二十五年正月庚辰，敕刑部郎中朱衡，王時(shí)儉往南直隸江南、江北恤刑。
二月甲午，裁革揚(yáng)州朝宗二閘。從總督漕運(yùn)都御史王奏。
三月甲子，升戶部左侍郎夏邦謨?yōu)槟暇舨可袝Ｒ页?，太倉州?？芷?。庚辰，戶部復(fù)：“巡撫應(yīng)天都御史歐陽必進(jìn)言，應(yīng)天等十一府旱災(zāi)，乞留解京銀三萬兩賑濟(jì)?！痹S之。癸未，以淮、揚(yáng)重災(zāi)，命兩淮運(yùn)司發(fā)余鹽銀二萬五千兩賑恤灶丁。
五月戊午，升太仆寺少卿蔣應(yīng)奎為應(yīng)天府府尹。
六月壬子，升刑部左侍郎俞茂堅(jiān)為右都御史、總督漕運(yùn)兼巡撫鳳陽。
九月壬申，升工部左侍郎楊麒為南京工部尚書。己卯，以水災(zāi)，詔免淮、揚(yáng)所屬州、縣稅糧有差。
十月壬寅，巡撫應(yīng)天都御史歐陽必進(jìn)等言：修浚蘇、松水利，乞議處財(cái)用，留正官，添設(shè)管工郎中。上從部議。以東南連年災(zāi)傷，修治事宜，惟令彼處撫按官嚴(yán)督所司相宜舉行。水利郎中不必增設(shè)。
二十六年二月戊申，吏部給事中張汝棟劾奏總督南京糧儲(chǔ)，右僉都御史楊宜不職宜罷。因請裁革南京督儲(chǔ)都御史。吏部復(fù)言：“宜資望已深，簡用前職，未聞不稱?！痹t宜調(diào)外任用。其南京糧儲(chǔ)應(yīng)否裁革，還會(huì)戶部議奏。于是二部會(huì)復(fù)：“南京戶部有尚書掌理部事，侍郎帶管糧儲(chǔ)，自不相妨。京、通二倉，具系戶部堂上官總督，南京事體，宜與相同。都御史不必設(shè)，巡倉御史原設(shè)二員，比照北京事例，亦宜裁省一員。”詔俱從之。
三月乙卯，升兵部左侍郎萬鏜為南京刑部尚書。
四月癸卯，升大理寺左少卿周釋提督操江。
六月戊戌，以災(zāi)傷免揚(yáng)、淮所屬州、縣夏稅有差。
九月己未，以災(zāi)傷免徐、沛、蕭各州、縣秋糧有差。丙子，升南京都察院右都御史韓邦奇為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。
閏九月丁酉，升兵部左侍郎趙廷瑞為南京戶部尚書。辛丑，升應(yīng)天巡撫歐陽必進(jìn)總督漕運(yùn)兼巡撫鳳陽。
十月辛亥，升廣東左布政使周延為都察院右副都御史，總理糧儲(chǔ)，巡撫應(yīng)天。甲寅，戶部會(huì)議漕運(yùn)補(bǔ)腳米事宜。謂：“南京、江北、中都五總淺船俱在瓜、儀二壩寄泊。官軍至江南領(lǐng)兌，惟江北三總有過江腳米一斗三升，為雇船盤壩修船之用。其南京衛(wèi)分，每石止有雇船過江腳米七升，而盤壩旱腳，俱于各船本等加四耗米內(nèi)支費(fèi)，又無余米幫助修船。查得領(lǐng)兌江浙三六耗米，每石扣斗米，折銀五分，除解軍之料價(jià)外，量扣一分，以充諸費(fèi)?！眻?bào)可。
十一月壬辰，開戶部右侍郎韓士英總督漕運(yùn)，兼巡撫鳳陽。
二十七年二月丁未，遣戶部郎中宋尚文至蘇、松、常、鎮(zhèn)，催查京糧。乙丑，吏部左侍部張治為南京吏部尚書。己巳，革蘇州總兵周徹任，以御史吳相劾其交夷通賄也。乙亥，改總理河道右副都御史胡松總督漕運(yùn)兼撫鳳陽。
三月丙子，巡按直隸御史陳九德言：“國家財(cái)賦，仰給東南，而蘇、松、常、鎮(zhèn)四府居半，但其土沃民饒，飛詭百出，管糧同知，權(quán)輕不能鎮(zhèn)壓?；虺址ㄉ試?yán)，豪猾大姓，輒相與排擠去之。故奸弊滋長，國賦不登。請?zhí)刂仄涫聶?quán)，以蘇、松兵備兼理?！睆闹１?，添設(shè)直隸蘇州府新閘閘官一員。丁酉，以服闋提督南京糧儲(chǔ)、右僉都御史王守總理河道。
四月庚戌，命南京前軍都督府掌府事、豐潤伯曹松提督操江。甲戌，以暄熱，命南京法司審錄系囚，當(dāng)出者，貰減有差。
九月辛巳，以災(zāi)傷，免淮、揚(yáng)、徐屬邑及衛(wèi)、所屯糧有差。丁亥，升都察院右副都御史龔輝總督漕運(yùn)兼巡撫鳳陽。
十月丁未，以江洋多盜，奪江淮總兵李俊俸半年，戴罪防守。下指揮孫金等巡按御史問。
十一月乙亥，兩淮巡鹽御史陳其學(xué)言：“兩淮民灶田中多混淆，賦役不均，宜履畝劃界，仍勒石以垂久遠(yuǎn)。凡灶丁買民田者，三十畝以上、五十畝以下，應(yīng)民役之半，百畝以上，役與民同。又南京戶部關(guān)支食鹽于儀真批驗(yàn)所者，權(quán)重不如法，宜較勘如一，以示平準(zhǔn)。至于各歲漕船還日多帶私鹽，吏不敢詰，當(dāng)于淮安之三汊口、揚(yáng)州之東關(guān)水口，令郡佐一人稽察。且沿海近場與行鹽之地，各衛(wèi)、所不領(lǐng)于憲臣，不便防奸。自今、凡事干鹽法者，悉聽巡鹽官處分，他司勿有所與。”下戶部，復(fù)可。俱允行。戊寅，戶部議上漕運(yùn)新定事宜：“一、凡違限有司、軍衛(wèi)官，俱聽監(jiān)兌主事于兌完之日，會(huì)按臣彈奏，本部分例題復(fù)。有司則屬各按臣逮問，軍衛(wèi)則屬督漕都御史發(fā)理刑主事治罪；一、江南勢豪之家，糧至數(shù)百千石以上，不早入倉，有司因使之自運(yùn)，不領(lǐng)于糧長，初亦甚便。今則緣此多摻糠秕，強(qiáng)軍私兌，不足則計(jì)戶科斂以兌之。宜行各郡邑長吏，俱以歲十月開倉，即赴漕運(yùn)官報(bào)完。諸如前者，罪以律。有司催征失期，至誤一百石上者，奪俸視事，二百石上者，罰遞加；一、其溧陽運(yùn)米于無錫水次者，民苦不便，宜還本縣?！眻?bào)可。己亥，升太仆寺卿方純?yōu)槎疾煸河覂L都御史，總理河道。
十二月丙午，升南京都察院右都御史劉訒為南京工部尚書。辛酉，命鎮(zhèn)遠(yuǎn)侯顧寰充總兵官，提督漕運(yùn)，兼鎮(zhèn)守淮安地方。戊辰，福建海賊林成等流劫至南直隸界，蘇、松兵備副使魏良貴檄太倉州署印同知周鳳岐等，集兵捕之，擒斬三十余人。事聞。詔賜良貴銀幣，鳳岐等操江撫臣犒賞。
二十八年正月辛卯，先是，直隸巡按御史陳其學(xué)奏：“漕運(yùn)、河道二臣皆國計(jì)所系，非久任無以底績。前年秋冬間胡松推河道，韓士英推漕運(yùn)。去年春初，士英始蒞任，不逾月升南京戶部尚書，仍以松代。松至淮，亦不逾月，升戶部右侍郎，彼此更代，視如傳舍。宜行久任，以專責(zé)成。待其年資漸深，勞勛茂著，然后不次擢用，庶于國計(jì)有裨?！崩?、兵議復(fù)。報(bào)可。
二月丁巳，改南京禮部尚書王學(xué)夔為南京吏部尚書。癸亥，升云南左布政使呂顓為應(yīng)天府府尹。乙丑，改南京刑部尚書萬鏜為南京禮部尚書。己巳，升福建布政司右參議何鰲為應(yīng)天府府丞。
三月壬申，改南京工部尚書劉讱為南京刑部尚書。丁丑，南京給事中李萬實(shí)，論提督操江都御史周釋昏懦無為。詔調(diào)南京別衙門用。壬午，開工部左侍郎屠楷為南京工部尚書。戊子，升山東右布政使李遂為南京右僉都御史、提督操江。
四月辛亥，戶科都給事中羅崇奎言：“貨利所在，最易溺人。今各省錢糧，皆左布政使一人主之。夫支調(diào)煩則有增減羨余之積；事權(quán)一則有欺隱自便之私。而巡按御史不肯任怨稽察。及至交代，遣一州縣屬吏查核具文而已。臣請自今凡查盤各布政司錢糧，必御史親至。如御史勢有不及，則專用右布政畫期監(jiān)視。凡封鑰出入，必相關(guān)白，以制專便之私。”疏下都察院勘議。左都御史屠僑等議曰：“錢糧隱弊，不在倉庫積貯之時(shí)，而在收放低昂之際。放欲御史不時(shí)巡視，有弊即糾，非但以磨校簿書為能盡其私也。自今布政司錢糧出納，不得以火耗、公用為名，額外多取。左、右布政使文移必同簽押。至于收放，則須公同出納封記，不得以沿習(xí)故常，互相嫌讓，御史則加意綜核之。其在南直隸府、州、縣者，巡按御史均有稽察之責(zé)，亦依此法從事?！弊h入，從之。
七月庚寅，工科給事中趙輄奏：“邇者，臣驗(yàn)收南直隸等處所解諸戎器，多粗惡難用。查得嘉靖二十一年，詔令各處軍器折征料價(jià)，以蘇民困，二十五年始復(fù)本色。今該庫所積尚可給數(shù)年之用，乞照前例，令各處工料俱折價(jià)解部?！睆闹?。
九月戊寅，戶部復(fù)：“巡鹽御史陳其學(xué)疏陳鹽法四事：一、筑海堤。謂通、泰二十鹽場，應(yīng)增筑堤堰，其工費(fèi)即以所貯贓罰等銀充之；一、清關(guān)稅。謂商人掣鹽過鈔關(guān)，舊例止納正稅一票，今委官留難重榷，以至三票，宜行禁革；一、減鹽價(jià)。謂余鹽價(jià)銀每二百六十五斤，淮南征銀六錢八分九厘，淮北征銀四錢九分，宜比舊各減二分八厘，以恤商困；一、禁私販。謂江浦、六合一帶，私鹽盛行，宜將浦子口城里設(shè)巡捕鹽官，其守御等官，并聽巡鹽御史查比約束?！弊嗳耄瑥闹?。乙酉，以水災(zāi)，詔徐州并蕭、碭等州縣改兌糧米，俱于臨、德二倉撥補(bǔ)支運(yùn)，仍量征腳價(jià)。其各衛(wèi)、所屯田子粒亦照例折銀輸納。
十月戊午，升河南左布政使王汝孝為應(yīng)天府府丞。
十一月己卯，升兵科都給事中胡叔廉為應(yīng)天府府丞。
十二月丙申，巡按直隸御史陳其學(xué)奏：“徐州呂、梁二洪，先因水涸陵險(xiǎn)，設(shè)有洪夫二千四百有奇。自嘉靖二十三年，黃河自西來注之，漕挽順利，人力甚省，乃洪夫仍取盈舊額，徒滋虛糜。乞量行裁損，以寬蕭、碭民力?！笔柘鹿げ?，請命總理河道官酌議，報(bào)可。己未，鳳陽巡撫龔輝奏：“淮安、贛榆、沭陽、安東、清河及海、邳等州縣，連歲災(zāi)傷，戶口逃亡大半，而錢糧照額科派，積年逋負(fù)，徒存虛數(shù)。又將現(xiàn)在疲民代償，日朘月削，存者必逃，逃者不返，窮困之極，恐釀他變。乞?qū)⒎e欠鳳壽倉糧盡行蠲免，庶凋殘少蘇，逃移復(fù)業(yè)?！睉舨繌?fù)：“宜行撫臣選委廉干官查核倉糧，如系侵欺隱射，務(wù)令追征；若果小民逋負(fù)，以十分為率，每年帶征二分；其荒蕪轉(zhuǎn)徙，務(wù)令有司加意招復(fù)。若有實(shí)效，不次擢用?！痹t從其議。壬戌，改南京吏部尚書王學(xué)夔為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。
二十九年正月乙未，改南京工部尚書屠楷為南京吏部尚書。
二月壬子，南京兵科給事中甄成德疏江防四事：“一、修教場以時(shí)簡練。新江口營舊有水、陸二操。水操于碼頭，陸操于教場，后皆為江水沖沒。當(dāng)敕所司建置；一、處操船以備遠(yuǎn)圖。新江口操船未及修造之期，輒先漏損，宜量給補(bǔ)葺費(fèi)，仍令工部官不時(shí)閱視；一、嚴(yán)按伏以防不虞。沿江伏兵之地，東曰觀音港，西曰上新河、和尚港，皆當(dāng)嚴(yán)備。而兵部者往往賣閑私役，即兵亦惰弛，未嘗往來偵伺，請一切裁之以法；一、查原額以實(shí)軍伍。江防官軍，寒暑不輟，往往詭籍逃伍，十減二三。宜悉計(jì)處補(bǔ)，或改正，或清勾，可令各伍充實(shí)。”事下兵部議，俱可。從之。
三月癸酉，改南京戶部尚書韓世英為南京兵部尚書。癸未，戶部言：“兩淮行鹽地廣，私販?zhǔn)⑿?，官鹽十不能行三四。且各處每歲追繳退引，拖欠常多，致商人輒隱射為奸。請如御史楊選議，敕清軍御史兼理。仍行各路，申明禁例，務(wù)杜絕私販，疏通正引?！睆闹?。
四月己亥，以淮安所屬四縣災(zāi)，改歲派馬折色三年。壬戌，升浙江左布政使張烜為都察院右副都御史，總理糧儲(chǔ)兼巡撫應(yīng)天。
六月丙辰，巡按直隸御史趙錦奏：“江洋群盜，多系販鹽草竊之輩，出沒萑苻間，什五為群，時(shí)發(fā)時(shí)止。驅(qū)逐剿捕，直有司之事耳。今無故設(shè)一大將，開府鎮(zhèn)江，又遠(yuǎn)調(diào)淮、大、通、泰等衛(wèi)官軍，餉以蘇、松、常、鎮(zhèn)四府錢糧，所在騷然，奔命不給，而實(shí)無一事可以自效。冗員冗食，未有勝于此者，宜如舊制罷之便?！北繌?fù)行勘報(bào)，詔從錦議．甲寅，升南京太常寺卿汪宗元為都察院右副都御史，總理河道。
閏六月戊子，以旱災(zāi)免淮安、揚(yáng)州等衛(wèi)、所夏稅有差。
八月甲子，命奮武營坐營、署都督僉事郭琮充總兵官，提督漕運(yùn)，鎮(zhèn)守淮安。
九月癸卯，調(diào)原任戶部尚書潘潢為南京工部尚書。辛亥，起原任巡撫貴州、都察院右僉都御史王學(xué)益為南京都察院右僉都御史、提督操江。壬申，以災(zāi)傷免揚(yáng)州、淮安所屬州、縣稅糧并改折兌運(yùn)米有差。己卯，遣戶部郎中劉鑒、林壁、吳守貞、周威、主事成天俸、劉爾牧往蘇州、松江、常州、淮安督催逋賦，所至有司悉聽舉劾。民間有愿入貲受官者，得以空印札付填給。以旱蝗免南京英武等衛(wèi)、所屯糧有差。
十月戊子，添設(shè)參政一員，于蘇、松、常、鎮(zhèn)四府督糧。
十一月壬辰，調(diào)山東巡撫孫世祐總督糧儲(chǔ)，兼巡撫應(yīng)天。辛亥，黜蘇州督糧御史李遂為民。己未，詔查南京四十二衛(wèi)屯田隱占侵削諸弊，其本丁逃絕，他戶佃種者，俱署名補(bǔ)伍。不則將原田入官，改募屯軍給之。
十二月癸未，升山東右布政使楊宜為南京都察院右僉都御史，提督操江，兼管巡江。
三十年正月丁未，戶部言：“各邊召募兵馬日增，供費(fèi)不給，宜通融酌處，廣求足用之術(shù)。如淮、揚(yáng)、徐、邳諸州郡，或已募兵，或各修邊，或有雇募，難以復(fù)議。其余可依坐派京料銀例以多寡為差，應(yīng)天府三萬，蘇州府八萬五千，歲限十月以里解部支用。違限三月者，司、府、州、縣掌印官、管糧官住俸，半年以上者，參究降黜。候邊方事寧停止?！眻?bào)可。己卯，升刑部右侍郎彭黯為兵部左侍郎兼都察院右僉都御史，巡撫應(yīng)天。
三月丙申，改右僉都御史任瀛提督操江。己亥，升浙江左布政使連擴(kuò)為右副都御史，總，理河道。
四月己未，改巡撫南贛、汀、漳、右僉都御史盧勛提督操江。癸未，裁革蘇州府吳江縣松陵驛。丙戌，兩淮巡鹽御史高鏞議上戶部所核鹽法事宜，謂：“給事中姜良翰所請，每正鹽一萬引外，稍加浮鹽二千引，減半征價(jià)，通計(jì)止加一十四萬余引，得價(jià)僅四萬余兩。不若于部議每引正余鹽外包內(nèi)再加百五十斤，照常納價(jià)，既免加引，歲可得銀二十五萬兩，其御史楊選欲留司運(yùn)解部贓罰收買余鹽，查歲解贓罰止八千兩，而選議擬增余鹽引三百萬，亦既不敷工本，況天時(shí)、人力歲辦不等。原額引不過七十余萬，驟加四倍，亦恐壅滯難行。不若于部議包加一百五十斤外，仍加五十斤，共二百斤，以定一引之?dāng)?shù)。前正余鹽既俱開邊，此鹽宜令商人自行買補(bǔ)赴掣，入銀運(yùn)司。通前可得銀三十四萬，同割沒鹽銀，如舊解部便?！辈繌?fù)報(bào)可。
五月甲辰，巡按直隸御史趙錦言：“直隸淮安至山東兗州數(shù)百里間，民多流移，荒田彌望。乞蠲其逋賦，寬其重役。其閘洪泉壩等夫役，請于漕運(yùn)四百萬石內(nèi)，每石加銀二分雇募。仍簡命才望之臣，督有司撫綏開墾之?！睉舨繌?fù)、“官可無遣，諸逋負(fù)請自二十七年以前盡蠲之。漕糧增派夫銀，宜行漕運(yùn)、河道二臣議?！钡弥迹骸暗鼗拿裉?，屢詔撫輯墾辟，有司全不奉行，仍選有心計(jì)才干官一員，量與憲職，專往經(jīng)理，俟有成績，方許別用?！奔河希r國人管令金等八人，以航海值颶風(fēng)漂至淮安，守臣驛送京師。詔恤而遣之。癸丑，詔停應(yīng)天府加派糧銀。
