張勛復(fù)辟，黎元洪逃到日本公使館避難時，海軍總長（國民黨員）程璧光在上海，他曾派軍艦兩艘到秦皇島迎黎南下，同時以海軍總長名義發(fā)布海軍討伐叛逆的電報。這時馮國璋還在南京，對于程璧光的行動頗為不滿。而北洋軍閥認(rèn)為李經(jīng)羲在6年6月24日組閣時已發(fā)表薩鎮(zhèn)冰為海軍總長，調(diào)程璧光為海軍總司令，程不應(yīng)以海軍總長名義自由行動?？墒菄顸h認(rèn)為從6月14日張勛到北京起，黎元洪就失去自由，李經(jīng)羲內(nèi)閣根本是張勛的傀儡工具，6月14日以后的總統(tǒng)命令應(yīng)當(dāng)視為無效，所以程仍以海軍總長名義在上海宣稱奉大總統(tǒng)命討逆。

　　孫中山在上海曾有一通忠告段祺瑞的嚴(yán)正電文，這是7月19日發(fā)出的，電云：

　　“民國不幸，偽清僭據(jù)，足下以為馬廠偏師，恢復(fù)共和，重奠京邑，此蓋強(qiáng)虜自亡之會，而亦足下迷復(fù)之機(jī)。伏念共和、帝制迭相乘除，已歷三次。所以起滅無常者，實由是非不定，刑賞無章耳。夫洪憲佐命之徒，宣統(tǒng)復(fù)辟之輔，其為帝制罪犯一也。去年洪憲禍?zhǔn)?，隱忍未誅；佐命者既得從寬，則復(fù)辟者當(dāng)然無忌。徐州、彰德二次會議，（張勛發(fā)起徐州會議會，與會各省曾在彰德會議一次。）正在足下初任首揆之時，拱手處中，不能鋤治，而復(fù)獎以勛權(quán)，啟其驕悍，是以伏戎遍國以有今日。而民間清議，亦謂復(fù)辟之禍叛督實為先驅(qū)。要求宣戰(zhàn)之不已，以至毆擊議員；毆擊議員之不已，以至解散國會；解散國會之不已，以至復(fù)建偽清。本為一人保固權(quán)位，以召滔天之災(zāi)；足下獎成此患，豈得不為追咎。文于數(shù)月前，曾獻(xiàn)忠言，不蒙采納。至黃陂不得已而下免職令，猶不悛改，悻悻以引起禍亂，不負(fù)責(zé)任為詞。今日因敗為勝，功過相償，天日鑒臨，人心共諒。乃總理一職，既無同意，亦無副署，實為非法任命；果出黃陂手諭與否，亦未可知。足下當(dāng)以義師首領(lǐng)自居，豈得以國務(wù)總理為號，以免職興戒，而以復(fù)職自貴，狐埋狐搰，皆在一人，豈所謂為國忘身者乎。張勛以愎戾之資，悍然復(fù)辟，所統(tǒng)辮兵，素?zé)o訓(xùn)練，其勢本易與耳；張紹曾等倡謀討逆，近畿將領(lǐng)，不少靖獻(xiàn)之人；器械完利，士馬精強(qiáng)，撲滅殷頑，易如反掌；徐州余寇，復(fù)何足云；而足下必任段芝貴為東路總司令，倪嗣沖為三省總司令，段本洪憲元兇，倪則叛督首領(lǐng)，一蒙驅(qū)使，得冒天功以為己力，沮忠正倡義之氣，開叛人狡詐之端，豈自比明之熊文燦耶。乃又抑止諸軍，不容興師致討，欲以易成之績，交與倡亂之人，偏私狹隘，毋乃過甚。丙辰近鑒，貽禍相同，此又足下所宜自省者也。文愿足下，上畏民巖，下思補(bǔ)過，任良將以伸正氣，討群叛以塞亂源，誅洪憲佐命以示至公，戮偽主溥儀以懲負(fù)約，保國贖愆，敦善于此。若以小腆易敗，據(jù)為大功，因勢乘便，援引帝黨，擅據(jù)鼎鐘，分布爪牙，則西晉八王之相驅(qū)除，唐末朱、李之相征討，載在史冊，曲直無分。正恐功業(yè)易隳，禍敗踵至，凡我國民，亦不能為輔助矣。以足下天性強(qiáng)毅，本非狐媚之人，故愿盡忠以告，是非利害，在足下自審之耳?！?br/>
　　復(fù)辟時，廣東省長朱慶瀾曾派人到上海和孫中山聯(lián)系，同意以廣州為護(hù)法的根據(jù)地。7月10日孫中山率領(lǐng)應(yīng)瑞、應(yīng)琛兩艦到汕頭，13日派章炳麟先到廣州接洽。廣東內(nèi)部雖然復(fù)雜，可是對孫中山仍然歡迎。因此孫便于7月17日到廣州系統(tǒng)就其本身比其他語言更高明，應(yīng)當(dāng)對語言的選擇采取寬，廣東督軍陳炳焜和省長朱慶瀾都到江岸歡迎。且在黃埔公園舉行了歡迎大會。

