洪興祖字慶善，鎮(zhèn)江丹陽(yáng)人。他年少時(shí)讀《禮》到《中庸》篇，頓時(shí)領(lǐng)悟到性命學(xué)的原理，學(xué)習(xí)成績(jī)和文思日益進(jìn)步。宋徽宗政和年間，他考取太學(xué)上舍進(jìn)士，委任為湖州士曹官，改任宣教郎。高宗這時(shí)在揚(yáng)州，一切草創(chuàng)，選人改秩由軍頭司引見(jiàn)，自洪興祖開(kāi)始。洪興祖被召面試，授秘書(shū)省正字官，后升太常博士。

　　洪興祖上書(shū)高宗，建議朝廷收攬人心，采納臣下的策略計(jì)謀，安定民情，宏揚(yáng)國(guó)威。又議論說(shuō)，國(guó)家重建，一切應(yīng)該效法宋太祖。高宗紹興四年(1134)，蘇州和湖州發(fā)生了地震。洪興祖當(dāng)時(shí)為駕部郎官，應(yīng)皇帝的詔令上書(shū)，明確地指陳朝廷的紀(jì)綱失誤，為宰相所忌恨，被貶斥主管太平觀。

　　后起用為廣德軍知軍，他考察水源修建陂塘六百多處，使老百姓無(wú)旱災(zāi)之憂。又把學(xué)舍修建一新，并編定配祀孔子的先賢牌位，自十哲曾子以下列七十一人，又列先儒左丘明以下二十六人。由于政績(jī)可觀，洪興祖被提拔為提點(diǎn)江東刑獄。后又為真州知州。真州當(dāng)軍事要沖，遭到金軍的嚴(yán)重破壞猶未恢復(fù)。洪興祖上任一開(kāi)始，便請(qǐng)求朝廷免除一年的租稅，得到批準(zhǔn)。明年請(qǐng)求免租，又得到批準(zhǔn)。從此，流民得到安置，生產(chǎn)恢復(fù)發(fā)展，開(kāi)辟荒田達(dá)七萬(wàn)多畝。

　　后洪興祖調(diào)任饒州知州。調(diào)任前，他先做了個(gè)夢(mèng)，夢(mèng)到自己手里拿著六把刀，醒了后說(shuō)：“三把刀為益州，今增加一倍，該是饒州吧！”不久果然如此。是時(shí)秦檜掌權(quán)，諫官大多數(shù)出自秦檜門下，他們爭(zhēng)著彈劾忠良，以討好秦檜。洪興祖曾為已故的龍圖閣學(xué)士程王禹的《論語(yǔ)解》做《序》，被指控為語(yǔ)言中涉及到怨望朝廷，被除名編管昭州。不久逝世，終年六十六歲。第二年，皇帝下令恢復(fù)他的官，直敷文閣。

　　洪興祖好古博學(xué)，自少至老，未嘗一日離書(shū)。他撰寫(xiě)的《老莊本旨》、《周易通義》、《系辭要旨》、《古文孝經(jīng)序贊》、《離騷楚辭考異》都流行于世。