九月己酉，以災(zāi)傷免應(yīng)天、蘇、松、常、鎮(zhèn)等府并徐、邳等州、縣、南京錦衣衛(wèi)、所田糧有差。甲寅，以水災(zāi)詔淮安所屬州、縣及揚(yáng)州之寶、泰、徐州之蕭、碭，改兌米于德州倉，支運(yùn)二萬石，仍如例蠲免。
三十一年三月甲午，改總理河道、都察院右副都御史連總督漕運(yùn)兼巡撫鳳陽。升南京欽天監(jiān)正周相為應(yīng)天府府丞。己亥，升河南左布政使曾均為都察院右副都御史，總理河道。
五月戊戌，改南京吏部尚書屠楷為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。
六月甲子，兵部復(fù)：“原任南京兵部尚書韓士英條陳馬政，一、上、江二縣歲出馬給南京諸營，民力不堪。宜量于江南所輸京師折色馬一千九百余匹中，改本色二十之一給南京營。每匹如例補(bǔ)價(jià)十八兩，類解兵部，以充歲數(shù)；一、南京諸營馬，當(dāng)下圩者，圩舊在鎮(zhèn)南等衛(wèi)和尚港、銅井諸處，濱江曠野，牧事不便，宜令人佃之。易以各營教場及京城內(nèi)外三條街、雞鳴山等場；一、南京內(nèi)外守備，自正德間增設(shè)之后，每十日至役馬四百匹，歲費(fèi)芻豆以巨萬計(jì)。今所增守備已革，則馬亦宜減；一、養(yǎng)馬宜順其性，夏秋馬嗜青草，而以宿稿予之，是空費(fèi)也。宜月給軍銀三錢六分，令買青飼馬；一、各衛(wèi)草場，自嘉靖九年命御史清查后，二十余年矣，奸民欺隱，豪右兼并，幾不可問。宜復(fù)令屯田御史俱核之；一、馬戶納馬，本部所司，既具復(fù)后，又歷內(nèi)外守備及兵科輾轉(zhuǎn)稽淹，動(dòng)盈月余，以為民累。今宜獨(dú)令該司及兵科驗(yàn)給馬戶。次日，諸營馬隊(duì)俱以牒報(bào)守備，凡營馬不堪，即責(zé)馬戶買易，為累甚多。宜令每馬一匹，加銀一兩；一、原編馬戶四十八名，歲久消乏。乞許該司會(huì)同科道添派，分上中下三等，更班買馬?！眻?bào)可。
八月丙子，南直隸屯田御史張鑒條陳便宜：“一、乞復(fù)南京四十二衛(wèi)教場，除其屯糧計(jì)一百二十余石；一、屯田每一分補(bǔ)空丁一名，及時(shí)耕種，暇日操練，免其赴運(yùn)、赴操，以示優(yōu)恤；一、嚴(yán)查勢族侵占及冒報(bào)升科者，盡沒入官。仍撥余軍屯種。”下所司議復(fù)。從之。
九月丁酉，升應(yīng)天府府尹歐陽塾為南京工部右侍郎，提督操江。河決徐州，房村至邳州新安等處運(yùn)道淤阻五十里。御史黃國用以聞。詔督理河漕大臣，先議通運(yùn)船，以次塞決疏淺，并條列利弊具奏。戊戌，巡撫應(yīng)天都御史彭黯奏，捕得江洋盜黃永忠、龔十八等。詔即其地誅之，賞兵備副使饒思聰銀幣，奪失事、吳淞江所掌印指揮陳大綸職，及金山守備王世科等俱下御史逮問。壬寅，改南京戶部尚書王崇慶為南京禮部尚書；升江西右布政使蔡克廉為南京都察院右僉都御史，提督操江；南京光祿寺卿扈永通為應(yīng)天府府尹。丙午，以淮安、揚(yáng)州、徐州各府州、縣頻年大水，量準(zhǔn)折征秋糧如二十四年例，仍令所在有司發(fā)贓罰銀及預(yù)備倉糧，相兼賑濟(jì)饑民。
十月庚午，以水災(zāi)免直隸淮安府、邳、徐等州正官入覲。辛未，改鎮(zhèn)守兩廣總兵、鎮(zhèn)遠(yuǎn)侯顧寰充總兵，提督漕運(yùn)，鎮(zhèn)守淮安地方。
十一月壬寅，初，給事中林懋舉、御史王民皆言：“南京浦子口，宜設(shè)戰(zhàn)船，習(xí)水戰(zhàn)，以備不虞?！蹦暇┍可袝揽妊裕骸傲舳奸L江天塹，南有新江口營，統(tǒng)水卒以扼江洋之險(xiǎn)；北有浦子口營，統(tǒng)陸卒以遏鳳陽之沖，至嚴(yán)也。今浦子口，軍不滿二千，不能當(dāng)江口之十一，而水戰(zhàn)又非所長，不若量增邏卒，置之江口。而于浦口沿江增墩臺(tái)十座，選軍二百人守之。長江寇來，陸軍協(xié)力拒戰(zhàn)，絕其登岸之謀；北岸有警，水軍沿江應(yīng)援，斷其入江之路，庶為長便?！北繌?fù)，當(dāng)如楷言。報(bào)可。
十二月壬子，河道都御史曾鈞奏上治河方略，自房村集至雙溝、曲頭諸處當(dāng)浚，自徐州高廟至邳州沂河諸處當(dāng)筑堤，約工費(fèi)當(dāng)用銀十一萬三千余兩有奇。乞發(fā)淮、揚(yáng)余鹽并鄰省事例銀兩協(xié)濟(jì)，其諸省解京扣剩、河道及南直隸贓罰等銀，亦宜暫留，以助大工。工部復(fù)議。上曰：“河患異常，所在有司，漫不經(jīng)心，姑記罪候處。鈞所請俱從之。仍令會(huì)同漕運(yùn)都御史連，以實(shí)舉行。自后河道錢糧，別衙門不許擅自動(dòng)支?！惫锖?，法司上是歲恤刑官論囚矜疑之?dāng)?shù)。南直隸江南七十二人，詔免死發(fā)戍。
三十二年正月戊寅，先是大學(xué)士嚴(yán)嵩等言：“徐、邳等十七州、縣，連被水患，民饑剽劫，吏不能禁，恐生他變。乞命戶部給發(fā)余鹽銀兩及徐、淮等倉存留糧米，選差大臣出賑。仍令工部行巡撫及河道官，急將黃河下流設(shè)法疏浚，令水歸故道，百姓有廬室田畝可依，得以安堵?！鄙蠌钠溲?，命河道都御史曾鈞，漕運(yùn)都御史連，作速勘處以聞。至是鈞等奏謂：“劉伶臺(tái)至赤晏廟凡八十里，乃黃河下流，頃為淤沙壅塞，以致奔潰，此其疏浚所最先者。次則草灣老黃河口沖決，淹沒安東一縣，亦當(dāng)急筑。既成之后，宜筑長堤磯嘴，以備沖擊。又三里溝新河口，比舊口水高六尺，若開舊口，雖有沙淤之患，而為害稍輕，若開新口，未免淹沒之虞，而漕舟頗便。宜將新口暫閉，建置閘座，及將高家堰增筑長堤。原建新莊等閘，加石修砌，以遏橫流。但挑筑工料，計(jì)用銀十三萬九百余兩，乞發(fā)淮、揚(yáng)、滸墅三鈔關(guān)并蕪、杭二抽分銀兩解用?！惫げ繌?fù)議，從之。已命發(fā)淮、徐倉粟、麥四萬石，運(yùn)司余鹽銀五萬兩，遣刑部左侍郎吳鵬往賑之。
閏三月甲戌，海賊汪直糾漳、廣群盜，勾集各島倭夷，大舉入寇。連艦百余艘，蔽海而至。南自臺(tái)、寧、嘉、湖以及蘇、松，至于淮北，濱海數(shù)千里，同時(shí)告警。
四月壬午，初，山東、江北連歲水旱，饑民蜂起為盜。劇賊時(shí)洲、時(shí)愷、馬愛等，各聚眾數(shù)百人，流劫沂、邳間，燒毀泇口鎮(zhèn)，地方甚被其害。巡按直隸御史李逢時(shí)以聞。詔停山東、淮安撫臣沈應(yīng)龍、連及兵備等官俸，令克期平定。至是山東麥?zhǔn)丈躔?，饑民多歸就業(yè)。應(yīng)龍等復(fù)檄許群盜自首，于是賊勢衰耗，諸首惡多就擒。應(yīng)龍等以事平具聞。詔斬所擒獲諸盜，而貸其自首者。命應(yīng)龍等支俸如故。戊子，倭寇犯太倉州，攻城不克，分眾四掠，燒毀關(guān)廂廬舍。癸巳，倭寇破松江上?？h。丁酉，改南京吏部尚書潘潢為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。倭寇攻吳淞江所、南匯所，俱破之，分兵掠江陰。庚子，江北倭掠海州，殺二百余人。
五月癸丑，倭寇復(fù)入上?？h，燒劫縣市。知縣喻顯科逃匿，指揮武尚文及縣丞宋鰲俱戰(zhàn)死。賊屯縣中七日，縱火焚官民廨宇廬舍略盡。丁巳，淮安府知府張敦仁上言：淮、徐連遭水旱，請將漕糧折銀蠲免。又淮安、大河、邳州三衛(wèi)、守御東、西二海所，官軍俸糧歲五萬七千余兩，請如先年例，暫留鈔關(guān)銀數(shù)萬兩，或撥運(yùn)司鹽銀給之。戶部議復(fù)：“京儲(chǔ)至重，不得盡免。上年漕糧折銀，仍令起解。今年已征在官者起運(yùn)，未征者姑俟秋成如數(shù)帶征。其官軍俸糧，當(dāng)以鹽銀一萬二千兩給之。”詔如擬。甲子，添設(shè)金山參將一員，分守直隸蘇、松等處，防海備倭。庚午，南京兵科給事中賀涇奏：“上年倭寇突犯浙東，未遭挫衄。今歲勾煽丑類，連艘內(nèi)訌，以浙省防御漸密，乃泊守寶山，進(jìn)窺蘇、湖等郡。竊惟留都根本重地，海洋密邇。鎮(zhèn)江京口，乃江淮咽喉，瓜埠、儀真又漕運(yùn)門戶。今賊勢披猖，防制疏略，萬一黠寇匪茹，橫掠而西，將致根本震動(dòng)，運(yùn)道艱阻，為害非淺。矧今西北疲于邊烽，而瘡痍未蘇，中原困于饑饉，而萑苻不靖。其財(cái)賦供億，所仰給者，唯東南數(shù)郡已爾，復(fù)被寇燹，若此真可寒心。臣考嘉靖八年、十九等年，皆因?？芨`發(fā)，添設(shè)總兵官駐扎鎮(zhèn)江，事平面罷。今請暫設(shè)此官，俾整飭上下江洋，總制淮海并轄蘇、松諸郡，庶事權(quán)歸一，緩急有賴?！蹦暇V西道御史汪克用亦以為言。兵部復(fù)：“總兵官如議添設(shè)，令駐扎金山衛(wèi)節(jié)制將領(lǐng)，鎮(zhèn)守沿海地方，調(diào)募江南北徐、邳等處官、民兵，以充戰(zhàn)守。其操江都御史敕內(nèi)，未載海防，并當(dāng)增易?！鄙厦骸皶涸O(shè)副總兵一員，提督海防。應(yīng)用兵糧，巡撫并操江官協(xié)議以聞。操江都御史敕書不必更換。余如所議?！币眩嗣质馗?、興、漳、泉參將湯克寬充海防副總兵，提督金山等處。
六月壬午，謫總督漕運(yùn)兼巡撫鳳陽都御史連于外任，坐地方災(zāi)盜，匿不以聞故也。乙酉，改賑濟(jì)淮、徐刑部左侍郎吳鵬為兵部左侍郎兼都察院右副都御史、總督漕運(yùn)兼巡撫鳳陽。壬辰，巡撫應(yīng)天都御史彭黯、巡按御史陶承學(xué)等言：“寇勢日熾，非江南脆弱之兵，承平紈袴之將所可辦者。請得以便宜調(diào)山東、福建等處勁兵，及敕巡視浙江都御史王忬督發(fā)兵船，犄角攻剿。”疏下，兵部復(fù)：“山東陸兵不嫻水斗、福建海滄月港亦在戒嚴(yán)，豈能分兵外援。宜令黯等就近調(diào)處州坑兵一二千名，仍隨宜募所屬濱?？たh義勇、鄉(xiāng)夫，分布防御。并請命王忬互相應(yīng)援，其應(yīng)用兵船、糧餉、器械、火藥，許征發(fā)在所支用?！笔鹉暇┍渴?、尚書孫應(yīng)奎亦言：“倭夷劫掠，漸近留都。沿江津隘，已議調(diào)官軍防守。應(yīng)用甲仗、糧芻，乞命南京戶、工二部給發(fā)?！鄙暇阍手?。
七月戊申，巡撫應(yīng)天都御史彭黯以倭寇出境，浮海東遁來聞?？茏蚤c三月中登岸，至六月中始旋，留內(nèi)地凡三月。若太倉、嘉定諸州縣，金山諸衛(wèi)所皆被焚掠，上?？h、昌國衛(wèi)、南匯、吳淞江、乍浦、螓嶼諸所皆為攻陷，崇明、華亭、青浦等縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)，焚蕩略盡。向來所稱江南繁盛安樂之區(qū)，騷然多故矣。甲子，史褒善為南京都察院右僉都御史、提督操江。
八月丁丑，起服闋?wèi)舨可袝鴱埥?jīng)為南京戶部尚書。
九月癸丑，總理糧儲(chǔ)、巡撫應(yīng)天都御史彭黯以江南連年倭寇，兵餉不給。乞暫留布匹、船料、事例、折糧民壯、弓兵銀以濟(jì)軍餉。又言：“太倉、上海、嘉定被患特甚，宜破格優(yōu)恤撫屬。兌軍糧米，每于年終征完俟兌，而運(yùn)船多至次年三四月始至水次。時(shí)海潮風(fēng)汛，事變可虞，乞敕漕運(yùn)都御史將減存未運(yùn)現(xiàn)在糧船，先撥于上海、嘉定、昆山、常熟，江陰、丹徒諸處，于年終兌載?！闭孪聭舨?，言：“布匹、船料、事例、折糧銀，皆內(nèi)府太倉急需，非所敢議。惟去年巡按御史徐洛籍報(bào)，蘇、松、常、鎮(zhèn)四府實(shí)在銀二十八萬兩有奇，可備軍餉。其優(yōu)恤太倉、嘉定、上海，及漕運(yùn)兌載事宜，請如黯議?！眻?bào)可。甲子，以災(zāi)饑，詔免淮、揚(yáng)二府所屬州、縣及各衛(wèi)，所稅糧有差。仍敕有司出贖金販濟(jì)。增設(shè)分守直隸通、泰等處參將一員。辛未，倭賊百余，由華亭縣漴缺登岸，流劫戚水涇、金山衛(wèi)等處。自六月中，倭大舉東遁，江南稍寧。惟崇明南沙泊失風(fēng)寇幾三百人，舟壞不能去?？偙鴾藢?、僉事任環(huán)列兵守之，月久未克。至是寇警又作，遠(yuǎn)近震恐。
十月癸未，南京修理皇城興工。戊子，漴缺倭移舟泊寶山?？偙鴾藢捯蹘熥窊糁?，及于高家嘴，毀其舟，斬首七十三級(jí)，生擒十四人。壬辰，海倭三百余人，突犯上海縣，太倉州等處，復(fù)入常熟縣福山港。知縣王鐵率民兵御之，寇乃引去。丁酉，改南京戶部尚書張經(jīng)為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。
十一月癸卯，升南京都察院右都御史周延為南京吏部尚書。乙巳，前犯常熟倭，復(fù)由上海七灶洪登岸，流劫三林莊、南匯所、吳淞江所及嘉定縣地方，至十九日始去。戊申，改南京工部尚書孫應(yīng)奎為南京戶部尚書。丙辰，升總理糧儲(chǔ)、巡撫應(yīng)天、兵部左侍郎彭黯為南京工部尚書。辛酉，升江西右布政使方任為都察院右副都御史、總理糧儲(chǔ)、巡撫應(yīng)天。
十二月庚辰，改刑部右侍郎鄭曉為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史、總督漕運(yùn)、巡撫鳳陽等處。甲申，應(yīng)天巡撫都御史彭黯、巡按御史孫慎以蘇、松、常、鎮(zhèn)四府近遭倭患，居民流徙，請蠲太倉州京庫銀三萬六千二百兩有奇，嘉定縣京庫銀八千四百兩有奇，上?？h京庫銀五萬八千九百兩有奇。其余四府所屬州縣積逋二十七年至三十一年錢糧，皆停征。又言南方衛(wèi)所沿邊者戍，腹里者運(yùn)，制也。自邇年以松江所運(yùn)船二十只改派金山衛(wèi)及青、南二所代運(yùn)，邊腹互失其職，宜復(fù)舊制。章下戶部議：“京庫銀不敢議免，其積逋錢糧，自光祿寺物料并三十一年以前布疋外，皆可緩征。運(yùn)船舊制宜改復(fù)，如黯等言?！眻?bào)可。丙申，升江西左布政使陳洙為都察院右副都御史、總理糧儲(chǔ)、巡撫應(yīng)天。辛丑，南京兵科給事中賀涇條奏拱衛(wèi)留都七事：“一、議事權(quán)。凡地方有警，南京兵部會(huì)推知兵大臣一員，在江南則居新江口等處，在江北則居滁、和、浦口等處，居中調(diào)度，相機(jī)剿捕；二、簡官軍。各營軍士，宜汰其老弱，補(bǔ)以精壯，仍選謀勇者為把總。無事常行訓(xùn)練，有警征調(diào)防剿，所司以時(shí)閱視。許動(dòng)支地租營房銀犒賞；三、浚城潦。通濟(jì)等十三門，兵馬通衢，有為民居妨礙者，折毀。神策等三門濠河，有填淤者，浚治；四、肅門禁。守門軍士，原給器械，宜專官查驗(yàn)、整理；五，詰奸細(xì)。京城內(nèi)外及徐、滁、和地方，宜編立保甲，嚴(yán)行稽察；六、處操船。水軍戰(zhàn)船，宜仿沙船改造，其艨沖、樓船當(dāng)量存之；七、重應(yīng)援。池河新營所轄飛熊三衛(wèi)，敕巡視官聽兵部節(jié)制。江北有警，亦聽鳳陽撫、按官調(diào)遣?！鄙蠌钠渥h。巡按直隸御史孫慎勘報(bào)：“倭夷殺掠吳淞、嘉定諸處，論巡撫彭黯、參政翁大立、六合知縣董邦政、副總兵湯克寬，指揮劉重光不能防御，乞正其罪。陣亡鎮(zhèn)撫胡賢、重傷指揮黎鵬舉并宜優(yōu)恤?！钡弥迹骸百僚?jǐn)_，諸臣督守?zé)o策，黯停俸四月，大立二月，邦政等姑宥之?？藢捦Ｙ?，戴罪殺敵立功。余從所議?！?
