生物軟件選擇與使用指南

第1章　生物軟件選擇指南
1.1　生物科學(xué)工作者常用軟件
1.1.1　實驗準(zhǔn)備階段
1.1.2　實驗實施階段
1.1.3　實驗結(jié)果輸出階段
1.2　因特網(wǎng)上的生物軟件資源
1.2.1　通過搜索引擎進行搜索
1.2.2　通過生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫進行查找
1.2.3　通過生物資源主題網(wǎng)站進行查找
1.2.4　軟件的索取、安裝及使用
第2章　綜合序列分析
2.1　綜合序列分析軟件Lasergene
2.1.1　引言
2.1.2　用GeneQuest發(fā)現(xiàn)新基因
2.1.3　用Protean進行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析
2.1.4　用MegAlign進行序列比對和構(gòu)建進化樹
2.1.5　序列組裝、引物設(shè)計、限制圖譜和序列編輯
2.2　綜合序列分析軟件BioEdit
2.2.1　引言
2.2.2　File：文件菜單
2.2.3　Edit：編輯菜單
2.2.4　Sequence：序列菜單
2.2.5　Alignment：排列菜單
2.2.6　View：視圖菜單
2.2.7　Accessory Application：應(yīng)用程序菜單
2.2.8　RNA：RNA序列分析菜單
2.2.9　World Wide Web：網(wǎng)絡(luò)菜單
2.2.10　Options：選項菜單
2.2.1l　Window：窗口菜單
2.2.12　Help：幫助菜單
2.3　綜合序列分析在線程序
2.3.1　EMBOSS
2.3.2　SeWeR
參考文獻
第3章　用BLAST進行序列相似性搜索
3.1　引言
3.2　局部比對搜索基本工具BLAST
3.2.1　BLAST簡介
3.2.2　BLAST檢索的基本知識
3.2.3　BLAST檢索工具的分類
3.2.4　BLAST檢索中采用的數(shù)據(jù)庫
3.2.5　BLAST檢索的步驟
3.2.6　通過BLAST搜索發(fā)現(xiàn)序列的生物學(xué)意義
3.2.7　用BLAST發(fā)現(xiàn)新基因
參考文獻
第4章　用Clustal(X／W)進行多序列比對
4.1　引言
4.2　Clustal X
4.2.1　Clustal X功能詳解
4.2.2　用Clustal X進行蛋白質(zhì)多序列比對
4.3　Clustal W
第5章　進化樹構(gòu)建
5.1　引言
5.1.1　進化樹構(gòu)建的基本程序
5.1.2　進化樹構(gòu)建的方法選擇
5.1.3　進化樹構(gòu)建的軟件選擇
5.1.4　數(shù)據(jù)分析及結(jié)果推斷
5.1.5　總結(jié)
5.2　PHYLIP——免費的集成的系統(tǒng)分析軟件包
5.2.1　概述
5.2.2　實例：用PHYLIP軟件包構(gòu)建GPD蛋白家族的系統(tǒng)進化樹
5.3　MEGA4——免費的本地建樹工具
第6章　序列格式轉(zhuǎn)換
6.1　常見的分子序列格式
6.2　序列格式轉(zhuǎn)換軟件
6.2.1　SeqVerter 1.3
6.2.2　ForCon 1.0
6.2.3　序列格式轉(zhuǎn)換在線程序READSEQ
第7章　序列信息遞交
7.1　引言
7.2　用Banklt遞交新基因序列
7.3　用Sequin遞交新基因序列
第8章　引物設(shè)計
8.1　引言
8.2　通用引物設(shè)計軟件Primer Premier 5.00
8.2.1　Primer Premier 5.00的序列編輯窗口
8.2.2　Primer Premier 5.00的引物設(shè)計窗口
8.2.3　Primer Premier 5.00的引I物檢索結(jié)果輸出窗口
8.2.4　Primer Premier 5.00的引物編輯窗口
8.2.5　用Primer Premier 5.00進行巢式PCR引物設(shè)計
8.2.6　用Primer Premier 5.00進行簡并引物設(shè)計
8.2.7　Primer Premier 5.00的其他功能
8.2.8　Primer Premier 5.00程序存在的不足
8.3　通用引物在線設(shè)計程序Primer 3
8.3.1　Primer 3概述
8.3.2　實例：應(yīng)用Primer3設(shè)計針對p53基因mRNA編碼區(qū)的特異引物
8.4　簡并引物在線設(shè)計程序GeneFisher
8.4.1　簡并引物設(shè)計過程及原則
8.4.2　簡并引物設(shè)計程序GeneFisher