　　孫中山在歡迎大會發(fā)表演說，揭破了復(fù)辟是北洋軍閥所布置的政治圈套，他說：“段祺瑞引用段芝貴、倪嗣沖這些復(fù)辟派做討逆軍統(tǒng)帥，以逆討逆，忠奸不分。今天的中國，不是復(fù)辟與共和之爭，而是真共和與假共和之爭。今天真復(fù)辟者少，假共和者多。”這真是一針見血的話。

　　7月22日程璧光和海軍第一艦隊司令林葆懌自吳淞率領(lǐng)所屬艦支開赴廣東，唐紹儀、汪兆銘、伍廷芳等同行。就是這一天，他們由海軍艦隊發(fā)出宣告，通電自主，他們提出傭護(hù)《約法》，恢復(fù)國會，懲辦禍?zhǔn)兹椫鲝?。并稱自《約法》失效，國會解散之日起，一切命令無所根據(jù)，應(yīng)視為無效，亦不承認(rèn)發(fā)布命令之北京政府。

　　孫中山與駐滬海軍是事先約好的，海軍第一艦隊南下護(hù)法，這使段祺瑞在北京大為震動。段內(nèi)閣為了緊急應(yīng)變，立即調(diào)升第二艦隊司令饒懷文為海軍總司令，并以林頌慶為第一艦隊司令實踐證明了的關(guān)于中國革命的正確的理論原則和經(jīng)驗總結(jié)，，杜錫珪為第二艦隊司令。7月25日段內(nèi)閣并發(fā)表廣東省長朱慶瀾和廣西省長劉承恩對調(diào)。朱慶瀾以廣東自主為理由，拒絕接受這個命令。

　　廣東在當(dāng)時的西南，是政治和軍事中心，不過廣東內(nèi)部的情勢很不穩(wěn)，雖然不像四川那么表面化，可是也是極復(fù)雜。段祺瑞對廣東是采取一方面自外面施加壓力，一方面在內(nèi)部制造分化，利用地方派軍人的排外主義，企圖制造廣東內(nèi)部主客兩軍互相混亂，使北洋軍能乘虛而入。當(dāng)時北洋派勢力已占領(lǐng)了福建和江西，這兩省和廣東毗連，段打算拿這兩省當(dāng)作進(jìn)攻廣東的跳板，同時從海道運兵在廣東沿海地區(qū)登陸。段這個計劃受阻于江西，因為江西督軍陳光遠(yuǎn)是直系，直、皖兩系對于向南方用兵意見不一致，所以后來段乃派兵取湖南另開一條取廣東的路線。

　　廣東內(nèi)部一直不穩(wěn)，幾種勢力明爭暗斗。桂系軍人陳炳焜是廣東督軍，自居于統(tǒng)治者地位，但是省長朱慶瀾也有兵權(quán)，他統(tǒng)率警衛(wèi)軍及地方派軍人。他們之間是對立的，督軍和省長對立，桂系軍人和廣東地方派軍人對立。另外，在北江還有滇軍兩師兵力駐防，由李烈鈞率領(lǐng)，是國民黨的基本武力。廣東地方派軍人有時和國民黨聯(lián)合以對抗桂系，有時又在南方與北方之間、國民黨和桂系之間搖擺不定。

　　兩廣是在督軍團(tuán)叛變和國會被解散時宣稱“自主”的。北京復(fù)辟時，桂系便高唱出兵，不過實際上卻沒有行動，主要是想利用時機(jī)以統(tǒng)一廣東的軍權(quán)。駐粵滇軍以及朱慶瀾所屬的警備軍也想北伐，但是桂系不肯給予軍事裝備。李烈鈞事后曾指責(zé)陸榮廷思主義不承認(rèn)絕對適應(yīng)于一切領(lǐng)域的不變的公式和結(jié)論，它，說他故意躲在家鄉(xiāng)武鳴裝病，坐失北伐良機(jī)，讓段祺瑞重登政壇玩弄一切。

