一、《神農本草》三卷，三百六十種，分上、中、下三品。梁陶弘景增藥一倍，隨品附入。唐、宋重修，各有增附，或并或退，品目雖存，舊額淆混，義意俱失。今通列一十六部為綱，六十類為目，各以類從。三品書名，俱注各藥之下，一覽可知，免尋索也。

　　二、舊本玉、石、水、土混同，諸蟲、鱗、介不別，或蟲入木部，或木入草部。今各列為部，首以水、火，次之以土，水、火為萬物之先，土為萬物母也。次之以金、石，從土也。次之以草、谷、菜、果、木，從微至巨也。次之以服、器，從草、木也。次之以蟲、鱗、介、禽、獸，終之以人，從賤至貴也。

　　三、藥有數(shù)名，今古不同。但標正名為綱，余皆附于釋名之下，正始也。仍注各本草名目，紀原也。

　　四、唐、宋增入藥品，或一物再出、三出，或二物、三物混注，今俱考正，分別歸并，但標其綱，而附列其目。如標龍為綱，而齒、角、骨、腦、胎、涎皆列為目；標粱為綱，而赤、黃粱米皆列為目之類。

　　五、諸品首以釋名，正名也；次以集解，解其出產、形狀、采取也；次以辨疑、正誤，辨其可疑，正其謬誤也；次以修治，謹炮炙也；次以氣味，明性也；次以主治，錄功也；次以發(fā)明，疏義也；次以附方，著用也；或欲去方，是有體無用矣（舊本附方二千九百三十五，今增八千一百六十一）。

　　六、唐、宋以朱墨圈蓋分別古今，經久訛謬。今既板刻，但直書諸家本草名目于藥名、主治之下，便覽也。

　　七、諸家本草，重復者刪去，疑誤者辨正，采其精粹，各以人名，書于諸款之下，不沒其實，且是非有歸也。

　　八、諸物有相類而無功用宜參考者，或有功用而人卒未識者，俱附錄之。無可附者，附于各部之末。蓋有隱于古而顯于今者，如莎根即香附子，陶氏不識而今則盛行；辟虺雷，昔人罕言而今充方物之類，雖冷僻，不可遺也。

　　九、唐、宋本所無，金、元、我明諸醫(yī)所用者，增入三十九種。時珍續(xù)補三百七十四種。雖曰醫(yī)家藥品，其考釋性理，實吾儒格物之學，可裨《爾雅》、《詩疏》之缺。

　　十、舊本序例重繁，今止取神農為正，而旁采《別錄》諸家附于下，益以張、李諸家用藥之例。

　　十一、古本百病主治藥，略而不切。王氏《集要》、祝氏《證治》，亦約而不純。今分病原列之，以便施用，雖繁不紊也。

　　十二、神農舊目及宋本總目，附于例后，存古也。