蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能入門

譯者序
前言
本書使用說明
從序列到結(jié)果
第一章 從序列到結(jié)構(gòu)
1-0 概述：蛋白質(zhì)的功能和構(gòu)造
1-1 氨基酸
1-2 基因和蛋白質(zhì)
1-3 肽鍵
1-4 穩(wěn)定折疊蛋白質(zhì)的鍵
1-5 二級結(jié)構(gòu)的重要性和決定因素
1-6 α螺旋的特征
1-7 β折疊的特征
1-8 二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測
1-9 折疊
1-10 三級結(jié)構(gòu)
1-11 膜蛋白的結(jié)構(gòu)
1-12 蛋白質(zhì)穩(wěn)定性：弱相互作用和柔韌性
1-13 蛋白質(zhì)穩(wěn)定性：翻譯后修飾
1-14 蛋白質(zhì)的域
1-15 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)通則
1-16 蛋白質(zhì)基序
1-17 α域和8域
1-18 α/β、α＋β和交聯(lián)域
1-19 四級結(jié)構(gòu)：一般原則
1-20 四級結(jié)構(gòu)：分子間界面
1-2l 四級結(jié)構(gòu)：幾何學(xué)
1-22 蛋白質(zhì)的柔韌性
第二章 從結(jié)構(gòu)到功能
2-0 概述：蛋白質(zhì)功能的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)
2-1 識別、互補(bǔ)和活性位點(diǎn)
2-2 柔韌性和蛋白質(zhì)功能
2-3 結(jié)合位點(diǎn)的位置
2-4 結(jié)合位點(diǎn)的性質(zhì)
2-5 結(jié)構(gòu)蛋白的功能特性
2-6 催化：概述
2-7 活性位點(diǎn)的幾何學(xué)
2-8 鄰近性和基態(tài)去穩(wěn)定
2-9 穩(wěn)定過渡態(tài)和排斥水
2-10 氧還反應(yīng)
2-11 加成/消除、水解和脫羧
2-12 活性位點(diǎn)的化學(xué)
2-13 輔助因子
2-14 多步反應(yīng)
2-15 多功能酶
2-16 具有通道的多功能酶
第三章 蛋白質(zhì)功能的調(diào)控
3-0 概述：調(diào)節(jié)的機(jī)制
3-1 蛋白質(zhì)相互作用域
3-2 定位調(diào)節(jié)
3-3 pH和氧化還原環(huán)境對蛋白質(zhì)功能的調(diào)控
3-4 效應(yīng)物配體：競爭性結(jié)合與協(xié)同效應(yīng)
3-5 效應(yīng)物配體：構(gòu)象變化與別構(gòu)效應(yīng)
3-6 基于核苷酸水解反應(yīng)的蛋白質(zhì)開關(guān)
3-7 GTP酶開關(guān)：小信號G蛋白
3-8 GTP酶開關(guān)：異源三聚體G蛋白酶轉(zhuǎn)導(dǎo)的信號
3-9 GTP酶開關(guān)：蛋白質(zhì)合成
3-10 馬達(dá)蛋白開關(guān)
3-11 受降解作用的調(diào)節(jié)
3-12 蛋白質(zhì)功能的磷酸化調(diào)節(jié)
3-13 信號蛋白質(zhì)激酶的調(diào)節(jié)：激活機(jī)制
3-14 信號蛋白質(zhì)激酶的調(diào)節(jié)：Cdk的激活
3-15 細(xì)菌的雙組分信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)
3-16 蛋白酶水解的調(diào)控作用：蛋白質(zhì)前體的激活
3-17 蛋白質(zhì)剪接：通過內(nèi)蛋白子自身酶解
3-18 糖基化
3-19 脂質(zhì)修飾介導(dǎo)的蛋白質(zhì)靶向
3-20 甲基化、N-乙酰化、SUMO化和亞硝基化
第四章 從順序到功能：結(jié)構(gòu)和功能基因組學(xué)中的案例分析
4-0 概述：在基因組學(xué)的時代背景下從順序到功能
4-1 序列對位排列和比較
4-2 蛋白質(zhì)特征集
4-3 從順序推測功能
4-4 研究蛋白質(zhì)功能的實驗手段
4-5 趨異進(jìn)化和趨同進(jìn)化
4-6 從順序到結(jié)構(gòu)：同源模建
4-7 從順序到結(jié)構(gòu)：Profile-based threading方法和“Rosetta”
4-8 從結(jié)構(gòu)預(yù)測功能：蛋白質(zhì)超家族
4-9 確定結(jié)合位點(diǎn)的策略
4-10 確定催化殘基的策略
4-11 TIM桶：一種結(jié)構(gòu)，多種功能
4-12 PLP酶：多種功能，一種結(jié)構(gòu)
4-13 兼職：多功能蛋白質(zhì)
4-14 變色龍序列：一條序列，多種折疊方式
4-15 朊病毒、淀粉狀蛋白和絲氨酸蛋白酶抑制劑：亞穩(wěn)定的蛋白質(zhì)折疊
4-16 從未研究過的基因的功能：半乳糖酸脫水酶
4-17 從零開始：一個功能未知的基因產(chǎn)物
第五章 結(jié)構(gòu)測定
5-1 結(jié)構(gòu)信息的解讀
5-2 利用X射線晶體分析法和NMR法進(jìn)行結(jié)構(gòu)測定
5-3 晶體和NMR結(jié)構(gòu)的質(zhì)量及表述
參考文獻(xiàn)
定義
索引