　　廣東的桂系既然是統(tǒng)治者，對于滇軍和地方武力便吝不予軍費，逼得駐防各縣的地方軍紛紛就地籌餉。朱慶瀾以省長名義發(fā)行救國公債，滇軍則提印花稅甚至扣留鴻安公司的鴉片以充軍費。桂系便以此為理由打擊滇軍和朱慶瀾。

　　桂系所搞的自主，完全是一種投機(jī)手段，他們認(rèn)為自主是半獨立，在半獨立情形下，他們采取聯(lián)馮倒段的策略。因為是半獨立，對于北京政府的命令便根據(jù)自己的利益來決定應(yīng)付辦法。陳炳焜在孫中山到廣州后不久即趕到梧州請示陸榮廷應(yīng)該如何應(yīng)付，陸認(rèn)為抗拒孫會惹大反感，首先應(yīng)該排斥朱慶瀾而把地方武力奪過來。陳返穗后即照陸意思做，策動肇陽羅鎮(zhèn)守使李耀漢驅(qū)逐朱，以省長職位餌李。朱在李耀漢的壓迫下向省議會辭職，并要求準(zhǔn)予將省長親軍20營交給陳炯明接管，這批親軍朱是從龍濟(jì)光手上接收過來的，當(dāng)時有兵額40營，接收后編為省長直轄的地方保安部隊，其后被陳炳焜分出20營，余下的編為“省長親軍”，由陳炯明為司令。朱去職時打算把這批親軍改編為海軍陸戰(zhàn)隊，仍以陳炯明為司令，名義上則屬于程璧光的海軍節(jié)制以免落入桂系手中。

　　8月26日朱慶瀾把省長大印交給省議會，根本不理睬陳炳焜就去了香港。陳大為憤恨，當(dāng)天在布告中說他是“私人出走，有心擾亂治安?！?br/>
　　8月28日廣東省議會選舉胡漢民繼任省長，這種選舉并不合法，可是廣東既已經(jīng)自主也只有從權(quán)了。省議會選胡的理由是因為胡做過第一任廣東都督?？墒枪鹣诞?dāng)然是持反對態(tài)度，因此陳炳焜派人到省議會搶了省長大印，且以督軍命令接收了省長親軍。另一方面陳炳焜早已向北京政府保舉李耀漢為廣東省長。段內(nèi)閣對于這個自主的省區(qū)竟承認(rèn)北京政府的人事任命大權(quán)，實在喜出望外，他巴不得桂系和國民黨矛盾擴(kuò)大，所以北京政府于8月31日正式命令李耀漢為廣東省長兼肇陽羅鎮(zhèn)守使。在國民黨來說，當(dāng)時最重要的工作是召集非常國會，因此自不愿在省長問題上與桂系鬧翻，寧愿拿省長來交換桂系對組府問題不加干涉。于是胡漢民便向省議會辭謝省長，舉李耀漢為代，省議會乃舉李為省長。

　　這期間，國會議員在孫中山邀請下已紛紛南下，8月中旬，國會議員到廣東的已有130余人，多數(shù)為國會中的政學(xué)會、益友社、民友社三系議員。8月18日孫中山在黃埔公園歡宴他們，席間大家決定貫徹護(hù)法主張，組織護(hù)法政府。19日國會議員們發(fā)出通電云：

　　“民國不幸，禍患頻仍。倪逆稱兵。國會被毀。張賊復(fù)辟，國體動搖。造亂之徒乘機(jī)竊政，托名討賊，推翻《約法》，擅立政府，易置總統(tǒng)。執(zhí)法以繩，厥罪為均，又復(fù)疊逞狡謀，圍湘窺蜀，輸兵南下，其勢骎骎，憑借北洋，壓制全國，充類至盡之義，吾民寧有噍類之存？所幸諸公獨持正義，興師討賊，信誓在人，救我黔黎，定茲國難，公等之責(zé)，吾民之望也！同人等或受國民之托，職務(wù)未終；今被國賊之驅(qū)，責(zé)任難棄；用依《約法》自集于粵。人數(shù)未滿法定，本難遽行開會。惟念時局之危，間不容發(fā)，西南散處，意志輒殊，對外則馮、段宣戰(zhàn)，我將何以處德、奧？對內(nèi)則黃陂孤陷，我將何以設(shè)政府？凡茲重要，亟待討論。爰繹主權(quán)在民之則，師法人國變之例，特決定本月廿五日于廣州開非常會議，以謀統(tǒng)一，以圖應(yīng)變。區(qū)區(qū)之意，如斯而已?！?br/>
　　《國會非常會議組織大綱》于6年8月29日在廣州議決公布：

