皇帝至少從1560年起就患失眠癥（金石藥中毒的一種癥狀）。他常常徹夜工作，批閱奏疏和案卷。1564年早期，徐階請求皇帝選拔更多的大學(xué)士，部分地是因為他不能獨自處理工作。這時皇帝的情緒還常常容易波動，變得時而抑郁，時而激怒。隨侍他的太監(jiān)只要可能就盡力順著他。1564年夏，他們開始在他睡著時把桃子放進他的床里，過后告訴他是從天上落下來的，是神仙所賜。他很高興。

　　到了1565年，他的腦力無疑減弱了。1566年3月，他告訴徐階他大病了14個月。他想回到他的出生地去增強他的生命力。盡管他一再提出此事，徐階每次都勸阻他，認為在他當(dāng)前的健康狀況下，他經(jīng)不起旅途的艱苦。1566年11月以后沒有頒布過手詔?；实郯み^了兩個月，1567年1月23日，他的健康狀況惡化。他從他的西苑宮被移到他在紫禁城里的寢宮，正午前后死在那里。

　　18世紀(jì)的《明史》的編者們認為嘉靖皇帝是“中材之主”。明代史學(xué)家談遷（1594—1658年）說，嘉靖皇帝比許多依靠道教的靈丹妙藥追求長生的漢、唐和宋的皇帝多少要好一些，但從整體來看并無區(qū)別。他作為君主的主要缺點是常見的，弗朗西斯·培根（1561—1626年）的評論適當(dāng)?shù)乜偨Y(jié)了這種缺點：

　　君王工作的障礙多而且大：但最大的障礙常常是他們自己的意向。因為[泰西塔斯說]向?qū)α⒌囊环叫惺挂庵玖Γ琒unt plerumque regum voluntates vehementes，et inter se contrariae[君主的愿望多半是強烈而前后矛盾的]，這在君王們是常見的。因為想左右結(jié)局但卻不容忍中庸，這是權(quán)力的誤用。［1］

　?。?］ 例如，在1533年9月13日宣布的祝賀皇帝長子誕生的大赦中，大禮爭論中反對過皇帝的官員們都被特別排除在外。