三十三年正月辛未，應(yīng)天巡撫都御史彭黯以寇患孔棘，請令蘇、松、常、鎮(zhèn)四府得納承差如各省例，并榷閶門商稅，留三十一年以前應(yīng)解本色布銀，以充軍費(fèi)。從之。
二月庚辰，海寇由上海黃浦逸出攻松江府。官兵追戰(zhàn)，敗績。縣丞劉東陽死之。丙戌，兵部復(fù)：“原任巡撫應(yīng)天、都御史彭黯奏去年九月倭賊流劫華亭、南沙、上海、吳淞江等處，諸守臣功罪狀。初寇入，副總兵湯克寬、兵備僉事任環(huán)、松江府同知郁文奎等迎戰(zhàn)，皆不利。后克寬追寇于寶山，破之。環(huán)等各嚴(yán)兵自守，雖無斬獲功，境內(nèi)以全，罪亦可原者?！鄙鲜侵?。命赦還文奎等罪，各策勵(lì)兵供職，克寬功罪俟復(fù)勘議處。
三月辛丑朔，升工部左侍郎陶尚德為南京刑部尚書。甲辰，改南京兵部右侍郎屠大山為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史，總理糧儲(chǔ)，提督軍務(wù)兼巡撫應(yīng)天。以南直隸太倉州、上海、華亭二縣被兵，準(zhǔn)改征兌運(yùn)米折色有差。庚戌，免蘇、松二府三十三年應(yīng)派料價(jià)，充海防軍餉。乙丑，蘇、松倭寇掠民船入海，趨江北岸，薄通、泰等城，焚掠各鹽場，余眾有漂入青、徐界者。
四月壬午，揚(yáng)州衛(wèi)千戶洪岱、文昌齡、泰州所千戶王烈督兵援通州，至西門外三里橋遇賊戰(zhàn)，俱死之。乙酉，倭寇襲破崇明縣，知縣唐一岑死之。甲午，增設(shè)鹽城縣洋麻港口、海州東西二所把總官各一員。
五月辛丑，以災(zāi)傷，詔以淮安府屬州、縣改兌糧八千六百石，俱準(zhǔn)折征。戊申，初，通州三里河之役，賊兵僅百余人，鹽徒及脅從者千余人，時(shí)參將解明道擁重兵居城中；揚(yáng)州府同知朱裒、儀真守備張壽松軍城外。鳳陽巡撫鄭曉議發(fā)兵往援，檄原任都指揮月輪將之，輪辭以非朝命不至。曉仍更檄兩淮運(yùn)判馬倫、原任儀真守備陳津，往會(huì)千戶洪岱等合戰(zhàn)。城內(nèi)外兵無一策應(yīng)者，岱等孤軍敗。岱與千戶文昌齡、王烈皆死。至是，曉上疏言狀，因請治明道等畏怯、輪推避之罪。得旨：“洪岱、王烈、文昌齡俱贈(zèng)指揮同知，子孫升襲。褫明道與壽松等職，各戴罪立功。輪令巡按御史逮至京問?！奔河?，兵部復(fù)：“巡按御史孫慎言，浙江、江北諸郡，寇患方殷，蘇、松二、三月間，所在告急，皆經(jīng)略失人，軍令不嚴(yán)所致。乞敕巡撫屠大山，收召忠勇之士，申明誤軍之罰，仍榜諭沿海居民，有能奮勇殺賊者，如軍功升賞，所得寇器，悉以與之。計(jì)擒賊首者，許奏升指揮、僉事，世襲。一切軍費(fèi)，悉從便宜區(qū)處。督糧參政翁大立，無事令往來蘇、松、常、鎮(zhèn)，催給糧餉。有事專往松江，以便調(diào)度?！痹t以其議屬大山舉行，仍趨令赴任，不許遲緩。庚戌，調(diào)原任湖廣按察司副使張景賢，整飭淮、揚(yáng)兵備，專理海防。時(shí)倭寇未靖，總督漕運(yùn)侍郎鄭曉及直隸巡按御史李逢時(shí)共疏，請?zhí)碓O(shè)兵備一員，專住泰州，以防通、泰、海州海賊出入之路。吏部復(fù)，從其請，因調(diào)景賢為之，仍列銜于湖廣。辛亥，詔發(fā)南京戶部銀二萬兩，為蘇、松備寇兵費(fèi)。庚申，江北倭寇攻如皋縣，不克。辛酉，增設(shè)把總官一員，于泰興縣周家橋防守。從操江都御史史褒善請之。
六月壬申，詔復(fù)設(shè)管河郎中一員于江南，既而罷之。初，漕運(yùn)侍郎鄭曉奏，糧船過淮衍期，皆坐鎮(zhèn)江以南內(nèi)河淤阻之故，乞特遣一部臣督帥有司，疏通河道。章下工部議，以為便。從之。吏部因言：“江南舊有水利郎中一員，兼管鎮(zhèn)江運(yùn)道。后因權(quán)輕不便鈐轄，乃以其事專責(zé)之巡撫。今復(fù)設(shè)部官，他日又將以為不便矣?！鄙显唬骸肮芎永芍?，既有前旨裁革，罷勿遣。其經(jīng)理運(yùn)道事宜，仍責(zé)成巡撫如故?！比晌纾龖?yīng)天府府丞李珊為本府府尹。戊子，升戶科都給事中凌汝志為應(yīng)天府府丞。丁酉，添設(shè)揚(yáng)州府同知一員，專駐瓜州，督捕江海盜賊。從漕運(yùn)都御史鄭曉奏也。
七月丙午，蘇州倭寇流劫至嘉善縣，轉(zhuǎn)趨松江出海。參將俞大猷，擊敗之于吳淞所，擒七人，斬首二十三級(jí)。乙丑，以兵荒，量免淮安府、衛(wèi)及通州、如皋、海門屯糧，并改折海門、山陽、鹽城、贛榆、沭陽兌米有差。
八月己巳朔，上命總督漕運(yùn)、侍郎鄭曉督修如皋、海門、泰興、海州、鹽城等處城池塞堡，添設(shè)掘港把總官一員備盜。癸未，倭寇薄嘉定縣城，參將李逢時(shí)、許國遇于新涇橋，敗之。擒斬八十余人。庚寅，起聽勘原任昌平州右僉都御史周珫總理糧儲(chǔ)、提督軍務(wù)兼巡撫應(yīng)天。丁酉，增造南京新江口兵船二百艘。先是，新江口額設(shè)船四百艘，以操江都御史潘璽奏減其半。至是，魏國公徐鵬舉以海寇騷擾，請改沙船，增復(fù)舊額。從之。
九月乙亥，詔停蘇、松、常、鎮(zhèn)四府租一年，以被倭故也。己酉，南京兵部尚書張經(jīng)以倭寇充斥，議留折兌運(yùn)糧，借用兩淮鹽銀、蘇府滸墅鈔關(guān)船料、后湖贓罰十萬兩，充兵餉。戶部復(fù)：“太倉等州縣漕糧改折扣留，已為破格，若并折色而盡留之，漕規(guī)廢壞，何所紀(jì)極。宜止以太倉州三十二年秋糧折兌銀三萬五千有奇、華亭縣二萬六千有奇，共抵作原議聽留蘇、松、常、鎮(zhèn)四府三十三年兌運(yùn)秋糧并派剩銀兩之?dāng)?shù)，存留充餉。后湖抵贖，以其半與之?！眻?bào)可。乙卯，倭寇七十余人犯海門縣，焚舟登岸?；磽P(yáng)兵備副使張景賢，亟引御之，戰(zhàn)于呂四場，盡殲其眾。
十月壬申，命錦衣衛(wèi)械系原任應(yīng)天巡撫屠大山、參將許國、李逢時(shí)、副總兵解明道至京訊治。先是，采淘港之役，坐兩將不相能，各兵趨利不止，故垂成而敗。時(shí)明道督水兵泊海口，坐視不救，大山方稱疾不視事。至是，御史張師價(jià)以敗事聞，請治大山、逢時(shí)、國、明道各失事罪。于是大山逮至，黜為民，明道等論斬。乙亥，免是歲南京決囚。辛巳，兵科給事中李用敬論劾總督、南京兵部尚書張經(jīng)縱賊誤國。上命改經(jīng)為右都御史、兼兵部右侍郎專一總督軍務(wù)，克期平賊，不許怠誤。以南京吏部尚書周延代經(jīng)為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。壬辰，倭寇三千余人由金山突至西?？冢前斗致?。
十一月甲寅，倭寇犯松江、青村所等處。
十二月甲戌，命調(diào)永順宣慰司彭明輔、保靖宣慰司彭藎臣各帥所部土兵三千人，前赴蘇、松剿賊。先是，總督張經(jīng)議調(diào)廣西狼兵及湖廣民兵，尚未至。而蘇、松自十月后，新寇繼至者又萬余人，經(jīng)至是告急。因復(fù)以調(diào)兵請，許之。乙亥，以蘇州被寇，暫令滸墅鈔關(guān)收折色一年。丁亥，升江西左布政使汪宗元為應(yīng)天府府尹。甲午，以淮安府災(zāi)荒，準(zhǔn)改折預(yù)征本色馬匹三分之一。
三十四年正月丁酉，命南京中軍都督府僉書萬表掛印充總兵，提督漕運(yùn)，鎮(zhèn)守淮安。庚戌，南京應(yīng)天府死囚吳恭伯等十五人越獄，奪城門走。詔錦衣衛(wèi)逮府尹李珊來京訊治，革守備魏國公徐鵬舉任。已，鵬舉上符敕請罪，乃命奉祀孝陵，于南京中府帶俸。珊械至法司，以案證在南京，請下巡按御史查劾。久之，御史為之開釋，請仍在籍聽用。從之。丙辰，工部尚書吳鵬奏：“邇者，黃河沖決飛云橋，于是昭陽湖水柜淤為平阜，今與運(yùn)河無涉。柜外余田四百九十余頃，召民佃種，人授田五十畝，每畝征銀三分，以備河道之用，日后或于河渠有濟(jì)，仍退還官。其馬場、南旺、安山等三湖水柜，不在此例?！眻?bào)可。甲子，巡撫應(yīng)天都御史周珫奏：“蘇、松二府，連被兵荒，乞?qū)⑷甓惣Z盡數(shù)蠲免，華亭、上海及嘉定、崇明四縣仍發(fā)銀賑濟(jì)?！睉舨繌?fù)：“該府本年民糧存留者，依擬蠲除。起運(yùn)者，除派內(nèi)府、王府糧米及議改折外，俱暫停征，再將華亭、上海、嘉定三縣各扣京庫米四萬石。崇明原無起運(yùn)，令于別庫計(jì)處銀一萬兩，給散貧民?！眻?bào)可。乙丑，升原任兵部左侍郎張時(shí)徹為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。
二月己卯，改南京禮部尚書王崇慶為南京吏部尚書。丙戌，遣工部右侍郎趙文華祭告海神并察視江南賊情。初，文華條陳御寇便宜，首請遣大臣祭東海。至是，禮部復(fù)如其言。上以問大學(xué)士嚴(yán)嵩，嵩言：“南賊擾據(jù)蘇、松二載，設(shè)官調(diào)兵，未見實(shí)效。屢次奏報(bào)，或多失實(shí)。宜依部復(fù)遣大臣往祭，宣布朝廷德意，即令察視賊情，以區(qū)處長策，具實(shí)奏聞。其所差官，或即用文華亦可。”上乃命文華往。辛卯，修理南京城垣。壬辰，以淮、徐災(zāi)傷重大，詔折征漕糧十分之三，每石征銀六錢。
三月甲寅，蘇、松兵備任環(huán)督參將解明道等，以舟師與寇戰(zhàn)于南沙野茅洪，敗之，斬首一百八級(jí)。
四月辛未，工部侍郎趙文華至松江祭海神。是時(shí)倭據(jù)川沙洼、柘林為巢，經(jīng)冬涉春，新寇復(fù)日有至者，地方甚恐。及聞狼兵至，人心稍安。總兵俞大猷遣游擊白泫等將狼兵數(shù)隊(duì)，往來哨賊，乘隙邀擊。舍把田鑾等稍有斬獲，文華因謂狼兵果可用，厚犒之，激使進(jìn)剿，至漕涇，遇寇數(shù)百人與戰(zhàn)不勝，頭目鐘富、黃維等十四人俱死，兵眾失亡甚眾。于是賊知狼兵不足畏，復(fù)肆掠如故矣。乙亥，倭犯江北淮、揚(yáng)等處，前后由通州之余東場、海門之東夾港地方登岸，流劫狼山、利河等鎮(zhèn)，呂四、余西等場。丙子，江北倭突入通州南門，燒民屋二十余間而去。己卯，升吏部左侍郎葛守禮為南京禮部尚書。甲申，柘林巢賊分眾三千余，過金山衛(wèi)?？偙岽箝喽接螕舭足疤镏萃呤媳趽糁?。賊鼓眾來沖，官兵大潰，死亡無算，賊遂奔犯浙江。乙酉，江北倭犯淮安鹽城縣。戊子，三丈浦倭賊分眾掠常熟、江陰村鎮(zhèn)，兵備任環(huán)督保靖土兵千余及知縣王鐵、指揮孔燾分統(tǒng)官、民兵三千攻其巢，破之。斬首百五十余級(jí)，燒賊船二十七只，余賊奔江陰。辛卯，川沙洼倭駕舟出海，官兵縱火焚其巢。風(fēng)蕩賊舟一，至戚家墩。游擊白泫、劉恩至獲之。斬首三十七級(jí)。是日，江陰賊亦出江東遁。