　　第一條：國會非常會議，以現(xiàn)任國務(wù)議員組織之。

　　第二條：國會非常會議之議事，以參眾兩院議員會合行之。

　　第三條：國會非常會議至內(nèi)亂戡定，《臨時約法》之效力完全恢復(fù)時為止。

　　第四條：國會非常會議非十四省以上之議員列席，不得開議。蒙古、西藏、青海、華僑各選區(qū)以省論。

　　第五條：國會非常會議之議事，以列席過半數(shù)議決之。

　　第六條：國會非常會議之正、副議長，就現(xiàn)任兩院正、副議長內(nèi)推定之，正、副議長均有事故時，得選舉臨時議長。

　　第七條：國會非常會議得設(shè)各委員會。

　　第八條：軍政府組織大綱，由國會非常會議制定，并宣布之。

　　第九條：國會非常會議于軍政府有交議事件，或由六省以上之議員聯(lián)合提議時，得隨時開會議決。人民請愿事件經(jīng)委員會審查后，得提出議決之。

　　第十條：本大綱有議員四十人以上之連署，得提議修改，以列席議員三分之二以上議決之。

　　第十一條：本大綱自宣布之日施行。

　　8月31日非常國會通過《中華民國軍政府組織大綱》，并宣布如下：

　　第一條：中華民國為戡定叛亂，恢復(fù)《臨時約法》特組織中華民國軍政府。

　　第二條：軍政府設(shè)大元帥一人，元帥三人，由國會非常會議分次選舉之，以得票過投票總數(shù)之半者為當(dāng)選。

　　第三條：《臨時約法》之效力未完全恢復(fù)以前，中華民國之行政權(quán)。由大元帥行之。

　　第四條：大元帥對外代表中華民國。

　　第五條：大元帥有事故不能視事時，由首次選出之元帥代行其職權(quán)。

　　第六條：元帥協(xié)助大元帥籌商政務(wù)。

　　元帥得兼任其他職務(wù)。

　　第七條：軍政府設(shè)立各部如左：

　　一、外交部。二、內(nèi)政部。三、財政部。四、陸軍部。五、海軍部。六、交通部。

　　第八條：各部設(shè)總長一人，由國會非常會議分別選出咨請大元帥特任之。

　　前項選舉，以得票過投票總數(shù)之半者為當(dāng)選，但遇總長缺位未經(jīng)選舉以前，大元帥得為署理之任命。

　　第九條：各部總長輔助大元帥執(zhí)行職務(wù)。

　　第十條：元帥府及各部之組織，以條例定之。

　　第十一條：軍政府設(shè)都督若干員，以各省督軍贊助軍政府者任之。

　　凡有舉全省兵力宣布與非法政府?dāng)嘟^聯(lián)系者，依前項之規(guī)定。

　　第十二條：本大綱至《臨時約法》之效力完全恢復(fù)，國會及大總統(tǒng)之職權(quán)完全行使時廢止。

　　第十三條：本大綱自宣布之日施行。

　　9月1日非常國會根據(jù)軍政府大綱選舉大元帥，孫中山在91票中以84票當(dāng)選，次日補(bǔ)選元帥二人，陸榮廷以76票，唐繼堯以93票當(dāng)選。

　　9月10日軍政府宣告成立，孫中山就大元帥職。非常國會并選出唐紹儀為財政總長、伍廷芳為外交總長、孫洪伊為內(nèi)務(wù)總長、張開儒為陸軍總長、胡漢民為交通總長。孫中山并以大元帥名義任命李烈鈞為參謀總長、林葆懌為海軍總司令、方聲濤為衛(wèi)戍總司令、李福林為親軍總司令、章炳麟為秘書長、許崇智為參軍長、李耀漢為籌餉總辦。

　　護(hù)法政府并未得到西南軍人的支持，云南唐繼堯不理不睬，而桂系陸榮廷更為冷淡。

　　非常國會選出唐繼堯為元帥后，9月8日唐來電不受元帥，非常國會和孫大元帥都去電勸勉，同時派章炳麟為勞軍使，攜帶元帥印前往昆明，請?zhí)平邮堋?br/>
　　不久孫中山又發(fā)表唐繼堯為川、滇、黔三省靖國軍總司令，唐態(tài)度仍不合作，甚至滇軍師長張開儒被護(hù)法政府派為陸軍總長，也不就職。

