蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)建模及預(yù)測

第一部分 基礎(chǔ)篇
第1章 緒論 （2）
1．1 蛋白質(zhì)相互作用 （3）
1．2 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （7）
1．3 關(guān)鍵蛋白質(zhì) （8）
1．4 蛋白質(zhì)復(fù)合物 （9）
1．5 蛋白質(zhì)功能 （10）
1．6 本書的主要內(nèi)容和組織結(jié)構(gòu) （11）
第二部分 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)篇
第2章 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究現(xiàn)狀 （15）
2．1 基于蛋白質(zhì)表達動態(tài)性的動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （16）
2．2 基于多狀態(tài)下表達及相關(guān)性變化的動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （20）
第3章 動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建方法 （23）
3．1 動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建方法 （24）
3．1．1 3-sigma準則 （24）
3．1．2 活性蛋白質(zhì)的識別 （24）
3．1．3 動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 （26）
3．2 實驗結(jié)果及分析 （28）
3．2．1 實驗數(shù)據(jù) （28）
3．2．2 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 （28）
3．2．3 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物比較 （29）
3．2．4 算法的特異性、敏感性和綜合指標 （30）
3．2．5 功能富集性分析與算法精度分析 （32）
3．2．6 蛋白質(zhì)復(fù)合物完美匹配分析 （35）
3．3 本章小結(jié) （36）
第4章 亞細胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 （37）
4．1 亞細胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （39）
4．2 加權(quán)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （40）
4．2．1 亞細胞區(qū)間重要性的評估 （40）
4．2．2 蛋白質(zhì)相互作用重要性的計算 （41）
4．3 本章小結(jié) （41）
第三部分 蛋白質(zhì)復(fù)合物識別篇
第5章 蛋白質(zhì)復(fù)合物識別的相關(guān)研究 （44）
5．1 基于密度和局部搜索的算法 （45）
5．2 基于層次聚類的算法 （47）
5．3 交疊復(fù)合物挖掘的算法 （49）
5．4 融合多元數(shù)據(jù)的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別 （51）
5．5 動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別 （52）
第6章 基于蛋白質(zhì)復(fù)合物形成機制與蛋白質(zhì)活性的蛋白質(zhì)
復(fù)合物提煉方法 （54）
6．1 蛋白質(zhì)復(fù)合物的形成機制以及內(nèi)部活性特征 （54）
6．2 蛋白質(zhì)復(fù)合物提煉方法 （55）
6．2．1 方法框架 （55）
6．2．2 蛋白質(zhì)復(fù)合物的分割 （56）
6．2．3 蛋白質(zhì)復(fù)合物的組裝 （58）
6．3 實驗與分析 （60）
6．3．1 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物的比較 （61）
6．3．2 算法的特異性、敏感性和綜合指標 （64）
6．3．3 真陽性的提高 （66）
6．3．4 參數(shù)分析 （68）
6．4 本章小結(jié) （69）
第7章 融合蛋白質(zhì)亞細胞定位信息的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別 （71）
7．1 密度-擴散中心性 （71）
7．2 中心性得分的冪律分布檢驗 （72）
7．3 基于冪律分布的雙層聚類算法 （74）
7．4 實驗與分析 （78）
7．4．1 實驗數(shù)據(jù) （79）
7．4．2 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物的比較 （80）
7．4．3 算法的特異性、敏感性和綜合指標 （82）
7．4．4 完美匹配分布 （84）
7．5 討論 （85）
7．5．1 參數(shù)分析 （85）
7．5．2 不同中心性方法對PLCluster算法預(yù)測效果的影響 （86）
7．5．3 基于亞細胞定位信息的蛋白質(zhì)復(fù)合物過濾及比較 （88）
7．6 本章小結(jié) （90）
