士兵們給黎元洪剪了辮子，天真的革命黨人以為黎元洪真的擁護革命，便歡呼雀躍，燃放鞭炮慶賀。其實，黎元洪之肯于此時剪掉辮子，是因為他看出武漢三鎮(zhèn)已歸民軍掌握，瑞澄經此炮擊，諒不敢再有舉動；縱然再來，也成不了什么氣候。至于張彪盤踞在漢口一隅的劉家廟，手無實力，更是掀不起風浪。革命形勢日有發(fā)展，他想就任新職，以迎合革命潮流。但又不肯明說，只好借剪辮子為題，來表示他轉變了態(tài)度。
當晚，在都督府召開軍事會議，黎元洪當眾慷慨宣布：
“我對于革命，自11日至13日上午，猶未下決心，此際心已決矣。自此以后，我即為軍政府之一人，不計成敗利鈍，與諸君共生死。今日革命軍起義，是推倒清朝，恢復漢土，廢除專制，建立共和的開始。承黨及軍、學界多數(shù)同志推戴兄弟為都督，我無德無學，何能擔此大任？但眾意難辭，自應受命。我等身為軍人，從此須抱破釜沉舟的精神，掃除一切顧慮，堅決去干。但革命必須有充分武力。同事中多不明宗旨，臨時走避，各位趕快通知他們，即速前來，以便擴充軍隊，準備戰(zhàn)爭，尤其老兵不得有逃走思想。品行端正或操課兼優(yōu)者，概以軍佐委任。擬即建議派員往說張彪回來，我讓都督席位，使他仍為我等之長官，兄弟愿往前方督師作戰(zhàn)；張彪如執(zhí)迷不悟，就是我們的敵人，我認為革命成功，有十萬分的把握。時間匆促，不多說了。各位回去盡其職責，速召集舊同事前來，鼓勵士兵，不使士兵有逃脫思想，這是目前要緊的任務?！?br/>
聽了黎元洪的講話，諸人欣喜若狂，會場之中，掌聲雷動。這表明黎元洪正式承認他為湖北軍政府的都督了，從此要就任了。
就在黎元洪公開轉變態(tài)度的次日，那譚人鳳、居正自上海來到武昌，他們帶著一大包手槍，于途已知武昌大勢，即奔諮議局，一到即由蔡濟民介紹與黎元洪見面，黎元洪即現(xiàn)出一幅可憐相道：
“革命二字，從未聞之，今強制我于此，豈非意外之事？”
黎元洪接任都督的最初一個時期，不知究竟同志若何？團體若何？事機若何？處處謹慎從事，凡事不多表態(tài)，現(xiàn)出一種莫測高深的模樣，他窺視對革命別有用心的舊官僚、政客，招引他們向革命黨人開展奪取軍政府的大權，他的盟友便是湯化龍為首的立憲派。湯化龍、胡瑞霖等人趁機向黎元洪靠攏，他們急欲設法使黎元洪真正掌握都督實權，排擠革命黨人。
譚人鳳、居正來武昌之后，對湖北軍政府的狀況頗不滿意，使黎元洪有了操縱大權的機會。當時軍政府既要招軍、組編軍隊，組織迎擊敵人；又要處理政務，發(fā)布各種函電、文告；制訂各種政策、紀律；安置各方來投靠的人；處理各種矛盾等等，真是繁忙混亂到了極點。加之首義諸子，大抵年少氣盛，動機雖正，計事實疏，既難容人，又輕于動作。故軍政府成立后，一切措置，頗有未盡之處。譚人鳳、居正目擊軍政府整日人來人往，熙熙攘攘，一片喧鬧，混亂非常，覺得有必要重新整頓軍政府，以加強軍政府的職能。居正首先想到的是加強都督的權威，因為有許多革命黨人著實瞧不起黎元洪，雖然擁戴他為都督，但對他既推重而又加以賤侮，甚至插刀拍案，嘲弄辱罵，居正頗慮主帥徒擁虛名，無以整肅三軍。
湯化龍、胡瑞霖等窺破居正的心思，便在軍政府大造輿論，說武昌起義乃“湯武革命”，必須舉行隆重儀式，以示順天應人。建議仿照古禮，筑壇祭天，以昭示光復大義，并祀列祖列宗。
居正贊成此議，因與謀略處商議，在閱馬場“設壇場，具禮儀，請都督誓師”。
黎元洪身著軍服，騎馬來到帥臺，各軍舉槍向都督致敬。然后，都督率各高級將校升壇面南。臺中設黃帝神主，擺香案，置玄酒、太牢（以小黃牛代），兩旁旗劍分列。先由都督率眾將校面對香案跪下，行免冠四叩禮，繼由都督親讀祭文。然后由譚人鳳代表同盟會向黎授旗授劍，接著便是黎元洪慷慨誓師。
一時臺下歡聲雷動，全軍舉槍，三呼中華民國萬歲！4萬萬同胞萬歲！黎都督萬歲！黎元洪威風空前，興奮異常。隨即請居正演講同盟會革命之精神及創(chuàng)立民國之意義。居正大聲疾呼，聽眾鼓掌。最后黎元洪下臺閱兵，繞場巡視一周。
