生態(tài)基因組學導論

1什么是生態(tài)基因組學?
1．1滲透到生態(tài)學領域的基因組學革命
1．2酵母、果蠅、線蟲和擬南芥
1．3組學
1．4本書的結構
2基因組分析
2．1基因的發(fā)現(xiàn)
2．1．1從基因產(chǎn)物到基因
2．1．2差異篩選
2．1．3從分子標記到功能基因
2．2基因組測序
2．2．1基因組文庫的構建
2．2．2 以物理圖譜為基礎的全基因組測序
2．2．3“鳥槍法”全基因組測序
2．2．4基因的預測和注釋
2．3轉(zhuǎn)錄譜分析
2．3．1芯片分析
2．3．2生態(tài)基因組學中以芯片為基礎的轉(zhuǎn)錄譜分析
2．3．3基因表達系列分析
2．3．4定量PCR分析
2．4生態(tài)基因組學中的數(shù)據(jù)分析
2．4．1序列的同源性分析
2．4．2芯片數(shù)據(jù)的處理
2．4．3芯片實驗的統(tǒng)計方法
2．4．4構建生態(tài)基因組學的分析框架
3基因組的比較
3．1基因組的特征
3．1．1基因組大小
3．1．2基因家族
3．1．3偏斜、Gc含量和密碼子的使用
3．1．4基因的排列
3．1．5同義和非同義替換的式樣’
3．2原核生物的基因組
3．2．1染色體和質(zhì)粒·
3．2．2基因的水平轉(zhuǎn)移
3．2．3從細菌到細胞器
3．3真核生物的基因組
3．3．1酵母和其他真菌
3．3．2線蟲
3．3．3果蠅和其他節(jié)肢動物
3．3．4植物基因組
3．3．5后口動物
4群落的結構和功能
4．1生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能的綜合模式
4．2微生物多樣性的測度
4．2．1小亞基rRNA基因的多樣性
4．2．2以基因芯片技術為基礎的生物多樣性評估
4．2．3原核生物多樣性的統(tǒng)計方法
4．3生物地球化學循環(huán)中的微生物基因組學
4．3．1碳循環(huán)中的關鍵基因
4．3．2氮循環(huán)中的關鍵基因
4．3．3其他的養(yǎng)分循環(huán)
4．3．4利用基因芯片技術篩選功能基因
4．4環(huán)境基因組的功能重建
4．4．1海洋環(huán)境基因組學
4．4．2土壤環(huán)境基因組
4．4．3極端環(huán)境的基因組
4．5生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能的基因組學研究方法：初步評估
5生活史類型
5．1生活史理論的核心
5．2壽命與衰老
5．2．1胰島素信號途徑
5．2．2壽命調(diào)節(jié)的全基因組掃描分析
5．2．3跨物種的壽命調(diào)節(jié)系統(tǒng)
5．2．4權衡還是單獨調(diào)節(jié)?
5．3生命周期循環(huán)的基因表達譜
5．3．1發(fā)育進程
5．3．2滯育
5．3．3成熟期的生命和性
5．3．4擬南芥的開花時間
5．3．5其他植物開花時間的調(diào)控
5．4生活史特征的表型可塑性
5．4．1非遺傳多型性的發(fā)育
5．4．2體長
5．4．3避陰反應
5．5生活史類型的基因組學研究方法：初步評估
6逆境反應
6．1逆境和生態(tài)位
6．2抗細胞逆境的主要機制
6．2．1逆境脅迫激活的蛋白激酶信號途徑
6．2．2熱激蛋白
6．2．3氧化應激反應系統(tǒng)
6．2．4金屬硫蛋白及其相關系統(tǒng)
6．2．5多功能氧化酶系統(tǒng)
6．3高溫、寒冷、干旱、鹽堿和缺氧
6．3．1酵母對非生物脅迫的反應
6．3．2植物對干旱、寒冷和鹽堿的反應
6．3．3動物對非生物脅迫的反應
6．4食草作用和微生物感染
6．4．1植物對昆蟲食草作用的防衛(wèi)
6．4．2果蠅免疫反應的基因組學
6．5有毒物質(zhì)
6．5．1重金屬
6．5．2殺蟲劑
6．5．3內(nèi)分泌干擾物
6．6生態(tài)逆境脅迫基因組學研究方法：初步評估
7整合生態(tài)基因組學
7．1整合的需求：系統(tǒng)生物學
7．2生態(tài)控制分析
7．3展望
7．3．1模式生物研究群體的組織
7．3．2環(huán)境微生物的大規(guī)模測序
7．3．3野生環(huán)境微生物的轉(zhuǎn)錄譜分析
7．3．4作用機制的研究
7．3．5新的數(shù)據(jù)分析方法
7．3．6比較基因組學
7．3．7聚焦自然變異
7．3．8遺傳基因組學
7．3．9表觀遺傳學
7．3．10生物學的統(tǒng)一
參考文獻
附錄：原版目錄
索引