響應(yīng)起義，愿聯(lián)絡(luò)在四川的北洋軍采取一致行動(dòng)，他主張倒袁后推舉馮國(guó)璋繼任總統(tǒng)。蔡叫他先勸陳宣布獨(dú)立。張敬堯有信給蔡，表示他決不為項(xiàng)城一人爭(zhēng)總統(tǒng)。蔡同樣勸他宣布獨(dú)立。
袁授意陳與蔡鍔進(jìn)行地方性的停戰(zhàn)議和談判，陳見(jiàn)馮國(guó)璋態(tài)度日趨明朗，曾公開(kāi)打電報(bào)要袁退位。蔡鍔又一再勸他宣布獨(dú)立，以取得護(hù)國(guó)軍與民軍諒解，形勢(shì)逼人，陳叫秘書(shū)起草獨(dú)立電報(bào)，一連換了三個(gè)秘書(shū)，起草了三份電報(bào)稿，總覺(jué)不當(dāng)己意，不肯發(fā)出。不料四川民軍已等不及，聯(lián)絡(luò)18路人馬進(jìn)攻成都，槍聲震耳，陳?ài)瞬湃〕鲎詈竽欠蓦姼?，親筆加了一句，發(fā)了出去。電文道：“項(xiàng)城先自絕于川，不能不代表川人與項(xiàng)城告絕。自今日始，四川人民與袁氏個(gè)人斷絕關(guān)系。”
陳入川之前抱住袁氏之腿，懇請(qǐng)?jiān)绲谴笪?，?dāng)時(shí)就有人道，陳此舉正是與袁有異心，抱腿屬非常之舉，正要結(jié)袁氏歡心，使他不疑，他日陳必反。固陳?ài)藷o(wú)恥，亦是袁世凱待人以奸，人以待袁以詐，不得不然耳。
袁世凱接到陳?ài)穗妶?bào)，竟然氣得暈了過(guò)去，待醒來(lái)時(shí)，臉色漲紫，兩眼熱淚盈眶，萬(wàn)般悲痛，口中低沉無(wú)力地頻頻吐著：“人心大變”、“人心大變”四字。
袁氏發(fā)一道申令痛罵陳?ài)?，怒罵陳背信棄義，又令陳入京，以重慶鎮(zhèn)守使、川軍第1師師長(zhǎng)周駿為崇武將軍，督理四川軍務(wù)，曹錕督辦四川防務(wù)，張敬堯加將軍銜，幫辦四川軍務(wù)。卻是想叫四川軍人趕走陳，而以在四川的北洋軍為監(jiān)督。后來(lái)周駿果然打著崇武將軍的旗號(hào)進(jìn)攻成都，護(hù)國(guó)軍救援不急，陳?ài)藯壋嵌印?br/>
時(shí)隔數(shù)日，湖南將軍湯薌銘依樣宣布獨(dú)立。湖南民軍紛紛而起在各縣暴動(dòng)。陸榮廷電勸湯薌銘?yīng)毩?，湯長(zhǎng)兄湯化龍亦從上海派人去長(zhǎng)沙勸其起義，反戈一擊立功自贖。湯懼湘西有北洋軍4師之眾，那倪嗣沖的弟弟倪毓芬又率安武軍15營(yíng)到達(dá)岳州。湯能指揮的北洋軍只有一個(gè)混成旅，一旦宣布獨(dú)立，必成俎肉，遂觀望不定。后廣西護(hù)國(guó)軍向湘邊移動(dòng)，永州鎮(zhèn)守使望云亭不能支，向湯請(qǐng)示，湯即示以“獨(dú)立求自?！?，望云亭遂改所部為湘南護(hù)國(guó)軍，宣布永州獨(dú)立。
廣西護(hù)國(guó)軍繼續(xù)向衡州移動(dòng)，湖南民軍聲勢(shì)更大。湯薌銘請(qǐng)?jiān)吠撕暇硟?nèi)北洋軍，首先撤退岳州的安武軍，才能避免南北兩軍在湘作戰(zhàn)，湖南以中立姿態(tài)出現(xiàn)，可作緩沖地帶，對(duì)北方有利。湯暗示陸榮廷，北洋軍一撤，即宣布獨(dú)立，請(qǐng)勿進(jìn)兵過(guò)速。