如此用封建帝王祭天的古老形式來樹立黎元洪的權威，埋下了辛亥革命最后失敗的種子，對那些為革命拋頭顱、灑熱血的資產階級革命志士，不啻是一種污辱。
瑞澄倉皇逃出武昌，登上楚豫兵艦，連夜給清廷發(fā)了一個十萬火急的電報：“叛軍占領省城，速派知兵大員率領北洋第1鎮(zhèn)勁旅，多帶槍炮，配足彈藥，刻日乘坐專車來鄂剿辦?！鼻逋⒔拥阶鄨螅q如晴天霹靂，驚恐萬狀。下令將瑞澄革職，命陸軍大臣蔭昌為第1軍軍統(tǒng)，統(tǒng)率約一鎮(zhèn)兵力迅即南下剿辦；另加派北洋悍將、軍諮府正使馮國璋為第2軍軍統(tǒng)，統(tǒng)率約一鎮(zhèn)兵力為預備隊，又令河南巡撫寶芬就近調派第52標張錫元統(tǒng)率兩個營前赴漢口，與張彪殘部匯合。
黎元洪不聽譚人鳳等人的勸告，以“新造之卒軍械不完備、戰(zhàn)斗力薄弱”為詞，遂不出兵。譚人鳳見黎對戰(zhàn)事一再延宕，焦灼萬分，遂邀集部隊軍官入都督府，對大家說明形勢危急，決定一致脅迫黎元洪下攻擊令，倘再猶豫，欲為清廷作留守，當以手槍餉之。黎元洪命令舊軍官原第2協(xié)統(tǒng)領何錫蕃為漢口前線指揮官，率革命軍1300余人向劉家廟之敵發(fā)起進攻。
由于革命軍斗志昂揚，士氣旺盛，作戰(zhàn)極為英勇；人民群眾熱烈支援革命軍，一般軍民均不畏死，面對清軍，大有滅此朝食之慨。10月18日攻打劉家廟首戰(zhàn)告捷，打死清軍400余人，傷者更多。拆毀京漢鐵路十余丈，使載有兩標清軍的一列火車脫軌，清軍死傷枕籍。19日革命軍出動3000人，勝利占領劉家廟車站，清軍丟盔棄甲，向北潰退至灄口三道橋以北，遺棄載有糧食、彈藥、被服等軍需物資的列車約10余輛。
攻占劉家廟之后，本應乘勝前進，驅清軍于漢口郊區(qū)以外?？墒窃诤五a蕃指揮下，僅追敵至三道橋而止，使清軍得以在橋北設防固守，以后革命軍隊再想通過三道橋，進攻灄口之敵，遭到橋北敵軍機槍猛烈掃射，傷亡慘重，越過三道橋的可能性不大，只得退回原來的陣地。
清軍大部陸續(xù)南下，北洋軍第4鎮(zhèn)和第2鎮(zhèn)的第3協(xié)共2萬多人，已經布置在孝感、祁家灣、灄口一帶，并從北方運來了大批退管炮和馬克心式機關槍等新式武器。清廷正在準備起用袁世凱，袁的頭號大將馮國璋已取代了蔭昌，在孝感設立司令部，直接指揮對漢口的進攻。
黎元洪任命舊軍官張景良為漢口前線指揮官。不久革命軍又加派張廷輔統(tǒng)率的第4協(xié)、熊秉坤統(tǒng)率的第5協(xié)、蔡德懋統(tǒng)率的炮兵第2標和方興、馬榮統(tǒng)率的敢死隊增援漢口。所以從26日雙方戰(zhàn)斗又激烈起來。
27日、28日兩天的激烈戰(zhàn)斗，革命軍傷亡達2000余人，清軍死傷人數(shù)大致與此相當。
正當漢口前線緊張鏖戰(zhàn)之時，探悉前線總指揮張景良（投黎元洪的舊軍官）在漢口后城馬路與原第8鎮(zhèn)正參謀官劉錫祺密商暗害革命軍陰謀。漢口軍政分府負責人詹大悲親自審訊劉、張二人，證實劉確為清軍奸細。詹大悲認為此二人非處死不可，遂報告黎元洪，請示辦法，黎命將二人解至軍政府審問。詹大悲對黎不放心，認為若把張、劉解到軍政府，一定會“從寬赦免”，甚至會受到重用，便在漢口江漢關將二人槍決，梟首示眾。
正在漢口戰(zhàn)役進入極端艱苦的危難時刻，國內同盟會主要負責人黃興偕宋教仁、田桐、李書城等由上海抵達漢口，渡江抵武昌。
武昌起義時黃興正在香港，得到消息后，立即回到上海，并作出即赴武漢的決定。這位以領導歷次武裝起義著稱、為民主革命立下赫赫戰(zhàn)功的革命功臣的到來，使武漢軍民為之一振。黎元洪更感到如釋重負，對黃、宋抵鄂，亦喜形于色，對這兩位同盟會領袖的態(tài)度，備極謙恭。
黃興片刻不曾休息，即與各方面負責人集議漢口戰(zhàn)事。經商談后，知漢口形勢已然危急，難于從根本上扭轉局勢，但見士氣可用，加上革命同志的積極主戰(zhàn)，便不計個人利害，自告奮勇，率師督戰(zhàn)，得到革命黨人和軍政府各方面負責人的一致贊同，遂公推黃興為總司令，到漢口組織反攻。
