疾病分子診斷學(xué)：分子檢測(cè)應(yīng)用指南（翻譯版）

部分 分子實(shí)驗(yàn)介紹
1. 分子病理學(xué)的基本概念——人類疾病分子檢測(cè)方法導(dǎo)論 W.B. Coleman 和 G.J. Tsongalis
前言/ 2
突變和表觀突變/ 3
用于分子檢測(cè)的核酸樣本來(lái)源/ 3
疾病的分類/ 4
疾病的分子分型/ 4
分子檢測(cè)和伴隨診斷/ 7
疾病的分子檢測(cè)/10
疾病的分子診斷/11
疾病的分子預(yù)測(cè)/11
展望/12
參考文獻(xiàn)/12
2. 分子病理的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)方法——聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng) W.B. Coleman 和 G.J. Tsongalis
前言/14
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)/14
構(gòu)成 PCR 反應(yīng)的基本成分 /16
PCR 反應(yīng)的優(yōu)化 /17
PCR 反應(yīng)特異性和靈敏性的提升 /17
PCR 反應(yīng)中的污染問題 /17
PCR 反應(yīng)的抑制劑 /18
PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物的分析 /18
基于常規(guī) PCR 的派生技術(shù) /18
參考文獻(xiàn)/20
3. 下一代測(cè)序在臨床實(shí)驗(yàn)室中的應(yīng)用 D.L. Duncan 和 N.M. Patel
前言/22
DNA 測(cè)序化學(xué) /23
計(jì)算機(jī)科學(xué)/25
序列解讀和臨床報(bào)告/27
結(jié)論/28
參考文獻(xiàn)/28
4. 分子診斷實(shí)驗(yàn)室的自動(dòng)化 S.A. Turner 和 G.J. Tsongalis
前言/29
核酸提取的自動(dòng)化/31
傳染性疾病分子診斷中的自動(dòng)化/32
遺傳學(xué)與分子腫瘤學(xué)診斷中的自動(dòng)化/33
結(jié)論/37
參考文獻(xiàn)/37
第二部分 傳染病的分子檢測(cè)
5. 人類免疫缺陷病毒的分子實(shí)驗(yàn)技術(shù) M. Memmi，T. Bourlet 和 B. Pozzetto
前言/42
HIV 感染和 AIDS 背景 /42
HIV 感染診斷和隨訪中的分子工具 /43
特定臨床狀況下采取 HIV 分子診斷技術(shù)的要點(diǎn)/46
HIV 分子檢測(cè)的新思路 /48
結(jié)論/51
參考文獻(xiàn)/51
6. 病毒感染性肝臟疾病的分子檢測(cè) P.M. Mulrooney-Cousins 和 T.I. Michalak
前言/54
HAV 和 HAV RNA 的檢測(cè) /54
HBV 感染 /55
HCV 和 HCV RNA 的檢測(cè)方法 /58
HDV 和 HDV RNA 檢測(cè)方法 /60
HEV 和 HEV RNA 檢測(cè) /60
GB 病毒 C 和 GB 病毒 C 基因組的分子檢測(cè)/61
參考文獻(xiàn)/61
7. 人乳頭瘤病毒的分子檢測(cè) K.M. Bennett
前言/64
分子靶標(biāo)/64
分子診斷技術(shù)/66
臨床用途/72
局限性/73
參考文獻(xiàn)/73
8. 皰疹病毒的分子檢測(cè) S.K. Tan 和 B.A. Pinsky
前言/76
單純皰疹病毒/76
水痘帶狀皰疹病毒/79
EB 病毒 /79
巨細(xì)胞病毒/80
人類皰疹病毒 -6 型 /81
人類皰疹病毒 -7 型 /82
人類皰疹病毒 -8 型 /83
結(jié)論/83
參考文獻(xiàn)/83
9. 微小病毒的分子檢測(cè) G. Gallinella
微小病毒科/88
微小病毒 B19 /88
分子靶點(diǎn)/90
分子技術(shù)/91
臨床應(yīng)用/92