袁世凱果然令安武軍撤走。此時(shí)，湯化龍通過(guò)譚延與國(guó)民黨軍人派取得聯(lián)絡(luò)；國(guó)民黨承認(rèn)乃弟湯薌銘為湖南都督，保證不算舊帳，由國(guó)民黨軍人協(xié)助湯薌銘收編民軍，改成湘軍3師。
湯薌銘見(jiàn)有了保障，遂通電宣布獨(dú)立，湯不好意思痛罵袁氏，措詞溫柔，引起護(hù)國(guó)軍不滿，疑其為假獨(dú)立，真擁袁，湯又補(bǔ)發(fā)一電，道：“公即取消帝制，不負(fù)為國(guó)法之罪人，薌銘雖有知遇私情，不能忘國(guó)家之大義”云云。
袁接湯此電，氣得語(yǔ)不成聲，原就病累不堪，遂臥床不起，召集有關(guān)人員舉行榻前會(huì)議，令公布“帝制始末案”，道：“即今日之反對(duì)帝制者，當(dāng)日亦多在贊成之列，尤非本大總統(tǒng)之所能料及，此則不明不智無(wú)可諱飾者也?！?br/>
袁又召蔡廷干道：“聽(tīng)說(shuō)各國(guó)使館認(rèn)為我應(yīng)該或者將要辭職？”
蔡見(jiàn)老袁面容黯淡無(wú)光，惟眼中一點(diǎn)火星尚未熄滅，便委婉答道：“大家都認(rèn)為您十分需要休息，政府財(cái)政前景非常不好，困難與日俱增。”
一位法國(guó)醫(yī)生和一位中醫(yī)負(fù)責(zé)為袁治療，診斷為尿毒癥，已經(jīng)不能排尿，遂決定從后背導(dǎo)尿，但只導(dǎo)出一灘血水，在場(chǎng)諸人一陣驚惶，老袁亦知病情嚴(yán)重，即召徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳至榻前，對(duì)諸人略作點(diǎn)頭，卻已無(wú)力，只道得：“約法”兩字。守在一旁的袁克定忙補(bǔ)了一句：“金匱石室?！?br/>
法國(guó)醫(yī)生給袁打了一針強(qiáng)心針，袁慢慢醒過(guò)來(lái)，微有嘆息之聲，道：“他害了我?！闭f(shuō)完氣絕身亡。
有人說(shuō)，袁最后服了一帖“二陳湯”以致送命，二陳是指陳樹(shù)藩、陳，湯是指湯薌銘。
袁死后，眾人打開(kāi)“金匱石室”一看，總統(tǒng)繼承人寫(xiě)著黎元洪、徐世昌、段祺瑞三個(gè)人的名字。
徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳便討論誰(shuí)繼任總統(tǒng)。眾人無(wú)法開(kāi)口，都推徐世昌表態(tài)，徐世昌道：“據(jù)約法，該以副總統(tǒng)繼任?！?br/>
徐世昌這個(gè)老官僚的精明之處，不言新舊約法，因?yàn)樾录s法是西南護(hù)國(guó)軍所反對(duì)的，舊約法又是北洋派所不滿的，但言約法，就能夠做到兩面討好。無(wú)論根據(jù)新約法或者是舊約法，黎元洪都有資格繼任總統(tǒng)，利用黎來(lái)收拾殘局，利用這個(gè)政治俘虜為北洋派服務(wù)，對(duì)北洋派來(lái)說(shuō)是當(dāng)時(shí)最好的打算。徐怕他的主張堵塞了段想做總統(tǒng)的出路，于是瞟了段一眼說(shuō)：
“這只是我個(gè)人的意見(jiàn)，最好還是總理決定?！?br/>