五月甲午朔，升刑部左侍郎陳儒為都察院右都御史，總督漕運(yùn)，巡撫風(fēng)陽。戊戌，原屯川沙洼倭賊突犯關(guān)港、周浦、車浦等處，奪舟過浦，分掠泗涇、北簳山。僉事董邦政、游擊周藩引兵追擊，遇賊于唐行，我兵驚潰。藩被創(chuàng)死，軍士死傷者幾三百人。賊遂屯駐古塘橋，流劫昆山縣石浦等鎮(zhèn)。甲辰，倭寇五十余人，自山東日照縣流劫安東衛(wèi)，至淮安贛榆縣。是日，呂四場有倭舟突犯，沿劫東團(tuán)等處，該場副使李政，督率耆灶，奮銳攻之，斬首四十五級(jí)，盡殲其眾。乙巳，寇舟三十余艘，眾約千余人，自海洋突犯蘇州青村所，攻城不克，遂縱火自焚其舟，登岸肆劫。是時(shí)，新寇復(fù)大至，自青村外若南沙、小烏、北浪港諸處悉有賊至，泊岸即焚舟散劫。官兵稍稍逼之，乃合勢犯蘇州陸涇壩及婁門。南京都督周于德引兵來援，一戰(zhàn)而敗，鎮(zhèn)撫孫憲臣被殺。賊遂中分其眾為二：一由齊門北馬頭而北，轉(zhuǎn)掠滸墅關(guān)、長洲五都等；一由胥門、木瀆而南，轉(zhuǎn)掠吳縣橫塘等鎮(zhèn)，延蔓常熟、江陰、無錫之境。出入太湖，莫能御者。己酉，詔錦衣衛(wèi)遣官校逮總督南直隸、浙、福軍務(wù)、右都御史張經(jīng)及參將湯克寬，械系來京問。以侍郎趙文華劾其畏葸失機(jī)，玩寇殃民故也。倭自去歲據(jù)松江柘林、川沙洼二處為巢，縱橫肆掠，周圍數(shù)百里間，焚屠殆遍，水、陸兵無敢近者。本年三月初，廣西田州土官婦瓦氏，及東蘭、南丹、那地、歸順等州狼兵六千余名，承經(jīng)調(diào)至。狼兵輕慓嗜利，聞寇富有財(cái)貨，亟欲取之。居民亦苦寇暴，朝夕冀幸一戰(zhàn)。文華既至嘉興，屢促經(jīng)亟檄狼兵剿賊。經(jīng)曰：“賊狡且眾，今檄召四方兵，獨(dú)狼兵先至耳。此兵勇進(jìn)而易潰，萬一失利，即駭遠(yuǎn)近觀聽。姑俟保靖、永順土兵至，合力夾攻，庶保萬全。”文華再三言，經(jīng)終守便宜不聽。文華乃疏言：“經(jīng)養(yǎng)寇糜財(cái)，屢失進(jìn)兵機(jī)宜，惑于參將克寬謬言，欲俟寇飽載出洋，以水兵掠余賊報(bào)功塞責(zé)耳。宜亟治，以紓東南大禍。”疏至，上以問大學(xué)士嚴(yán)嵩。嵩對(duì)具如文華言，且謂蘇、松人怨經(jīng)，不可復(fù)留。宜與克寬俱逮京鞫訊，以懲欺怠。經(jīng)、克寬遂并得罪。尋升巡撫應(yīng)天右僉都御史周珫為兵部右侍郎，仍兼原職，代經(jīng)總督。贛榆倭流劫海州、沭陽、桃源等處，至清河阻雨。徐、邳官兵分道蹙之，殲于馬頭鎮(zhèn)民家，斬首四十一級(jí)。此賊自日照登岸，不及五十人，流害兩省，殺戮千余人，至是始滅。甲寅，柘林倭賊縱火自焚其巢，駕舟二百余艘，出海東遁。乙卯，蘇松兵備任環(huán)督總兵俞大猷等官兵，及永順官舍彭翼南等土兵、蘇州府、縣鄉(xiāng)兵進(jìn)攻陸涇壩。敗之，斬首二百七十有奇，焚賊舟三十余艘，余賊奔潰。丁巳，升浙江按察使曹邦輔為都察院右僉都御史，提督軍務(wù)，巡撫應(yīng)天。倭寇常熟縣，知縣王鈇率兵乘城御之。賊屢攻不克，移舟泊三里橋。鈇及鄉(xiāng)宦、參政錢泮率耆民家丁追賊，及于上滄港，為賊所掩擊，俱死。其民丁僅有脫者。辛酉，侍郎趙文華復(fù)疏陳倭患出沒之形，并劾巡撫周珫、總兵白泫、僉事董邦政等縱寇喪師，使零賊奔潰，余孽復(fù)張。因言：“巡按御史胡宗憲，才智異常，安危可寄，宜亟付以大任?！北繌?fù)上其議。上責(zé)珫統(tǒng)重兵不能擒斬逸賊，致蹶將損師，本當(dāng)逮治。第時(shí)方用人，姑停珫俸，褫泫及邦政職，充為事官，戴罪殺賊，如更怠縱，罪無赦。宗憲俟論功之日，不次超擢。文華仍奉命督師，參奏僨事者，勿畏避。
六月丙寅，改南京工部尚書楊行中為南京吏部尚書。甲戌，三丈浦倭賊駕舟出海，總兵俞大猷引舟師遮洋擊之，斬首一百三十有奇，沖沉賊舟七艘，賊遁泊海洋三板沙。庚辰，三板沙倭賊搶民船出洋，參政任環(huán)、總兵俞大猷引舟師追擊于馬跡山，擒倭首灘舍賣及從賊五十七人，斬首九十三級(jí)。是日，倭舟有被海風(fēng)飄回者，舟壞，余賊五十人，屯嘉定縣民家。參政任環(huán)以耆兵攻之，不克，傷亡幾三百人。乃投火民宅爇之，賊盡死。乙酉，蔡涇閘倭至夏港鎮(zhèn)。副使王崇古督水、陸兵夾擊之，賊遂出港泊淺沙，分舟南犯，至靖江陳公港登岸。我兵急擊之，斬首四十有奇，余賊走入民家，我軍焚而殲之。
七月戊申，革金山備倭都司，改設(shè)參將一員于蘇、松，暫設(shè)參將一員于常、鎮(zhèn)。壬子，南京兵部尚書張時(shí)徹等奏：“應(yīng)天等府地廣，巡撫一人，控制為難。乞添設(shè)兵備或巡撫以便責(zé)成?！辈孔h：添設(shè)兵備副使一員，于句容、溧陽、廣德，往來駐扎，選調(diào)建陽、宣州，新安三衛(wèi)官軍并所屬民兵，相兼操練，聽督撫官調(diào)遣?！笔枞搿５弥迹骸斑冋?，每遇賊警，所司不思設(shè)謀戰(zhàn)守，輒議增官，隨以無補(bǔ)罷之，殊為紛擾。且蘇、松、浙江添官未為不多，選用匪人，何能有濟(jì)。所議姑允行，事寧具奏裁革?！惫锍?，江南金涇、許浦、白茆港諸倭俱載舟出海，總兵俞大猷督各水兵把總劉堂、火雷、余昂等引舟師追及于茶山，縱火焚其五舟，余賊走馬跡山、三板沙。復(fù)以兵追擊之，壞其三舟，凡斬賊首六十七級(jí)，生擒四十二人。是時(shí)，江陰蔡港倭亦引舟出洋，我兵分擊于馬跡、馬圖、寶山等處，共擒斬九十余賊。值颶風(fēng)大作，賊舟多溺，官兵船壞損者亦眾。次日柘林寇亦載舟出洋，為官兵沖擊及海風(fēng)簸蕩，沉沒二十余舟，余賊復(fù)回泊海港，登岸劫掠。丙辰，南京兵部尚書張時(shí)徹等言：“倭夷侵迫畿輔，而京軍遠(yuǎn)戍京口，非計(jì)。乞掣回防守。”從之。
八月癸亥朔，倭自南京至秣陵關(guān)。應(yīng)天推官羅節(jié)卿、指揮徐承宗率兵千人守關(guān)，望風(fēng)奔潰。賊遂過關(guān)至溧水縣楊林橋，典史林文景率兵迎遏，不能御。署縣丞趙珠臣棄城走，賊遂由小北門入城，宴飲民家，信宿乃去。辛未，柘林賊載舟出海，僉事董邦政、總兵俞大猷各督所部水兵分哨擊之，斬首七十有奇，獲船九艘。邦政復(fù)以嘉定兵擊賊于寶山，斬首九十八級(jí)。甲戌，溧水倭流劫溧陽，趨宜興，至亭，聞官兵自太湖出，取道官路橋、黃土，越武進(jìn)縣境，抵無錫惠山寺，一晝夜奔一百八十余里。官兵追及，急擊之。賊疲走望亭，次日至滸墅關(guān)。都御史曹邦輔督各官兵圍之。乙亥，柘林開洋賊，遭風(fēng)壞三舟，余賊三百有奇，自蔡廟港登岸，流至華亭縣陶宅鎮(zhèn)據(jù)之。壬辰，督察軍情、侍郎趙文華陳海防五事：“一、復(fù)更番出洋之制。國初海防之設(shè)極善，今乃列船港次，猶之棄門戶而守堂室，浸失初意。宜分乍浦之船以守海上陽山；蘇、松之船以守馬跡；定海之船以守大衢。三山品峙、哨守相聯(lián)。更以副總兵屯泊陳、錢諸島，以扼三路之沖，使賊不得越；二、總兵既屯海上，須藉舟師。今所造福船未辦，所調(diào)廣船未集，請以寧、紹、臺(tái)、溫、蘇、松捕魚船，及下捌山捕福倉等船，約束分布，相兼戰(zhàn)守；三、浙直地勢相連，互為唇齒，宜設(shè)正、副總兵官二員，分駐金山、臨山會(huì)要之地，共守陳、錢；而以參將分守馬跡等三山，各督汛地，則勢成犄角；四、沿海一帶，軍伍不充。請籍現(xiàn)募鄉(xiāng)兵萬人，歲給半糧，免其他役，給閑田屯種，仿古寓兵于農(nóng)之意；五、拒寇海中功與戰(zhàn)勝內(nèi)地者異，宜厚其升賞。斬賊一顆，為首者升二級(jí)，為從者給賞?？偙裙?，能使賊船不能登岸者，以保障論功。若無首級(jí)而止獲賊船者，亦以大小論級(jí)?！北繌?fù)：“其議俱可行，但鄉(xiāng)兵萬眾，人給半糧，當(dāng)議所出?？纸腺x已繁重，未免紛擾，事宜寢。”上從部議。蘇、松巡撫曹邦輔檄僉事董邦政、把總婁宇以沙兵擊滸墅關(guān)倭寇，殲之。初，賊自宜興奔蘇州，會(huì)柘林賊為風(fēng)飄旋者三百余，進(jìn)據(jù)陶宅港。邦輔慮二賊合，且為大患，乃親督副使王崇古，會(huì)集各部兵，扼其東路，四面蹙之。賊逃至五龍橋，復(fù)至梅灣山，我兵隨地與競，頗有斬獲。太倉衛(wèi)指揮張大綱被殺，兵卒傷亡亦眾。時(shí)邦政、宇督沙兵守陶宅。邦輔計(jì)陶宅賊據(jù)險(xiǎn)且眾，未可進(jìn)兵。乃召邦政、宇以沙兵助剿，一戰(zhàn)斬首十九級(jí)，賊始懼，奔吳舍，欲潛走太湖。官兵覺之，追及于楊林橋，盡殪其眾。此賊自紹興高埠奔竄，不過六七十人，流劫杭、嚴(yán)、徽、寧、太平，至犯留都，經(jīng)行數(shù)千里，殺戮及戰(zhàn)傷無慮四五千人。凡殺一御史、一縣丞、二指揮、二把總，入二縣，歷八十余日始滅。
九月乙未，命南京右府僉書署都督僉事方恩，掛印充總兵官，提督漕運(yùn)，鎮(zhèn)守淮安。督察軍務(wù)，侍郎趙文華，大集浙、直兵，來攻倭于陶宅。賊分眾迎敵，我兵大敗。浙江領(lǐng)兵指揮邵昇、姚泓，直隸領(lǐng)兵千戶劉勛俱死。是時(shí)，文華以蘇寇之捷己不得與為恨，現(xiàn)調(diào)兵四集，謂陶宅寇乃柘林余孽，可取。浙江巡撫胡宗憲因大言寇不足平，以悅其意。遂悉簡浙兵精銳得四千人，文華、宗憲親將之，營于松江之磚橋。因約應(yīng)天巡撫曹邦輔以直隸兵會(huì)剿，定期浙兵分三道直兵分四道，東西并進(jìn)。賊悉銳沖浙江諸營，皆潰。官兵擠沉于水及自蹂踐死者甚眾，損失軍士凡一千余人。直兵亦陷賊伏中，死者二百余人，由是賊勢益熾。庚子，詔留巡按蘇、常、鎮(zhèn)御史周如斗再歷一年，從其士民請也。乙巳，升刑部左侍郎張鏊為南京兵部尚書、參贊機(jī)務(wù)。以水災(zāi)免淮安、揚(yáng)州二府及徐州各衛(wèi)、所秋糧有差。甲寅，命掌南京前府事誠意伯劉世延提督操江兼管巡江。
十月癸亥，陶宅倭見官兵四集，夜走周浦屯永定寺中，官兵追圍之。是時(shí)柘林開洋賊舟九只，復(fù)回登岸，巢于川沙洼。丙子，巡撫應(yīng)天都御史曹邦輔以剿滅蘇州滸墅關(guān)倭寇聞。且言：“連年寇患，其來必糾連大眾，多者數(shù)千，少亦不下數(shù)百。其登岸劫掠，近則百里，至遠(yuǎn)不過千里。未有以五六十余之賊，深入內(nèi)地，轉(zhuǎn)戰(zhàn)數(shù)千里，直瞰都門，無所顧忌，若此賊者。且所過屠戮，極其慘烈，使不即殄滅，得以遁歸，彼已習(xí)知內(nèi)地虛實(shí)，將來招引丑類為禍，殆未可量。所據(jù)僉事董邦政聞命疾趨，躬履行陣，橫犯鯨鯢之眾，不旬日而芟刈之，真可謂奇功也，請亟加褒錄?！笨偠綕u直、侍郎楊宜亦報(bào)捷如邦輔言，復(fù)參邦政雖有斬馘功，然實(shí)故違節(jié)制，當(dāng)罪。督察侍郎趙文華又言：“柘林余賊，復(fù)巢陶宅，臣同浙江巡撫胡宗憲督兵四千，來松江會(huì)剿。而應(yīng)天巡撫曹邦輔、僉事董邦政不協(xié)力進(jìn)兵，顧乃避難趨易，僥幸功捷，乞加懲究。”疏俱下兵部。部復(fù)：“文華所謂趨易，蓋指蘇州之寇而言；所謂避難，蓋指陶宅之寇而言。竊計(jì)二寇多寡雖殊，比量聲勢，不宜分難易論。若使合而為一，以流劫者之慓悍，濟(jì)屯聚者之蕃眾，未免益復(fù)滋蔓難圖。乃今蘇州之寇剿滅無遺，陶宅之寇自然勢孤氣沮，驅(qū)除為易。今第宜令董邦政戴罪自效，務(wù)將陶宅之寇亟行殄絕。俟事平之后，總較功罪，然后賞罰可得施也?！痹t下邦政于總督都御史逮問。丁丑，應(yīng)天巡撫曹邦輔，親督水陸兵分五哨攻寇于周浦城。賊迎敵，四哨俱奔潰，溺水死者數(shù)百人。獨(dú)中哨以邦輔在焉，且阻水得不潰。壬年，巡按直隸御史周如斗言：“方今蘇、松流突之寇已殄，屯聚之寇，其勢已孤。諸軍宜乘勝并力滅此余燼不宜遷延養(yǎng)寇，使巢成谷登，新寇代至，復(fù)致曩者柘林之患。且近日直隸斬獲，悉本地鄉(xiāng)兵之功，其狼、苗二兵，自浙江衄敗后，一無足用。苗兵前猶有王江涇、婁門之捷，若狼兵則徒擾地方，無纖毫戰(zhàn)守力。至于川兵，雖未見可用與否，第萬里趨調(diào)，東西異宜，恐亦未足恃也。近起用原任總兵何卿、沈希儀，以其知兵，令督率川、廣調(diào)至之卒，展力取效。顧皆昏睡眊衰愞，一籌莫展。近日功捷，二人者，絕無所與，將焉用之？請罷遣二臣，并停征兵之令，申飭督撫諸臣，督勵(lì)鄉(xiāng)勇，亟除殘寇?！鄙显唬骸暗胤綒埧芪淳?，令督撫等官，速計(jì)剿絕。卿及希儀，令革職回衛(wèi)閑住?！毙撩?，以兵荒，免華亭、上海、江陰、常熟四縣存留稅糧，仍于起運(yùn)數(shù)內(nèi)量行改折。
十一月辛丑，有倭二千余人，自海洋駕舟四十余艘，先后入川沙洼，與舊賊合勢登岸，沿浦東一帶，焚劫四團(tuán)、八灶等處。甲寅，吏部給事中孫浚言：“近見督察侍郎趙文華，請罷應(yīng)天府巡撫曹邦輔，參稱約夾攻而后期。及考疏內(nèi)所列邦輔督副總兵俞大猷進(jìn)剿在九月十一日，浙兵次日方進(jìn)，則后期之罪，不在直隸。矧今蘇、松民士謂邦輔實(shí)心任事，稱不容口。其前流劫留都之寇，又為邦輔所滅，功能了然。遽請斥罷，文華之意，殆不可曉。時(shí)東南用兵，寇勢方熾，臣誠恐有妨大計(jì)，竊請事權(quán)歸一，則責(zé)成專而無彼此牽制之患。昔漢祖任韓信專閫外，雖智如張良，不使干與，所以能成大功。方今江南之事，餐察司檢稽，而戰(zhàn)守大機(jī)當(dāng)決之總督、巡撫兼提督，行伍專職當(dāng)責(zé)之總兵。督撫統(tǒng)大綱，而城池倉庫，奉行策應(yīng)，當(dāng)付之有司。不然，權(quán)分勢軋，人皆掣肘，無以自盡其長。乞敕該部申明事權(quán)：督率不嚴(yán)，方略不慎，罪坐總督；錢糧不敷，調(diào)遣無法！罪坐巡撫；軍令委靡，戰(zhàn)陣退縮，罪坐總兵；策應(yīng)不前，四境殘破，罪坐郡縣；檢察無實(shí)，功罪不明，或昧機(jī)專斷，強(qiáng)人從已，以致?lián)蠑。镒讲?。”上從其言?
