清官配方檔將成方分為16門:風痰、痰嗽、傷寒、暑濕、燥火、脾胃、眼目、瘡科、婦科、小兒、補益、瀉痢、咽喉口齒、氣滯、痰癥、雜治;《清宮配方集成》在此分類基礎上,結合臨床分科現狀與需要,將瀉痢門歸入脾胃門,將痰癥門歸人風痰門,將咽喉口齒門分為咽喉、口齒兩類,另增加瘟疫、傷科、耳鼻、肛腸、美容等類,共20類方。針對具體每個配方的歸類采取的原則是,原來已歸類的參照原方,未歸類的編者根據功效主治納入;由于關注點的不同,每個配方或可有不同歸類法。清官配方的出處指的是該方來自清官何種檔案或資料,包括丸藥配方檔、御藥房丸散膏丹配方、藥庫丸散膏丹配方檔、修合成方、上用丸散膏丹配方簿等配本,及清官配方治方手抄本與清官醫(yī)藥檔案中散方等原始文獻;出處還說明了配方同時見于《清太醫(yī)院配方》、《清太醫(yī)院秘錄醫(yī)方配本》、《太醫(yī)院秘藏膏丹丸散方劑》等專著中的情況。