參考文獻(xiàn)/94
10. 多瘤病毒的分子檢測(cè) G.W Procop 和 B. Yen-Lieberman
前言/98
分子檢測(cè)的靶基因/98
分子檢測(cè)的技術(shù)/99
臨床應(yīng)用/ 100
檢測(cè)的局限性/ 101
參考文獻(xiàn)/ 102
11. 呼吸道病毒的分子檢測(cè) K.A. Stellrecht
前言/ 105
分子靶標(biāo)/ 105
呼吸道病毒感染分子診斷的臨床應(yīng)用/ 110
分子檢測(cè)技術(shù)及其局限性/ 112
結(jié)論/ 115
參考文獻(xiàn)/ 115
12. 細(xì)菌感染性疾病的分子檢測(cè) R. Plongla 和 M.B. Miller
前言/ 119
細(xì)菌的鑒定/ 119
呼吸道感染/ 121
胃腸道感染/ 122
血流感染/ 124
B 群鏈球菌篩檢 / 126
對(duì)未來(lái)的展望/ 126
參考文獻(xiàn)/ 127
13. 經(jīng)性傳播感染的病原體 P. Verhoeven，F(xiàn). Grattard，S. Gonzalo，M. Memmi 和 B. Pozzetto
前言/ 130
梅毒/ 131
淋病/ 131
生殖道的沙眼衣原體感染/ 133
生殖道的支原體感染/ 134
滴蟲病/ 134
未來(lái)的方向/ 135
結(jié)論/ 137
參考文獻(xiàn)/ 137
14. 醫(yī)源性感染的分子診斷 R.C. Arcenas
前言/ 140
MRSA 的分子診斷和臨床應(yīng)用 / 141
MRSA 的分子分型及臨床應(yīng)用 / 143
MRSA 分子篩查 / 監(jiān)測(cè) / 145
艱難梭菌/ 145
艱難梭菌的分子診斷和臨床應(yīng)用/ 146
艱難梭菌分子診斷和臨床應(yīng)用/ 148
參考文獻(xiàn)/ 148
15. 新興傳染病的分子檢測(cè) J. Dong，N. Ismail，D. H. Walker
新興傳染病的背景和分類/ 153
運(yùn)用分子生物學(xué)方法發(fā)現(xiàn)新興傳染性病原體/ 153
新興傳染性病原體的分子流行病學(xué)研究/ 166
新興傳染病病原體的分子診斷/ 167
當(dāng)前檢測(cè)的局限性及未來(lái)展望/ 168
參考文獻(xiàn)/ 170
第三部分 遺傳病的分子檢測(cè)
16. 無(wú)創(chuàng)性胎兒染色體非整倍體產(chǎn)前篩查 W. E. Highsmith，M. A. Allyse，K. S. Borowski 和 M. J. Wick
前言/ 176
分子靶標(biāo)：利用血漿核苷酸進(jìn)行檢測(cè)的方法/ 177
分子技術(shù)與臨床應(yīng)用：四個(gè)商業(yè)實(shí)驗(yàn)室所采用的四種不同方法/ 177
檢測(cè)的局限性/ 181
總結(jié)與展望/ 182
參考文獻(xiàn)/ 182
17. 遺傳性心肌病的分子檢測(cè) H. M. McLaughlin 和 B. H. Funke
前言/ 184
心肌病的主要類型/ 184
分子生物學(xué)病因/ 188
分子技術(shù)/ 189
臨床應(yīng)用/ 189
檢測(cè)的局限性/ 190
參考文獻(xiàn)/ 190
18. 凝血疾病的分子診斷 M.B. Smolkin 和 P.L. Perrotta
前言/ 192
分子靶點(diǎn)/ 193
臨床應(yīng)用/ 200
檢測(cè)的局限性/ 200
參考文獻(xiàn)/ 201
19. 囊性纖維化的分子診斷 Y. Si 和 D.H. Best
前言/ 204
分子靶點(diǎn)/ 205
分子技術(shù)/ 207
臨床應(yīng)用/ 208
檢測(cè)技術(shù)的局限性/ 210
參考文獻(xiàn)/ 210
20. 血色素沉著病的分子檢測(cè) P. Brissot，O. Lore′al 和 A.-M. Jouanolle
前言/ 213
疾病機(jī)制的背景/ 213
HC 診斷的臨床策略 / 215
臨床個(gè)體化的分子檢測(cè)方案/ 216