段祺瑞左手端著煙斗，右手往身后一背，心想，如果我當(dāng)總統(tǒng)，不僅西南護(hù)國(guó)軍不會(huì)答應(yīng)，就是馮國(guó)璋也不會(huì)同意。馮在反對(duì)袁世凱帝制活動(dòng)中，形成了在袁與護(hù)國(guó)軍之間的第三種勢(shì)力。如果讓徐世昌當(dāng)總統(tǒng)，他是袁的金蘭密友，而且是北洋軍閥“團(tuán)體精神”的主要塑造者，和袁兩人共同造就了北洋軍閥，而且此人足智多謀，是不好駕馭的。想來(lái)想去，只有讓黎元洪出任總統(tǒng)才比較妥當(dāng)。一來(lái)讓黎出任總統(tǒng)，名正言順，能擺平多方關(guān)系；二來(lái)黎手里沒(méi)有兵權(quán)。就讓黎元洪當(dāng)一個(gè)傀儡總統(tǒng)，大權(quán)仍操在我責(zé)任內(nèi)閣總理手里，豈不更妙！
段祺瑞沉默良久，便道：“很好！”
黎元洪繼任總統(tǒng)遂定。
梁?jiǎn)⒊缫烟岢鲆岳璐闹鲝垼业玫阶o(hù)國(guó)軍的贊同，那老袁在未死之前，對(duì)護(hù)國(guó)軍公開(kāi)提出由黎繼任大總統(tǒng)，對(duì)黎是否會(huì)公開(kāi)倒向護(hù)國(guó)軍方面，十分擔(dān)心，對(duì)黎防范甚嚴(yán)。他特派步軍統(tǒng)領(lǐng)江朝宗監(jiān)視黎的行動(dòng)，江密令黎私邸之守衛(wèi)隊(duì)長(zhǎng)：“無(wú)論如何不可使黎出東廠胡同一步?！?br/>
黎元洪不顧一切，竟在宅中放置一口空棺，以示其處境之險(xiǎn)惡。黎的左右親信都認(rèn)為，黎居虎穴，長(zhǎng)此以往，實(shí)難保證安全。于是秘書(shū)瞿瀛、郭泰祺等人，通過(guò)日本東方通信社駐北京社長(zhǎng)井上一葉，同日本公使小幡西吉，策劃了一個(gè)協(xié)助黎元洪出京到南方行使大總統(tǒng)職權(quán)的計(jì)劃。辦法是：黎宅與劉鐘秀宅一墻之隔，將墻鑿穿，讓黎易服鉆洞入劉宅，再由日人一葉駕同仁醫(yī)院病車(chē)，揚(yáng)言劉有急癥，須送醫(yī)院，遂馳車(chē)送黎疾馳東交民巷。即由小幡從東交民巷使館陪同黎元洪乘專車(chē)出京去天津，再由天津上船南下。
黎元洪同意這個(gè)計(jì)劃。不料出走前消息走漏，東廠胡同黎宅附近軍警密布，出走計(jì)劃告吹。
黎出走的消息，是他的家人向袁克定告密的。黎向妾危文繡流露將要出京之意，危文繡詰問(wèn)何往，元洪未明答，只說(shuō)：“將來(lái)再派人接你?！?br/>
危文繡早已受袁克定收買(mǎi)，因她與外交部特派湖北交涉員胡朝棟之妻為“手帕姊妹”，胡又與楊士琦過(guò)從甚密，從而接近袁克定，袁克定知胡妻常到黎家，特托付胡妻持價(jià)值2萬(wàn)元的珍珠贈(zèng)黎妾危文繡，使探黎動(dòng)靜。危文繡得知黎元洪欲出京消息后，即告胡朝棟，胡又告楊士琦、袁克定。黎元洪出走不成，并不十分懊惱，反而說(shuō)：“我是副總統(tǒng)，叫我易服鉆洞，豈不失了體統(tǒng)！”
袁世凱氣絕后，段祺瑞三往黎宅，勸黎根據(jù)約法代理總統(tǒng)。黎初聞袁死，將信將疑，先派長(zhǎng)女紹芬去袁家探視，紹芬回報(bào)后，方信袁死。他對(duì)段祺瑞說(shuō)：“項(xiàng)城聰明一世，不意竟有今日?！彼鞆乃饺舜婵钪心贸?0萬(wàn)元贈(zèng)袁家屬，為袁治喪。袁曾以10萬(wàn)元購(gòu)買(mǎi)東廠胡同宅邸贈(zèng)黎，黎以這種方式歸還。