黃興偕居正、田桐、蔣翊武、胡瑛、蔡濟民等率隊渡江。臨行時，黎元洪告誡諸將曰：“諸事惟黃先生之命是聽！”諸將皆敬諾。
黎元洪為安定人心，命人趕制1丈2尺長的“黃”字大旗兩面，一面由領隊人高舉前導，使武漢人民都知道黃興到漢口督戰(zhàn)；另一面插在總司令部的門前。表示黃興在此，借以振奮軍心。
黃興等來到漢口前線時，軍民已退至漢口中心區(qū)。黃興對眾人道：“如不急謀進攻，包圍圈會越縮越小，形勢將愈形危急?！庇谑菦Q定將援兵分成兩部，采取攻勢。背負長江、漢水，只能背水一戰(zhàn)。
黃興尚未部署完畢，即接到報告，清軍已進至六渡橋，炮兵2標統(tǒng)帶蔡德懋、第4協(xié)統(tǒng)領謝元愷陣亡，敢死隊長馬榮、工程隊長李忠孝戰(zhàn)死，何錫蕃受傷。馬榮尸體被清軍剝膚剖心。黃興聞訊大怒，立即帶領江防軍出戰(zhàn)。
清軍聞黃興名，俱膽落。黃揮隊猛撲，清軍反奔，直追抵劉家廟。
但由于敵軍武器精良，且軍隊人數(shù)眾寡懸殊，革命軍對失去陣地雖得而不敢守，仍退回原地防御。
馮國璋到達漢口前線，親臨指揮。他竟兇殘地傳令各部清軍火燒漢口。繁華的漢口市區(qū)成為一片火海，堅持巷戰(zhàn)的革命軍被迫節(jié)節(jié)后退，11月1日下午退往漢陽，當天夜間，漢口終于淪陷敵手。
漢口戰(zhàn)事結束，漢陽之戰(zhàn)開始。
經過漢口戰(zhàn)役的殊死戰(zhàn)斗，革命軍人數(shù)銳減，調到漢陽的兵力，總數(shù)不足5000人，另有湖南來援的兩個協(xié)，總共亦不過一萬三四千人。來自湖南的兩個協(xié)援軍，是訓練精良的新軍，和那些漢陽前線作戰(zhàn)的衣衫襤褸，裝備低劣的新募士兵大不相同。他們的到來，使?jié)h陽的守軍增添了信心，黃興十分高興。
正在這時，在武昌的一些同盟會會員討論讓黃興取代黎元洪作為湖北軍政府的首腦問題。
同黃興同來的同盟會領導人宋教仁、田桐、李書城等，以及湖北革命黨人居正、蔣翊武、楊王鵬等人力主擁護黃興為兩湖大都督，或稱南方民軍總司令，地位和職權均在黎元洪之上。11月2日晚，宋教仁、居正、田桐等部分黨人及軍政府有關人員舉行了一次秘密會議，居正提議推舉黃興為兩湖大都督，受到革命黨人的熱烈擁護。但是，那舊派人物吳兆麟?yún)s提出反對意見。他站出來滔滔不絕地羅列了6條理由，反對黃興為兩湖大都督，引起一場激烈的爭論。
革命黨人不敢堅持原則，在辯論中顯然也沒抓到要害，他們既不敢公開揭發(fā)黎元洪、湯化龍等排擠革命黨人的反動企圖，又不敢公然為革命爭奪領導權。相反，吳兆麟強調更換都督將引起軍隊內部分裂和帝國主義干涉的指責，倒是觸動了革命黨人的隱憂。吳兆麟這么一說，宋教仁馬上退縮了，于是大家決議，推黃興為戰(zhàn)時總司令，所有軍隊均聽其節(jié)制調遣。
對戰(zhàn)時總司令的職權和出任方式又出現(xiàn)了爭論：黨人主張與黎元洪分權，總司令的名義由“公推”產生，不經黎元洪委任。舊派人物則以“統(tǒng)一事權”為理由，力主由黎元洪委任。那湯化龍、胡瑞霖道：“黃興由黎元洪委任，就是團結一致的最好機會，不可更張，以生內亂?！边@種主張獲得通過。
次日，黎元洪以最高權威、開國元勛的身份，在武昌閱馬場“拜將臺”上，效法漢朝劉邦拜韓信為大將的故事，授予黃興戰(zhàn)時總司令的印信、委任狀和令箭。
黃興在壇拜將典禮后，即于當日率領有關人員渡江，在漢陽西門外昭忠祠設戰(zhàn)時總司令部。在籌劃戰(zhàn)守方針時，軍政府參謀部副部長吳兆麟、軍務部部長孫武同戰(zhàn)時總司令部黃興、李書城等發(fā)生分歧。黃興、李書城等人主張乘漢口清軍立足未穩(wěn)，集中兵力反攻漢口，而對于孝感、新溝、蔡甸一線，則憑堅固守。吳兆麟、孫武則認為民軍新兵多，缺乏大炮、機槍，且漢口挫折后，元氣尚未恢復，只能憑借漢水固守漢陽，以疲清軍而待各省響應。