用于家族篩查的臨床分子檢測(cè)方案/ 217
分子生物學(xué)的方法和策略/ 218
展望/ 218
結(jié)論/ 219
參考文獻(xiàn)/ 219
第四部分 腫瘤的分子檢測(cè)
21. 乳腺癌的分子檢測(cè) K.H. Allison
前言/ 222
熒光原位雜交法檢測(cè) HER2 / 222
乳腺癌的分子亞型/ 226
預(yù)后指標(biāo)與化療療效的評(píng)估/ 228
結(jié)論/ 230
參考文獻(xiàn)/ 230
22. 前列腺癌的分子病理學(xué) A.M. Udager，S.C. Smith 和 S.A. Tomlins
前言/ 234
分子靶點(diǎn)/ 235
分子生物學(xué)技術(shù)/ 236
臨床應(yīng)用/ 241
檢測(cè)局限性/ 243
參考文獻(xiàn)/ 245
23. 肺癌的分子檢測(cè) C.J. Shiau 和 M.-S. Tsao
前言/ 248
分子靶標(biāo)/ 250
分子技術(shù)/ 254
檢測(cè)局限性/ 255
臨床應(yīng)用/ 256
參考文獻(xiàn)/ 258
24. 結(jié)直腸癌的分子檢測(cè) J.S. Thomas 和 Chanjuan Shi
前言/ 263
結(jié)直腸癌的遺傳學(xué)途徑/ 263
遺傳性結(jié)直腸癌綜合征/ 264
結(jié)直腸癌靶向治療的生物標(biāo)志物/ 267
分子技術(shù)、臨床效能和檢測(cè)局限 / 269
參考文獻(xiàn)/ 275
25. 黑色素瘤的分子病理學(xué)和分子檢測(cè) A.A. Hedayat，S. Yan 和 G.J. Tsongalis
前言/ 278
黑色素瘤相關(guān)疾病和綜合征/ 278
黑色素瘤的分子分析/ 279
黑色素瘤的分子檢測(cè)/ 283
結(jié)論/ 289
參考文獻(xiàn)/ 289
26. 膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的分子檢測(cè) D.G. Trembath
分子靶標(biāo)/ 294
分子檢測(cè)技術(shù)/ 297
臨床應(yīng)用/ 299
研究的局限性/ 300
參考文獻(xiàn)/ 301
27. 胰腺癌的分子檢測(cè) M.J. Bartel，S. Chakraborty 和 M. Raimondo
前言/ 303
血清中的 PDAC 生物標(biāo)志物 / 303
胰液中的 PDAC 生物標(biāo)志物 / 305
糞便中的 PDAC 生物標(biāo)志物 / 311
尿液中的 PDAC 生物標(biāo)志物 / 311
唾液中的 PDAC 生物標(biāo)志物 / 311
第五部分 血液病理學(xué)的分子檢測(cè)
32. 慢性粒細(xì)胞白血病的分子檢測(cè) N.A. Brown 和 B.L. Betz
前言/ 358
慢性粒細(xì)胞白血病的分子生物學(xué)/ 358
分子方法/ 359
測(cè)試的指示及結(jié)果/ 361
結(jié)論/ 362
參考文獻(xiàn)/ 363
33. 急性髓系白血病的分子檢測(cè) A. Behdad 和 B.L. Betz
前言/ 364
AML 的診斷 / 365
AML 的細(xì)胞遺傳學(xué)異常 / 365
AML 的基因突變 / 368
微小殘留病灶（MRD）的檢測(cè) / 374
新視野/ 374
參考文獻(xiàn)/ 375
結(jié)論/ 312
參考文獻(xiàn)/ 312
28. 婦科惡性腫瘤的分子檢測(cè) S.E. Kerr
前言/ 315
HPV 和宮頸癌 / 315
妊娠滋養(yǎng)細(xì)胞疾病/ 318
子宮內(nèi)膜間質(zhì)肉瘤/ 321
成人型顆粒細(xì)胞瘤/ 323
子宮內(nèi)膜癌中林奇綜合征的篩查/ 325
婦科癌癥分子檢測(cè)的展望/ 328
參考文獻(xiàn)/ 329
29. 腎癌新興遺傳觀 K. Willoughby 和 H.A. Drabkin
前言/ 332
分子靶點(diǎn)和檢測(cè)技術(shù)/ 333