閏十一月癸亥，南京兵部尚書張鏊復(fù)：“兵部尚書楊博所議防守留都四事：一、南京城廣而門多，不無兵分力寡，宜暫塞鐘阜、清江二門，以便關(guān)防；一、附近之水軍既屬操江，屯軍隨屯耕戰(zhàn)，安慶當(dāng)長江上流，鎮(zhèn)江逼蘇、松寇患，俱難再調(diào)。惟滁州、宣州、建陽、安慶四衛(wèi)之軍，宜屬溧陽兵備整飭，俟警征發(fā)。孝陵、錦衣等衛(wèi)，神機(jī)等營軍余，俱宜簡練，以備戰(zhàn)守；一、進(jìn)鮮船只，坐撥余丁過多，宜量為裁省，以充營伍；一、南京西南濱臨大江，足稱天險(xiǎn)，東南百里內(nèi)外，宜設(shè)險(xiǎn)置戍，遠(yuǎn)為控遏。陵寢近地，雖未易興工，至如秣陵、淳化、江寧三鎮(zhèn)原設(shè)巡司，弓兵單弱，宜增堡戍。”疏下兵部，言其復(fù)議悉妥。其暫塞二門，恐于神京風(fēng)水妨礙，移文更審處之。癸酉，川兵游擊曹克新?lián)糍劣诩味ㄖ邩颍瑪厥锥思?jí)。鏖戰(zhàn)自辰及未，酉陽兵先潰，諸軍遂敗。越二日，克新復(fù)督蜀中土、漢兵，分三哨追剿，左哨天全土兵及筠連弩手，奮銳沖賊，迎斬七十余級(jí)。右哨酉陽、邑梅等兵復(fù)潰，我軍遂亂。為賊所乘，殺大渡河千戶李燦、成都衛(wèi)百戶鄭彥昇，川兵傷亡及溺死十四，諸軍奪氣。是時(shí)，調(diào)至客兵太多，督撫率無長略，不能以恩威駕馭，諸兵遂恣睢暴肆，不復(fù)奉約束。川兵初與山東兵斗，參將尚允紹幾被殺。至于出戰(zhàn)，皆自為進(jìn)退。酉陽兵既敗，即大噪奪舟徑歸。至蘇州，趙文華犒慰諭留之，不敢詰也。
十二月癸巳，詔名南京新設(shè)二營為振武營。用兵部初議，選南京各衛(wèi)余丁補(bǔ)正軍三千，以都督段堂領(lǐng)之，使防守京城。又選孝陵衛(wèi)余丁共三千人，以豐潤伯曹松領(lǐng)之，使拱護(hù)陵寢。乙巳，督察浙、直軍務(wù)侍郎趙文華，疏乞還京師。文華初奉命至浙，適廣西田州等狼兵調(diào)至，其土官婦瓦氏等知寇有厚蓄，銳意請戰(zhàn)。文華惑之，亟趨總督張經(jīng)進(jìn)兵。不得，則上書痛詆之。及湖兵至，經(jīng)進(jìn)戰(zhàn)王江涇，大捷，竟以文華前讒被逮。代之者為周珫、楊宜，皆庸駑無遠(yuǎn)略。由是各兵漫渙，賊勢益熾。文華激獎(jiǎng)瓦氏亟戰(zhàn)，亡其卒十七八，無尺寸功，文華乃大沮。及蘇州殄滅流寇，文華欲攘功后期，計(jì)陶宅遭颶余寇，可取以自飾。乃大集浙、直水陸兵四面攻之，大敗兵將傷亡甚眾。復(fù)趨浙、直再進(jìn)兵，皆不克。副使劉燾、巡撫曹邦輔僅以身免。文華始知賊未易圖，即有歸志。及十一月，川兵破周浦賊，俞大猷復(fù)有海洋之捷。文華遽言：“水陸成功，江南清宴，臣違闕日久，請歸供本職?！笔菚r(shí)，海洋回倭泊浦東，川抄舊巢及嘉定高橋皆有寇據(jù)。而新倭來者日眾，浙東西破軍殺將，羽書沓至。文華乃以寇息聞，其欺誕若此。
三十五年正月壬午，松江新場倭襲敗官軍于二橋，參將尚允紹等死之，亡其卒四百余人。丁亥，詔留南直隸去年起運(yùn)糧草派乘米折銀及滸墅鈔關(guān)額課銀給軍餉。從應(yīng)天撫臣請也。
二月壬辰，以直隸華亭、上海、嘉定縣兵荒，停征稅糧有差。乙巳，命操江都御史史褒善量調(diào)九江、安慶官軍防守京口、圌山等處，添設(shè)把總指揮一員領(lǐng)之。初，上從部議，以南京營兵不宜出戍，悉令掣還。及是江南北俱被寇，自京口以西至南京各關(guān)隘戍守，盡仰外兵，不敢發(fā)京營一卒。于是應(yīng)天、常、鎮(zhèn)守臣，各稱不便。兵部乃復(fù)為請，于近京龍?zhí)?、觀音港、秣陵、淳化四處量發(fā)營兵與在城民兵戌之。其京口去京遠(yuǎn)者，聽操江都御史以便宜調(diào)別衛(wèi)軍協(xié)守，固有是命。乙卯，升順天府府丞葉鏜為應(yīng)天府尹。
三月乙亥，升兵部左侍郎翁溥為南京刑部尚書。丙戌，倭船四十余艘至乍浦登岸，流劫松江、嘉興等處。
四月己丑，改禮部尚書王用賓為南京吏部尚書。巡按浙江御史趙孔昭奏：“兩浙、蘇、松連歲被倭，赴任官往往以道遠(yuǎn)限寬，得耽延規(guī)避。請革水程，使之無所藉口。”部復(fù)：“江南水路艱險(xiǎn)，難以概革。今宜計(jì)其所受地，在二千里內(nèi)可以刻期至者，革之，在外者仍與水程如故。”報(bào)可。戊戌，升山東左布政使孫應(yīng)奎為都察院右副都御史，總理河道。辛丑，南直隸續(xù)至倭寇三千余人，犯鎮(zhèn)江、瓜州、儀真等處。癸卯，以直隸鎮(zhèn)海、太倉、金山、松江、青村、南匯諸衛(wèi)、所被寇，改征屯糧折色一年。甲辰，江北倭寇流劫至圌山、山北等港。無為州同知齊恩率舟師迎戰(zhàn)，敗之。斬首百余級(jí)。恩長子尚文、次子嵩、叔仲實(shí)、弟寶榮、侄慎寅、友良、大卿、孫童俱在行。嵩年十八，驍勇善射，獨(dú)前追賊至安港，恩等從之。會(huì)伏發(fā)，賊四面合圍，恩等及其家丁錢鳳等二十一人力戰(zhàn)，皆死之，獨(dú)嵩、慎寅得脫。賊乘勝遂至金山，殺鎮(zhèn)江千戶沈宗玉、王世臣于江中。庚戌，倭犯直隸西庵、沈莊、清水洼等處，總兵官俞大猷、蘇松海防僉事董邦政帥兵擊之，斬首三百五十余級(jí)，賊遁陶山。
五月壬戌，南京兵部尚書張鏊、巡撫鳳陽都御史陳儒各奏：“?？芡蝗牖?、揚(yáng)，焚運(yùn)船民舍，漸逼南都，乞速調(diào)客兵應(yīng)援?！北孔h復(fù)，從之。癸亥，升浦口守御指揮使孫世勛為署都指揮僉事，提督南京金川等門官軍。以南京兵部稱，倭寇密邇，各門守衛(wèi)軍弱故也。丙戌，降海防僉事董邦政為蘇州府同知，仍戴罪剿賊。坐督戰(zhàn)退縮，為御史周如斗所劾也。未幾，總督胡宗憲以四月中清水洼等處捷聞，稱邦政及總兵俞大猷功。邦政得免戴罪，仍送吏部擬升四品職級(jí)，大猷復(fù)祖職。時(shí)，邦政聞左遷報(bào)，已移病先歸。部疏未及上，如斗復(fù)論其怨望托病之罪，乞加重處。得旨：“東南多事之際，若遷謫官概因托病議罷，反遂其私。令亟催赴任，如再遲延，以法治之?！?
六月甲午，升兼巡撫山西、江西右參政高捷為南京都察院右僉都御史，提督操江兼管巡江。丙申，蘇松寇自黃浦及七丫港遁出海，總兵俞大猷督水兵追戰(zhàn)。大敗之，斬首三百余級(jí)。辛亥，以南直隸被倭，命量留今年兌軍漕糧，蘇州、松江二府各五萬石，常州三萬石，鎮(zhèn)江二萬石，充軍餉。
七月戊午，巡撫應(yīng)天都御史張景賢奏，四月中福山港水兵叛降倭寇，引入內(nèi)地劫掠。因劾把總指揮姜旦貪殘激變等罪。詔巡按御史逮旦至京問。
八月壬辰，以四月倭寇掠瓜州，燒漕糧三萬四千余石，奪總兵官署都督僉事方恩俸三月，下把總指揮、千百戶等官于御史問。辛亥，官軍進(jìn)剿?？苄旌５扔诹呵f，大破，平之。初，海既縛獻(xiàn)陳東等，退屯梁莊聽撫，時(shí)索船索賞，進(jìn)退未決，其眾無所得食，稍稍出營擄掠。至是，官軍四面俱集，保靖、容美兵自金山至，永順兵自乍浦至，趙文華遂欲乘勢剿海。執(zhí)海眾劫掠為詞，使人責(zé)問之。海知有變，乃阻深塹自守，為迎戰(zhàn)備。信好既絕，我?guī)熕毂≠\營，會(huì)大風(fēng)縱火，諸軍鼓噪從之。海等窮迫，皆同戶投火中相枕籍死。于是浙、直倭寇悉平。
九月戊午，以直隸通州、泰州、江都、泰興、海門、如皋六州、縣被倭，免存留稅糧有差。乙丑，以直隸應(yīng)天等府水災(zāi)，蘇、松、常、鎮(zhèn)四府被倭，各量免秋糧及折征衛(wèi)所屯糧有差。
十二且癸卯，尚書趙文華條陳防海事宜四事：“一，弛海禁。謂濱海細(xì)民，本籍采捕為生。后緣海禁過嚴(yán)，以致資生無策，相煽從盜。宜令督撫等官，止禁通番大船，其余各聽海道官編成排甲，稽驗(yàn)出入，照舊采捕；一、一事權(quán)。謂江海之防，祖宗設(shè)官分職，各有定守。邇緣倭患猖獗，隨宜更設(shè)，以致事權(quán)不一，南北捍格，彼此推調(diào)。操江都御史出外駐扎，而聽劾于巡江御史，既失居重馭輕之勢；金山副總兵即舊之備倭總督，乃無會(huì)哨江北之權(quán)。錢糧仰給巡撫，兵船無所分屬，卒然有警，難以調(diào)度。請以江海之防，分為三節(jié)：自南京至儀真為上節(jié)，責(zé)之操江衙門而會(huì)哨于儀真；自儀真至狼、福二山為中節(jié)，責(zé)之常、鎮(zhèn)、儀、揚(yáng)參將、把總，會(huì)哨于狼、福，而巡江御史駐扎鎮(zhèn)江，參轄之，自狼、福至金山衛(wèi)、江海相界為下節(jié)，責(zé)之蘇、松參將、把總，而金山副總兵常川會(huì)哨，巡江御史兼轄之。其兵船、錢糧，各以所屬巡撫料理，庶統(tǒng)屬分明，臨事可得實(shí)用；一、足兵餉。謂水陸客兵，缺行糧數(shù)月，乞留漕糧三十二萬七千石，分貯要地，充十萬客兵七八月之用，仍查催未完軍餉糧銀處補(bǔ)；一、舉遺材。謂地方多故，負(fù)才遺佚之士，有扼腕思奮者，如原任翰林院編修唐順之、右中允秦鳴夏暨參政胡松、翁大立、周相，副使李文進(jìn)等，俱宜錄用，以濟(jì)時(shí)艱?！笔枞?，下所司復(fù)議，俱從之。癸丑，提督操江、都御史高捷奏：“狼、福二山，乃?？艹鰶]之處，請?jiān)瞿妓f人，福倉沙船三百艘，分發(fā)參將等官操練?！北繌?fù)議，從之。
三十六年正月辛酉，升南京錦衣衛(wèi)僉書、署都指揮僉事黃印為署都督僉事，掛印充總兵官，提督漕運(yùn)，鎮(zhèn)守淮安。
三月壬辰，兵部復(fù)：“南直隸督撫等官胡宗憲等奏，直隸沿海之地，水兵把總則有吳淞江、劉家河、福山港、鎮(zhèn)江、圌山五總，然各守汛地，不相聯(lián)絡(luò)。宜添設(shè)游兵一部，撥給福船五十艘，令把總官一員統(tǒng)之，以為聲援，仍聽副總兵調(diào)度。”報(bào)可。乙未，總督漕運(yùn)兼巡撫都御史蔡克廉請筑寶應(yīng)縣城，以防倭患。工部議復(fù)，從之。
二月甲寅朔，升總督陜西三邊右都御史賈應(yīng)春為南京戶部尚書，戶部右侍郎吳嘉會(huì)為本部左侍郎，總督漕運(yùn)，巡撫鳳陽；趙忻總理糧儲(chǔ)，巡撫應(yīng)天。庚申，升總督湖廣、川、貴右都御史馮岳為南京荊部尚書；南京戶部右侍郎王誥為右都御史，總督漕運(yùn)，巡撫鳳陽。辛巳，提督操江都御史高捷疏陳江防事宜：“一、補(bǔ)額軍。原額操江官軍一萬七千余名，今缺少大半。宜行南京錦衣等衛(wèi)、所照數(shù)補(bǔ)夠，毋得營改別差，避重投輕；一、擇將領(lǐng)。新江口操江把總、哨總、衛(wèi)總等官，舊規(guī)俱守備衙門推委，官之賢否豈能盡知。宜令操江會(huì)同選補(bǔ)；一、重責(zé)成。江海水面，原無限隔，雖經(jīng)分屯把守，逐節(jié)會(huì)哨，若使拘汛地不相應(yīng)援，亦難防賊。宜將兵分正奇，南北內(nèi)外，互相援剿，有功失事，各視主客通論；一、懸異賞。倭寇新來之船中無所有，及其滿載而后尾擊，其地方已受害甚矣。請以迎擊來船之賞，列之遮擊去船之上，去船止論首功，來船兼論船只。”兵部議復(fù)，報(bào)允。癸未，升吏部右侍郎孫升為南京禮部尚書。
四月甲午，寇犯江北。先一舟自如皋縣掘港登岸焚劫，賊凡七十余人，官兵合勢急擊，殲之于白蒲鎮(zhèn)。庚子，江北倭寇大至，自海洋二洲、掘港、呂四場等處登岸，凡二千余人，流劫海門縣。壬寅，倭至通州，攻城不克，遂分二路西行，犯如皋、泰興。是日復(fù)有倭舟七艘，自金沙登岸。
五月癸丑，泰州倭轉(zhuǎn)掠揚(yáng)州及徐州，官兵御之皆潰。賊遂薄新水關(guān)，矢及城中。庚申，高郵倭入寶應(yīng)縣，信宿而去，突犯淮安府，掠船四十余艘。旋復(fù)入寶應(yīng)縣，燒毀官民廳舍。己巳，以揚(yáng)州倭患，聽留兩淮余鹽銀三萬兩，仍提編明年均徭助用。壬申，寶應(yīng)倭掘北土壩，泄河水入，乃駕舟溯東鄉(xiāng)，由鹽城至廟灣入海。居數(shù)日，開洋東遁。丙子，泗州倭分眾犯清河，攻入縣治，縱火焚劫而去，遂侵淮安府。庚辰，巡按直隸御史尚維持奏留松江府漕米五萬石，以備兵餉。從之。辛巳，寇入安東縣，進(jìn)屯縣治，縱火劫掠。
六月乙酉，淮、揚(yáng)兵備副使于德昌督水陸兵擊寇于安東縣，參將劉顯率苗兵直前沖賊，親斬其渠首，賊眾披靡，諸軍鼓噪繼進(jìn)。賊走爭舟，水陸兵夾擊之，斬首百余級(jí)，賊多焚溺死者。余眾乃駕舟奔遁，退泊云梯關(guān)。尋自刀門港遁。南京科道等官劉堯誨等言：“倭寇掠攻揚(yáng)州、高郵，勢且侵及天長、六合，去留都不數(shù)舍。夫淮、揚(yáng)為運(yùn)道要沖，則當(dāng)為國家血脈之慮；留都系陵寢所在，則當(dāng)為國家根本之圖。惟陛下速敕諸臣，刻期剿滅，仍當(dāng)重究參將黑孟陽等，以嚴(yán)失事之罰?！鄙弦詾槿?，命南京兵部撫、操官及督、撫諸臣，亟調(diào)兵驅(qū)剿，不得怠緩。仍擬黑孟陽死罪。革把總韓德楨、守備王表職，俱令立功白贖。辛丑，有折桅寇舟一艘，飄泊海州東陬山，居數(shù)日，奪舟而去。
八月乙未，浙直總督胡宗憲，淮揚(yáng)巡按馬斯臧各以江北倭患平定來聞。詔兵部侍郎江東統(tǒng)兵還京。東奏留參將徐玨所領(lǐng)保定兵駐揚(yáng)州，防冬汛；游擊丘升、夏時(shí)所領(lǐng)山西、河南兵各遣歸該鎮(zhèn)。上許之。
九月甲寅，祀故大學(xué)士顧鼎臣于其鄉(xiāng)。鼎臣，蘇州昆山人。昆初無城，鼎臣始議建之。比歲?？苋肟軚|南，諸郡邑?zé)o城者悉遭屠戮，而昆山獨(dú)以城保，多所全濟(jì)。鄉(xiāng)人追思之，請立祠邑里，以示崇報(bào)。守臣以聞，報(bào)可。又改南京工部尚書馬坤為南京戶部尚書。甲子，升總理河道左都御史王學(xué)益為南京工部尚書。以倭患，詔通、泰、高郵三州，寶應(yīng)，如皋、泰興、安東、山陽、江都、清河、盱眙八縣，是年本折馬匹盡行蠲免。其海州、邳州、儀真、興化，鹽城、宿遷、桃源、沭陽、贛榆、睢寧諸州、縣本色馬匹盡征其值，并原折馬價(jià)減銀二兩。從撫臣王誥請也。丙子，以水災(zāi)免直隸徐、蕭二州縣稅糧。以倭患免寶應(yīng)，清河、安東、盱眙四縣稅糧，各如例。仍命振恤傷重之家。丁丑，以盜越南京城，劫上元縣獄，罷撫寧侯朱岳、守備太監(jiān)郭城任，回京閑住；奪兵部尚書張鏊俸三月，下知縣劉以真等南京法司問。