由于黃興沒有采納吳兆麟的意見，吳便到都督府向黎元洪反映，希望黎能親自出面阻止黃興。黎元洪沉吟道：“據(jù)黃興派李書城來言，現(xiàn)在攻擊計劃已定，頗有把握，我亦不便阻止?！?br/>
黃興也到武昌見黎元洪道：“現(xiàn)在各地紛紛響應，宣布獨立的省份已超過全國半數(shù)以上，如能攻下漢口，起義的省份將更多，清廷勢不能支，非垮臺不可。”那黎元洪對黃興的說法心里雖不盡然，表面上卻唯唯稱是。
反攻戰(zhàn)斗非常激烈。16日下午，隊伍待命出擊。當晚，他們渡過漢水，勝利地建立了灘頭陣地。但是，遇到了敵人的猛烈抵抗，經過24小時的連續(xù)戰(zhàn)斗，革命軍損失慘重，800余名傷亡。黃興在撤退中也幾乎喪生。一個敵兵在離黃興很近處準備向他開槍，被跟隨黃興的日本友人萱野長知發(fā)覺，向黃報警，黃興迅速轉身，一刀把那個敵人砍死。這次反攻失利，使黃興極為沉痛，幾不欲生。
黎元洪派蔣翊武到漢陽慰勉黃興，謂漢陽有襄河之險，且系武昌保障，仍要固守。此時之敗不足慮也，一俟各省援軍齊到，再圖恢復可耳。
黃興召集軍事會議，確定憑借漢水之險，固守漢陽。從此，革命軍完全處于被動的防御地位。
在革命軍謀攻漢口之時，清軍除留主力部隊守在漢口龍王廟至玉帶門一帶防止革命軍強渡漢水外，另派出兩支部隊迂回進攻漢陽。琴斷河以東，依次密布著美娘山、仙女山、鍋底山、扁擔山、湯家山和磨盤山，居高臨下，形勢險要，成為漢陽城兩側的天然屏障。革命軍在這一帶設置了防守漢陽的一道防線。但是，馮國璋調動了3萬人的精銳部隊向漢陽發(fā)動了進攻。從21日至26日，革命軍同清軍雙方為爭奪這一帶險要山地而展開激烈的戰(zhàn)斗。革命軍付出重大犧牲，與優(yōu)勢火力的清軍展開艱苦的拉鋸戰(zhàn)，幾個山頭失而復得，得而復失，最后終于落入敵手。25日，湖南援軍第1協(xié)統(tǒng)領王隆中擅自率部撤離前線，后又擅自率部潛回湖南，第2協(xié)統(tǒng)領甘興曲，則率部退往湘南岳州。
黃興見湘軍既撤，漢陽形勢危急，恐兵工廠為敵所用，經大家議決，暗將兵工廠一切緊要部件及所余槍枝彈藥搬運武昌儲存，以免資敵。
27日凌晨，清軍突破十里鋪防線，沿大道向漢陽城推進。同時，漢口清軍也由硚口渡過漢水，進占鋼藥廠、兵工廠，并奪取龜山炮臺。
黃興逐日至前線親自督戰(zhàn)，每日敵炮落在咫尺，不為所動，隨從人員輒強拽以避。其英勇如此。黃興看到敗勢已不能挽回，憤不欲生，黎元洪派人來勸慰，并請回武昌休息。
黃興于27日渡江回武昌，革命軍也全部撤回武昌，漢陽失守。
黃興在軍政府會議上報告了漢陽失利情況及原因。最后，他說道：“為今之計，只有棄武昌而援南京，若得南京，然后組織北伐精銳軍隊，再圖恢復?！秉S興說完，黎元洪立即站起身來，表示贊同，并征求眾人同意。
剛從日本留學回國的老日知會會員、同盟會會員范騰霄起立發(fā)言：“武昌關系全國，不啻如人身之首腦，首腦有失，民國生命岌岌危矣。如棄城不守，風聲所播，敵即欲入武昌而可得，是自絕也。我無數(shù)流血志士艱難締造之新起民國，其血食將由此而斬！”
范騰霄又從戰(zhàn)術上分析了漢口、漢陽雖失，武昌仍舊可保。他最后高呼：“敢大膽請諸君一決，贊成死守武昌者，起立舉手！”
話未畢，全體齊舉手，歡聲雷動。大家紛紛表示：“頭可斷，武昌不可棄！”軍務部副長張振武拔出手槍，大聲喝道：
“倘再有言退者，即殺之！”
黃興只好放棄己見，約同李書城、田桐一起回上海而去。
黃興是否真的提出放棄武昌，敗走南京的計劃，已不可知。有人分析認為，黃興不可能提出這樣的計劃，因為武昌、南京相距遙遠，這樣的長途軍事行動，既乏補給，又缺交通運輸工具，又可能遇有敵人途中襲擊的危險，是個不可能實現(xiàn)的冒險計劃。那么，為什么又有黃興建議撤軍武昌的說法呢？有人認為，這是湖北某些軍閥政客出于某種政治上的原因，挑起人們對黃興的惡感而蓄意捏造的。
