筒型外膜蛋白質生物信息學

定　價：￥38.00

作　者：	孟朝暉
出版社：	國防工業(yè)出版社
叢編項：
標　簽：	生物化學

購買這本書可以去

ISBN：	9787118050349	出版時間：	2007-04-01	包裝：	平裝
開本：	0開	頁數(shù)：	276	字數(shù)：

內(nèi)容簡介

　　筒型外膜蛋白質是廣泛存在于革蘭氏陰性菌、線粒體和葉綠體外膜的結構類似筒型的蛋白質，研究這種蛋白質的結構和功能對于了解細胞內(nèi)物質和能量的運作機理十分重要。本書用生物信息學的方法研究筒型外膜蛋白質，詳細介紹了筒型外膜蛋白質的基本結構和功能，包含結構模型、角度模型、側鏈旋轉異構體等，對目前已知三維結構的筒型外膜蛋白質分為10種類型詳細介紹，還研究了筒型蛋白質OmpA的折疊過程。分別用神經(jīng)網(wǎng)絡模型、隱馬氏模型及根據(jù)蛋白質的物理化學特性抽象出的幾種結構辨識模型，分析了蛋白質的結構。為了方便不同學科的讀者能夠較為順利地閱讀本書，其中涉及到的相關基礎知識均有適當介紹，包括蛋白質基礎知識和蛋白質數(shù)據(jù)庫PDB 的相關內(nèi)容，神經(jīng)網(wǎng)絡模型和隱馬氏模型的基本內(nèi)容也有簡明闡述。本書可作為生物學、計算機科學、信息科學、數(shù)學等領域的教師、學生和科研工作者的參者書。

作者簡介

　　孟朝暉，河海大學計算機及信息工程學院副教授，1968年生，1989年本科畢業(yè)、1992年碩士研究生畢業(yè)于西安交通大學數(shù)學系。從事計算機專業(yè)和通信專業(yè)的教學與科研工作，已發(fā)表9篇第一作者論文。目前的主要研究方向為：蛋白質結構分析，生物信息學。

圖書目錄

第1章蛋白質簡介
1.1 氨基酸
1.2 肽鏈
1.3 肽鍵的空間結構與β-折疊
第2章蛋白質數(shù)據(jù)庫PDB
2.1 PDB數(shù)據(jù)格式
2.2 序列和原子坐標記錄
2.3 蛋白質二級結構數(shù)據(jù)
2.4 注釋記錄
2.5 連接類記錄
第3章 β-筒型外膜蛋白質
　3.1 β-筒型外膜蛋白質的結構
　3.2 良筒型外膜蛋白質的功能
　3.3 β-折疊股的N端和C端不對稱
　3.4 角度模型
　3.5 側鏈旋轉異構體
第4章 β-筒型外膜蛋白質的數(shù)據(jù)
　4.1 OMPA超族
　4.2 OMP超族
　4.3 Autotransporter超族
　4.4 OMPLA超族
　4.5 Tsx超族
　4.6 長鏈脂肪酸轉運蛋白族
　4.7 寡糖轉運蛋白族
　4.8 孔蛋白族
　4.9 麥芽糖孔蛋白族
　4.10 配體門控通道蛋白族
　4.11 附錄
第5章 β-筒型外膜蛋白質的折疊
　5.1 OmpA的SDS-OG-DMPC折疊過程
　5.2 OmpA的UREA-DMPC折疊過程
　5.3 OmpA折疊的3個中間過程
　5.4 用熒光猝滅技術研究OmpA的折疊過程
第6章神經(jīng)網(wǎng)絡概述
　6.1 生物神經(jīng)元簡介
　6.2 人工神經(jīng)元
　6.3 神經(jīng)網(wǎng)絡計算模型
　6.4 感知機
　6.5 BP神經(jīng)網(wǎng)絡
第7章蛋白質結構的神經(jīng)網(wǎng)絡預測
　7.1 z-坐標值神經(jīng)網(wǎng)絡預測法
　7.2 β-結構的神經(jīng)網(wǎng)絡直接預測法
第8章隱馬氏模型基礎
　8.1 HMM模型的基本概念
　8.2 前向后向算法
　8.3 Viterbi算法
　8.4 Baum-Welch算法
第9章蛋白質結構的隱馬氏模型預測
　9.1 基于序列模體的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
　9.2 含4類子模型的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
　9.3 表示折疊股方向的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
第10章基于物理化學性質的結構辨識方法
　10.1 通過構象參數(shù)規(guī)則辨識蛋白質結構
　10.2 4個指標辨識蛋白質結構
　10.3 基于殘基統(tǒng)計指標辨識蛋白質結構
　10.4 殘基在β-筒型蛋白質不同位置的統(tǒng)計特性
　10.5 筒型蛋白質折疊股間的相互作用模式
附錄
參考文獻