對(duì)于接任總統(tǒng)一事，黎最初推辭不就，繼而又表示無(wú)力維持秩序。段毅然道：“公為副總統(tǒng)，當(dāng)然繼任。公出，北京秩序，祺瑞當(dāng)一人負(fù)責(zé)?！?br/>
1916年6月7日，黎元洪在東廠胡同宅邸前宣誓就職。
孫中山在上海發(fā)表宣言，要求政府恢復(fù)約法，尊重國(guó)會(huì)，即要求恢復(fù)民國(guó)元年的《臨時(shí)約法》，把被袁世凱解散的國(guó)會(huì)恢復(fù)起來(lái)。西南軍務(wù)院撫軍長(zhǎng)唐繼堯也于6月10日通電北京政府，提出恢復(fù)民元約法，召集舊國(guó)會(huì)，懲辦帝制禍?zhǔn)?，將抵制護(hù)國(guó)軍之軍隊(duì)撤回原地，召集軍事善后會(huì)議等4項(xiàng)條件，聲明北方如同意此條件，即可撤銷(xiāo)軍務(wù)院和取消西南各省獨(dú)立，云云。
段祺瑞對(duì)孫中山及西南護(hù)國(guó)軍的要求偏偏不理。又有國(guó)會(huì)議員孫洪伊、谷鐘秀等，在上海自行召集議員250多人，聯(lián)電致段祺瑞，要求恢復(fù)舊約法。
段祺瑞接此電報(bào)后，懷著極為矛盾的心情，與幕僚們研究對(duì)策，幾天來(lái)都拿不出應(yīng)付的辦法。作為總理，他主張責(zé)任內(nèi)閣制，而袁世凱的新約法的主要內(nèi)容則為總統(tǒng)制，與他的愿望相背；舊約法的主要內(nèi)容則是責(zé)任內(nèi)閣制，對(duì)他甚是有利。但恢復(fù)舊約法，國(guó)會(huì)也將隨之恢復(fù)。老袁非法廢止舊約法，非法解散了國(guó)會(huì)，國(guó)會(huì)問(wèn)題同約法問(wèn)題，乃是一個(gè)問(wèn)題的兩面。要責(zé)任內(nèi)閣制，就要舊約法和國(guó)會(huì)，國(guó)會(huì)之中，國(guó)民黨人占多數(shù)，一旦恢復(fù)，他想個(gè)人軍事獨(dú)裁便行不通。
在南北雙方就新舊約法問(wèn)題之爭(zhēng)陷入僵局時(shí)，不料駐滬海軍總司令李鼎新率海軍宣告獨(dú)立，聲明如不恢復(fù)《臨時(shí)約法》，不恢復(fù)國(guó)會(huì)，不新組織責(zé)任內(nèi)閣，海軍就拒不接受北京政府的命令。此時(shí)北洋集團(tuán)內(nèi)部中，江蘇將軍馮國(guó)璋、河南將軍趙倜等也主張恢復(fù)舊約法。
段祺瑞面對(duì)來(lái)自各方面的重大壓力，感到有點(diǎn)難以支持，不得不于6月29日接受南方條件。
于是，黎元洪以大總統(tǒng)的名義，發(fā)布命令說(shuō)：“共和國(guó)體，首重民意，民意所寄，厥惟憲法。憲法之成，專待國(guó)會(huì)。我中華民國(guó)國(guó)會(huì)自3年1月10日停止以后，時(shí)越兩載，迄未召?gòu)?fù)，以至開(kāi)國(guó)5年，憲法未定，大本不立，庶政無(wú)由進(jìn)行。亟應(yīng)召集國(guó)會(huì)，速定憲法，以協(xié)民志而固國(guó)本。憲法未定以前，仍遵行中華民國(guó)元年3月11日公布之臨時(shí)約法，至憲法成立為止?！?br/>