黃興在漢口和漢陽之戰(zhàn)中，在眾寡懸殊形勢下，率領革命黨人舍身捐軀，竭智盡力，做了他可能做的一切。在堅守漢口的日子里，有5個省脫離清朝，在堅守漢陽的日子里，又有10多個省宣布獨立，黃興是當之無愧的英雄也。
當晚，在都督府召開軍事會議，黎元洪當眾慷慨宣布：
“我對于革命，自11日至13日上午，猶未下決心，此際心已決矣。自此以后，我即為軍政府之一人，不計成敗利鈍，與諸君共生死。今日革命軍起義，是推倒清朝，恢復漢土，廢除專制，建立共和的開始。承黨及軍、學界多數(shù)同志推戴兄弟為都督，我無德無學，何能擔此大任？但眾意難辭，自應受命。我等身為軍人，從此須抱破釜沉舟的精神，掃除一切顧慮，堅決去干。但革命必須有充分武力。同事中多不明宗旨，臨時走避，各位趕快通知他們，即速前來，以便擴充軍隊，準備戰(zhàn)爭，尤其老兵不得有逃走思想。品行端正或操課兼優(yōu)者，概以軍佐委任。擬即建議派員往說張彪回來，我讓都督席位，使他仍為我等之長官，兄弟愿往前方督師作戰(zhàn)；張彪如執(zhí)迷不悟，就是我們的敵人，我認為革命成功，有十萬分的把握。時間匆促，不多說了。各位回去盡其職責，速召集舊同事前來，鼓勵士兵，不使士兵有逃脫思想，這是目前要緊的任務?！?br/>
聽了黎元洪的講話，諸人欣喜若狂，會場之中，掌聲雷動。這表明黎元洪正式承認他為湖北軍政府的都督了，從此要就任了。
就在黎元洪公開轉變態(tài)度的次日，那譚人鳳、居正自上海來到武昌，他們帶著一大包手槍，于途已知武昌大勢，即奔諮議局，一到即由蔡濟民介紹與黎元洪見面，黎元洪即現(xiàn)出一幅可憐相道：
“革命二字，從未聞之，今強制我于此，豈非意外之事？”
黎元洪接任都督的最初一個時期，不知究竟同志若何？團體若何？事機若何？處處謹慎從事，凡事不多表態(tài)，現(xiàn)出一種莫測高深的模樣，他窺視對革命別有用心的舊官僚、政客，招引他們向革命黨人開展奪取軍政府的大權，他的盟友便是湯化龍為首的立憲派。湯化龍、胡瑞霖等人趁機向黎元洪靠攏，他們急欲設法使黎元洪真正掌握都督實權，排擠革命黨人。
譚人鳳、居正來武昌之后，對湖北軍政府的狀況頗不滿意，使黎元洪有了操縱大權的機會。當時軍政府既要招軍、組編軍隊，組織迎擊敵人；又要處理政務，發(fā)布各種函電、文告；制訂各種政策、紀律；安置各方來投靠的人；處理各種矛盾等等，真是繁忙混亂到了極點。加之首義諸子，大抵年少氣盛，動機雖正，計事實疏，既難容人，又輕于動作。故軍政府成立后，一切措置，頗有未盡之處。譚人鳳、居正目擊軍政府整日人來人往，熙熙攘攘，一片喧鬧，混亂非常，覺得有必要重新整頓軍政府，以加強軍政府的職能。居正首先想到的是加強都督的權威，因為有許多革命黨人著實瞧不起黎元洪，雖然擁戴他為都督，但對他既推重而又加以賤侮，甚至插刀拍案，嘲弄辱罵，居正頗慮主帥徒擁虛名，無以整肅三軍。
湯化龍、胡瑞霖等窺破居正的心思，便在軍政府大造輿論，說武昌起義乃“湯武革命”，必須舉行隆重儀式，以示順天應人。建議仿照古禮，筑壇祭天，以昭示光復大義，并祀列祖列宗。
居正贊成此議，因與謀略處商議，在閱馬場“設壇場，具禮儀，請都督誓師”。
黎元洪身著軍服，騎馬來到帥臺，各軍舉槍向都督致敬。然后，都督率各高級將校升壇面南。臺中設黃帝神主，擺香案，置玄酒、太牢（以小黃牛代），兩旁旗劍分列。先由都督率眾將校面對香案跪下，行免冠四叩禮，繼由都督親讀祭文。然后由譚人鳳代表同盟會向黎授旗授劍，接著便是黎元洪慷慨誓師。
一時臺下歡聲雷動，全軍舉槍，三呼中華民國萬歲！4萬萬同胞萬歲！黎都督萬歲！黎元洪威風空前，興奮異常。隨即請居正演講同盟會革命之精神及創(chuàng)立民國之意義。居正大聲疾呼，聽眾鼓掌。最后黎元洪下臺閱兵，繞場巡視一周。
如此用封建帝王祭天的古老形式來樹立黎元洪的權威，埋下了辛亥革命最后失敗的種子，對那些為革命拋頭顱、灑熱血的資產階級革命志士，不啻是一種污辱。