十二月辛卯，升刑部右侍郎潘恩為南京工部尚書。
三十七年二月己卯朔，命南京前府僉書、署都督僉事許信提督操江。
三月丙子，更定兩淮掣鹽之法。運(yùn)司一遇各邊中完工本鹽商赍到勘合，不分正余鹽引，即聽各商自向小灶買捆出場，依期循單赴掣。仍量減鹽引價(jià)，淮南每引上納五錢，淮北三錢五分一厘二毫五絲。其掣鹽之時(shí)，每單淮南六萬六千引，外加三萬四千引為一單；淮北三萬四千引，外加一萬六千引為一單。定以半年之內(nèi)，淮南掣四單，淮北二單，不許過期停壅。從御史張九功奏也。
四月戊寅，詔留蘇州府本色正兌糧二萬石，松江一萬五千石，充本處兵餉。辛卯，升廣西布政司左布政使熊洛為應(yīng)天府府尹。
五月丁巳，巡按直隸御史張九功奏：“徐、揚(yáng)、淮、海之間，倭夷騷擾，地方殘破，兼以賦繁役重，民皆相率轉(zhuǎn)徙，就食他所。非得賢守令，不能安輯。宜于進(jìn)士中擇有才干者，慎簡以充，仍責(zé)之久任，非六年以上，毋遷。”浙江御史鐘沂亦言：“今守令為民害，弊在催科，而催科之弊有二：有當(dāng)入租時(shí)不即征收，至積逋累年而后峻法以取盈者；有假征輸之名，分外誅求，至為吏胥所苦，其費(fèi)反浮于正數(shù)者。由前言之，則玩愒宜懲；由后言之，則克科宜禁。二法雖若相反，其以救弊安民則一也?！痹t悉從之。
六月已卯，時(shí)，南京上元縣有越獄之變。南京刑部尚書馮岳言：“近來五城兩縣系獄數(shù)多，皆因各衙門濫受民詞，不送法司讞決，故淹禁日久，至于生變。請盡錄系囚，隨輕重決遣之，而嚴(yán)有司侵官亂法之禁。”報(bào)可。丙申，以蘇、松、應(yīng)天府谷價(jià)太輕，詔于原議改折兌米數(shù)中，每石暫減銀一錢，不為例。從撫臣趙忻奏也。
閏七月丁丑，以寇患免松、蘇、常、鎮(zhèn)四府正官入覲。
九月丙申，升云南左布政使鮑道明為應(yīng)天府府尹。
十月丙寅，改定儀真守備汛地，以新港至瓜、儀、六合隸之；江防以天長南及江都、高郵隸之。陸防仍聽狼山副總兵節(jié)制。先是，嘉靖十九年分江南北備寇汛地，江南專屬金山都司，江北盡屬儀真守備。既而以地方多故，復(fù)于東海、大河口、周家橋設(shè)把總，掘港改守備，鹽城增參將，各有汛地。已而，儀真守備猶遙制之，體統(tǒng)不便。于是，巡撫都御史李遂以為言，乃有是命。
十一月壬午，詔錦衣衛(wèi)差官校械系應(yīng)天巡撫都御史趙忻、松江府同知?jiǎng)⒚粽?、吳縣知縣曹一麟至京訊鞫。先是，忻行部至松江，會(huì)金山軍亂，鼓噪露刃，直抵松江城下，久之方解。時(shí)崇明戍軍亦以索餉不獲，縛海防同知周魯、署印判官薛仕，囚之教場數(shù)日。給事中蘇景和聞知，乃上疏劾忻淫酗貪墨，恡賞激變狀。因言敏政、一麟皆其所厚吏，三人相與濟(jì)惡殃民，不可一日居位。疏入，上怒。乃命逮忻等問之。已逮至，下法司問，言忻等皆以催征過刻，行事乖方，致招物議，未有貪縱實(shí)跡。乃命降忻、敏政各二級(jí)，忻調(diào)外任，一麟罷為民。癸未，升江西右布政使陳錠為都察院右副都御史，總理糧儲(chǔ)、提督軍務(wù)兼巡撫應(yīng)天。丙申，以水災(zāi)蠲直隸淮、揚(yáng)二府各屬州、縣稅糧有差。
十二月丙午，升南京大理寺右寺丞趙孔昭為南京都察院右僉都御史、提督操江。丁未，法司上是歲天下恤刑官讞矜疑重囚之?dāng)?shù)，南直隸江南六十三人，江北八十八人，命減死戍邊。
三十八年正月壬午，巡按直隸御史尚維持言：“吳淞、柘林、川沙、陽舍、孟河五處均為蘇、松、常、鎮(zhèn)四府要害。吳淞舊有守御所，而四城未設(shè)專官，乞各鑄給千戶所印，及注選倉大使一員，以司糧餉。其蘇松參將，宜駐金山，督守柘林、青村、南匯、川沙諸處；常鎮(zhèn)參將宜駐陽舍，督守圌山、孟河二地。而浙直總兵，專駐吳淞，居中調(diào)遣便?！北繌?fù)議：“各將改駐，當(dāng)如所奏。其四城設(shè)守御所必須改調(diào)官員，抽補(bǔ)軍士，坐派月糧，計(jì)劃允當(dāng)，方可議行。若但從戍守之宜，則官可從便而委，軍可隨數(shù)而調(diào)，糧可隨地而處。有警則責(zé)其防御，無事仍聽其番休。印不必給，而人亦相安。請下?lián)岚垂僮h之?！眻?bào)可。乙未，升湖廣左布政使傅鎮(zhèn)為南京都察院右副都御使，提督操江兼管巡江。
二月辛亥，總督南京糧儲(chǔ)、戶部右侍郎黃懋官奏：“倉糧不足支放，乞照舊征本色?！眻?bào)允。乙卯，升吏科都給事中徐綱為應(yīng)天府府丞。
三月戊子，命掌南京后軍都督府事、西寧侯宋天訓(xùn)提督操江兼管巡江。庚子，以南京都察院右都御史蔡云程為南京刑部尚書。辛丑，倭犯江南崇明縣，泊舟三沙地方，登岸燒劫。
四月壬寅朔，倭船數(shù)百艘，轉(zhuǎn)掠江北揚(yáng)州、海門等處。丙午，江北倭趨通州，總兵鄧城遣兵御之，敗績。指揮張谷死之。倭進(jìn)據(jù)白蒲鎮(zhèn)。丁巳，先是，江北海道副使劉景韶，以游擊丘陞等兵擊原駐白蒲倭。一戰(zhàn)于丁堰，再戰(zhàn)于如皋東，三戰(zhàn)于海安，皆捷，共斬首百余級(jí)。至是，賊大聚其眾，謀西犯揚(yáng)州。景韶復(fù)督陞等兵擊之，斬首八十級(jí)，焚死一百九十七人，賊奔入潘家莊。景韶督諸兵盡銳攻之，復(fù)斬首一百二十八級(jí)。初自南沙登岸，犯通州之倭，至是剿絕。庚申，廟灣倭合眾來攻，淮安巡撫李遂親督參將曹克新等御之，大戰(zhàn)于姚家蕩，自寅至申，賊大敗，斬首四百七十八級(jí)。賊遁入姚莊，我兵縱火焚莊，賊死者二百七十余。余賊奔陳莊，我兵復(fù)追斬七十四級(jí)。賊以殘眾退保廟灣。丙寅，海道副使劉景韶，督兵擊倭于印莊，斬首四十五級(jí)，賊西走。次日復(fù)戰(zhàn)于新洲，斬首七十八級(jí)。賊奔新河口，遁入民家。我兵以火攻之，復(fù)斬首二百十六級(jí)，賊悉焚死，無一人得脫者。是時(shí)，江北流劫之倭悉殲，惟廟灣大伙據(jù)險(xiǎn)固守不出，我水陸兵環(huán)其四面攻之。丁卯，巡撫鳳陽都御史李遂言：“倭寇前結(jié)艘揚(yáng)帆，直入楊樹港，登岸焚劫。次日徑犯狼山，泊蘆潭港，遂過通州、海門，至白蒲，焚燒廬舍，劫掠民財(cái)。副總兵鄧城，募造兵船、戰(zhàn)具，無不完備，足堪防剿，乃驕玩遲疑，致賊猖獗。乞正其罪。”得旨：“城怯懦縱寇，法當(dāng)逮治。姑革其職級(jí)，充為事官，領(lǐng)兵殺賊，事寧奏處。李遂嚴(yán)督將士，戮力剿平，毋得怠視。”已，巡按直隸御史、江北李廷龍等復(fù)言：“鄧城玩寇殃民，及參將朱仁、指揮丁為谷等俱屬有罪?！鄙厦闯夹党遣⑷省楣?，俱至京鞫治。
五月壬申，江北兵攻寇于廟灣，斬首四十余級(jí)，我兵死傷亦多。賊復(fù)斂眾固守。巡撫李遂以數(shù)戰(zhàn)兵疲，宜圍困之，賊日久無食，且水陸斷其行道，可收全勝。通政唐順之以為玩寇，乃自擐甲持矛，麾兵以進(jìn)。屢挑戰(zhàn)，賊終不出。遂督兵入險(xiǎn)，賊奮銳東西沖，官兵死傷甚眾。順之自知失計(jì)，以為賊未可卒破，乃駕言經(jīng)略三沙倭南去。甲戌，總督漕運(yùn)都御史傅頤等言：“淮、揚(yáng)之間倭寇方熾，鹽場運(yùn)道，俱當(dāng)防護(hù)。高郵重地，未設(shè)戍兵，適總督胡宗憲所募山東兵二千五百人由淮赴浙，乞暫留為備，俟寇息遣之。”報(bào)可。丁亥，革高郎州河泊所。裁革淮安府清河、睢寧、贛榆三縣儒學(xué)訓(xùn)導(dǎo)一員；海州永濟(jì)、通濟(jì)二倉副使各一員；揚(yáng)州府高郵州管馬判官一員；寶應(yīng)縣主簿一員。己丑，崇明縣三引沙倭賊合踵至，官軍出海邀擊，斬首一百余級(jí)?？偠?、侍郎胡宗憲等以捷聞。甲午，廟灣倭被圍日久，我兵水陸迭攻，百計(jì)挑戰(zhàn)，賊不出。副使劉景韶乃督卒填壕，斬夷樹木，嚴(yán)兵逼壘而陣，賊終不出。后令水兵載葦焚其舟，賊爭救舟，我兵乃撤其所營西街墻屋，賊撮營東街，致死敵御，殺傷甚眾，其壘益固。于是景韶約二十四日水、陸進(jìn)擊。是日，夜大雨，寇乃潛遁入舟。官兵進(jìn)據(jù)其巢，追奔至蝦子港，頗有斬獲。余寇無幾，不復(fù)能戰(zhàn)，乘風(fēng)開洋而去，于是江北倭盡平。
七月庚午朔，升戶部左侍郎蔡克廉為南京戶部尚書。丙戌，原屯三沙倭賊突犯江北，由梅門縣七星港登岸。丙申，江北七星港倭流劫過金沙、西亭，將犯揚(yáng)州。海道副使劉景韶督參將丘陞等兵并力御之，戰(zhàn)于鄧家莊，斬首六十九級(jí)。賊敗走仲家園，官兵縱火急攻，斬首二百八十余級(jí)，賊宵遁。
八月己未，江北倭自鄧家莊敗后，沿海覓舟不得，我兵自后急擊，及于小海團(tuán)、劉家橋、白駒沙等處，各有獲斬。賊勞餒困頓，會(huì)雨，乃奔入劉家莊就食，我兵四面圍之。值總督胡宗憲遣江南副總兵劉顯以銃卒千余來援，江北將士謂功在垂成，慮為顯所攘，嘖嘖有言。都御史李遂恐士眾不和，乃檄江北諸軍盡屬之顯。軍政既一，遂克期進(jìn)兵。顯率所部先登，各營選鋒繼進(jìn)，縱火沖擊，自辰至酉，賊巢始破。共斬首二百一十四級(jí)。賊奔白駒場，我兵追擊，又?jǐn)≈谄咴罴懊┗ǘ?，共斬首四百余?jí)，賊眾盡殄。
九月乙亥，以災(zāi)傷免南京錦衣及直隸揚(yáng)州等衛(wèi)所屯糧各有差。兵部復(fù)：“巡撫鳳陽都御史李遂奏剿平倭寇諸臣功次，言：本年江北寇前后四起，一白楊樹港、撇港、盧潭港登岸；一自周灶港登岸，俱并為一伙，約三千余人，在廟灣殺傷死亡過半，所余不足三百，乘雨逃遁；一自廖角嘴山港登岸，約三四百人，至曹家堡、潘家莊剿殺盡絕，一自青墩港登岸，約六百余人，至新河口，亦剿殺盡絕。以四月初一日聞警，至五月二十三日蕩平，僅止五旬?！鄙仙罴沃T臣功。
十月甲辰，以旱災(zāi)免直隸蘇、松等府稅糧及折改運(yùn)糧有差，仍行有司賑濟(jì)。
十一月丙子，巡按直隸御史陳志言：“江北頓值兵荒，請將三十九年分備用馬匹再改折一年，以蘇民困?！鄙咸卦手?，后不為例。丁丑，蘇州自?？芘d，招集武勇，諸市井惡少，咸奮腕稱雄杰。群聚數(shù)十人，號(hào)為打行、扎火囤，誆詐剽劫，武斷坊廂。是年，吳會(huì)歲侵，各郡邑時(shí)有攘竊。應(yīng)天巡撫翁大立既蒞任，則嚴(yán)禁緝之，訪扎火囤諸惡少名，檄府縣捕治，督責(zé)甚急。及十月大立攜孥來蘇州駐扎，諸惡益懼，則相與歃血，以白巾抹首，各持長刀、巨斧，夜攻吳縣、長洲及蘇州衛(wèi)獄，劫囚自隨，鼓噪攻都察院，劈門入之。大立率其妻子逾墻遁去，諸惡乃縱火焚衙廨。大立所奉敕諭、符驗(yàn)及令字牌，一時(shí)俱毀。諸惡復(fù)引眾欲劫府治，知府王道行督兵勇卻之。將曙，諸惡乃沖葑門，斬關(guān)而出，逃入太湖中。官司遣兵四散搜捕，獲首從周二等二十余人。事聞，上命大立戴罪嚴(yán)督，克期殄滅，以靖地方。知府王道行等、知縣柳東伯等住俸，勒限獲贓。指揮朱文正等付按臣逮問。
十二月戊申，改巡撫保定、都察院右僉都御史喻時(shí)為南京都察院右僉都御史，提督操江。庚申，添設(shè)金山衛(wèi)游擊將軍二員。從巡撫應(yīng)天都御史翁大立請也。
三十九年正月丙子，浙直視師、右通政唐順之升任淮、揚(yáng)巡撫。辛卯，盜百余人夜入揚(yáng)州府泰興縣，劫庫殺人。守臣以聞。得旨：“停知縣梁棟等俸，及把總呂圻各戴罪捕賊?！背酰嫌?，水兵多游手少年，烏合應(yīng)募之眾。及事寧散還，窮無所歸，流落江湖間，遂相聚為盜云。
二月壬寅，以江北倭寇未寧，添設(shè)水兵把總一員于狼山。丁巳，南京振武營兵亂，殺督儲(chǔ)侍郎黃懋官。舊例南京各營官軍月米，有妻者一石，無妻者減十之四，春秋二仲月，每石予折色銀五錢。及馬坤為南京戶部尚書，奏減折色銀為四錢，諸軍始怨。懋官性刻削，每月各衛(wèi)送支冊，必詰其逃亡多寡。又奏停補(bǔ)役軍丁妻糧，諸軍益不堪。是時(shí)，坤已召入為戶部，代之者尚書蔡克廉，病不事事。比歲大侵，米石至銀八錢，軍中爭求復(fù)折色原額，不見理。每月常以初旬給各軍糧，是月已再旬，懋官猶未支給。是日，振武營軍操期。振武營者，南京兵部尚書張鏊以海警創(chuàng)設(shè)者也。初議選各營精銳，不足乃益以四方趫健，然京卒怯脆，中選者不及十一二，其所團(tuán)集大抵皆惡少游手無賴者。晨集將赴操，遂鼓噪，圍懋官第。懋官聞變，急逾墻出，因仆地不能起，諸軍競前撲殺之。懸其尸于市，痛加詆辱，仍大呼，脅兵部尚書張鏊求賞。鏊錯(cuò)愕不能應(yīng)。會(huì)誠意伯劉世延趨至。諭曰：“爾輩但求賞，易耳！能從我，惟爾所欲?！北娚远?。翌日，九卿科道大會(huì)于內(nèi)守備廳。兵部侍郎李遂揚(yáng)言曰：“昨黃侍郎之變，遂親見其自越墻死，各軍特不當(dāng)殘辱之。當(dāng)據(jù)此聞奏，不得稱叛?！币蝼鈦y軍退。眾求賞，遂叱曰：“今日之事，若求復(fù)妻糧、月糧原額，即可得。求賞不可。朝廷在上，爾輩何為者？”乃令人各給銀一兩，以補(bǔ)減折糧餉，始散。
三月壬申，先是，二月間，揚(yáng)州守備盧相部卒二百余人，因分糧不均作亂。斬關(guān)出，格傷巡捕百戶馮承恩。至儀真，奪守備汪恩所領(lǐng)福船，將入海，巡撫都御史唐順之聞變，乃揭榜撫諭其眾。而自督兵駐瓜州，遣相、恩分途追及之于黃天港。斬首惡三十一人，余黨置不治。順之具疏以聞，因請為相、恩議贖。巡按御史陳志奏：“相前以三河失事被逮，今二罪并發(fā)，不宜輕處；恩失守戰(zhàn)船，功不補(bǔ)過，亦當(dāng)并論?！钡弥迹骸皧Z恩俸三月，下相于御史問。”乙亥，南京守備太監(jiān)何綬、魏國公徐鵬舉、臨淮侯李廷竹、兵部尚書張鏊、侍郎李遂以振武營兵變聞。事下兵部，請分別首從行法，并議守備官統(tǒng)御失宜之罪。上曰：“營卒聚眾圍逼部臣，必有不得已之情。南京戶科其詳核總督官克減狀以聞，綬、鵬舉、庭竹、鏊俱責(zé)在守備，不能統(tǒng)戢土卒，姑令戴罪協(xié)同李遂撫安軍民，仍許便宜行事。各營軍士，素受朝廷豢養(yǎng)厚恩，乃敢不畏法度，擅殺大臣，本當(dāng)重處。姑念激變所致，令所司捕治其為首者，余黨勿問?！庇谑悄暇┛频拦賱⑿兴?、趙時(shí)齊等各上疏言：“諸軍激變，始于馬坤之議減折銀，成于黃懋官之查革妻糧，而尚書蔡克廉病不任事，員外郎方攸躋、主事安謙給放失期，及守備何綬、總督程規(guī)、徐玨等俱屬有罪。”詔先罷克廉，余下吏，兵二部詳議。已而議上，悉如行素等言。惟徐玨逐捕他盜有功，程規(guī)新任當(dāng)末減。得旨：令坤致仕，褫攸躋、謙職為民，玨留用，規(guī)停俸戴罪視事，綬等令自陳。把總、指揮張鵬等而下二十九人降級(jí)、逮治有差。己卯，戶部左侍郎劉采為南京戶部尚書、總理河道；王廷為南京戶部右侍郎、總督糧儲(chǔ)。壬午，南京太仆寺卿林應(yīng)亮為都察院右副都御史、總理河道。