黎元洪還發(fā)布命令，定于8月1日召集國(guó)會(huì)復(fù)會(huì)。并下令裁撤參政院、肅政廳、北京軍政執(zhí)法處等機(jī)關(guān)。
關(guān)于約法問(wèn)題和國(guó)會(huì)問(wèn)題，段祺瑞雖然被迫屈服，但是懲辦帝制禍?zhǔn)讍?wèn)題，段又與西南各省爭(zhēng)執(zhí)。
西南方面提出懲辦的帝制禍?zhǔn)子校簵疃取O毓筠、嚴(yán)復(fù)、劉師培、李燮和、胡瑛所謂的“六君子”，和朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮(zhèn)芳、雷震春、袁乃寬所謂的“七兇”，合起來(lái)稱為十三太保。事實(shí)上，參加帝制活動(dòng)的豈止“十三太?！?，除了不計(jì)其數(shù)的政治流氓稱臣勸進(jìn)的而外，還有為袁家皇帝搖旗吶喊的各省北洋軍閥在內(nèi)。西南方面，認(rèn)為如果牽涉面過(guò)廣，可能會(huì)影響與北方的和平解決，因而只提出這些人，其余不究，希望北京政府懲辦，以便對(duì)全國(guó)人民有所交待。所謂的十三太保，不但是護(hù)國(guó)軍所指出的“內(nèi)亂重要罪犯”，應(yīng)當(dāng)“明正典刑以謝天下”，而且也是通國(guó)皆知的洪憲王朝的罪魁禍?zhǔn)?，?yīng)說(shuō)是絕對(duì)沒(méi)有逃避罪行的余地。
但是，段祺瑞等與不少帝制禍?zhǔn)拙哂醒庀嗦?lián)的關(guān)系，就替他們說(shuō)話。北京政府在研究這批禍?zhǔn)酌麊螘r(shí)，首先袁克定從彰德打來(lái)急電，為雷震春、張鎮(zhèn)芳乞情，這兩個(gè)人就從名單中剔出；隨后馮國(guó)璋為段芝貴乞情，李經(jīng)羲又力保嚴(yán)復(fù)和劉師培，說(shuō)他們是“當(dāng)代不可多得的人才”，名單上又剔出了這三個(gè)人；黎元洪認(rèn)為李燮和、胡瑛都是老同盟會(huì)會(huì)員，為了對(duì)國(guó)民黨表示善意，通緝禍?zhǔn)椎拿麊沃胁灰肆_列與國(guó)民黨有關(guān)的人物，因此這兩個(gè)國(guó)民黨變節(jié)分子也可逍遙法外了；袁乃寬因與袁世凱有同族之誼，段也把他的名字剔出了。這樣，“六君子”剩下“兩君子”，“七兇”剩下“三兇”，合起來(lái)“十三太保”，只剩下了“五太?！?。還有人替梁士詒乞情，說(shuō)他與銀行界具有深切關(guān)系，留著他替政府籌款也是好的。但黎元洪大不以為然，他說(shuō)：“那么，我們不下這道命令倒還好些?！币虼肆骸柏?cái)神”仍然榜上有名。
由于禍?zhǔn)椎娜藬?shù)越研究越少，北京政府自己也覺(jué)得交代不下，才又補(bǔ)進(jìn)了并非首要分子的顧鰲、夏壽田、薛大可三人，于7月14日以大總統(tǒng)名義發(fā)布命令，將這八人“拿交法庭，詳確訊鞫，嚴(yán)行懲辦，為后世戒。其余一律寬免”。
北京政府在懲辦令發(fā)表之前，預(yù)先示意榜上有名的人趕快離開(kāi)北京，因此，楊度、孫毓筠、梁士詒等從容不迫地由北京搬到天津，又由天津南下到上海、香港一帶，有的則被張勛召往徐州，禮為上賓。北京法庭自然也就沒(méi)有捉到一個(gè)禍?zhǔn)住?br/>