　　在非常國會選出陸榮廷為元帥的當(dāng)天，陸致電非常國會表示自己的政見，反對另組政府，主張黎元洪總統(tǒng)復(fù)職，同時通電全國聲明“以后廣東發(fā)生任何問題，概不負(fù)責(zé)”。非常國會對陸這個態(tài)度未敢譴責(zé)，且于9月3日補(bǔ)作一項決定，迎接黎元洪南來繼續(xù)執(zhí)行職權(quán)，孫中山也通電表示迎黎的態(tài)度。

　　桂系的廣東督軍陳炳焜則表示另一種態(tài)度，他于9月8日招待廣州報界，解釋自己的立場，他說：“馮代總統(tǒng)的地位是合法的，段內(nèi)閣的地位是非法的，所以我們反段不反馮?！敝劣谠趶V州組織軍政府問題，他說，“我不能表示贊成的態(tài)度，也不愿采取干涉的態(tài)度，但是廣東人民不能擔(dān)負(fù)軍政府和非常國會的經(jīng)費開支?！?br/>
　　護(hù)法的軍政府是設(shè)在廣州的黃埔公園。當(dāng)時南來的國會議員可分為三大系，即（一）政學(xué)系，（二）益友系，（三）民友系。政學(xué)系自稱為舊國民黨系的穩(wěn)健派，其領(lǐng)袖李根源是擁護(hù)岑春煊的，岑和陸榮廷有部屬關(guān)系，而岑、陸又和李根源有護(hù)國時期在肇慶軍務(wù)院的關(guān)系，云南唐繼堯亦因這種關(guān)系而有瓜葛，因此政學(xué)系在云南和廣西占有人和之利。政學(xué)系內(nèi)分為兩派，一派是南關(guān)五十號，由楊永泰出資組織，為民主政學(xué)系之一部分，約有30余議員，擁岑春煊為領(lǐng)袖，重要人物有章士釗、冷遹、張耀曾、谷鐘秀、楊永泰、徐傅霖、李肇甫、文群、孫光庭等。一派是石行會館，系由李根源竭力組成，約占70余議席，利用漠不相關(guān)之莫榮新為傀儡。兩派主張完全一致，在南方稱為主和派，與民友社的主戰(zhàn)派對立。

　　益友系就是益友社，為舊國民黨系嫡派中的溫和派，其機(jī)關(guān)原為“褚寓”，主張采進(jìn)步的唯民的傾向，態(tài)度溫和，是政學(xué)系和民友社中間的調(diào)和人，也是非常國會中的多數(shù)黨，議席近300人。以吳景濂、褚輔成、王正廷等為領(lǐng)袖，這三人中吳為眾院議長，褚為副議長，王為參院副議長。

　　民友系就是民友社，是舊國民黨中的急進(jìn)派，在國會中為最硬派，故有主戰(zhàn)派之稱。其機(jī)關(guān)部原為照霞樓，在舊國會中為唯一激烈派。其包含的分子有（一）同盟會嫡派，以林森、謝持、馬君武、丁象謙、居正、田桐等為中堅，（二）

　　韜園俱樂部以孫洪伊為首，（三）為共和派。

　　在非常國會中，政學(xué)系人數(shù)雖不多，可是最能翻云覆雨，其他還有新新俱樂部系，系新補(bǔ)兩院議員的集團(tuán)，在非常國會中議席近200人，其政治見地雖隨個人之歷史與地位而不同，但大多數(shù)和益友社系較接近，其黨綱采全體合議制，著名人物有張知本、何陶、尹成福、劉云昭、趙中鵠、孔昭成。

　　內(nèi)中傾向褚寓的有60名，傾向照霞樓的約50名，傾向政學(xué)會的約60名。此外還有蒙古議員俱樂部、文社、廣東議員俱樂部、廣西議員俱樂部、云南議員俱樂部等五小政團(tuán)。

　　原來國會議員南來參加護(hù)法的只有100余人，召集正式國會不足法定人數(shù)，乃借用民國2年議院法第七條“議員于開會后滿一個月尚未到院者，應(yīng)解其職”之規(guī)定，把沒有南來的參、眾兩院議員解職，然后由候補(bǔ)議員遞補(bǔ)，湊足法定人數(shù)。

　　護(hù)法軍政府成立后，段祺瑞要下命令通緝孫中山和非常國會議長吳景濂，馮國璋不肯發(fā)表命令，因此由北京檢察廳以“背叛民國”罪提起公訴，由司法機(jī)關(guān)行文全國，通緝孫中山。段不滿意，至9月29日，馮終被迫下了通緝令。

　　護(hù)法軍政府也下令通緝段祺瑞、梁啟超、湯化龍、倪嗣沖四人以資報復(fù)。