瑞澄倉皇逃出武昌，登上楚豫兵艦，連夜給清廷發(fā)了一個十萬火急的電報：“叛軍占領省城，速派知兵大員率領北洋第1鎮(zhèn)勁旅，多帶槍炮，配足彈藥，刻日乘坐專車來鄂剿辦?！鼻逋⒔拥阶鄨螅q如晴天霹靂，驚恐萬狀。下令將瑞澄革職，命陸軍大臣蔭昌為第1軍軍統(tǒng)，統(tǒng)率約一鎮(zhèn)兵力迅即南下剿辦；另加派北洋悍將、軍諮府正使馮國璋為第2軍軍統(tǒng)，統(tǒng)率約一鎮(zhèn)兵力為預備隊，又令河南巡撫寶芬就近調派第52標張錫元統(tǒng)率兩個營前赴漢口，與張彪殘部匯合。
黎元洪不聽譚人鳳等人的勸告，以“新造之卒軍械不完備、戰(zhàn)斗力薄弱”為詞，遂不出兵。譚人鳳見黎對戰(zhàn)事一再延宕，焦灼萬分，遂邀集部隊軍官入都督府，對大家說明形勢危急，決定一致脅迫黎元洪下攻擊令，倘再猶豫，欲為清廷作留守，當以手槍餉之。黎元洪命令舊軍官原第2協(xié)統(tǒng)領何錫蕃為漢口前線指揮官，率革命軍1300余人向劉家廟之敵發(fā)起進攻。
由于革命軍斗志昂揚，士氣旺盛，作戰(zhàn)極為英勇；人民群眾熱烈支援革命軍，一般軍民均不畏死，面對清軍，大有滅此朝食之慨。10月18日攻打劉家廟首戰(zhàn)告捷，打死清軍400余人，傷者更多。拆毀京漢鐵路十余丈，使載有兩標清軍的一列火車脫軌，清軍死傷枕籍。19日革命軍出動3000人，勝利占領劉家廟車站，清軍丟盔棄甲，向北潰退至灄口三道橋以北，遺棄載有糧食、彈藥、被服等軍需物資的列車約10余輛。
攻占劉家廟之后，本應乘勝前進，驅清軍于漢口郊區(qū)以外?？墒窃诤五a蕃指揮下，僅追敵至三道橋而止，使清軍得以在橋北設防固守，以后革命軍隊再想通過三道橋，進攻灄口之敵，遭到橋北敵軍機槍猛烈掃射，傷亡慘重，越過三道橋的可能性不大，只得退回原來的陣地。
清軍大部陸續(xù)南下，北洋軍第4鎮(zhèn)和第2鎮(zhèn)的第3協(xié)共2萬多人，已經布置在孝感、祁家灣、灄口一帶，并從北方運來了大批退管炮和馬克心式機關槍等新式武器。清廷正在準備起用袁世凱，袁的頭號大將馮國璋已取代了蔭昌，在孝感設立司令部，直接指揮對漢口的進攻。
黎元洪任命舊軍官張景良為漢口前線指揮官。不久革命軍又加派張廷輔統(tǒng)率的第4協(xié)、熊秉坤統(tǒng)率的第5協(xié)、蔡德懋統(tǒng)率的炮兵第2標和方興、馬榮統(tǒng)率的敢死隊增援漢口。所以從26日雙方戰(zhàn)斗又激烈起來。
27日、28日兩天的激烈戰(zhàn)斗，革命軍傷亡達2000余人，清軍死傷人數(shù)大致與此相當。
正當漢口前線緊張鏖戰(zhàn)之時，探悉前線總指揮張景良（投黎元洪的舊軍官）在漢口后城馬路與原第8鎮(zhèn)正參謀官劉錫祺密商暗害革命軍陰謀。漢口軍政分府負責人詹大悲親自審訊劉、張二人，證實劉確為清軍奸細。詹大悲認為此二人非處死不可，遂報告黎元洪，請示辦法，黎命將二人解至軍政府審問。詹大悲對黎不放心，認為若把張、劉解到軍政府，一定會“從寬赦免”，甚至會受到重用，便在漢口江漢關將二人槍決，梟首示眾。
正在漢口戰(zhàn)役進入極端艱苦的危難時刻，國內同盟會主要負責人黃興偕宋教仁、田桐、李書城等由上海抵達漢口，渡江抵武昌。
武昌起義時黃興正在香港，得到消息后，立即回到上海，并作出即赴武漢的決定。這位以領導歷次武裝起義著稱、為民主革命立下赫赫戰(zhàn)功的革命功臣的到來，使武漢軍民為之一振。黎元洪更感到如釋重負，對黃、宋抵鄂，亦喜形于色，對這兩位同盟會領袖的態(tài)度，備極謙恭。
黃興片刻不曾休息，即與各方面負責人集議漢口戰(zhàn)事。經商談后，知漢口形勢已然危急，難于從根本上扭轉局勢，但見士氣可用，加上革命同志的積極主戰(zhàn)，便不計個人利害，自告奮勇，率師督戰(zhàn)，得到革命黨人和軍政府各方面負責人的一致贊同，遂公推黃興為總司令，到漢口組織反攻。
黃興偕居正、田桐、蔣翊武、胡瑛、蔡濟民等率隊渡江。臨行時，黎元洪告誡諸將曰：“諸事惟黃先生之命是聽！”諸將皆敬諾。
