計算機輔助藥物設計理論及應用

目錄
第一章 緒論（1）
第一節(jié) 新藥開發(fā)的基本途徑和方法（1）
第二節(jié) 計算機輔助藥物設計的常用研究方法（10）
第三節(jié) 計算機輔助藥物設計的常用軟件（14）
第四節(jié) 近年來CADD在藥物設計中的應用實例（19）
參考文獻（21）
第二章 計算機輔助藥物設計的相關基礎（23）
第一節(jié) 計算機輔助藥物設計的生命科學基礎（23）
第二節(jié) 計算機輔助藥物設計的藥學基礎（40）
第三節(jié) 計算機輔助藥物設計的Linux基礎（48）
參考文獻（62）
第三章 常用數(shù)據(jù)庫和基礎軟件的使用（64）
第一節(jié) 藥物設計常用數(shù)據(jù)庫（64）
第二節(jié) 藥物和靶點的三維結構顯示及繪制軟件（79）
第三節(jié) EndNote文獻管理（85）
參考文獻（91）
第四章 基于配體的藥物分子設計（92）
第一節(jié) 定量構效關系（QSAR）（92）
第二節(jié) 藥效團模型（119）
參考文獻（125）
第五章 基于受體的藥物分子設計（129）
第一節(jié) 分子對接的原理和分類（129）
第二節(jié) 分子對接的搜索算法（130）
第三節(jié) 分子對接的打分函數(shù)（134）
第四節(jié) 分子對接的操作流程（138）
第五節(jié) 分子對接實例（144）
第六節(jié) 虛擬篩選實例（147）
參考文獻（153）
第六章 蛋白質結構預測及全新藥物設計（158）
第一節(jié) 同源建模（158）
第二節(jié) 同源模建實例（171）
第三節(jié) 蛋白質結合位點預測（178）
第四節(jié) 全新藥物設計方法（182）
參考文獻（186）
第七章 分子動力學模擬（190）
第一節(jié) 分子動力學模擬的原理（190）
第二節(jié) 恒溫恒壓分子動力學模擬與溶劑模型（196）
第三節(jié) 分子動力學模擬的主要步驟（201）
第四節(jié) 分子動力學模擬應用實例（210）
參考文獻（231）
第八章 結合自由能的計算（234）
第一節(jié) 生物大分子體系結合自由能研究的背景及意義（234）
第二節(jié) 結合自由能計算方法（238）
第三節(jié) 基于MM/PBSA自由能算法的操作實例（241）
第四節(jié) 自由能計算實例（247）
參考文獻（258）
第九章 藥物靶點的構象分析（260）
第一節(jié) 藥物靶點基礎（260）
第二節(jié) 粗粒化模型（262）
第三節(jié) 自由能曲面（275）
第四節(jié) 聚類分析（279）
第五節(jié) 自由能曲面和聚類分析實例（282）
第六節(jié) ProDy使用（286）
參考文獻（291）
第十章 藥物設計常用的數(shù)值分析（295）
第一節(jié) 相關和回歸分析（295）
第二節(jié) ROC曲線（305）
第三節(jié) 基于貝葉斯分類的類藥性預測（313）
第四節(jié) Matlab在藥物設計中的應用（322）
參考文獻（337）
附錄 常用Linux計算軟件的安裝（339）
中英文對照索引（347）
附圖（363）