一、《神農(nóng)本草》三卷，三百六十種，分上、中、下三品。梁陶弘景增藥一倍，隨品附入。唐、宋重修，各有增附，或并或退，品目雖存，舊額淆混，義意俱失。今通列一十六部為綱，六十類(lèi)為目，各以類(lèi)從。三品書(shū)名，俱注各藥之下，一覽可知，免尋索也。

　　二、舊本玉、石、水、土混同，諸蟲(chóng)、鱗、介不別，或蟲(chóng)入木部，或木入草部。今各列為部，首以水、火，次之以土，水、火為萬(wàn)物之先，土為萬(wàn)物母也。次之以金、石，從土也。次之以草、谷、菜、果、木，從微至巨也。次之以服、器，從草、木也。次之以蟲(chóng)、鱗、介、禽、獸，終之以人，從賤至貴也。

　　三、藥有數(shù)名，今古不同。但標(biāo)正名為綱，余皆附于釋名之下，正始也。仍注各本草名目，紀(jì)原也。

　　四、唐、宋增入藥品，或一物再出、三出，或二物、三物混注，今俱考正，分別歸并，但標(biāo)其綱，而附列其目。如標(biāo)龍為綱，而齒、角、骨、腦、胎、涎皆列為目；標(biāo)粱為綱，而赤、黃粱米皆列為目之類(lèi)。

　　五、諸品首以釋名，正名也；次以集解，解其出產(chǎn)、形狀、采取也；次以辨疑、正誤，辨其可疑，正其謬誤也；次以修治，謹(jǐn)炮炙也；次以氣味，明性也；次以主治，錄功也；次以發(fā)明，疏義也；次以附方，著用也；或欲去方，是有體無(wú)用矣（舊本附方二千九百三十五，今增八千一百六十一）。

　　六、唐、宋以朱墨圈蓋分別古今，經(jīng)久訛謬。今既板刻，但直書(shū)諸家本草名目于藥名、主治之下，便覽也。

　　七、諸家本草，重復(fù)者刪去，疑誤者辨正，采其精粹，各以人名，書(shū)于諸款之下，不沒(méi)其實(shí)，且是非有歸也。

　　八、諸物有相類(lèi)而無(wú)功用宜參考者，或有功用而人卒未識(shí)者，俱附錄之。無(wú)可附者，附于各部之末。蓋有隱于古而顯于今者，如莎根即香附子，陶氏不識(shí)而今則盛行；辟虺雷，昔人罕言而今充方物之類(lèi)，雖冷僻，不可遺也。

　　九、唐、宋本所無(wú)，金、元、我明諸醫(yī)所用者，增入三十九種。時(shí)珍續(xù)補(bǔ)三百七十四種。雖曰醫(yī)家藥品，其考釋性理，實(shí)吾儒格物之學(xué)，可裨《爾雅》、《詩(shī)疏》之缺。

　　十、舊本序例重繁，今止取神農(nóng)為正，而旁采《別錄》諸家附于下，益以張、李諸家用藥之例。

　　十一、古本百病主治藥，略而不切。王氏《集要》、祝氏《證治》，亦約而不純。今分病原列之，以便施用，雖繁不紊也。

　　十二、神農(nóng)舊目及宋本總目，附于例后，存古也。