黎元洪為安定人心，命人趕制1丈2尺長的“黃”字大旗兩面，一面由領隊人高舉前導，使武漢人民都知道黃興到漢口督戰(zhàn)；另一面插在總司令部的門前。表示黃興在此，借以振奮軍心。
黃興等來到漢口前線時，軍民已退至漢口中心區(qū)。黃興對眾人道：“如不急謀進攻，包圍圈會越縮越小，形勢將愈形危急?！庇谑菦Q定將援兵分成兩部，采取攻勢。背負長江、漢水，只能背水一戰(zhàn)。
黃興尚未部署完畢，即接到報告，清軍已進至六渡橋，炮兵2標統(tǒng)帶蔡德懋、第4協(xié)統(tǒng)領謝元愷陣亡，敢死隊長馬榮、工程隊長李忠孝戰(zhàn)死，何錫蕃受傷。馬榮尸體被清軍剝膚剖心。黃興聞訊大怒，立即帶領江防軍出戰(zhàn)。
清軍聞黃興名，俱膽落。黃揮隊猛撲，清軍反奔，直追抵劉家廟。
但由于敵軍武器精良，且軍隊人數(shù)眾寡懸殊，革命軍對失去陣地雖得而不敢守，仍退回原地防御。
馮國璋到達漢口前線，親臨指揮。他竟兇殘地傳令各部清軍火燒漢口。繁華的漢口市區(qū)成為一片火海，堅持巷戰(zhàn)的革命軍被迫節(jié)節(jié)后退，11月1日下午退往漢陽，當天夜間，漢口終于淪陷敵手。
漢口戰(zhàn)事結束，漢陽之戰(zhàn)開始。
經過漢口戰(zhàn)役的殊死戰(zhàn)斗，革命軍人數(shù)銳減，調到漢陽的兵力，總數(shù)不足5000人，另有湖南來援的兩個協(xié)，總共亦不過一萬三四千人。來自湖南的兩個協(xié)援軍，是訓練精良的新軍，和那些漢陽前線作戰(zhàn)的衣衫襤褸，裝備低劣的新募士兵大不相同。他們的到來，使?jié)h陽的守軍增添了信心，黃興十分高興。
正在這時，在武昌的一些同盟會會員討論讓黃興取代黎元洪作為湖北軍政府的首腦問題。
同黃興同來的同盟會領導人宋教仁、田桐、李書城等，以及湖北革命黨人居正、蔣翊武、楊王鵬等人力主擁護黃興為兩湖大都督，或稱南方民軍總司令，地位和職權均在黎元洪之上。11月2日晚，宋教仁、居正、田桐等部分黨人及軍政府有關人員舉行了一次秘密會議，居正提議推舉黃興為兩湖大都督，受到革命黨人的熱烈擁護。但是，那舊派人物吳兆麟?yún)s提出反對意見。他站出來滔滔不絕地羅列了6條理由，反對黃興為兩湖大都督，引起一場激烈的爭論。
革命黨人不敢堅持原則，在辯論中顯然也沒抓到要害，他們既不敢公開揭發(fā)黎元洪、湯化龍等排擠革命黨人的反動企圖，又不敢公然為革命爭奪領導權。相反，吳兆麟強調更換都督將引起軍隊內部分裂和帝國主義干涉的指責，倒是觸動了革命黨人的隱憂。吳兆麟這么一說，宋教仁馬上退縮了，于是大家決議，推黃興為戰(zhàn)時總司令，所有軍隊均聽其節(jié)制調遣。
對戰(zhàn)時總司令的職權和出任方式又出現(xiàn)了爭論：黨人主張與黎元洪分權，總司令的名義由“公推”產生，不經黎元洪委任。舊派人物則以“統(tǒng)一事權”為理由，力主由黎元洪委任。那湯化龍、胡瑞霖道：“黃興由黎元洪委任，就是團結一致的最好機會，不可更張，以生內亂?！边@種主張獲得通過。
次日，黎元洪以最高權威、開國元勛的身份，在武昌閱馬場“拜將臺”上，效法漢朝劉邦拜韓信為大將的故事，授予黃興戰(zhàn)時總司令的印信、委任狀和令箭。
黃興在壇拜將典禮后，即于當日率領有關人員渡江，在漢陽西門外昭忠祠設戰(zhàn)時總司令部。在籌劃戰(zhàn)守方針時，軍政府參謀部副部長吳兆麟、軍務部部長孫武同戰(zhàn)時總司令部黃興、李書城等發(fā)生分歧。黃興、李書城等人主張乘漢口清軍立足未穩(wěn)，集中兵力反攻漢口，而對于孝感、新溝、蔡甸一線，則憑堅固守。吳兆麟、孫武則認為民軍新兵多，缺乏大炮、機槍，且漢口挫折后，元氣尚未恢復，只能憑借漢水固守漢陽，以疲清軍而待各省響應。
由于黃興沒有采納吳兆麟的意見，吳便到都督府向黎元洪反映，希望黎能親自出面阻止黃興。黎元洪沉吟道：“據(jù)黃興派李書城來言，現(xiàn)在攻擊計劃已定，頗有把握，我亦不便阻止?！?br/>