雖如此，西南護(hù)國(guó)軍也就滿足了。7月14日，護(hù)國(guó)軍撫軍長(zhǎng)唐繼堯、副軍長(zhǎng)岑春煊、政務(wù)委員長(zhǎng)梁?jiǎn)⒊澳戏礁魇≈T首領(lǐng)，聯(lián)名通電，撤銷(xiāo)軍務(wù)院，取消獨(dú)立。至此，南北實(shí)現(xiàn)了統(tǒng)一。
北京政府在下令恢復(fù)舊約法的那一天，黎元洪任命段祺瑞為國(guó)務(wù)總理，并發(fā)表：
唐紹儀為外交總長(zhǎng)許世英為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)
陳錦濤為財(cái)政總長(zhǎng)段祺瑞為陸軍總長(zhǎng)
程璧光為海軍總長(zhǎng)張耀曾為司法總長(zhǎng)
孫洪伊為教育總長(zhǎng)張國(guó)淦為農(nóng)商總長(zhǎng)
江大燮為交通總長(zhǎng)
唐紹儀未到任前，派陳錦濤代外交總長(zhǎng)。7月12日調(diào)任孫洪伊為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、范源濂為教育總長(zhǎng)、許世英為交通總長(zhǎng)，7月31日改派谷鐘秀為農(nóng)商總長(zhǎng)。
8月1日，國(guó)會(huì)議員們重集北京，召開(kāi)了國(guó)會(huì)。湯化龍、陳國(guó)祥當(dāng)選為眾議院正副議長(zhǎng)，王家襄、王正廷當(dāng)選為參議院正副議長(zhǎng)。黎元洪向國(guó)會(huì)宣誓就任總統(tǒng)。
北京政府又發(fā)布命令，各省將軍、巡按使改名為督軍、省長(zhǎng)，任命名單如下：
奉天督軍張作霖兼署奉天省長(zhǎng)
吉林督軍 孟恩遠(yuǎn)省長(zhǎng) 郭宗熙
山東督軍 張懷芝省長(zhǎng) 孫發(fā)緒
河南督軍 趙 倜省長(zhǎng) 田文烈
山西督軍 閻錫山省長(zhǎng) 沈銘昌
江蘇督軍 馮國(guó)璋省長(zhǎng) 齊耀琳
安徽督軍 張 勛省長(zhǎng) 倪嗣沖
江西督軍 李 純省長(zhǎng) 戚 揚(yáng)
福建督軍 李厚基省長(zhǎng) 胡瑞霖
浙江督軍 呂公望兼署浙江省長(zhǎng)
湖北督軍 王占元省長(zhǎng) 范守佑
湖南督軍 陳?ài)思媸鸷鲜￠L(zhǎng)
陜西督軍 陳樹(shù)藩兼陜西省長(zhǎng)
四川督軍 蔡鍔兼四川省長(zhǎng)
廣東督軍 陸榮廷省長(zhǎng) 朱慶瀾
廣西督軍 陳炳焜省長(zhǎng) 羅佩金
云南督軍 唐繼堯省長(zhǎng) 任可澄
貴州督軍 劉顯世省長(zhǎng) 戴 戡
直隸省長(zhǎng) 朱家寶兼署直隸督軍
黑龍江省長(zhǎng) 畢桂芳兼黑龍江督軍
甘肅省長(zhǎng) 張廣建兼署甘肅督軍
新疆省長(zhǎng) 楊增新兼署新疆督軍
又任命龍濟(jì)光為兩廣礦務(wù)督辦，湯薌銘為廣東查辦使，李烈鈞授以勛二位和陸軍上將銜，著即來(lái)京另候任用。
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