計算機輔助藥物設計

第1章 分子模擬的數(shù)學基礎
1．1 級數(shù)
1．2 積分的概念和方法
第2章 分子模擬的生物信息學基礎
2．1 序列比對
2．2 序列分析
2．3 蛋白質結構預測
2．4 基因芯片技術
2．5 各種數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡資源
參考文獻
第3章 分子模擬的物理和化學基礎
3．1 原子間與分子問作用力
3．2 分子力場
3．3 幾種常見的分子力場
3．4 多體問題和有效成對勢能
3．5 溶劑介電質模型
3．6 量子化學計算的基本原理
3．7 密度泛函理論
參考文獻
第4章 分子模擬基本算法
4．1 統(tǒng)計力學基礎
4．2 MonteCarlo模擬
4．3 分子模擬
4．4 從頭算分子動力學簡介
4．5 QM/MM簡介
4．6 能量優(yōu)化算法與過渡態(tài)求解
參考文獻
第5章 蛋白質結構預測
5．1 同源模建
5．2 反相折疊方法
5．3 從頭折疊法
5．4 常用的網(wǎng)站
5．5 常用軟件
參考文獻
第6章 藥物設計的統(tǒng)計方法
6．1 早期的探索
6．2 二維定量構效關系
6．3 三維定量構效關系
6．4 更高維定量構效關系
6．5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析方法
參考文獻
第7章 藥物設計的信息系統(tǒng)
7．1 化學信息系統(tǒng)
7．2 組合化學信息管理系統(tǒng)
7．3 生物信息數(shù)據(jù)庫和軟件
7．4 數(shù)據(jù)庫搜索技術
參考文獻
第8章 藥物代謝與精準醫(yī)學
8．1 細胞色素P450 酶簡介
8．2 細胞色素P450 酶在生物信息學、功能基因組學及代謝組學中的研究
8．3 單核苷酸多態(tài)性與精準醫(yī)學
8．4 人類細胞色素P450 酶中單核苷酸多態(tài)性的精準預測
8．5 單核苷酸多態(tài)性對細胞色素P450 酶活性的影響
參考文獻
第9章 藥物組合與多靶標藥物設計
9．1 化學相似性系綜法預測蛋白一配體相互關系
9．2 基于化學傾向性的蛋白一配體關系預測
9．3 基于藥物作用網(wǎng)絡和信號通路的藥物對組合研究
參考文獻
第10章 計算機輔助藥物設計應用實例
10．1 抗SARS的藥物設計
10．2 HIV蛋白酶抑制劑的篩選
10．3 流感病毒神經(jīng)氨酸酶抑制劑的研究
10．4 定量構效關系與嗯唑烷酮抗菌藥物的設計
參考文獻
第11章 花椒素的發(fā)現(xiàn)及其藥理藥效
11．1 阿爾茨海默病與煙堿乙酰膽堿受體
11．2 花椒素的發(fā)現(xiàn)和結構改造
11．3 花椒素抗老年癡呆的研究
11．4 花椒素的安全性
11．5 花椒素對皮膚的抗衰老作用
11．6 小結
附錄18 個小分子的結構
參考文獻
索引
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