第9章　質(zhì)粒繪圖
9.1　質(zhì)粒繪圖軟件WinPlas
9.1.1　WinPlas的操作界面
9.1.2　WinPlas的操作方法
9.1.3　WinPlas的操作實例
9.2　質(zhì)粒作圖在線程序PlasMapper 2.0
9.2.1　PlasMapper 2.0的基本功能與操作方法
9.2.2　PlasMapper 2.0程序運行實例
參考文獻
第10章　用ANTHEPROT進行蛋白質(zhì)序列分析
10.1　引言
10.2　工具欄與基本功能
10.2.1　工具欄
10.2.2　基本功能
10.3　蛋白質(zhì)序列編輯功能
10.4　蛋白質(zhì)基本分析功能
參考文獻
第11章　用同源建模服務(wù)器SWISS-MODEL進行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
11.1　SWISS-MODEL
11.2　運行實例：用SWISS—MODEL服務(wù)器進行蛋白三維模型構(gòu)建工作
11.2.1　實例之一：用首選模式進行牛血清白蛋白的同源建模與結(jié)構(gòu)解析
11.2.2　實例之二：利用項目模式進行蛋白的同源建模
11.2.3　實例之三：利用比對模式進行蛋白的同源建模
11.2.4　實例之四：寡聚蛋白的同源建模
11.3　蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)預(yù)測方法
11.3.1　同源建模
11.3.2　反相折疊
11.3.3　從頭預(yù)測
參考文獻
第12章　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對
12.1　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類
12.1.1　按結(jié)構(gòu)域分類
12.1.2　系統(tǒng)性分類
12.2　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對工具
12.2.1　VAST——矢量比對工具
12.2.2　DALI距離矩陣(distance matrix alignment)
12.2.3　Structure
12.2.4　SSAP
第13章　用RasMol／PyMOL／Swiss-PdbViewer進行生物分子三維結(jié)構(gòu)顯示和分析
13.1　引言
13.1.1　分子坐標(biāo)表示方法
13.1.2　分子表面
13.1.3　分子圖形顯示模型
13.1.4　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)測定方法
13.2　RasMol
13.2.1　RasMol的操作窗口
13.2.2　RasMol的命令行窗口
13.2.3　RasMol應(yīng)用實例
13.3　RasTop簡介
13.4　Swiss-PdbViewer
13.4.1　Swiss-PdbViewer簡介
13.4.2　Swiss-PdbViewer運行實例
13.5　PyMOL
13.5.1　PyMOL簡介
13.5.2　PyMOL應(yīng)用實例
第14章　計算機輔助基因識別
14.1　引言
14.2　GENSCAN——基因預(yù)測的首選工具
14.2.1　影響GENSCAN預(yù)測準(zhǔn)確度的因素
14.2.2　GENSCAN的操作流程
14.3　WebGene——基因結(jié)構(gòu)分析和預(yù)測工具集
14.4　GeneBuilder——基因結(jié)構(gòu)預(yù)測系統(tǒng)
14.5　ORF Finder——NCBI的開放閱讀框(()RF)識別工具
14.6　CpGPlot／CpGReport／Isochore——EMBL的CpG島計算工具
14.7　tRNAscan-SE——tRNA基因識別工具
第15章　計算機輔助疫苗設(shè)計
15.1　引言
15.1.1　計算機輔助疫苗設(shè)計技術(shù)誕生的時代背景
15.1.2計算機輔助疫苗設(shè)計技術(shù)的原理與方法
15.1.3計算機輔助疫苗設(shè)計的產(chǎn)業(yè)前景
15.2　IMGT工具包
15.3　蛋白酶體酶切位點的預(yù)測
15.3.1　NetChop 3.0服務(wù)器
15.3.2　ProPrac
15.4　MHC結(jié)合區(qū)域的預(yù)測
15.5　T細(xì)胞表位的預(yù)測
15.6　免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫
參考文獻