四月丁酉，升江西布政使司右參政方廉為都察院右僉都御史、總督糧儲(chǔ)，提督軍務(wù)兼巡撫應(yīng)天。己亥，改戶部尚書江東為南京兵部尚書、參贊機(jī)務(wù)。壬寅，論南京叛軍罪，首惡周山等三人論斬系獄，發(fā)滕彪等二十二人戍邊衛(wèi)。初，侍郎李遂，既以計(jì)散遣各軍，已而，聞軍中籍籍，有言朝廷將盡誅各營兵，陰相約欲叛入海。遂患之，與尚書張鏊議曰：諸叛卒雖從宜撫處，而首惡未誅，非法也。不聞元魏禁軍攻統(tǒng)軍張彝之事乎？且眾尚洶洶，必俟奏報(bào)處分，萬一機(jī)泄奈何？乃托病閉閣臥，給各軍安家小票各一紙，以安眾心。密召坐營官華恩、把總張勛等入臥內(nèi)受計(jì)。令刺訪首惡，得山等二十五人，各以三月十六日掩捕下獄。因馳奏請?zhí)幏帧１孔h：“叛軍戕殺大臣，逼脅府、部，當(dāng)即時(shí)斬首梟示?！鄙蠌?fù)命三法司會(huì)科道官詳議，改比謀殺制命使臣律，俱斬，秋后處決。上曰：“簾遠(yuǎn)本因堂高，必?zé)o自遠(yuǎn)之理。土卒辱及大臣，法斬；死時(shí)君立新帝者，必法外凌遲。黃懋官心存欺謗，計(jì)使人為全尸而死，失刑甚矣。今所獲亦未可盡知果皆為首者，可再議聞?！蹦酥棺讗喝?，余各以矜疑調(diào)發(fā)，未獲悉貰之。按振武之變，雖由待郎黃懋官克削所激，然諸軍本烏合惡少，非有尺籍伍符，一旦于都城之中，肆行無忌，戕殺大臣，乃竟置而不問，國法蕩然矣！于是四方效尤，士卒戕主帥，部民毆制使者，紛紛數(shù)起，朝廷患其徒眾，類從姑息焉。丁巳，復(fù)設(shè)都御史一員，提督南京糧儲(chǔ)，改督漕右副都御史章煥為之。初，營軍之亂，侍郎黃懋官以南糧不充，節(jié)縮太過，至于生變。及是，給事中郭斗因言：“糗儲(chǔ)缺乏，弊由提督侍郎不兼憲職，無舉劾之權(quán)。故所在有司，皆玩視不理，積逋巨萬。宜如舊例，專設(shè)憲臣董之?！鼻已阅媳倍\(yùn)，均為國計(jì)所關(guān)，而人情每重北輕南，法不劃一。請略仿京漕之例，施之南京。凡各處應(yīng)派南糧者，歲遣戶部司屬一員，令其一體奉敕監(jiān)兌。給事中馬出圖亦言：“南糧自尚書方鈍議改折后，軍無現(xiàn)糧，怨始起，乞盡復(fù)本色便。”詔俱從之。
五月庚午，兵部復(fù)：“巡撫應(yīng)天都御史翁大立條陳，沿江、沿海將官職掌，專備海寇，而民間盜賊，則置不問，此泰興劫庫之變所由作也。宜令諸路參將、把總，悉兼理捕盜，規(guī)避者罪之。”詔從之。丁丑，添設(shè)整飭應(yīng)天、太平、寧國、徽州、池州、廣德六府、州兵備副使，列銜浙江按察司，仍兼布政司參議，兼督蘇、松等府糧儲(chǔ)。從南京兵部議也。丁亥，添設(shè)柘林、川沙各把總一員；改吳淞江游兵把總為南洋游兵都司，駐竹箱沙；圌山游兵把總為北洋游兵都司，駐營前沙。俱于浙江都司列銜支俸。
八月丁巳，升吏部右侍郎李璣為南京禮部尚書。壬戌，裁革蘇州府領(lǐng)兵同知一員，新堰閘閘官一員，長洲、吳縣各稅課局大使一員。
九月甲子，升南京都察院右都御史王鈁為南京工部尚書。戊辰，升南京光祿寺卿呂光詢?yōu)閼?yīng)天府府尹。
十月戊戌，以災(zāi)免淮、揚(yáng)等府稅，并改折漕糧八萬石。
四十年二月甲寅，升南京禮部右侍郎康太和為南京工部尚書。己卯，南京戶部尚書劉采奏：“自本年為始，將應(yīng)天、蘇州、松江苧布、絲絹暫解本色，待有余積，再議改折?！睆闹?。
五月丙戌，以南京池河新營兵變，詔罷南京兵部尚書江東，回籍聽用。池河營設(shè)在江北，其兵系南京飛熊、英武，廣武三衛(wèi)軍余，共三千人。每歲春秋分番操守。計(jì)在營凡四月，月給糧三斗。后以軍裝什物、往來僦賃之費(fèi)不給，復(fù)人給幫丁一名，助銀六錢，相沿二十余年矣！時(shí)英武衛(wèi)千戶吳欽謂幫丁非制，請于南京兵部革之。軍怒，遂縛欽于營臺(tái)，群毆之。東聞，亟遣兵撫諭各軍，許幫丁如故，欽始得釋。尋捕其首事者九人，置于理。南京科道官楊銓、劉行素等以聞，因劾東治兵無紀(jì)，舉措乖張，昏庸謬妄，宜罷。章下兵部復(fù)：“東宜別用，把總余忠等六人宜革任，首惡送南京法司訊治，并追逮其遺漏者。仍行內(nèi)外守備，申明法紀(jì)，幫丁既有舊例，不必議革。”上俱從之。戊子，升兵部左侍郎李遂為南京兵部尚書、參贊機(jī)務(wù)。
閏五月壬辰，升南京操江、右僉都御史喻時(shí)為都察院右副都御史，總督漕運(yùn)，巡撫鳳陽。丁未，山西左布政使萬虞愷為南京都察院右僉都御史，提督操江兼管巡江。兵科左給事中張益等言：“南京振武營、池河營，連年軍變，狂悖效尤，漸不可長。督責(zé)之任，全在參贊，非重其權(quán)不可。今陛下擢用李遂，正人心改觀之始。請下部議，更給以敕，凡事體有當(dāng)增改者，一一載入，令其以便于展布?！辈繌?fù)：“南京五府僉書都督，既分轄諸營，自今當(dāng)悉聽遂節(jié)制。應(yīng)天、淮揚(yáng)撫臣事有關(guān)涉者，悉與咨議。副、參、游、守、兵備等官，悉聽委用。諸所未備，咸得便宜行事，另請敕諭給之?！眻?bào)可。己酉初，應(yīng)天巡撫翁大立極言江南養(yǎng)馬之害。請革應(yīng)天、鎮(zhèn)江等府種馬，征價(jià)輸官。革裁其所屬州、縣養(yǎng)馬官，可省供億冗濫之費(fèi)。事下御史會(huì)議。至是御史言：“江南種馬系祖宗成憲，不可革。宜申明孳生舊例，責(zé)之州縣正官，稽其蕃耗。仍行南京太仆寺查照科駒分?jǐn)?shù)開報(bào)兵部，轉(zhuǎn)行吏部課殿最黜陟之。解俵本折，則本府通判總部各州、縣輪差佐貳或首領(lǐng)官一員，其江南北州、縣馬不滿千者，罷其冗員?！北孔h復(fù)，從之。戊午，調(diào)原任巡撫山西、右副都御史孟淮為應(yīng)天府府尹。
六月戊子，升工部右侍郎黃光異為南京戶部尚書。
七月癸巳，巡撫應(yīng)天都御史方廉言：“今日江南之患，在于官多勢分，兵多食冗。請裁革直隸青村、南匯二所把總，以柘林把總兼轄青村，川沙洼把總兼轄南匯。”又言：“兵將相識(shí)易于責(zé)成，請改京口圌山把總郭成為吳淞陸路把總，統(tǒng)領(lǐng)原部苗兵，仍充浙直副總兵，中軍官?！痹t從之。己亥，以江南水患饑荒，詔留蘇、松、常、鎮(zhèn)四府兩年開納事例銀，并滸墅、北新關(guān)船料銀備賑。癸卯，升南京都察院右都御史盧勛為南京刑部尚書。辛亥，巡撫應(yīng)天都御史方廉奏：“蘇、松、常、鎮(zhèn)四郡，水利甲于天下，宜備查應(yīng)修之處，分別工程難易，以次興工。河夫銀兩編征追捕如故。蘇、松二府，額設(shè)水利通判各一員，后因兵興事繁，二府各置海防同知，蘇州又有練兵同知及防御福山通判，而歸所設(shè)水利者裁減矣!今海氛稍清，其練兵、防御諸員可省，須復(fù)水利舊額，以任疏浚。松江則以海防同知兼攝其事。仍敕兵備憲臣，往來督課之?！崩舨孔h復(fù)，允行。
九月辛丑，蘇、松、常、鎮(zhèn)四府大水，平地水深數(shù)尺，累月不退。撫臣以聞，因請破例蠲恤。上從部議，命停征是歲秋糧，仍改折起運(yùn)改兌米有差。其四府事例罰贖銀，俱留充賑。甲辰，以水災(zāi)，免南京錦衣衛(wèi)并揚(yáng)州等衛(wèi)屯田子粒有差。己酉，升南京操江、右僉都御史萬虞愷為右副都御史，巡撫應(yīng)天。丙辰，升南京大理寺丞閭東為南京都察院右僉都御史，提督操江。
十二月丁卯，升大理寺左少卿王士翹為都察院右僉都御史，總理河道。
四十一年二月乙亥，裁革太倉衛(wèi)知事、宜興縣治農(nóng)縣丞各一員，平洋沙巡檢司巡檢一員，太倉、吳江、常熟、嘉定、丹陽、揚(yáng)巷、七寶稅課局大使七員。從巡按直隸御史陳瑞奏也。
四月丁丑，免金山衛(wèi)及青村、南匯二所官軍運(yùn)糧所遣運(yùn)船八艘，攻派蘇州、太倉、鎮(zhèn)海、鎮(zhèn)江四衛(wèi)軍領(lǐng)之。從漕運(yùn)都御史喻時(shí)奏也。戊寅，裁革直隸淮安府清河縣主簿一員，量復(fù)本縣存留錢糧三年。以鳳陽撫臣言其地小民困，逃亡數(shù)多故也。
五月己酉，以淮、揚(yáng)二府災(zāi)傷，停征漕糧改折銀有差。辛亥，升大理寺右寺丞周如斗為都察院右僉都御史，總理糧儲(chǔ)、提督軍務(wù)兼巡撫應(yīng)天。
十月乙卯，裁革常鎮(zhèn)兵備副使及松江府添注海防同知二員，以?？軡u寧故也。其常、鎮(zhèn)兵防諸務(wù)，令蘇松兵備兼領(lǐng)之。癸亥，以直隸淮、揚(yáng)二府所屬州、縣、衛(wèi)、所水災(zāi)，蠲免秋糧有差。乙丑，升戶部左侍郎鮑道明為南京戶部尚書。
十一月壬寅，以直隸揚(yáng)州等府所屬州、縣、衛(wèi)、所災(zāi)傷，減免稅糧及所征屯糧有差。
十二月壬子，改南京刑部右侍郎王廷為戶部右侍郎兼都察院右僉都御史，總督漕運(yùn)兼提督軍務(wù)，巡撫鳳陽。甲寅，以水災(zāi)，免淮、揚(yáng)所屬泰、徐等州縣馬價(jià)有差。
四十二年正月乙巳，以災(zāi)傷，詔折征泰州，興化、贛榆、沭陽、安東、鹽城、清河，宿遷、通州、徐州、高郵、如皋、海門、寶應(yīng)、蕭、沛等州、縣改兌米有差。
四月癸亥，升工科都給事中羅嘉賓為應(yīng)天府府丞。乙亥，升南京吏部右侍郎尹臺(tái)為南京禮部尚書。
五月戊子，升太仆寺卿唐寬為應(yīng)天府府尹。
八月丙辰，初，南京兵科給事中范宗吳言：“故事，操江都御史職在江防，應(yīng)天，鳳陽二巡撫軍門職在海防，各有汛地。后因倭患，遂以鎮(zhèn)江而下通、常、狼、福等處，原屬一巡撫者，亦隸之操江。以故二巡撫得以諉其責(zé)于他人。而操江都御史又以原非本屬兵，難遙制，亦泛然以緩圖視之，非委重責(zé)成之初意也。自今宜定汛地，以圌之三江會(huì)口為界，其上屬之操江，其下屬之南北二巡撫。萬一留都有急，則二巡撫與操江仍并力應(yīng)援，不得自分彼此。庶責(zé)任有歸，而事體亦易于聯(lián)絡(luò)。”章上。上命南京兵部會(huì)官雜議以聞。至是議定，兵部復(fù)請行之。詔可。今后不系操江所轄地方一切事務(wù)，都御史不得復(fù)有所與。
九月己丑，巡撫應(yīng)天周如斗言：“江南自有倭患以來，應(yīng)天、蘇、松等處加派兵餉銀四十三萬五千九百余兩。今地方已寧，乞減三分之一，少蘇民困?！睉舨繌?fù)言：“加派兵餉，原以濟(jì)急，事已宜罷。不但當(dāng)減征分?jǐn)?shù)而已，請下酌議悉除之?！眻?bào)可。甲午，以水災(zāi)免徐州及豐縣馬價(jià)銀二年。甲辰，以大水，蠲免徐、沛、豐、碭四州、縣、衛(wèi)、所田糧如例。仍支廣運(yùn)倉小麥五千石，候冬春之際給賑。
十月癸丑，南京各衛(wèi)所新增草場租銀，先以兵部尚書江東奏準(zhǔn)蠲免。至是，尚書李遂代東，謂：“田已開辟；所增租不當(dāng)盡蠲，請就中擇其多獲，薄征之。使寬恤之中，不失綜核之意。”從之。丙辰，升大理寺右少卿王本固為南京都察院右僉都御史，提督操江。辛酉，工科給事中張憲臣奏：“蘇、松、常等郡，古稱澤國，而蘇、松又最居下流，塘浦涇溪、陂澤畎澮，支派聯(lián)絡(luò)，不可一日使壅。邇年，漸為潮沙填塞。昔所舟楫，今皆褰裳可涉。又其甚則鞠為榛莽之區(qū)，夷為通行之徑，以致潴泄無方，旱澇為害。中間雖嘗修浚，不過具文塞責(zé)。是以前年大水，沃野千里，匯為巨浸，至蠲上供錢糧數(shù)十余萬，所損不細(xì)。又蘇、松雖設(shè)水利僉事，權(quán)任甚輕，不足謀事。茲欲興建大役，為地方水利，乞特敕撫臣提督，選委府、州、縣正佐分理相度，先浚支河，使足以達(dá)潮水之通流；筑修圍岸，使足以御湍流之奔潰。然后舉其水之大者，如浚白茅港，以達(dá)于江；浚劉河，以達(dá)于海。其七浦塘、梅林塘以及河渠潮蕩諸水，凡為泥抄壅閼、茭蘆沮洳、豪右侵沒者，悉加檢勘疏導(dǎo)。而又相度水勢沖搏之所為板閘，以時(shí)啟閉，使湖水不致停蓄，海潮得以流通。如人身血脈，去其壅滯，而精神得以流通宣暢，夫然后水旱無恐，而國家財(cái)賦有永賴也。其奉敕重臣，必俟工完，方許復(fù)命。經(jīng)委府、州、縣官，必待歷有勞勚，始準(zhǔn)別選。庶事有專責(zé)，人各盡力，無所規(guī)避。至于工役所需，或奏請贓罰事例銀兩，或借各府、縣無礙官銀，或仿宣德年間事例，設(shè)濟(jì)農(nóng)倉，編導(dǎo)河夫，征派銀谷，各貯倉庫，以備修治之費(fèi)?！笔柘鹿げ孔h：“工費(fèi)煩巨，江南當(dāng)倭患后，財(cái)用殫竭，民力方在休息，驟勞之，未可。宜量浚支河，其大工俟儲(chǔ)積贏羨舉之?！眻?bào)可。
四十三年二月癸亥，更定鎮(zhèn)守江南，分守江北汛地。以江南屬之總兵劉顯，專駐吳淞；以江北屬之副總兵王應(yīng)麟，專駐狼山。各更敕書，并鑄關(guān)防給之。
閏二月己卯，升南京都察院右都御史張舜臣為南京戶部尚書。
四月戊子，命前府僉書、署都督僉事方恩允充總兵官，提督漕運(yùn)、鎮(zhèn)守淮安。
五月丁未，戶、工二部復(fù)：“給事中趙格言，滸墅、揚(yáng)州、推安等處關(guān)、廠各主事及委官干沒之弊，乞嚴(yán)禁?！钡弥迹骸叭秳?wù)累經(jīng)申飭，給有稽考文簿。所司玩視成風(fēng)，往往入多報(bào)少。委用府佐，徒相比為奸，致虧國課。自今各差主事，有仍前縱肆者，爾部中及在外巡撫御史得通劾之，毋事姑息?！?