黃興也到武昌見黎元洪道：“現(xiàn)在各地紛紛響應，宣布獨立的省份已超過全國半數(shù)以上，如能攻下漢口，起義的省份將更多，清廷勢不能支，非垮臺不可。”那黎元洪對黃興的說法心里雖不盡然，表面上卻唯唯稱是。
反攻戰(zhàn)斗非常激烈。16日下午，隊伍待命出擊。當晚，他們渡過漢水，勝利地建立了灘頭陣地。但是，遇到了敵人的猛烈抵抗，經過24小時的連續(xù)戰(zhàn)斗，革命軍損失慘重，800余名傷亡。黃興在撤退中也幾乎喪生。一個敵兵在離黃興很近處準備向他開槍，被跟隨黃興的日本友人萱野長知發(fā)覺，向黃報警，黃興迅速轉身，一刀把那個敵人砍死。這次反攻失利，使黃興極為沉痛，幾不欲生。
黎元洪派蔣翊武到漢陽慰勉黃興，謂漢陽有襄河之險，且系武昌保障，仍要固守。此時之敗不足慮也，一俟各省援軍齊到，再圖恢復可耳。
黃興召集軍事會議，確定憑借漢水之險，固守漢陽。從此，革命軍完全處于被動的防御地位。
在革命軍謀攻漢口之時，清軍除留主力部隊守在漢口龍王廟至玉帶門一帶防止革命軍強渡漢水外，另派出兩支部隊迂回進攻漢陽。琴斷河以東，依次密布著美娘山、仙女山、鍋底山、扁擔山、湯家山和磨盤山，居高臨下，形勢險要，成為漢陽城兩側的天然屏障。革命軍在這一帶設置了防守漢陽的一道防線。但是，馮國璋調動了3萬人的精銳部隊向漢陽發(fā)動了進攻。從21日至26日，革命軍同清軍雙方為爭奪這一帶險要山地而展開激烈的戰(zhàn)斗。革命軍付出重大犧牲，與優(yōu)勢火力的清軍展開艱苦的拉鋸戰(zhàn)，幾個山頭失而復得，得而復失，最后終于落入敵手。25日，湖南援軍第1協(xié)統(tǒng)領王隆中擅自率部撤離前線，后又擅自率部潛回湖南，第2協(xié)統(tǒng)領甘興曲，則率部退往湘南岳州。
黃興見湘軍既撤，漢陽形勢危急，恐兵工廠為敵所用，經大家議決，暗將兵工廠一切緊要部件及所余槍枝彈藥搬運武昌儲存，以免資敵。
27日凌晨，清軍突破十里鋪防線，沿大道向漢陽城推進。同時，漢口清軍也由硚口渡過漢水，進占鋼藥廠、兵工廠，并奪取龜山炮臺。
黃興逐日至前線親自督戰(zhàn)，每日敵炮落在咫尺，不為所動，隨從人員輒強拽以避。其英勇如此。黃興看到敗勢已不能挽回，憤不欲生，黎元洪派人來勸慰，并請回武昌休息。
黃興于27日渡江回武昌，革命軍也全部撤回武昌，漢陽失守。
黃興在軍政府會議上報告了漢陽失利情況及原因。最后，他說道：“為今之計，只有棄武昌而援南京，若得南京，然后組織北伐精銳軍隊，再圖恢復?！秉S興說完，黎元洪立即站起身來，表示贊同，并征求眾人同意。
剛從日本留學回國的老日知會會員、同盟會會員范騰霄起立發(fā)言：“武昌關系全國，不啻如人身之首腦，首腦有失，民國生命岌岌危矣。如棄城不守，風聲所播，敵即欲入武昌而可得，是自絕也。我無數(shù)流血志士艱難締造之新起民國，其血食將由此而斬！”
范騰霄又從戰(zhàn)術上分析了漢口、漢陽雖失，武昌仍舊可保。他最后高呼：“敢大膽請諸君一決，贊成死守武昌者，起立舉手！”
話未畢，全體齊舉手，歡聲雷動。大家紛紛表示：“頭可斷，武昌不可棄！”軍務部副長張振武拔出手槍，大聲喝道：
“倘再有言退者，即殺之！”
黃興只好放棄己見，約同李書城、田桐一起回上海而去。
黃興是否真的提出放棄武昌，敗走南京的計劃，已不可知。有人分析認為，黃興不可能提出這樣的計劃，因為武昌、南京相距遙遠，這樣的長途軍事行動，既乏補給，又缺交通運輸工具，又可能遇有敵人途中襲擊的危險，是個不可能實現(xiàn)的冒險計劃。那么，為什么又有黃興建議撤軍武昌的說法呢？有人認為，這是湖北某些軍閥政客出于某種政治上的原因，挑起人們對黃興的惡感而蓄意捏造的。
黃興在漢口和漢陽之戰(zhàn)中，在眾寡懸殊形勢下，率領革命黨人舍身捐軀，竭智盡力，做了他可能做的一切。在堅守漢口的日子里，有5個省脫離清朝，在堅守漢陽的日子里，又有10多個省宣布獨立，黃興是當之無愧的英雄也。
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