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生物芯片技術(shù)與應(yīng)用詳解

生物芯片技術(shù)與應(yīng)用詳解

定 價:¥38.00

作 者: (美)G.哈德曼
出版社: 化學(xué)工業(yè)出版社
叢編項: 生物實驗室系列
標(biāo) 簽: 生物科學(xué)

ISBN: 9787502589196 出版時間: 2006-09-01 包裝: 平裝
開本: 16 頁數(shù): 236 字?jǐn)?shù):  

內(nèi)容簡介

  最近幾年應(yīng)用生物芯片技術(shù)進行基因表達譜分析已成為常用的分子生物學(xué)技術(shù)。全基因組序列信息的公布和技術(shù)的進步,促使生物芯片技術(shù)能在基因組等更廣范圍上進行應(yīng)用,使分析生物轉(zhuǎn)錄組中大部分基因的表達譜成為可能。記得當(dāng)我第一次看到真實的芯片時是如此的激動。這是發(fā)生在1995年,Synteni公司在Palo Alto的DNAX中心演示生物芯片技術(shù),我當(dāng)時是一名博士后。1998年,作為在上游技術(shù)領(lǐng)域的科研人員,我終于有機會成為這一研究領(lǐng)域中的一員。那時,DNA微陣列技術(shù)已發(fā)展得相當(dāng)成熟,芯片制備技術(shù)和數(shù)據(jù)分析方法也變得更復(fù)雜。寫作本書的動機源于2002年3月由我在加利福尼亞大學(xué)San Diego Bioscience Extension組織的一門稱為“微陣列技術(shù)總論”的課程。這提供了一個重要的論壇來探討生物芯片技術(shù)的最新進展和發(fā)展趨勢。該課程提供了微陣列和基因芯片技術(shù)的詳細(xì)介紹,不斷發(fā)展的生物芯片研究、微流路技術(shù)、設(shè)備、點印和檢測方法以及成功進行基因表達譜和SNP分析所需方法和試劑等的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)。這已成為年度大事,并出版了2003年度會議總結(jié)。本書是一部指導(dǎo)生物芯片研究人員進行實驗室操作的技術(shù)手冊。主要包括四個方面的內(nèi)容:主要的生物芯片技帶;生物芯片實驗室與相關(guān)儀器設(shè)備;生物芯片數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析和數(shù)據(jù)管理的知識;生物芯片的應(yīng)用,書中包含大量生物芯片技術(shù)的技術(shù)細(xì)節(jié)和實踐技巧,并重點提示了如何制備高質(zhì)量的生物芯片。本書適用于生物芯片研究的技術(shù)人員,同時也可供相關(guān)專業(yè)的研究生參考。

作者簡介

  Gary Hardiman是美國加利福尼亞大學(xué)圣地亞哥分校(UCSD)生物醫(yī)學(xué)基因組學(xué)微陣列芯片實驗室(BIOGEM)的負(fù)責(zé)人。BIOGEM是美國加利福尼亞大學(xué)圣地亞哥分校一個有組織的研究單位和中心實驗室,致力于生物芯片技術(shù)和生物信息學(xué)等高通量基因組學(xué)方法的研究。他講授的一門課程是“從基因到生物學(xué)功能概述”,這是該大學(xué)(生物科學(xué))藥物發(fā)現(xiàn)和開發(fā)職業(yè)強化證書[Extension(Bioscience)Drug Discovery and Development Professional Certifieate]的選修課程。Gary Hardiman博士于2002年3月13~15日組織了UCSD生物芯片技術(shù)會議。他畢業(yè)于愛爾蘭(Gal—way)國立大學(xué),獲得微生物學(xué)博士學(xué)位,他的研究方向是用基因組學(xué)方法去闡明疾病的分子機制。聯(lián)系地址:Gary Hardiman,Ph.D.BioMedical Genomics Microarray FacilityDivision of BiologyUniversity of California San Diego2234 Bonner Hall9500 Giiman DriveLa Jolla CA 92093—0