臨床應(yīng)用/ 337
分子檢測(cè)的局限性/ 337
參考文獻(xiàn)/ 338
30. 甲狀腺癌的分子檢測(cè) S.J. Hsiao 和 Y.E. Nikiforov
前言/ 340
甲狀腺癌診斷中的分子靶點(diǎn)/ 340
分子檢測(cè)技術(shù)/ 342
臨床應(yīng)用/ 343
檢測(cè)的局限性/ 344
參考文獻(xiàn)/ 345
31. 兒科惡性腫瘤的分子檢測(cè) K.R. Crooks 和 K.W. Rao
前言/ 348
視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤/ 348
Wilms 瘤 / 349
神經(jīng)母細(xì)胞瘤/ 352
參考文獻(xiàn)/ 355
34. 骨髓增殖性腫瘤的分子檢測(cè) L.V. Furtado 和 B.L. Betz
前言/ 379
MPN 的分子發(fā)病機(jī)制 / 379
MPN 的分子檢測(cè) / 381
MPN 檢測(cè)的分子方法 / 382
未來(lái)展望/ 386
結(jié)論/ 386
參考文獻(xiàn)/ 386
35. 評(píng)估骨髓移植的分子檢測(cè) J.K. Booker
前言/ 390
分子靶標(biāo)/ 390
分子學(xué)技術(shù)/ 391
臨床應(yīng)用/ 392
檢測(cè)方法的局限性/ 392
參考文獻(xiàn)/ 393
36. 心血管疾病的個(gè)體化藥物治療 R.M. Turner，M. Bula 和 M. Pirmohamed
前言/ 396
華法林/ 399
硫酸氫氯吡格雷/ 401
他汀類藥物/ 403
布新洛爾/ 404
結(jié)論和未來(lái)展望/ 406
參考文獻(xiàn)/ 407
37. 凝血障礙性疾病的個(gè)體化醫(yī)療 J. Fareed 和 O. Iqbal
前言/ 410
凝血疾病的基因組學(xué)/ 415
抗血小板藥和抗凝藥的藥物基因組學(xué)/ 416
出血疾病的基因組學(xué)與血友病治療的個(gè)體化/ 419
參考文獻(xiàn)/ 420
38. 丙型肝炎的個(gè)體化治療 A. Ferreira-Gonzalez
前言/ 422
丙肝的抗病毒治療/ 424
開始丙肝治療的時(shí)間和對(duì)象/ 426
HCV 感染的初步治療 / 427
監(jiān)測(cè)開始接受 HCV 治療、正在治療或完成治療的患者/ 429
病毒抗性變異/ 431
宿主藥物遺傳學(xué)在預(yù)測(cè) HCV 治療結(jié)局中的作用/ 433
參考文獻(xiàn)/ 434
39. 腫瘤的個(gè)體化治療 V.M. Pratt 和 S.A. Scott
前言/ 438
分子靶標(biāo)：氟嘧啶類和 DPYD / 438
分子靶標(biāo)：伊立替康和 UGT1A1 / 440
分子靶標(biāo)：拉布立酶和 G6PD 缺乏癥 / 440
分子靶標(biāo)：三苯氧胺和 CYP2D6 / 442
分子靶標(biāo)：巰基嘌呤類藥物和巰基嘌呤甲基轉(zhuǎn)移酶/ 444
在實(shí)施腫瘤個(gè)體化治療時(shí)需要考慮的其他問題 / 445
參考文獻(xiàn)/ 446
第六部分 個(gè)體化醫(yī)療中的分子檢測(cè)
40. 質(zhì)譜成像在臨床病理學(xué)中的應(yīng)用 J.L. Norris，D.B. Gutierrez 和 R.M. Caprioli
前言/ 450
質(zhì)譜成像/ 451
解剖病理學(xué)的應(yīng)用/ 453
IMS 中的計(jì)算方法 / 456
結(jié)論/ 459
參考文獻(xiàn)/ 459
41. 全基因組測(cè)序在分子病理實(shí)驗(yàn)室中的應(yīng)用 G.T.Haskell 和 J.S.Berg
前言/ 462
分子技術(shù)/ 462
全基因組測(cè)序是否增加臨床效用？/ 466
全基因組測(cè)序的應(yīng)用前景/ 468
全基因組測(cè)序技術(shù)的展望/ 469
參考文獻(xiàn)/ 469