下一代測(cè)序技術(shù)及其臨床應(yīng)用

目錄
**部分 概論
**章 DNA測(cè)序技術(shù)發(fā)展史 3
1 早期測(cè)序方法 3
2 DNA自動(dòng)化測(cè)序技術(shù) 6
3 測(cè)序在人類(lèi)基因組計(jì)劃中的應(yīng)用 7
4 下一代測(cè)序技術(shù) 8
5 總結(jié) 12
第二章 臨床分子診斷技術(shù)概述 14
1 引言 14
2 靶向分析 15
3 未知突變的檢測(cè) 18
4 拷貝數(shù)變異的檢測(cè) 21
5 基于傳統(tǒng)PCR方法測(cè)序技術(shù)的缺陷 23
6 總結(jié) 23
第二部分 技術(shù)與生物信息學(xué)
第三章 基因富集方法和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù) 29
1 引言 29
2 靶基因富集方法 30
3 大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù) 34
4 總結(jié) 40
第四章 序列比對(duì)、分析和生物信息學(xué)流程 43
1 歷史概述 43
2 信息學(xué)在NGS分析中的應(yīng)用 46
3 討論 53
第五章 MNGIE疾病基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)基因組學(xué)錯(cuò)義突變分析技術(shù) 57
1 引言 57
2 胸腺嘧啶磷酸化酶和線粒體神經(jīng)胃腸型腦病綜合征 58
3 錯(cuò)義突變注釋方法 62
4 胸腺嘧啶磷酸化酶及其錯(cuò)義變異/突變結(jié)構(gòu)分析的基礎(chǔ) 63
5 致病性錯(cuò)義突變的評(píng)估 64
6 理解MNGIE疾病錯(cuò)義變異/突變的綜合方法 66
第六章 DNA突變注釋算法及指南 69
1 引言 69
2 測(cè)序突變分類(lèi) 70
3 突變注釋 71
4 解釋mtDNA變異的其他注意事項(xiàng) 76
5 總結(jié) 79
第三部分 NGS平臺(tái)臨床診斷學(xué)
第七章 基于NGS技術(shù)的遺傳異質(zhì)性疾病臨床診斷病例解析 83
1 引言 84
2 遺傳異質(zhì)性疾病 84
3 NGS測(cè)序方法：富集、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析 95
4 NGS診斷遺傳性異質(zhì)性疾病的優(yōu)勢(shì)和挑戰(zhàn) 101
5 總結(jié) 103
第八章 先天性糖基化障礙性疾病分子診斷技術(shù) 109
1 引言 110
2 糖基化過(guò)程中的缺陷導(dǎo)致疾病發(fā)生 110
3 CDG生化診斷技術(shù) 113
4 CDG分子診斷技術(shù) 113
5 CDG臨床分子檢測(cè)新技術(shù)及進(jìn)展 114
6 CDG相關(guān)性基因診斷策略 115
7 CDG疾病NGS Panels和WES突變注釋 116
8 CDG臨床分子診斷前景 117
9 NGS應(yīng)用于CDG診斷的前景 118
第九章 NGS提高X連鎖智力障礙的診斷水平 120
1 引言 120
2 X連鎖智力障礙概述 121
3 代表性案例：XLID基于NGS檢測(cè)的應(yīng)用 125
4 XLID運(yùn)用NGS檢測(cè)的臨床經(jīng)驗(yàn) 128
5 總結(jié) 129
第十章 異質(zhì)性視網(wǎng)膜色素變性下一代測(cè)序分析技術(shù) 133
1 異質(zhì)性視網(wǎng)膜色素變性疾病 133
2 視網(wǎng)膜色素變性疾病分子診斷技術(shù) 135
3 陣列引物延伸芯片測(cè)序技術(shù)在視網(wǎng)膜色素變性疾病診斷中的應(yīng)用進(jìn)展 136
4 下一代測(cè)序技術(shù)在視網(wǎng)膜色素變性疾病診斷中的應(yīng)用進(jìn)展 138
5 展望 143
第十一章 線粒體基因組的下一代測(cè)序分析技術(shù) 146
1 引言 146
2 線粒體DNA疾病的常規(guī)診斷方法 147
3 線粒體基因組NGS測(cè)序技術(shù) 149
4 大規(guī)模測(cè)序平臺(tái)在線粒體基因組測(cè)序方面的應(yīng)用進(jìn)展 149
5 mtDNA疾病在NGS方面的臨床診斷規(guī)范 154
6 分子診斷臨床應(yīng)用注意事項(xiàng) 155
7 總結(jié) 155
第十二章 下一代測(cè)序技術(shù)在核基因組線粒體疾病診斷中的應(yīng)用進(jìn)展 158
1 線粒體疾病的下一代測(cè)序分子診斷技術(shù) 158
2 下一代測(cè)序技術(shù)鑒定患者已知致病基因的突變類(lèi)型 159
3 下一代測(cè)序技術(shù)鑒定線粒體疾病的新致病基因 163
4 突變注釋方面的挑戰(zhàn)：研究進(jìn)展與臨床驗(yàn)證 166
5 NGS技術(shù)在線粒體疾病診斷中的應(yīng)用前景 167
第十三章 下一代測(cè)序技術(shù)用于無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前診斷 171
1 引言 171
2 染色體非整倍體的無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前診斷技術(shù) 172
3 胎兒基因突變的NGS無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)技術(shù) 173
4 孕婦血漿DNA NGS無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前診斷的影響因素 173
5 非侵入性胎兒非整倍體NGS檢測(cè)的臨床應(yīng)用 175
6 總結(jié) 175
第四部分 NGS技術(shù)CAP/CLIA管理?xiàng)l例
第十四章 標(biāo)準(zhǔn)化臨床管理指南：質(zhì)量控制管理程序 181
1 現(xiàn)行監(jiān)督監(jiān)管和專(zhuān)業(yè)指導(dǎo)框架 181
2 能力驗(yàn)證和質(zhì)量控制程序 182
3 衡量標(biāo)準(zhǔn)：下一代測(cè)序的新模式 184
4 能力驗(yàn)證和替代方案 187
5 參考物質(zhì) 188
6 其他考慮因素 189
7 總結(jié) 191
第十五章 NGS臨床診斷技術(shù)質(zhì)量控制程序 194
1 引言 194
2 NGS臨床診斷技術(shù)性能概述 195
3 基于NGS的測(cè)試驗(yàn)證 195
4 基于NGS檢測(cè)的質(zhì)量控制和質(zhì)量保證程序 196
5 總結(jié) 200
第十六章 下一代測(cè)序技術(shù)在人類(lèi)遺傳性疾病分子診斷過(guò)程中的常見(jiàn)問(wèn)題 203
1 引言 203
2 NGS技術(shù) 204
3 NGS數(shù)據(jù)分析和突變解釋 205
4 管理方面 208
5 檢測(cè)成本/報(bào)銷(xiāo) 209
6 患者護(hù)理和客戶(hù)服務(wù) 211