圖書目錄

1生物芯片技術(shù)簡介陳忠斌王艷華譯1
11引言2
12DNA微陣列芯片的發(fā)展過程2
13DNA微陣列和基因芯片3
14基于啟動子的DNA微陣列芯片5
15生物芯片操作中遇到的問題6
16芯片檢測方法6
17結(jié)論7
參考文獻7
2微陣列生物芯片操作的實驗室自動化馬卓婭湯華譯9
21為什么要實現(xiàn)實驗室的自動化操作?10
22定制微陣列芯片的制作10
23雜交系統(tǒng)的自動化13
24芯片數(shù)據(jù)的讀取——掃描儀13
25實驗室的常規(guī)自動化16
26總結(jié)18
參考文獻18
3DNA芯片與生物芯片中心實驗室劉全俊潘品良譯19
31引言20
32點樣芯片——寡核苷酸或PCR擴增子?21
33DNA的高通量擴增21
34小鼠單基因微陣列的制備25
35RNA的確定和熒光靶標(biāo)的標(biāo)記26
36標(biāo)記靶標(biāo)的評價28
37微陣列芯片的預(yù)掃描28
38雜交和掃描29
39點制芯片的質(zhì)量控制30
310芯片點樣儀和掃描儀31
311數(shù)據(jù)分析——克隆跟蹤、芯片尋點(spotfinding)以及數(shù)據(jù)發(fā)掘32
312結(jié)論35
參考文獻39
4生物芯片的納米顆粒標(biāo)記劉全俊陸祖宏潘品良譯40
41引言41
42RLS粒子作為超靈敏檢測標(biāo)記物的基本原理41
43光散射理論和選擇便于超靈敏檢測的顆粒大小組分42
44儀器50
45蛋白質(zhì)、DNA探針及配體與RSL顆粒的交聯(lián)51
46RLS顆粒在固相檢測分析中的檢測靈敏度和檢測范圍51
47應(yīng)用52
致謝58
參考文獻59
5如何評估生物芯片掃描儀潘品良劉全俊譯60
51引言61
52掃描儀的校準(zhǔn)61
53總結(jié)67
參考文獻69
6全基因組水平mRNA表達譜分析在農(nóng)業(yè)基因組學(xué)研究中的
應(yīng)用周鑫徐文英譯70
61引言71
62基因轉(zhuǎn)錄譜分析芯片72
63對未測序植物的可選方法73
64農(nóng)業(yè)研究中的應(yīng)用范圍73
65整合互補的基因組數(shù)據(jù)74
66結(jié)論75
參考文獻76
7生物芯片技術(shù)在藥物靶標(biāo)確證和新藥發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用文思遠王升啟譯80
71基因組學(xué)和藥物發(fā)現(xiàn)81
72單核苷酸多態(tài)性和Crohn病82
73微陣列技術(shù)和精神分裂癥83
參考文獻85
8蛋白質(zhì)芯片在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用周華蕾馬玉媛呂茂民譯
章金剛校87
81引言88
82芯片構(gòu)造與表面化學(xué)88
83結(jié)合蛋白的檢測91
84蛋白質(zhì)芯片的應(yīng)用93
85結(jié)論94
致謝94
參考文獻95
9SpanscriptTM:快速獲取非冗余cDNA3′端文庫用于制備微陣列芯片的
方法仇華吉劉麗玲譯97
91引言98
92Spanscript方法學(xué)99
93用于微陣列芯片的3′ cDNA文庫(探針庫)制備102
94Spanscript技術(shù)應(yīng)用實例102
95基本原理103
96Spanscript軟件104
97討論105
參考文獻107
10生物芯片數(shù)據(jù)管理陸祖宏劉全俊潘品良譯108
101引言109
102微陣列數(shù)據(jù)庫的分析模塊110
103微陣列數(shù)據(jù)分析中的噪聲采樣115
104數(shù)據(jù)共享和查詢120
105微陣列芯片實驗室信息管理系統(tǒng)121
106GeneDirector自定義121
107總結(jié)121
參考文獻122
11用LFC模型從芯片數(shù)據(jù)中鑒定差異表達基因仇華吉李娜譯123
111引言124
112將LFC模型應(yīng)用于實驗數(shù)據(jù)集125
113結(jié)論129
參考文獻130
12應(yīng)用50mer寡核苷酸芯片分析線蟲基因表達高志賢張蕾劉楠譯
陳忠斌校131
121引言132
122結(jié)果133
123討論142
124方法144
致謝146
參考文獻146
13生物芯片技術(shù)檢測大鼠體內(nèi)藥物誘導(dǎo)氧化酶P450 mRNA及其他藥物代謝
相關(guān)基因表達水平:在藥物篩選與開發(fā)中的應(yīng)用馬卓婭湯華譯
陳忠斌校148
131引言149
132材料和方法149
133結(jié)果151
134討論154
致謝158
參考文獻158
14寡核苷酸芯片技術(shù)在突變分析中的開發(fā)與應(yīng)用文思遠王升啟譯159
141引言160
142寡核苷酸制備161
143點樣過程163
144樣品制備165
145雜交和洗滌169
146芯片掃描和數(shù)據(jù)分析171
致謝172
參考文獻172
15生物芯片技術(shù)比較、統(tǒng)計分析和實驗設(shè)計付俊杰蘇震譯174
151引言175
152芯片基因表達平臺175
153芯片偏差的統(tǒng)計分析178
154偏差來源179
155統(tǒng)計學(xué)定義179
156芯片功效分析181
157跨平臺數(shù)據(jù)185
158樣點形態(tài)185
159功能質(zhì)量控制187
1510芯片質(zhì)量控制:對照探針188
1511芯片質(zhì)量控制:檢測探針190
1512應(yīng)用CodeLink Mouse Uniset Ⅰ芯片的生物實驗190
1513公共基因表達數(shù)據(jù)193
1514可供搜索的公共基因表達數(shù)據(jù)庫和通用數(shù)據(jù)格式193
1515基因表達譜:差減雜交與微陣列芯片194
1516討論196
參考文獻208
16INFINITITM系統(tǒng):臨床實驗室的自動化多功能芯片平臺
周華蕾姚站馨呂茂民譯章金剛校212
161引言213
162BioFilmChipTM微陣列芯片214
163INFINITITM分析儀215
164QmaticTM操作軟件216
165IntellipacTM試劑管理模塊217
166INFINITITM系統(tǒng)的應(yīng)用實例:實驗過程及結(jié)果分析218
167結(jié)論220
致謝220
參考文獻221
附錄Ⅰ高志賢張蕾劉楠譯陳忠斌校222
1RNA的分離222
2熒光標(biāo)記靶基因225
3分光光度法定量檢測Cydye標(biāo)記的靶標(biāo)231
4用Amersham GENⅢ Microarrayer在氨基硅烷玻片上點制微陣列芯片232
5芯片手工雜交操作程序233
6芯片掃描234
附錄Ⅱ高志賢張蕾劉楠譯陳忠斌校235
1 寡核苷酸探針與擴增子探針235
2 芯片表面235

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