第8章 基于k層網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別研究 （91）
8．1 概述 （91）
8．2 基于k層網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別算法 （92）
8．2．1 基于k-means聚類的網(wǎng)絡(luò)分層算法 （93）
8．2．2 識別每層子網(wǎng)中的蛋白質(zhì)復(fù)合物 （94）
8．2．3 識別跨越兩個子網(wǎng)的蛋白質(zhì)復(fù)合物 （94）
8．2．4 基于亞細胞定位信息的蛋白質(zhì)復(fù)合物過濾 （95）
8．3 實驗結(jié)果及分析 （95）
8．3．1 實驗數(shù)據(jù) （96）
8．3．2 參數(shù)影響分析 （97）
8．3．3 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物的比較 （100）
8．3．4 完美匹配分布 （102）
8．4 討論 （103）
8．5 本章小結(jié) （104）
第四部分 關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別篇
第9章 關(guān)鍵蛋白質(zhì)研究現(xiàn)狀 （107）
9．1 基于拓撲特性的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法 （107）
9．2 融合其他生物信息的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法 （108）
第10章 基于亞細胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別 （110）
10．1 基于亞細胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法 （110）
10．1．1 方法框架 （110）
10．1．2 亞細胞區(qū)間特異性中心性得分 （112）
10．2 評價指標 （113）
10．2．1 比較排序后的前c%的蛋白質(zhì) （114）
10．2．2 比較多物種的平均準確度 （115）
10．3 實驗結(jié)果 （115）
10．3．1 實驗數(shù)據(jù) （115）
10．3．2 酵母數(shù)據(jù) （116）
10．3．3 人類數(shù)據(jù) （118）
10．3．4 小鼠數(shù)據(jù) （120）
10．3．5 果蠅數(shù)據(jù) （122）
10．3．6 平均準確度（AKAcc） （124）
10．4 討論 （125）
10．4．1 全局蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)和PSLIN的不同預(yù)測 （126）
10．4．2 中心性方法在PSLIN上的局限性 （127）
10．4．3 不同PSLIN上計算的中心性得分具有不同的可靠性 （128）
10．5 本章小結(jié) （130）
第11章 基于亞細胞區(qū)間重要性的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法 （131）
11．1 基于亞細胞區(qū)間重要性的中心性方法 （131）
11．1．1 亞細胞區(qū)間重要性的評估和蛋白質(zhì)相互作用
重要性的計算 （132）
11．1．2 基于亞細胞區(qū)間重要性的中心性方法 （133）
11．2 實驗結(jié)果 （134）
11．2．1 實驗數(shù)據(jù) （134）
11．2．2 比較排序后的前c%的蛋白質(zhì) （135）
11．2．3 折刀曲線 （140）
11．2．4 ROC曲線 （141）
11．3 本章小結(jié) （143）
第五部分 蛋白質(zhì)功能預(yù)測篇
第12章 蛋白質(zhì)功能預(yù)測研究現(xiàn)狀 （145）
12．1 蛋白質(zhì)功能預(yù)測的重要性 （145）
12．2 預(yù)測蛋白質(zhì)功能的難點 （146）
12．3 蛋白質(zhì)功能預(yù)測問題 （147）
12．4 蛋白質(zhì)功能預(yù)測研究現(xiàn)狀 （149）
12．5 蛋白質(zhì)功能預(yù)測的評價方法 （150）
第13章 融合蛋白質(zhì)亞細胞定位信息的蛋白質(zhì)功能預(yù)測 （153）
13．1 引言 （153）
13．2 蛋白質(zhì)功能預(yù)測方法LSDC （154）
13．2．1 蛋白質(zhì)協(xié)同功能推斷 （155）
13．2．2 序列相似性功能推斷 （157）
13．2．3 結(jié)構(gòu)域相似性功能推斷 （158）
13．2．4 綜合功能集合及各項功能的可靠性得分 （159）
13．3 實驗結(jié)果 （161）
13．3．1 實驗數(shù)據(jù) （161）
13．3．2 實驗過程 （164）
13．4 本章小結(jié) （168）
第六部分 展望篇
第14章 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究的挑戰(zhàn)與機遇 （170）
14．1 識別可靠的PPI面臨的挑戰(zhàn) （170）
14．2 特定上下文的動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 （173）
14．3 整合組學(xué)中的蛋白質(zhì)相互作用 （174）
參考文獻 （176）