八月壬申，以水災(zāi)免蘇、松府屬正官入覲。
九月庚子，巡撫鳳陽右侍郎王廷、巡按御史朱綱以淮安大饑，奏留本府商稅銀給軍。戶都復(fù)議：“此系國家正課，但可暫借以紓目前。至于興利補(bǔ)弊，計(jì)安永久，責(zé)在有司。今蒿萊之地不耕，流移之民不復(fù)，當(dāng)事者徒聞束手倉皇，垂涎國課，甚無謂也。且營田招撫事宜，詔書具在，容臣等承制申飭之?！鄙弦詾槿弧Ｒ蚯胸?zé)廷等，令其督率所屬，相與實(shí)心經(jīng)理，毋容曠職虧賦，瀆擾朝廷。
十月癸酉，以海寇不靖，免淮、揚(yáng)二府及通州、海門、如皋、寶應(yīng)等州、縣正官入覲。丙申，以淮安府馬戶逃亡，詔再蠲馬賦三年。
十一月壬寅，升浙江左布政使劉望之為應(yīng)天府府尹。
十二月丁丑，是歲，恤刑官所讞矜疑重囚，南直隸江北五十七人，詔減死戍邊。甲申，右給事中楊霆，劾論巡撫應(yīng)天都御史周如斗科取罰贖及縱弟受屬官賄諸不職。下吏部，復(fù)言：“如斗昔按蘇、松，名稱籍甚。今偶罹訾議，非其志節(jié)殊也。蓋昔當(dāng)蠲賦之時(shí)，而今有督糧之責(zé)。安靜則頌聲易興，嚴(yán)急則怨交作，所處之勢使然耳。況科罰受賄皆風(fēng)聞，無實(shí)證，不當(dāng)遽議罷斥?！钡弥迹骸傲钊缍芬暿氯绻??！?
四十四年正月丙辰，巡按直隸御史溫如璋條上備倭方略：“一、修城堡以防要害。蘇、松濱海，倭夷出沒，宜于川沙、吳淞之間，修復(fù)早寨舊城，以防嘉定、上海；劉家河港口更建小堡一所，七浦、白茆等處設(shè)水船旱柵，以防太倉諸涇。一、裁武冗以專職守。蘇、松參將，宜復(fù)駐金山，團(tuán)練諸軍，守蘇、松二府。其柘林把總，改駐崇明，統(tǒng)兵防守。金山游擊，似為冗員，宜革；一、聯(lián)修御以固防守。浙、直接境，不得互相推諉。宜將會(huì)哨兵船，通令督府，置立哨簿，委官稽查。在狼山、福山者遠(yuǎn)哨于崇明，而專守三沙一帶；在松江、嘉興者，遠(yuǎn)探于外洋，而會(huì)守獨(dú)山一帶。如江北船不至三沙，浙直兵船不會(huì)獨(dú)山，皆以守備不設(shè)論罪。”疏下兵部，復(fù)如其議。惟裁武冗一事，仍行撫臣再議以聞。報(bào)可。
二月丁丑，巡按直隸御史溫如璋條陳議處江南兵食三事：“一、品官優(yōu)免太濫，詭寄日滋，今不必另定限制，惟仿十段錦冊之法行之。其法算該力差、銀差之?dāng)?shù)，總計(jì)十甲之田，派為定則。如一甲之田有余，則留以為二甲之用，不足則提二甲補(bǔ)之。劑量適均，輕重合一。鄉(xiāng)宦免田，十年之內(nèi)，止免一年。一年之內(nèi)，止于本戶。其余子戶不許一概混濫；一、蘇、松比年軍興之際，調(diào)兵增餉至四十三萬。近歲海警稍息，節(jié)經(jīng)議減，尚歲征銀二十九萬兩有奇，民力不支。宜令撫、按官酌議汰減；一、蘇、松、常、鎮(zhèn)自嘉靖十六年以后，加派各項(xiàng)錢糧至四十七萬八千余兩，而工部料銀不在此數(shù)。乞裁革，以復(fù)舊額。”事下戶部言：“本部會(huì)派錢糧，俱照舊額，未有絲毫加增，獨(dú)黃蠟、果品之?dāng)?shù)，加派四府，不過六千九百余兩。今如璋所奏，乃至四十七萬，不啻百倍，中間必有虛捏詭派等情。宜行撫按逐項(xiàng)查明，并將各處實(shí)征錢糧文冊，不拘本部、工部及本處撫院所派，通行造冊送部，以憑稽考，余如所議。”報(bào)可。
三月己酉，減海門縣主簿一員、儒學(xué)訓(xùn)導(dǎo)一員，高郵州儒學(xué)訓(xùn)導(dǎo)一員。
四月丙子，裁革直隸華亭縣添設(shè)主簿一員，江陰縣巡捕縣丞一員。庚辰，盜劫鎮(zhèn)江府金壇縣庫及鄉(xiāng)官曹大章家，殺傷二十余人。巡按御史溫如璋以聞。因參同知盧江并知縣陳頤等及兵備副使耿隨卿等失事罪。詔停隨卿俸一月，盧江等下巡按御史逮治。甲申，倭寇犯通州呂四場等處，官軍御之。賊敗遁，轉(zhuǎn)掠至江南三沙。副總兵郭成等即舟師迎擊之于海中，沉其舟，斬首百十三級(jí)。
五月丁酉，升總督倉場、戶部左侍郎馬森為都察院右都御史、總督漕運(yùn)、巡撫鳳陽。丙辰，右僉都御史孫慎為右副都御史、總理河道。庚申，升太仆寺卿王鶴為應(yīng)天府府尹。
六月戊寅，升吏部左侍郎朱衡為南京刑部尚書；原任南京太仆寺少卿洪朝選為南京都察院右僉都御史、提督操江。
七月癸卯，河決沛縣等處，運(yùn)道淤塞百余里。己未，左侍郎、光祿寺卿謝登之為都察院右副都御史、巡撫應(yīng)天。
己未，改南京刑部尚書朱衡為工部尚書兼都察院右副都御史，總理河道及漕運(yùn)事務(wù)。
九月乙未，升刑部左侍郎錢邦芑為南京刑部尚書。庚申，始停兩淮運(yùn)司工本鹽。國初，兩淮鹽課歲以七十萬五千引為額，開邊報(bào)中為正鹽，后每引益以余鹽，納價(jià)運(yùn)司解部。至嘉靖三十二年，用御史黃國用議，以各場灶戶類外煎剩余鹽，將運(yùn)司割沒鹽銀扣留八萬二千余兩，給灶戶充工本，增收鹽三十五萬引，通前額課共一百五萬引，俱作正鹽開邊。仍每引帶余鹽如例。戶部用以抵各邊主兵年例凡十七萬六千兩有奇，由是鹽數(shù)頓增三分之一。行之?dāng)?shù)年，運(yùn)司積鹽日多，累如山阜，引至無所售，邊商不復(fù)報(bào)納，鹽法大滯。于是言事者屢陳不便。戶部以國用方詘，藉以抵年例，不能罷也。至是，巡鹽御史朱炳如極言其弊，謂工本鹽不罷，不惟無益邊餉，商灶兩困，將并往時(shí)正鹽常例，一切失之。戶部乃請斷自明年為始，兩淮所增工本鹽三十五萬引，盡數(shù)停罷。其運(yùn)司扣留割沒鹽銀八萬二千余兩，仍解部濟(jì)邊。報(bào)可。
十月丙子，以水災(zāi)免應(yīng)天府屬高淳等縣稅糧有差。
十一月癸卯，詔改留湖廣武昌衛(wèi)糧三萬四千五百七十余石于徐州，給開河夫役。將河道銀抵補(bǔ)解京。從總理河道，尚書朱衡請也。
十二月戊子，升吏部左侍郎胡松為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)。
四十五年正月甲辰，敕南京兵部尚書節(jié)制振武諸營領(lǐng)兵都督以下，仍會(huì)同操江及應(yīng)天、淮揚(yáng)兩巡撫從宜調(diào)度兵食，以備寇患。
二月庚辰，南京通政司右參議徐應(yīng)為應(yīng)天府丞。甲申，升廣東左布政使萬士和為應(yīng)天府府尹。乙酉，巡按直隸御史尹校以徐、沛、蕭、碭之間運(yùn)道淤塞，請暫兔進(jìn)解，以蘇民困。事下部復(fù)：“校言良是，但歲時(shí)奉先、進(jìn)御之需，不當(dāng)概議裁削。臣等竊以為舟船固多煩濫，非盡貢物。今宜移咨南京兵部及該撫按官，每值進(jìn)貢，查驗(yàn)貢物多寡，參酌船只大小，定撥只數(shù)，取足裝運(yùn)，毋容虛濫。仍示南京司禮等監(jiān)諸內(nèi)臣，痛革夾帶、需索一切擾民宿弊，有仍踵故習(xí)者，撫按官參奏之?！眻?bào)可。戊子，以災(zāi)傷免徐州及蕭、碭、豐三縣馬價(jià)一年。
三月辛酉，工科給事中何起鳴奉詔至沛縣勘河工還，上言：“舊河之難復(fù)有五：黃河全徙必殺上流，如新舊龐家屯、趙家圈等處，然以不貲之財(cái)而投之于河流已棄之故道，勢必不能，一也；自留城至沛，積為巨浸，無所施工，二也；橫亙數(shù)十余里，褰裳無路，十萬之眾，何所棲身，三也；挑浚則淖陷，筑岸則無土，且南塞則北奔，四也；夏秋漬潦大降，浚后難保不淤，五也。新河內(nèi)多舊堤高埠，黃水難浸。開鑿之費(fèi)，視舊河為省，且可遠(yuǎn)將來潰浹之患。尚書朱衡論其必可開，開成運(yùn)道必利。而議者見謂難成，亦有三焉。一以夏村迤北十六七里，地高恐難接水。然地勢北高南低，大約止深二丈，一照水平加深，夫何患水淺；一以三河口積沙深厚，水勢湍急，不無阻塞。然既建壩攔截，或用石包砌，每歲挑淺如例，夫何患沙壅；一以馬家橋兩岸筑堤五里，微山取土不便。又水口投埽，勢必不堅(jiān)，恐難經(jīng)久。然此亦在委任得人，培筑高厚，無必不可措力之理。臣又觀居民之情，在新河者則稱新河可開；在舊河者，則執(zhí)舊河可復(fù)。皆為市廛之私，非為國家運(yùn)道計(jì)也。夫天下之事勢窮則變，變則通。沛縣河患至此極矣！往時(shí)舊河淤塞未深，都御史盛應(yīng)期開新河，垂成而廢，至今惜之。今黃水異常，復(fù)漕無日，尚可溺于人情安土而不為通變之謀哉！故臣斷以為開新河便，宜如衡言；開新河而不全棄舊河，宜如季馴言?！笔枞?，下工部會(huì)廷臣議，俱合。上意乃決，詔勒限開筑新河，仍不得藉口速成，茍且完事。
四月癸亥，盜劫安東縣庫，格傷官吏事聞。詔兵部嚴(yán)行各撫按官，申明法令，弭盜安民。失事知縣黎黔、守備韓德楨等，各奪俸二月。丙子，升總督三邊右都御史郭乾為南京兵部尚書，參贊機(jī)務(wù)；南京太仆寺卿盛汝謙為南京都察院右僉都御史，提督操江兼管巡江。戊子，以災(zāi)傷，詔免直隸沛縣存留秋米并夏稅起存料價(jià)銀八千一百兩有奇。
五月己未，起復(fù)江西布政使司右參政凌云翼奏：“蘇、松地方，延袤千里，財(cái)賦所入，當(dāng)天下三分之一。由外濱大海，內(nèi)阻江湖，大河環(huán)列于郡縣，以吐納江海之流；支河錯(cuò)綜于原野，以分析大河之派。寸土尺地，皆獲灌溉，此東南財(cái)賦之源也。邇來，淤塞日甚，支河不達(dá)于大河，大河不達(dá)于江海，旱則一望枯槁，潦則立成巨浸，田畝日荒，逃移日眾。請專設(shè)督理水利御史一員，令其往來巡察。或于南京巡江、巡倉、屯田三差內(nèi)并其一，而以一員專督水利，尤為兩便?！笔枞耄げ孔h復(fù)，以巡鹽御史兼之。報(bào)可。
七月癸巳，升山東右布政使李一瀚為應(yīng)天府府尹。
十月丙子，以淮、徐饑，命巡鹽御史以修河銀一萬二千兩賑之。
閏十月乙卯，升總督漕運(yùn)右都御史馬森為南京戶部尚書。
十一月壬午，總理河道都御史潘季馴以憂去。吏部言：“治河尚書朱衡，心計(jì)精明，足當(dāng)大任。今河工業(yè)已有緒，宜即以河道事使衡兼之，待其遷轉(zhuǎn)之日，仍舊復(fù)設(shè)河道都御史。”報(bào)可。乙酉，命漕運(yùn)都御史仍舊駐淮安，督徐、邳一帶運(yùn)務(wù)。
十二月丁亥朔，升南京通政使司右通政譚大初為應(yīng)天府府尹。以漕糧愆期，革總兵官方恩等任，下各所司衛(wèi)、所官于御史問。戊子，改南京禮部尚書毛愷為南京吏部尚書。己亥改南京工部尚書林廷機(jī)為南京吏部尚書。
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