2016卷《年鑒》共20個部分：綜述篇；文獻篇；會議與活動篇；專題篇；業(yè)務篇；中藥篇；直屬單位篇；地方篇；醫(yī)療機構篇；科研機構篇；院校篇；社會組織篇；大事記篇；數據篇；榮譽篇；管理干部篇；機構名錄篇；港澳臺地區(qū)篇；國外篇；附錄篇。文獻篇下設3個專欄：①中共中央、國務院文件與黨和國家領導人講話、批示；②部門重要文件與領導講話；③論壇。會議和活動篇以時間排序（會議、活動在前，比賽和培訓班在后）。專題篇下設12個專欄：①中國中醫(yī)科學院成立60周年；②屠呦呦榮獲2015年諾貝爾生理學或醫(yī)學獎；③“十二五”中醫(yī)藥事業(yè)概覽；④中醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展規(guī)劃、政策和機制建設；⑤中醫(yī)藥健康服務發(fā)展；⑥國家中醫(yī)藥綜合改革試驗區(qū)（市、縣）；⑦中醫(yī)藥參與醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革；⑧中醫(yī)藥服務貿易；⑨國家中醫(yī)臨床研究基地建設；⑩中醫(yī)藥參與重大突發(fā)事件和重大傳染病防治；11中藥材保護與發(fā)展；12“三嚴三實”專題教育。業(yè)務篇下設13個專欄：①政策法規(guī)與監(jiān)督；②醫(yī)政工作；③人事與教育工作；④科技工作；⑤國際交流與合作；⑥內地與港澳臺交流與合作；⑦文化建設；⑧新聞宣傳工作；⑨中醫(yī)藥投入與預算管理工作；⑩黨建工作與群團工作；11黨風廉政建設與反腐倡廉工作；12綜合性工作及其他。醫(yī)療機構篇、科研機構篇調整了部分內容，為方便讀者查閱，兩篇均以表格形式收錄。社會組織篇下設3個專欄：①全國性社會組織；②總部設在中國的中醫(yī)藥國際組織；③地方性社會組織。數據篇下設6個專欄：①中醫(yī)資源；②中醫(yī)醫(yī)療機構運營與服務；③中醫(yī)教育；④中醫(yī)藥科研；⑤中醫(yī)財政撥款；⑥中醫(yī)藥期刊。附錄篇下設2個專欄：①2015年國家中醫(yī)藥管理局聯合印發(fā)文件；②2015年國家中醫(yī)藥管理局印發(fā)文件。醫(yī)療機構篇、科研機構篇統計數據由中國中醫(yī)科學院信息所提供?？蒲袡C構包括中央級、省級、地市級中醫(yī)、中西醫(yī)、民族醫(yī)科研機構；醫(yī)療機構只收錄中央級、省級中醫(yī)、中西醫(yī)、民族醫(yī)醫(yī)療機構。數據篇數據系由國家中醫(yī)藥管理局發(fā)布的《中醫(yī)藥數據統計摘編》（不包括香港、澳門特別行政區(qū)及臺灣地區(qū)數據）。
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